genome.fa.s8001.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008001.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110458_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3902382

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1898982--1899200	104	2.1	105	96	3	406	44	6	2	47	1.41
1899109--1899161	29	1.9	26	88	11	79	49	7	0	43	1.31
1903581--1903638	24	2.4	24	94	0	98	50	13	10	25	1.74
1903989--1904041	23	2.3	23	93	0	88	43	16	18	20	1.88
1904813--1904855	22	2.0	22	85	0	59	41	0	0	58	0.98
1906429--1906486	20	2.7	20	81	10	62	32	18	20	27	1.97
1907716--1907812	30	3.2	30	63	11	79	36	10	19	34	1.86
1907710--1907842	62	2.2	62	98	1	259	33	9	19	37	1.83
1908169--1908217	23	2.1	23	88	0	71	22	18	22	36	1.95
1908176--1908237	23	2.7	23	76	0	70	22	24	24	29	1.99
1912856--1912911	22	2.7	20	78	13	60	21	17	30	30	1.96
1918666--1918825	65	2.5	65	88	5	236	26	18	23	31	1.98
1918666--1918866	65	3.1	61	77	14	190	25	18	23	31	1.98
1922669--1922804	62	2.2	62	94	0	236	33	8	20	37	1.84
1923133--1923178	23	2.0	23	83	8	58	21	23	21	32	1.98
1925313--1925398	42	2.0	42	86	4	120	31	20	20	26	1.98
1925149--1925724	129	4.4	131	89	2	838	32	19	18	30	1.95
1925571--1925658	43	2.0	43	84	0	113	30	20	21	27	1.98
1925614--1925834	88	2.5	88	86	0	334	33	18	17	30	1.94
1926562--1926621	22	2.7	22	92	5	95	36	13	15	35	1.86
1932028--1932129	14	7.5	13	70	18	66	48	10	21	19	1.79
1932027--1932102	26	2.9	26	94	5	127	48	10	22	18	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1945436--1945460	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
1945399--1945513	56	2.1	56	88	6	171	44	2	0	52	1.21
1945397--1945482	15	4.7	17	66	22	50	40	3	0	55	1.17
1957820--1957850	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1960599--1960637	14	2.9	14	92	3	62	56	0	0	43	0.99
1963300--1963354	27	2.0	27	89	0	83	49	23	5	21	1.70
1963916--1963963	20	2.4	20	92	0	78	20	16	12	50	1.78
1968328--1968378	18	2.8	18	75	0	57	23	29	35	11	1.90
1974742--1974785	22	2.0	22	100	0	88	40	13	18	27	1.88
1977107--1977140	16	2.1	17	88	5	52	38	0	5	55	1.24
1979144--1979654	188	2.8	182	78	10	473	20	18	17	43	1.88
1982895--1982937	18	2.4	18	96	0	77	13	20	30	34	1.92
1988336--1988364	12	2.3	13	94	5	51	44	0	0	55	0.99
1988738--1988795	21	2.8	20	84	10	71	48	0	0	51	1.00
2009490--2009547	13	4.5	13	76	12	57	44	3	0	51	1.18
2009478--2009532	24	2.4	22	85	11	67	49	3	0	47	1.19
2009537--2009605	36	1.9	35	85	8	95	43	10	5	40	1.62
2009593--2009652	30	2.1	27	82	11	68	40	0	0	60	0.97
2009600--2009661	28	2.1	30	88	5	92	35	0	1	62	1.05
2014414--2014942	41	12.9	41	91	0	851	23	22	22	31	1.98
2014917--2014973	20	2.9	21	89	7	75	24	22	15	36	1.94
2015729--2015766	6	6.5	6	90	3	60	2	13	52	31	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2015844--2016384	41	13.2	41	91	0	832	32	24	20	22	1.98
2015969--2016365	21	19.4	20	63	22	96	32	24	21	21	1.98
2018214--2018259	23	2.0	23	95	0	83	32	17	23	26	1.97
2019396--2019449	21	2.6	21	93	0	90	27	25	27	18	1.98
2025214--2025239	8	3.2	8	100	0	52	46	53	0	0	1.00
2025538--2025572	17	2.0	18	88	5	54	42	8	2	45	1.49
2027420--2027459	19	2.1	19	100	0	80	40	0	17	42	1.49
2027945--2027998	20	2.6	21	91	5	92	25	25	29	18	1.98
2032801--2033332	215	2.5	211	88	7	745	22	12	27	37	1.90
2033290--2033377	37	2.4	37	90	1	131	12	11	37	38	1.79
2033075--2033661	253	2.4	249	88	4	877	24	12	26	36	1.91
2033538--2033617	37	2.2	37	90	4	126	13	10	36	40	1.79
2034111--2034157	18	2.8	17	83	6	60	31	27	0	40	1.57
2038038--2038387	174	2.0	176	97	2	670	24	10	26	38	1.88
2039028--2039102	35	2.1	36	82	9	91	48	1	4	46	1.29
2039247--2039284	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
2049671--2049729	26	2.3	26	90	0	100	69	0	6	23	1.12
2051056--2051099	20	2.1	21	83	4	54	54	2	4	38	1.33
2052619--2052663	21	2.1	21	88	8	65	42	11	2	44	1.52
2054509--2054882	157	2.4	157	86	1	511	35	16	8	39	1.79
2056379--2056445	20	3.7	18	75	19	59	34	22	22	20	1.97
2057511--2057618	20	5.7	20	76	16	104	29	20	29	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057518--2057593	33	2.3	33	93	0	134	27	21	31	19	1.97
2057518--2057611	33	2.8	33	85	6	102	29	20	29	20	1.97
2057638--2057696	21	2.8	21	97	0	109	23	16	37	22	1.94
2057778--2057837	30	2.0	30	93	0	102	45	18	5	31	1.71
2059625--2059653	14	2.0	15	93	6	51	6	37	0	55	1.27
2061063--2061137	20	3.7	20	83	3	87	30	18	29	21	1.97
2061313--2061372	30	2.0	30	96	0	111	45	20	5	30	1.72
2061704--2061766	22	3.0	20	83	6	63	30	17	23	28	1.97
2065926--2065957	4	8.0	4	100	0	64	25	25	0	50	1.50
2066754--2066786	17	1.9	17	93	0	57	42	15	9	33	1.78
2076255--2076284	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
2077087--2077455	20	18.5	20	84	5	451	34	26	18	20	1.96
2078138--2078184	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2078359--2078383	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2080654--2080946	19	16.4	19	81	14	365	46	18	20	14	1.84
2080654--2080968	128	2.6	126	88	7	458	45	18	20	14	1.85
2080654--2080968	52	5.9	52	81	13	324	45	18	20	14	1.85
2080978--2081095	33	3.2	35	84	12	141	15	22	16	45	1.84
2080975--2081095	19	6.6	19	87	10	189	14	23	17	44	1.86
2081202--2081238	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2083197--2083253	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2083178--2083270	33	2.8	33	93	0	159	48	21	19	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083141--2083275	19	7.6	19	75	16	119	46	23	18	11	1.81
2083141--2083275	52	2.6	51	73	13	130	46	23	18	11	1.81
2083271--2083398	19	7.3	19	73	19	116	8	17	28	45	1.78
2083271--2083361	33	2.8	33	91	5	141	7	18	28	45	1.77
2083442--2083911	92	5.1	93	97	2	894	46	18	12	22	1.83
2085617--2085706	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
2085609--2085723	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2085616--2085728	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2085740--2085794	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
2085724--2085794	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
2085735--2085816	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
2085747--2085835	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
2085915--2085985	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2086165--2086219	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2086365--2086557	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
2086365--2086557	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
2086613--2086664	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2093497--2094048	257	2.2	252	86	9	771	40	19	12	27	1.87
2097059--2097250	96	2.0	96	96	0	357	30	15	19	34	1.93
2100169--2100818	325	2.0	325	99	0	1273	32	17	21	29	1.96
2101671--2101864	32	6.1	32	84	3	185	39	13	17	29	1.88
2101671--2101879	64	3.3	64	81	1	222	38	13	17	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101666--2101847	96	1.9	96	83	0	238	39	14	15	29	1.88
2103884--2103928	22	2.1	22	84	12	58	40	13	6	40	1.71
2104225--2104297	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
2104667--2104725	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71
2105094--2105152	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71
2103874--2105781	428	4.5	430	97	0	3510	38	11	8	41	1.71
2105510--2105561	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
2105520--2105582	23	2.7	23	90	0	90	38	19	4	38	1.73
2103874--2105781	855	2.2	858	96	0	3506	38	11	8	41	1.71
2106000--2106086	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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