genome.fa.s8001.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008001.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110458_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3902382

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106358--2106394	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2106781--2106830	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
2107114--2107176	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2107527--2107586	25	2.4	25	91	0	93	45	15	6	33	1.72
2110054--2110545	183	2.7	182	95	1	869	33	17	15	34	1.91
2110937--2110999	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
2112586--2112669	3	28.0	3	80	0	96	25	33	4	36	1.77
2112586--2112681	12	8.2	12	85	6	99	23	33	6	36	1.80
2112586--2112684	18	5.7	18	79	7	105	23	33	6	37	1.79
2114144--2114714	198	2.9	198	98	0	1106	30	18	15	36	1.92
2114833--2114881	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
2116650--2116715	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2116749--2116792	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
2118992--2119034	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
2118997--2119043	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
2119178--2119223	20	2.3	19	89	10	74	17	15	10	56	1.67
2119273--2119990	227	3.1	229	95	1	1300	38	7	7	45	1.62
2120757--2120781	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2130724--2130774	23	2.2	23	92	0	84	9	21	15	52	1.71
2133710--2133745	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2136584--2136641	30	2.0	29	83	10	73	39	6	22	31	1.80
2138846--2138895	20	2.5	20	86	0	73	30	36	10	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138887--2138933	20	2.3	20	96	0	85	34	25	19	21	1.96
2138927--2139107	20	9.1	20	72	17	117	41	22	15	20	1.90
2138907--2139037	40	3.3	39	85	8	158	38	22	18	20	1.94
2138907--2139058	40	3.8	38	78	14	123	39	23	17	19	1.92
2138886--2139093	60	3.5	60	75	12	162	38	23	16	21	1.92
2139117--2139173	19	2.9	19	89	2	78	35	19	12	33	1.89
2139349--2139388	16	2.5	16	83	0	53	27	5	0	67	1.11
2139984--2140017	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2140143--2140195	24	2.2	24	93	0	88	20	18	20	39	1.92
2142812--2142850	14	2.9	14	82	17	55	41	30	20	7	1.80
2142928--2143103	66	2.6	64	88	8	246	52	16	2	28	1.55
2144429--2144496	21	3.2	22	83	8	79	17	23	36	22	1.94
2144429--2144547	42	2.8	41	80	12	134	21	21	35	21	1.96
2144449--2144541	21	4.4	21	77	10	91	22	22	33	21	1.97
2146712--2146765	20	2.7	19	83	8	72	46	18	16	18	1.85
2147138--2147195	22	2.6	22	88	0	89	18	18	43	18	1.89
2147303--2147434	20	6.7	20	82	0	149	18	15	22	43	1.87
2147305--2147434	60	2.2	60	90	1	199	18	14	22	44	1.86
2147365--2147451	40	2.2	40	81	8	97	20	14	22	41	1.89
2147305--2147476	60	2.9	58	82	6	159	20	15	22	41	1.90
2147425--2147512	20	4.3	20	72	2	77	28	17	22	31	1.96
2147502--2147550	20	2.5	20	75	0	53	24	14	30	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2147684--2147786	36	2.9	36	97	0	188	25	15	17	41	1.88
2157957--2157988	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2158285--2158348	33	1.9	33	100	0	128	31	15	6	46	1.71
2171531--2171571	2	20.5	2	89	0	55	7	48	0	43	1.30
2177685--2177710	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
2178207--2178253	22	2.1	23	84	4	60	48	0	4	46	1.21
2178339--2178387	10	4.6	11	85	7	66	16	2	20	61	1.44
2178339--2178387	21	2.3	21	86	6	64	16	2	20	61	1.44
2179893--2179941	10	4.6	11	80	7	57	18	2	18	61	1.45
2179893--2179941	21	2.3	21	79	6	55	18	2	18	61	1.45
2188260--2188418	81	2.0	81	91	0	255	17	31	20	30	1.96
2188541--2188826	54	5.2	55	74	9	192	27	25	21	25	1.99
2188541--2188770	111	2.1	110	85	5	304	26	26	22	24	2.00
2188589--2188737	27	5.4	27	66	16	81	24	27	21	26	1.99
2188752--2188949	54	3.8	54	71	10	176	28	23	17	30	1.97
2188558--2188826	109	2.4	109	82	6	294	27	25	20	26	1.99
2188812--2188962	48	3.0	48	67	14	124	29	22	15	32	1.95
2188758--2188962	102	2.0	102	92	0	338	28	22	16	32	1.96
2190212--2190249	3	12.3	3	88	5	58	31	0	0	68	0.90
2190212--2190271	25	2.5	24	84	7	79	30	0	0	70	0.88
2190728--2190801	21	3.6	21	71	12	55	78	2	12	6	1.05
2190769--2190807	18	2.3	18	86	8	55	79	5	12	2	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193820--2193862	22	2.0	21	86	4	59	58	2	2	37	1.24
2193891--2193926	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
2194762--2194798	18	2.1	18	100	0	74	0	16	5	78	0.93
2195306--2195382	3	25.7	3	94	0	136	63	0	2	33	1.08
2195702--2196362	113	5.9	113	94	0	1117	27	19	13	38	1.90
2197014--2197423	83	4.9	83	95	0	694	35	22	12	28	1.91
2198541--2198651	1	111.0	1	70	0	69	0	15	0	84	0.62
2198544--2198652	12	9.0	12	82	12	98	0	16	0	83	0.65
2198541--2198652	24	4.6	24	82	17	135	0	16	0	83	0.64
2209297--2209329	11	3.0	11	95	0	57	78	0	0	21	0.75
2209273--2209329	18	3.2	18	76	16	57	73	1	0	24	0.92
2210010--2210052	22	2.0	21	86	4	59	58	2	2	37	1.24
2210081--2210116	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
2210955--2210991	19	1.9	19	94	0	65	0	16	5	78	0.93
2211499--2211575	3	25.7	3	91	0	127	62	0	3	33	1.14
2211894--2212329	216	2.0	216	98	0	836	35	23	17	23	1.95
2219797--2219838	20	2.1	20	86	0	57	14	4	16	64	1.45
2220428--2220475	23	2.1	23	100	0	96	35	8	16	39	1.79
2221684--2221728	20	2.3	20	80	3	56	40	0	20	40	1.52
2245055--2245097	21	2.0	21	95	0	77	39	11	13	34	1.82
2249640--2249684	19	2.4	19	84	0	54	44	0	0	55	0.99
2251959--2252016	20	2.9	20	89	0	98	41	10	24	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2253349--2253379	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
2256988--2257069	25	3.3	25	98	1	157	60	0	31	7	1.24
2257439--2257465	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2259695--2259781	37	2.3	38	86	4	122	39	39	11	10	1.76
2259693--2259782	38	2.6	33	77	16	92	41	37	11	10	1.74
2259495--2259993	253	2.0	254	90	5	787	37	26	11	23	1.90
2259489--2260043	253	2.2	245	86	6	706	38	27	11	22	1.89
2261683--2261763	33	2.4	34	95	4	146	22	18	2	56	1.53
2262045--2262122	39	2.0	39	92	0	129	24	16	7	51	1.71
2265605--2265993	44	8.8	44	74	12	282	47	8	19	25	1.76
2265605--2265911	132	2.3	136	83	6	365	46	8	19	25	1.79
2265854--2265994	42	3.3	41	77	10	142	49	7	16	26	1.72
2265694--2265959	139	1.9	138	81	5	306	48	7	18	24	1.74
2270945--2270986	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
2270945--2270986	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
2271043--2271079	19	1.9	19	89	10	58	5	24	10	59	1.52
2271463--2271545	3	27.0	3	82	4	103	60	1	0	38	1.05
2271808--2272410	113	5.3	113	94	0	1001	30	19	14	35	1.91
2273172--2273466	85	3.5	85	97	0	549	37	22	13	26	1.91
2274641--2274688	4	12.8	4	79	16	50	2	18	0	79	0.84
2274652--2274693	14	2.9	14	86	10	57	2	16	0	80	0.81
2274634--2274682	11	4.6	11	87	7	75	2	16	0	81	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2274634--2274679	21	2.2	21	96	0	83	2	15	0	82	0.76
2274636--2274696	25	2.4	25	83	5	79	1	16	0	81	0.76
2274634--2274693	10	5.9	10	77	11	68	1	16	0	81	0.77
2282067--2282093	11	2.5	11	100	0	54	29	7	11	51	1.64
2287519--2287552	17	2.0	17	94	0	59	0	17	2	79	0.86
2287604--2287639	19	1.9	18	88	5	54	5	22	11	61	1.50
2288013--2288095	3	27.0	3	78	4	85	57	1	0	40	1.06
2291638--2291679	19	2.2	20	86	4	59	35	2	9	52	1.47
2294409--2294570	82	2.0	80	97	2	306	38	14	14	31	1.87
2308378--2308947	81	7.0	81	92	0	915	28	23	11	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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