genome.fa.s8001.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008001.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110458_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3902382

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694278--694342	25	2.6	25	97	0	121	36	12	10	40	1.78
696806--697618	183	4.4	183	95	1	1425	32	16	14	35	1.90
697588--697627	21	1.9	21	84	0	53	47	12	12	27	1.77
697648--698134	200	2.4	200	96	1	922	28	17	15	38	1.90
699994--700046	24	2.2	24	83	6	63	26	9	13	50	1.71
700186--700228	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
700191--700237	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
700372--700418	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
700158--700630	181	2.6	182	90	1	709	26	16	14	42	1.87
700697--701193	230	2.2	230	95	1	899	39	8	7	44	1.61
702305--702331	13	2.1	13	100	0	54	7	29	37	25	1.83
706953--706986	16	2.0	18	88	11	54	47	0	17	35	1.48
707254--707292	19	2.1	19	90	0	60	48	17	23	10	1.78
723542--723601	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
723666--723701	13	2.8	13	95	0	63	52	8	5	33	1.55
723666--723727	26	2.4	26	78	5	63	53	6	3	37	1.43
723707--723745	16	2.4	16	91	8	62	61	2	0	35	1.10
725870--725927	30	1.9	30	82	6	73	43	3	10	43	1.55
734066--734130	3	21.0	3	90	6	103	1	33	0	64	1.03
737462--737492	14	2.2	14	100	0	62	48	0	32	19	1.49
739390--739433	18	2.4	18	96	0	79	15	22	34	27	1.95
739401--739441	18	2.3	18	91	0	64	24	21	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743810--743865	21	2.7	21	100	0	112	42	8	16	32	1.79
751939--752014	38	2.0	38	82	14	95	40	0	9	50	1.34
752836--752885	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
768431--768460	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
775197--775266	29	2.6	26	76	14	63	30	1	2	65	1.15
775464--775511	21	2.3	21	96	0	87	52	2	0	45	1.12
781902--781950	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
783042--783068	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
783808--783901	45	2.1	45	95	0	170	29	25	12	31	1.93
783812--783885	24	3.2	24	67	18	66	31	25	14	28	1.95
784666--784759	45	2.1	45	85	0	125	35	12	21	30	1.91
788060--788117	24	2.3	25	80	17	66	46	1	0	51	1.11
788069--788114	24	1.9	24	86	8	67	47	0	0	52	1.00
788705--788765	21	2.9	21	77	0	68	18	6	55	19	1.63
790995--791032	14	2.9	14	84	7	53	57	2	0	39	1.12
794744--794789	23	2.0	22	84	12	58	30	13	0	56	1.37
799996--800023	13	2.2	13	100	0	56	21	0	7	71	1.09
802377--802438	31	2.0	31	93	0	106	27	27	11	33	1.91
803417--803482	34	1.9	34	93	0	114	30	13	18	37	1.89
804277--804354	33	2.4	33	89	2	122	43	21	26	7	1.80
806465--806523	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
811149--811207	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811297--811354	30	1.9	30	89	0	89	37	8	0	53	1.32
813489--814165	360	1.9	360	95	0	1239	32	19	12	35	1.90
815884--815917	16	2.2	16	94	5	61	70	0	0	29	0.87
817737--817794	24	2.4	24	97	0	107	25	24	3	46	1.68
819363--819405	12	3.6	12	77	0	50	27	4	27	39	1.76
819325--819407	24	3.5	24	78	5	78	31	4	24	39	1.76
821481--822007	287	1.8	287	91	0	867	33	22	10	34	1.88
823485--823514	15	2.1	15	93	6	53	53	26	0	20	1.46
825403--825459	20	2.8	20	100	0	114	26	15	21	36	1.93
833790--833953	87	1.9	86	82	10	210	26	7	2	63	1.33
833831--833955	44	2.9	42	77	14	130	26	9	0	63	1.31
833785--834083	43	6.9	44	74	13	162	27	9	4	58	1.49
834333--834419	7	12.4	7	100	0	174	0	28	0	71	0.87
838412--838461	19	2.7	19	84	9	68	28	22	16	34	1.95
846895--847049	64	2.4	63	89	6	233	28	21	17	32	1.96
846895--847068	64	2.7	63	84	11	230	27	22	17	32	1.97
849715--849753	16	2.4	16	95	0	69	46	25	0	28	1.53
867410--867445	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
868857--868888	2	16.0	2	93	0	55	50	0	3	46	1.17
872057--872103	14	3.4	14	74	11	51	29	8	0	61	1.25
872056--872112	28	2.0	28	93	0	96	36	7	0	56	1.27
873478--873681	103	2.0	103	85	0	273	41	22	12	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884203--884242	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
884268--884306	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
884203--884415	64	3.3	64	80	9	195	31	25	15	27	1.95
888223--888383	64	2.5	65	85	3	209	31	24	15	29	1.96
894173--894228	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
895757--895800	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
898120--898148	13	2.1	14	93	6	51	55	6	3	34	1.44
899888--900368	48	10.3	48	80	7	535	32	18	21	27	1.96
899914--900368	96	5.0	90	90	4	621	31	18	21	28	1.97
901490--901557	7	9.4	7	73	16	50	5	11	1	80	0.94
901489--901558	17	3.8	17	71	25	52	5	14	1	78	1.00
901509--901552	23	1.9	23	86	9	63	6	13	2	77	1.07
912919--912947	13	2.1	14	93	6	51	55	6	3	34	1.44
917231--917310	24	3.5	23	77	14	94	22	25	23	28	1.99
919849--919888	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
919914--919952	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
919849--920078	64	3.5	64	80	10	204	30	26	16	26	1.96
920030--920078	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
922490--922740	125	2.0	125	99	0	493	38	9	15	36	1.80
924486--924529	23	2.0	22	86	4	61	6	9	6	77	1.13
925560--925862	120	2.6	120	92	3	508	48	9	16	25	1.76
930488--930538	20	2.5	20	83	3	57	39	19	15	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930532--930858	20	16.3	19	77	11	248	39	22	15	22	1.91
930486--930718	60	3.9	61	75	15	193	39	22	15	22	1.92
930486--930798	100	3.1	99	81	7	398	39	22	15	22	1.92
931018--931068	22	2.3	22	89	0	84	19	43	15	21	1.88
931409--931447	20	1.9	21	89	5	62	53	20	10	15	1.70
931502--931535	14	2.4	14	90	0	50	8	23	17	50	1.74
931474--931547	20	4.1	20	73	21	81	9	20	21	48	1.77
933374--933423	21	2.4	21	82	0	64	22	20	28	30	1.98
933743--933799	21	2.7	21	83	0	78	22	40	14	22	1.90
935192--935245	28	1.9	28	84	0	72	31	0	20	48	1.50
935192--935228	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
935138--935294	80	2.0	78	94	2	278	30	1	18	49	1.55
935349--935465	54	2.2	54	82	0	135	35	20	17	26	1.95
935726--935761	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
935808--936800	496	2.0	496	95	0	1790	26	20	19	33	1.97
938517--938584	24	2.8	24	86	0	91	38	19	17	25	1.93
939515--939625	19	5.7	19	83	8	118	29	10	24	35	1.89
939515--939622	39	2.8	39	87	9	150	29	11	24	35	1.90
939515--939625	58	1.9	59	87	5	163	29	10	24	35	1.89
939629--939683	20	2.7	20	77	2	65	21	16	21	40	1.91
939673--939773	20	5.1	20	87	4	150	16	15	25	41	1.88
939658--939796	60	2.3	60	80	9	174	19	16	23	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939778--939816	20	2.0	20	94	0	69	23	15	23	38	1.92
939807--939860	20	2.7	20	75	11	65	24	14	31	29	1.95
940591--940624	14	2.4	14	90	0	59	52	29	14	2	1.56
941580--941651	30	2.4	29	80	10	83	47	2	5	44	1.41
945042--945087	24	1.9	24	86	8	67	28	2	2	67	1.14
945954--946015	20	3.2	19	71	8	52	43	0	0	56	0.99
947743--947790	21	2.3	21	88	0	69	25	41	12	20	1.87
947794--947908	21	5.5	21	87	8	171	18	34	26	20	1.96
947800--947908	42	2.6	42	97	0	200	18	33	25	22	1.96
948417--948523	34	3.1	34	87	0	151	55	3	3	37	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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