genome.fa.s8007.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008007.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110469_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1953294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187478--187565	42	2.1	42	93	0	149	36	29	17	17	1.92
189377--189413	19	1.9	19	88	0	56	59	2	0	37	1.12
198559--198601	21	2.0	21	100	0	86	62	13	0	23	1.31
199962--200021	16	3.8	16	76	8	52	66	1	5	26	1.21
200188--200271	11	7.3	11	71	19	55	59	2	3	34	1.28
200714--200788	35	2.1	37	87	5	109	30	14	16	38	1.88
201249--202106	98	8.3	104	82	7	754	21	21	25	32	1.98
201249--202106	206	4.1	206	77	10	737	21	21	25	32	1.98
201791--201962	55	3.4	53	67	21	150	18	23	26	31	1.97
202644--202809	65	2.6	65	95	0	296	36	13	19	30	1.90
202709--203166	102	4.5	102	93	0	781	36	12	20	29	1.90
202774--203184	37	11.9	37	67	18	251	36	13	21	28	1.91
202609--202926	167	1.9	169	91	1	523	37	13	20	29	1.90
202932--203091	50	3.2	50	63	7	124	36	13	20	30	1.90
203080--203184	36	2.9	36	89	1	156	39	12	23	24	1.89
204042--204092	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
204701--204759	20	2.9	21	80	5	59	1	13	6	77	1.03
204734--204776	22	2.0	23	86	9	63	0	20	4	74	1.00
209151--209209	26	2.3	26	82	2	66	72	1	11	13	1.19
209450--209509	24	2.6	24	79	12	63	65	1	5	28	1.23
209481--209518	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
209685--209766	11	7.3	11	70	20	53	59	2	3	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210185--210267	35	2.3	36	81	6	96	34	10	14	39	1.81
210208--210276	35	1.9	37	91	5	115	30	13	15	40	1.86
215998--216064	27	2.5	26	76	14	64	70	2	8	17	1.27
216052--216104	20	2.5	22	77	22	60	77	1	7	13	1.06
216206--216243	17	2.2	18	90	4	60	78	0	2	18	0.86
217852--217910	30	2.0	30	89	0	91	49	8	10	32	1.67
219216--219291	29	2.6	29	81	10	82	31	10	21	36	1.87
219275--219487	37	5.9	37	73	13	176	37	13	19	29	1.90
219248--219448	102	2.0	102	94	0	357	36	13	19	30	1.90
219377--219487	39	2.9	39	89	2	154	37	13	19	28	1.90
220645--220907	95	2.7	95	85	5	325	33	18	16	32	1.93
225012--225120	5	21.6	5	71	14	73	75	1	6	16	1.10
225018--225119	33	3.1	31	76	18	91	75	1	6	15	1.10
224980--225119	59	2.3	59	80	12	144	73	3	5	17	1.17
227267--227400	13	9.7	13	75	14	92	74	1	4	19	1.07
227266--227400	5	28.0	5	70	19	74	74	1	4	20	1.07
227267--227400	14	9.6	14	73	7	94	74	1	4	19	1.07
227266--227399	9	14.0	9	70	20	85	73	1	4	20	1.08
227267--227393	48	2.6	47	81	10	132	74	1	4	19	1.09
228914--229087	38	4.8	36	84	6	228	32	8	16	43	1.76
228914--229087	75	2.4	73	88	5	257	32	8	16	43	1.76
229032--229106	33	2.4	32	88	6	109	40	9	18	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229093--229519	36	12.1	36	74	12	350	41	11	18	27	1.86
229128--229519	138	2.8	138	87	2	581	42	11	18	27	1.85
229303--229492	101	1.9	103	82	2	240	42	11	18	28	1.84
230826--231050	95	2.5	86	82	12	292	32	19	17	30	1.95
230875--231072	95	2.1	95	92	2	326	31	18	16	33	1.93
235906--235961	13	4.5	12	76	14	51	5	14	3	76	1.09
235916--235976	5	11.8	5	83	15	72	1	16	1	80	0.88
235906--235963	26	2.3	26	85	11	77	5	15	3	75	1.11
235901--235968	31	2.2	31	81	5	75	4	16	2	76	1.07
235922--235973	18	2.9	18	77	11	61	1	17	1	78	0.93
235901--235963	24	2.5	25	82	10	76	4	15	3	76	1.09
241617--241675	30	2.0	30	89	0	91	49	5	10	35	1.59
252841--252924	24	3.5	24	83	6	107	38	20	19	22	1.94
255369--255397	13	2.2	13	100	0	58	13	20	48	17	1.81
257506--257592	24	3.7	23	86	10	122	36	21	18	22	1.95
257506--257587	12	6.8	13	64	17	52	37	23	17	21	1.93
265108--265149	19	2.2	19	100	0	84	42	4	14	38	1.66
272485--272553	23	2.9	24	78	2	77	40	14	14	30	1.86
272613--272712	35	2.9	35	83	0	128	60	12	7	21	1.55
276737--277099	159	2.3	158	87	1	514	26	18	6	49	1.71
277487--277548	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
281777--281832	27	2.1	27	100	0	112	35	23	19	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283033--283075	20	2.3	19	80	11	52	44	2	2	51	1.27
292281--292307	11	2.5	11	100	0	54	25	0	0	74	0.83
292373--292693	140	2.3	139	94	3	554	38	8	8	45	1.65
292685--292744	31	1.9	31	83	12	79	50	10	0	40	1.36
294727--294781	20	2.8	19	78	8	56	20	14	9	56	1.65
294801--294854	12	4.3	12	79	9	63	22	12	7	57	1.60
294802--294860	26	2.3	26	87	0	91	22	13	6	57	1.59
296940--296986	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
297307--297406	7	13.9	7	78	16	73	81	1	14	4	0.90
297307--297361	19	2.9	19	86	10	69	80	0	18	1	0.81
297314--297406	15	6.5	15	73	20	65	80	1	13	4	0.91
297306--297407	8	12.9	8	78	18	74	81	0	13	3	0.88
302234--302665	221	1.9	223	86	7	619	37	14	19	28	1.91
302234--302670	112	3.9	111	87	7	611	37	14	19	28	1.91
302519--302937	196	2.1	196	85	3	558	37	15	19	27	1.92
305075--305431	139	2.6	140	89	6	514	38	7	8	45	1.64
305112--305431	139	2.3	139	93	3	554	37	8	9	45	1.66
305423--305482	31	1.9	31	83	12	79	50	10	0	40	1.36
310926--310986	20	2.9	21	87	7	79	22	32	26	18	1.97
313209--313277	13	5.6	13	77	19	85	15	0	31	52	1.44
313209--313282	24	3.1	24	82	7	96	17	0	29	52	1.45
313213--313282	11	6.0	11	85	12	79	15	0	30	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315096--315148	7	8.0	7	84	16	69	71	0	0	28	0.86
315096--315148	3	16.3	3	81	18	54	71	0	0	28	0.86
315096--315148	19	2.7	19	85	14	72	71	0	0	28	0.86
315695--315761	33	2.0	33	100	0	134	26	11	22	38	1.89
315815--315880	5	11.7	6	77	16	54	71	0	0	28	0.87
315815--315880	3	23.3	3	73	22	54	71	0	0	28	0.87
315815--315880	8	7.8	9	73	21	54	71	0	0	28	0.87
315815--315880	30	2.2	30	82	15	84	71	0	0	28	0.87
315841--315877	19	1.9	19	89	10	58	70	0	0	29	0.88
316781--316808	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
319616--319695	30	2.7	30	86	1	99	21	16	12	50	1.78
323214--323288	30	2.5	29	80	16	82	49	6	10	33	1.64
324351--324506	65	2.4	64	81	9	158	27	20	16	35	1.94
325820--326044	117	1.9	118	87	2	328	48	8	12	29	1.71
329854--329959	44	2.4	44	88	3	160	29	21	19	29	1.98
332612--332765	65	2.4	64	81	9	163	27	20	17	34	1.95
333645--333709	29	2.2	30	81	8	80	43	9	15	32	1.78
333645--333712	30	2.3	31	80	14	81	41	8	16	33	1.79
334249--334294	23	2.0	24	95	4	85	36	13	6	43	1.69
334763--334805	7	6.0	7	86	2	50	18	4	23	53	1.63
335587--335964	154	2.4	154	82	6	474	26	18	7	47	1.74
336272--336378	33	3.3	32	70	19	98	45	5	3	44	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339435--339535	35	2.8	36	92	6	168	31	4	18	44	1.71
344044--344104	21	3.2	21	65	29	64	31	3	21	44	1.68
344036--344144	35	3.0	36	90	5	175	29	4	20	45	1.70
366801--366859	21	2.8	21	92	0	91	22	42	28	6	1.79
367713--367752	21	1.9	21	94	0	71	37	0	20	42	1.52
374267--374313	20	2.3	20	92	0	76	57	8	12	21	1.62
374278--374321	20	2.2	20	87	0	61	54	13	15	15	1.71
379984--380048	29	2.2	29	83	0	85	18	24	33	23	1.96
383210--383260	24	2.2	22	89	6	75	45	3	1	49	1.32
383242--383314	33	2.2	33	87	2	103	47	12	1	38	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11