genome.fa.s8007.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008007.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110469_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1953294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8039--8087	24	2.0	24	100	0	98	16	18	20	44	1.86
17914--17953	21	1.9	21	89	0	62	25	37	25	12	1.91
19593--19618	12	2.2	12	100	0	52	26	34	38	0	1.57
19930--19963	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
25593--25633	17	2.5	17	84	11	50	26	29	17	26	1.97
25612--25720	43	2.5	44	86	1	157	31	26	17	24	1.97
29533--29565	16	2.1	16	94	0	57	15	30	9	45	1.77
30317--30415	43	2.3	44	85	1	137	32	25	17	25	1.97
32281--32345	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
44858--44897	21	1.9	21	94	0	71	42	12	10	35	1.76
45964--46011	21	2.3	21	85	0	69	50	6	12	31	1.65
47107--47152	22	2.1	22	84	8	58	54	2	0	43	1.12
48332--48390	31	1.9	31	86	6	84	44	3	8	44	1.51
48415--48457	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
48420--49133	80	8.9	79	82	11	480	52	13	0	34	1.41
48619--48672	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22
48597--48792	32	5.8	32	72	16	153	53	11	0	35	1.38
48663--48711	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
48715--48757	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
48500--49312	54	15.1	54	71	14	420	52	12	0	34	1.41
48717--48765	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
48771--48845	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48817--48981	32	5.7	32	71	21	139	52	13	0	33	1.41
48899--49075	22	9.9	17	72	20	66	53	11	0	35	1.37
48405--49079	300	2.3	296	95	2	1200	52	13	0	34	1.41
48961--49047	22	4.0	22	96	0	165	50	12	0	36	1.41
49059--49101	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
49113--49155	22	2.0	22	90	0	68	51	13	0	34	1.42
48720--49267	80	6.9	80	78	13	567	52	13	0	33	1.43
48880--49311	188	2.3	181	87	7	591	52	12	0	34	1.40
49247--49347	22	4.5	22	70	7	85	51	8	0	39	1.33
49292--49409	15	7.5	15	79	13	121	50	2	0	46	1.21
49002--49379	54	7.3	49	81	10	161	51	10	0	37	1.41
49429--49462	17	2.0	16	88	11	50	52	0	0	47	1.00
56271--56302	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
56271--56300	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
56662--56694	17	1.9	17	93	0	57	54	6	9	30	1.56
64528--64565	20	1.9	20	94	0	67	26	28	21	23	1.99
64570--64726	64	2.5	63	86	6	219	30	22	17	29	1.97
72485--72530	19	2.5	17	83	13	56	76	0	6	17	1.00
72597--72643	17	2.8	17	80	6	51	72	2	6	19	1.17
72641--72676	18	2.0	18	100	0	72	72	0	0	27	0.85
72641--72675	8	4.1	8	89	10	52	74	0	0	25	0.82
72868--72904	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72936--72984	24	2.0	24	88	7	73	73	2	0	24	0.94
72936--72984	20	2.4	21	83	6	57	73	2	0	24	0.94
73401--73502	37	2.8	37	83	0	123	32	11	13	42	1.81
74240--75515	106	12.0	106	92	0	2045	22	18	25	33	1.96
76027--76063	18	2.0	19	94	5	67	43	32	5	18	1.73
77114--77179	25	2.6	25	78	19	75	4	10	3	81	0.94
77113--77179	18	3.6	18	82	9	73	4	10	2	82	0.93
81692--81770	34	2.3	34	76	4	88	70	3	5	20	1.22
81868--81914	14	3.4	14	82	14	53	68	2	2	27	1.13
81870--81975	25	4.1	26	65	26	64	66	2	2	28	1.20
81887--81929	18	2.5	18	81	7	54	69	2	0	27	1.00
81902--81947	10	4.5	11	76	13	53	65	0	2	32	1.05
81865--81973	47	2.3	47	78	10	114	66	2	2	28	1.20
82176--82220	24	1.9	24	90	4	74	73	0	2	24	0.95
88130--88175	18	2.4	20	78	14	60	43	0	4	52	1.21
90532--90775	120	2.1	114	80	6	274	52	6	12	28	1.63
90722--90802	29	2.8	28	78	10	83	53	7	7	32	1.57
116603--116671	27	2.6	26	86	4	95	47	17	5	28	1.70
125553--125593	21	1.9	22	90	5	66	26	9	7	56	1.58
126376--126416	13	3.3	13	73	13	50	70	2	0	26	0.99
126982--127054	30	2.4	30	95	2	128	64	1	0	34	1.02
126982--127029	15	3.2	15	69	0	51	68	2	0	29	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126991--127040	15	3.3	15	71	0	55	62	2	0	36	1.07
127330--127570	122	2.0	123	89	2	369	28	5	23	43	1.75
129097--129134	12	2.9	13	88	11	51	28	0	2	68	1.03
131027--131064	20	1.9	20	94	0	67	31	18	23	26	1.97
131863--131932	27	2.6	27	88	0	104	34	15	24	25	1.95
132069--132143	32	2.3	34	78	15	79	32	0	17	50	1.46
133409--133511	36	2.8	37	89	4	147	40	15	20	23	1.90
133410--133524	36	3.2	36	84	8	144	40	14	19	25	1.89
133635--133705	37	1.9	37	94	0	124	42	14	18	25	1.87
133606--133845	102	2.4	102	89	0	354	36	11	19	32	1.87
133629--133719	37	2.5	37	80	7	114	43	12	16	27	1.83
133756--133932	87	2.0	87	91	0	282	35	10	20	33	1.87
133652--134037	189	2.0	189	84	3	490	37	11	19	31	1.87
134238--134511	106	2.6	106	89	2	399	20	17	24	36	1.94
135104--135194	33	2.8	32	88	1	137	39	19	10	29	1.86
135858--135894	19	1.9	19	94	0	65	18	29	10	40	1.85
137581--138044	232	2.0	232	97	0	874	50	5	20	24	1.69
142029--142068	21	2.0	20	85	5	53	52	15	12	20	1.74
142002--142069	27	2.5	27	81	9	77	52	13	13	20	1.73
144491--144604	61	1.9	60	81	5	140	59	9	14	15	1.60
144556--144685	29	4.5	28	72	10	95	59	8	13	18	1.59
146971--147053	15	5.5	15	82	5	105	37	7	19	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146960--147051	15	6.1	15	78	5	78	36	7	19	35	1.80
146971--147053	31	2.8	29	87	8	121	37	7	19	36	1.79
147036--147085	20	2.5	20	100	0	100	40	10	16	34	1.81
147412--147577	30	5.9	28	69	21	98	51	1	0	46	1.13
147412--147561	59	2.6	59	77	13	157	50	1	0	47	1.14
147489--147534	18	2.6	19	83	10	53	43	2	0	54	1.12
147500--147597	31	3.1	32	75	18	96	50	0	0	50	1.00
147529--147572	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
147500--147589	21	4.2	22	73	16	64	50	0	0	50	1.00
147469--147589	54	2.3	51	79	19	142	51	0	0	47	1.06
147778--147893	42	2.8	42	95	0	214	44	19	18	16	1.86
148836--148877	13	3.4	13	77	12	52	57	0	0	42	0.99
148873--148905	12	2.6	13	90	4	50	75	0	0	24	0.80
148998--149053	28	2.0	28	89	6	87	53	1	1	42	1.21
149086--149189	54	2.0	52	88	3	154	49	0	0	50	1.07
149148--149182	14	2.5	14	90	9	54	42	0	0	57	0.99
149134--149176	23	1.9	22	85	4	59	48	0	0	51	1.00
156474--156511	18	2.1	18	100	0	76	23	21	34	21	1.97
157797--157871	23	3.3	22	70	15	71	40	6	20	33	1.78
157771--157879	46	2.4	46	95	3	195	42	4	19	33	1.72
158032--158127	38	2.5	38	91	3	149	27	20	27	25	1.99
158281--158322	20	2.0	21	90	4	68	42	7	9	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164690--164762	22	3.2	21	67	14	56	41	6	19	32	1.78
164700--164774	23	3.3	22	70	15	71	40	8	20	32	1.81
164674--164786	46	2.5	46	90	4	169	43	6	16	33	1.73
164952--165026	38	2.0	38	89	0	114	25	26	22	25	2.00
165184--165225	20	2.0	21	90	4	68	42	7	9	40	1.65
170638--170733	31	3.1	31	81	3	104	38	22	15	22	1.92
171703--171744	21	2.0	21	85	0	57	30	19	23	26	1.98
175978--176054	31	2.5	31	89	4	111	40	22	15	22	1.91
182802--182854	22	2.5	22	90	3	81	54	5	0	39	1.24
182805--182861	22	2.6	22	81	8	64	49	5	3	42	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11