genome.fa.s8007.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008007.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110469_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1953294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732734--733047	165	1.9	167	89	2	497	31	25	19	23	1.98
733670--733702	14	2.4	14	100	0	66	6	27	12	54	1.60
733951--733985	12	3.0	12	87	4	54	11	14	8	65	1.46
734133--734534	165	2.4	165	92	0	671	30	24	20	24	1.99
734133--734553	84	5.1	82	75	6	386	30	24	20	24	1.98
734954--734986	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
735006--735035	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
734961--735076	49	2.3	49	84	7	137	44	5	5	44	1.48
735065--735151	36	2.3	35	84	9	102	44	2	4	48	1.36
735133--735161	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
735101--735197	49	2.0	46	82	11	115	45	2	5	47	1.36
735149--735465	36	8.5	35	80	11	305	43	3	6	46	1.46
735147--735462	74	4.2	73	80	13	322	43	3	6	45	1.47
735479--735514	4	8.5	4	88	11	54	22	0	2	75	0.94
735470--735514	16	2.7	18	80	19	62	20	0	4	75	0.97
735474--735533	26	2.4	24	77	22	61	16	0	5	78	0.92
736871--736982	4	27.5	4	68	20	54	20	8	0	70	1.18
743069--743095	7	3.9	7	100	0	54	44	29	25	0	1.54
743644--743753	40	2.8	39	80	10	109	35	15	2	46	1.60
744239--744308	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
744746--744802	15	3.5	15	72	25	53	19	24	36	19	1.94
744743--744830	34	2.5	35	92	5	151	17	26	37	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744795--744856	21	3.0	21	90	4	99	14	29	37	19	1.91
747801--747870	34	2.1	32	86	5	95	21	32	15	30	1.94
748153--748194	21	2.0	21	90	0	66	26	26	21	26	1.99
748307--748363	15	3.5	15	72	25	53	19	24	36	19	1.94
748322--748409	19	4.9	18	67	23	60	19	28	31	20	1.97
748306--748413	34	3.1	34	85	8	128	18	27	33	20	1.96
751495--751715	64	3.5	64	85	2	257	33	20	17	28	1.95
752372--752434	31	2.0	31	87	6	92	19	19	23	38	1.93
755494--755714	64	3.5	64	82	2	239	33	19	18	28	1.95
756358--756420	31	2.0	31	90	0	99	19	17	23	39	1.92
759140--759174	16	2.2	16	94	0	61	34	8	14	42	1.76
759249--759293	22	2.0	22	87	8	65	44	26	4	24	1.72
759981--760043	31	2.0	31	90	0	99	19	17	23	39	1.92
762616--762660	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
763489--763588	2	50.0	2	100	0	200	50	0	0	50	1.00
764442--764602	64	2.5	64	86	3	216	26	21	18	34	1.95
767821--768121	149	2.0	148	92	0	494	36	21	15	26	1.93
768667--768702	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
771778--771822	22	2.0	22	87	8	65	44	26	4	24	1.72
773274--773364	27	3.4	26	83	7	112	39	4	2	53	1.33
778239--778657	210	2.0	210	100	0	838	43	9	12	34	1.75
784834--784895	2	31.0	2	96	0	115	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786104--786506	102	3.9	104	85	4	537	33	14	9	42	1.79
786104--786506	104	3.9	105	86	3	548	33	14	9	42	1.79
786983--787183	66	3.1	65	75	10	201	32	11	11	43	1.78
786948--787150	65	3.1	65	77	12	234	30	10	12	45	1.77
787383--787436	28	1.9	28	92	0	90	22	12	16	48	1.80
787444--787888	134	3.3	134	88	0	629	26	31	17	25	1.97
788046--788075	3	9.7	3	92	7	51	33	0	3	63	1.11
792020--792112	42	2.2	43	86	1	125	50	2	3	44	1.30
792043--792107	20	3.2	19	73	18	60	49	1	3	46	1.27
792089--792155	19	3.5	19	74	20	59	58	1	1	38	1.17
792243--792300	29	1.9	31	86	13	86	51	0	0	48	1.00
792246--792332	45	2.0	45	82	11	108	54	2	1	42	1.20
794774--794865	19	4.7	19	84	8	105	35	22	9	31	1.87
794676--794866	20	9.6	20	73	11	137	35	25	12	26	1.91
794985--795036	22	2.4	22	93	3	88	26	36	7	28	1.84
796043--796085	3	14.3	3	90	0	59	72	0	27	0	0.85
796043--796085	18	2.4	18	96	0	77	72	0	27	0	0.85
798345--798379	13	2.7	13	100	0	70	8	8	25	57	1.57
798443--798492	20	2.5	20	90	0	73	24	16	18	42	1.89
800090--800144	21	2.6	21	80	11	67	23	23	30	21	1.99
800310--800355	4	11.5	4	85	0	65	69	4	0	26	1.07
802366--802416	20	2.5	20	90	0	84	13	19	19	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802726--802781	22	2.5	22	82	0	76	19	12	42	25	1.86
802934--802972	20	2.0	20	94	0	69	20	12	20	46	1.83
806207--806240	16	2.1	17	88	5	52	52	26	0	20	1.46
806357--806431	3	24.7	3	76	8	71	37	1	0	61	1.05
806359--806431	16	4.4	16	86	10	76	36	1	0	61	1.05
811959--811990	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
814796--815695	113	7.9	112	80	10	747	38	15	18	27	1.91
815268--815692	224	1.9	222	89	2	663	38	14	19	27	1.91
816024--816098	3	24.7	3	76	8	71	37	1	0	61	1.05
816026--816098	16	4.4	16	86	10	76	36	1	0	61	1.05
817481--817510	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
817516--817564	23	2.2	23	82	7	57	48	0	2	48	1.12
822755--822819	21	3.0	21	88	2	94	38	33	6	21	1.78
824884--824975	23	4.0	23	78	2	103	31	23	19	25	1.98
824890--824975	12	7.3	12	76	5	68	32	24	18	24	1.97
826124--826181	29	2.0	29	84	15	77	68	3	5	22	1.24
827251--827291	11	3.5	11	86	6	55	75	0	0	24	0.80
827321--827410	26	3.7	24	76	18	80	41	8	4	45	1.55
827337--827456	26	4.6	26	71	18	81	40	8	5	45	1.56
827420--827529	38	2.9	38	85	9	143	40	9	2	47	1.49
832337--832475	64	2.2	64	85	2	190	25	19	27	28	1.99
832469--832507	16	2.4	16	82	0	51	10	20	28	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833260--833310	2	25.0	2	92	4	84	50	1	0	47	1.12
833303--833397	48	2.0	49	87	2	138	50	7	7	34	1.58
833308--833411	48	2.1	49	84	7	131	50	9	6	32	1.61
833394--833457	14	4.6	14	74	3	58	50	23	0	26	1.50
833767--833809	9	5.3	9	74	25	51	39	0	0	60	0.97
833762--833824	22	2.8	22	97	2	117	42	0	0	57	0.99
833776--833819	13	3.7	13	77	22	60	40	0	0	59	0.98
833823--833881	17	3.3	19	83	9	63	47	6	6	38	1.57
833850--833883	9	3.9	9	84	7	52	55	5	0	38	1.24
833843--833881	17	2.2	18	95	4	71	51	5	2	41	1.38
833865--833959	48	2.0	49	87	2	138	50	7	7	34	1.58
833870--833973	48	2.1	49	84	7	131	50	9	6	32	1.61
832899--834930	549	3.6	575	91	5	3249	42	11	8	37	1.72
834394--834430	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
833784--835676	549	3.5	548	91	5	3018	43	12	8	35	1.73
834503--834576	21	3.5	21	76	7	62	52	24	1	21	1.54
834867--834930	22	2.7	24	85	11	80	40	1	0	57	1.08
835039--835108	34	2.1	33	83	2	86	47	24	0	28	1.52
835043--835095	27	2.0	27	88	7	81	45	24	0	30	1.54
835447--835483	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
835793--835839	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
835792--835840	23	2.1	24	96	3	91	48	4	0	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836108--836178	16	4.4	16	94	0	124	39	14	26	19	1.90
843788--843830	17	2.5	17	100	0	86	30	13	23	32	1.93
844128--844174	20	2.3	20	92	0	85	23	25	21	29	1.99
861513--861560	24	2.0	24	100	0	96	29	16	20	33	1.95
862516--863186	105	6.4	105	95	0	1162	33	25	17	23	1.96
869325--869410	39	2.2	39	100	0	172	34	10	8	46	1.68
869785--869901	32	3.6	32	73	9	85	38	2	6	52	1.42
869935--869979	23	2.0	23	86	0	63	40	6	4	48	1.49
871883--871943	31	2.0	31	96	0	113	39	11	22	26	1.88
872839--872906	31	2.2	31	100	0	136	20	32	16	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11