genome.fa.s8001.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008001.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110458_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3902382

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2638872--2640362	152	9.8	153	90	3	2249	30	15	11	41	1.83
2645610--2645858	53	4.8	53	82	3	229	24	25	20	30	1.99
2646275--2646491	80	2.7	80	89	2	328	30	21	17	30	1.96
2646475--2646549	20	3.7	20	67	13	62	30	24	21	24	1.99
2646455--2646547	42	2.2	42	90	0	150	32	21	20	25	1.98
2646664--2646764	42	2.4	41	78	3	112	28	21	22	26	1.99
2656977--2657056	24	3.3	24	82	0	97	21	15	17	46	1.84
2656965--2657056	24	3.8	23	74	8	76	20	14	17	47	1.82
2657859--2658621	163	4.9	154	91	4	1246	30	15	11	41	1.84
2657859--2658621	307	2.4	312	92	3	1272	30	15	11	41	1.84
2663094--2664564	153	9.7	152	88	4	2032	30	16	12	41	1.84
2663094--2664567	304	4.8	305	87	5	2080	29	16	12	41	1.84
2670126--2670193	8	7.8	8	79	14	64	61	2	0	35	1.11
2670119--2670190	20	3.8	20	73	12	62	65	2	0	31	1.07
2671253--2671295	2	22.5	2	90	9	72	51	0	0	48	1.00
2671253--2671295	19	2.3	19	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2672168--2672221	27	2.1	25	86	13	74	27	1	1	68	1.10
2672636--2672668	17	1.9	17	93	0	57	24	15	30	30	1.95
2672652--2672762	21	5.4	21	72	12	113	19	18	27	34	1.96
2672652--2672764	40	2.8	40	97	2	208	19	18	26	35	1.95
2672766--2672846	20	4.1	20	95	0	135	24	24	20	29	1.99
2683160--2683217	28	2.1	28	100	0	116	39	29	24	6	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2683477--2683536	22	2.9	22	81	16	74	56	0	3	40	1.16
2683500--2683536	11	3.5	11	82	17	51	54	0	0	45	1.00
2683505--2683695	13	14.6	13	69	16	103	41	3	5	49	1.44
2683679--2683729	11	4.9	10	75	15	50	33	3	7	54	1.47
2683555--2683695	13	10.2	13	74	11	111	41	3	6	48	1.46
2683671--2683754	31	2.7	31	80	5	107	39	4	7	48	1.52
2683821--2683887	22	3.0	23	76	8	84	41	4	7	46	1.52
2684072--2684132	30	2.0	30	93	0	104	21	9	6	62	1.49
2701909--2701952	2	22.0	2	95	0	79	52	0	0	47	1.00
2708909--2708946	20	2.0	20	94	5	69	26	34	10	28	1.90
2710339--2710695	189	1.9	189	88	2	538	29	25	9	35	1.88
2713946--2714229	136	2.1	135	78	5	295	26	30	16	26	1.97
2719836--2719860	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
2719865--2719891	14	1.9	14	100	0	54	59	0	3	37	1.15
2720331--2720390	26	2.3	27	80	11	70	45	3	0	51	1.17
2724283--2724320	17	2.1	18	85	9	51	55	5	18	21	1.62
2725148--2725194	14	3.3	14	82	8	51	55	6	19	19	1.64
2727557--2727595	15	2.5	16	79	8	53	41	2	23	33	1.68
2733080--2733121	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2732630--2733090	228	2.0	225	81	6	531	34	14	13	37	1.85
2733684--2733711	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2734921--2734959	17	2.3	17	100	0	78	7	35	23	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2737704--2737969	116	2.3	115	84	4	338	21	22	15	40	1.91
2738708--2738736	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2739312--2739362	20	2.5	20	100	0	102	29	17	27	25	1.98
2740115--2740286	31	5.5	31	92	0	272	20	17	20	40	1.91
2742270--2742331	28	2.2	28	82	5	72	20	3	35	40	1.69
2743096--2743141	21	2.2	21	92	3	76	2	19	2	76	1.00
2745723--2745843	45	2.7	44	84	2	161	28	16	21	33	1.95
2746165--2746233	21	3.3	21	83	4	86	2	39	14	43	1.60
2755858--2755919	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
2766405--2766615	52	4.1	52	98	0	404	42	16	7	33	1.75
2767700--2767818	42	2.9	41	82	7	134	27	23	15	32	1.95
2769405--2769467	28	2.2	29	80	5	74	49	11	11	28	1.72
2782065--2782110	19	2.4	19	100	0	92	15	17	36	30	1.91
2782641--2782690	4	12.5	4	95	0	73	44	26	6	24	1.76
2785425--2785453	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2791763--2791823	30	2.0	30	100	0	122	27	16	22	32	1.96
2792703--2792823	60	2.0	61	98	1	235	52	16	14	16	1.76
2797622--2798436	409	2.0	408	92	1	1346	34	18	15	31	1.92
2801483--2802040	273	2.0	277	95	3	1016	39	12	9	37	1.77
2804681--2804755	35	2.1	35	85	0	96	33	1	20	45	1.59
2815417--2815491	22	3.5	21	70	15	64	25	20	22	32	1.98
2815411--2815474	20	3.2	19	71	16	65	25	21	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2815411--2815813	42	9.4	42	80	8	375	28	19	21	31	1.97
2815276--2815747	135	3.6	134	84	5	538	29	18	21	30	1.97
2815581--2815730	20	7.2	20	66	16	81	25	20	23	30	1.98
2816233--2816488	53	4.9	53	80	5	272	31	19	25	22	1.98
2818808--2818843	15	2.4	15	95	0	63	33	8	16	41	1.78
2820801--2820907	45	2.4	46	82	4	137	31	14	22	31	1.93
2820891--2820927	19	1.9	19	94	0	65	24	16	35	24	1.95
2820955--2820994	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
2823540--2823618	24	3.5	23	77	18	94	29	24	24	22	1.99
2829386--2829548	64	2.5	62	79	8	177	28	14	25	30	1.95
2829559--2829598	21	1.9	21	94	0	71	25	15	27	32	1.95
2831500--2832054	265	2.1	256	88	6	800	28	12	19	39	1.88
2834395--2834464	28	2.5	28	88	0	95	15	31	11	41	1.83
2840350--2840517	83	2.0	83	98	0	327	49	4	5	40	1.46
2843013--2843055	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
2843773--2843837	29	2.2	28	80	20	71	47	0	13	38	1.43
2847348--2847440	29	3.2	29	82	0	87	46	17	18	18	1.85
2847394--2847451	29	2.0	29	90	3	91	41	15	24	18	1.89
2848424--2848463	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2849249--2849297	2	24.5	2	95	0	89	46	0	51	2	1.12
2849720--2849760	20	2.0	20	85	4	55	78	4	17	0	0.93
2854541--2854569	10	2.9	10	100	0	58	58	0	41	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856786--2856835	18	2.5	19	78	15	57	60	2	0	38	1.09
2856797--2856832	18	1.9	18	94	5	63	52	2	0	44	1.15
2862856--2862898	19	2.3	19	95	0	77	60	9	30	0	1.28
2870991--2871034	23	2.0	23	90	4	72	25	34	9	31	1.87
2874345--2874376	15	2.1	15	94	0	55	6	25	15	53	1.65
2875108--2875139	16	2.0	16	93	0	55	34	25	6	34	1.81
2875584--2875626	23	1.9	23	95	4	79	27	32	6	32	1.84
2887810--2887866	20	2.8	20	76	10	62	43	1	0	54	1.10
2887829--2887903	3	25.3	3	77	8	73	38	4	0	57	1.18
2889260--2889299	16	2.5	16	100	0	80	52	0	7	40	1.30
2891193--2891334	55	2.6	54	89	4	212	40	13	23	21	1.89
2900253--2900306	22	2.5	21	82	8	63	53	1	3	40	1.29
2900960--2901002	12	3.4	12	75	12	50	41	2	0	55	1.12
2901583--2901622	19	2.1	19	100	0	80	5	45	25	25	1.73
2901442--2901789	186	1.9	186	97	0	660	30	24	12	31	1.93
2911323--2911752	211	2.0	212	88	4	645	38	21	14	26	1.92
2915413--2915445	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2918444--2918479	14	2.5	15	90	9	65	38	0	0	61	0.96
2918473--2918546	22	3.2	23	71	17	64	29	0	17	52	1.45
2918560--2918655	22	4.0	22	71	21	84	35	0	13	51	1.42
2918529--2919061	53	10.0	53	75	14	465	35	0	12	52	1.41
2918644--2918697	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2918639--2919013	32	11.5	32	68	21	169	35	0	11	52	1.40
2918699--2918762	22	3.0	22	86	2	94	35	1	10	51	1.47
2918743--2918843	31	3.5	31	72	25	114	33	0	14	51	1.43
2918459--2919061	214	2.8	209	86	8	767	34	0	12	52	1.41
2918671--2918812	75	1.9	76	91	1	232	33	0	12	52	1.44
2918796--2919110	80	3.9	80	85	8	456	34	0	12	53	1.39
2918875--2919125	54	4.6	54	77	11	285	35	0	11	52	1.41
2918938--2919013	18	4.9	14	69	21	53	36	0	7	55	1.29
2918950--2919009	18	3.6	18	73	17	65	33	0	10	56	1.32
2918459--2918790	161	2.0	165	77	14	266	34	0	12	52	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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