genome.fa.s8031.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008031.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110511_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1788856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
490--522	17	1.9	17	88	11	50	27	3	24	45	1.68
1488--1515	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
3473--3502	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
6712--6751	21	1.9	21	94	0	71	35	10	32	22	1.87
6872--6933	20	3.2	19	80	8	65	67	0	29	3	1.06
7229--7309	37	2.2	37	88	0	117	38	2	12	46	1.55
9775--9852	20	4.3	19	73	17	67	57	5	2	34	1.34
9775--9843	34	2.0	34	94	0	120	57	5	2	33	1.37
9789--9844	17	3.3	16	72	18	51	55	3	3	37	1.35
9819--9927	20	5.0	21	72	23	84	52	2	2	42	1.30
9856--9886	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
9839--9968	51	2.6	49	81	10	149	52	3	2	41	1.32
14763--14803	20	2.0	20	90	0	64	24	19	19	36	1.95
18812--18856	21	2.1	21	91	0	72	40	17	15	26	1.90
22541--22574	17	2.0	17	88	0	50	58	0	32	8	1.29
33617--33648	10	3.4	10	91	8	50	21	0	0	78	0.76
34044--34102	31	1.9	31	82	6	75	35	25	13	25	1.93
37941--37974	17	1.9	18	94	5	61	26	0	8	64	1.22
37974--37999	8	3.2	8	100	0	52	34	0	0	65	0.93
37970--38030	13	4.8	13	74	11	63	29	0	0	70	0.88
37972--38034	30	2.1	30	85	5	83	26	0	0	73	0.84
37952--38025	38	1.9	39	88	2	114	29	0	2	67	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49941--50002	9	7.1	9	71	20	51	75	0	19	4	0.97
50707--50760	28	1.9	28	88	0	81	42	31	3	22	1.71
52150--52409	33	7.8	33	92	0	376	38	19	20	21	1.93
57493--57742	41	6.1	41	90	2	328	32	22	13	32	1.92
57493--57742	82	3.0	82	90	1	376	32	22	13	32	1.92
57493--57775	82	3.4	81	85	4	352	33	21	12	32	1.91
57471--57742	123	2.2	123	86	2	368	33	21	12	31	1.91
57471--57775	123	2.5	123	82	3	346	35	20	12	31	1.90
66236--66428	41	4.8	41	78	6	196	35	21	10	32	1.88
66235--66428	82	2.4	81	86	2	266	35	21	10	32	1.87
66401--66481	41	2.0	41	87	0	117	37	18	8	35	1.82
66288--66448	82	2.0	82	83	2	207	35	21	10	32	1.88
66576--66607	17	1.9	17	93	6	57	37	9	0	53	1.34
74202--74226	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
79223--79335	58	1.9	58	85	3	156	34	6	17	41	1.75
81488--81530	21	2.0	22	86	13	63	48	9	6	34	1.62
85373--85426	26	2.1	26	89	0	81	37	24	14	24	1.93
91844--91949	26	4.1	26	95	2	187	35	29	15	19	1.92
92162--92204	22	2.0	22	90	0	68	39	11	6	41	1.68
96961--97003	20	2.1	21	87	12	63	0	32	2	65	1.06
96963--97003	16	2.4	17	88	8	57	0	31	2	65	1.05
98998--99050	27	2.0	27	92	0	88	32	15	18	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102344--102374	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
102364--102522	20	7.4	20	74	18	142	44	1	9	44	1.44
102360--102547	25	8.4	24	70	20	131	44	1	9	45	1.42
102408--102522	18	5.6	18	77	19	86	45	0	9	44	1.42
102360--102522	45	3.8	41	83	12	195	44	1	9	44	1.43
102362--102567	110	1.9	106	85	9	283	44	1	9	45	1.44
102523--102561	17	2.3	17	86	8	53	41	2	10	46	1.51
107071--107125	18	2.9	18	78	10	65	21	3	1	72	1.09
108961--109150	90	2.1	88	84	5	242	46	10	10	32	1.71
115728--115969	77	3.1	77	83	7	313	33	10	18	38	1.84
115738--115859	38	3.2	37	64	16	86	32	9	20	37	1.84
115730--115964	83	3.0	81	85	7	315	33	10	17	38	1.84
121201--121247	23	2.0	23	87	0	67	38	19	8	34	1.82
125804--126170	198	1.8	200	84	4	508	36	14	10	39	1.80
125804--126212	99	4.1	99	80	9	411	36	14	10	38	1.81
126723--127132	77	5.3	77	77	7	343	36	15	9	38	1.80
127794--127869	38	2.0	37	82	7	91	48	3	1	46	1.29
130570--130637	23	2.8	25	73	13	61	51	1	2	44	1.25
131867--131995	63	2.0	64	98	1	251	29	10	6	53	1.60
131978--132134	60	2.6	60	81	7	169	30	20	5	43	1.75
133163--133213	22	2.5	20	79	14	61	47	0	3	49	1.20
133242--133299	20	2.8	20	76	18	57	48	1	3	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139004--139068	26	2.6	25	76	16	62	50	3	4	41	1.38
139031--139166	28	5.1	28	74	15	117	44	2	8	44	1.48
139049--139434	39	9.8	38	82	12	458	44	2	8	44	1.48
139049--139386	76	4.3	77	87	6	436	45	2	8	43	1.49
139366--139394	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
139331--139430	47	2.2	45	85	8	139	47	2	7	44	1.41
139487--139523	4	9.2	4	100	0	74	24	0	0	75	0.80
139845--140791	472	2.0	469	96	0	1750	40	19	22	17	1.92
141321--141345	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
160289--160327	19	2.1	19	90	0	60	20	35	15	28	1.93
160275--160437	65	2.5	65	79	4	188	31	25	14	28	1.95
167824--167984	65	2.5	65	86	3	218	30	25	16	27	1.96
173825--173877	25	2.0	27	85	7	74	43	0	5	50	1.25
173845--174048	39	5.7	36	82	12	226	44	1	7	46	1.44
173932--174045	32	3.4	30	86	8	93	43	0	7	48	1.36
174030--174068	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
174050--174145	29	3.3	29	78	11	90	41	2	6	50	1.39
174219--174252	13	2.5	13	90	9	50	2	0	14	82	0.79
174837--175256	4	107.8	4	86	6	531	24	0	25	49	1.52
175075--175531	2	233.0	2	79	4	385	10	0	38	50	1.41
174835--175522	12	57.4	12	81	8	452	16	0	33	49	1.48
175529--175930	4	103.8	4	71	15	265	1	22	48	27	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175527--175916	30	12.8	30	75	11	161	1	22	48	28	1.58
175601--175952	10	34.7	10	77	8	171	1	21	48	28	1.58
183183--183245	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
184719--184775	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
184760--184862	50	2.0	50	84	5	134	54	3	2	38	1.34
185608--185977	30	12.6	30	75	12	229	39	8	1	51	1.39
185608--185977	90	4.2	88	74	10	287	39	8	1	51	1.39
185608--185901	120	2.5	120	80	6	310	38	8	1	52	1.39
185872--185928	23	2.5	23	85	5	71	38	7	0	54	1.28
185859--185960	52	2.0	52	84	7	136	41	7	0	50	1.38
185953--186001	22	2.2	22	77	0	53	46	2	2	48	1.25
185999--186132	30	4.5	30	77	1	126	47	2	9	40	1.49
186042--186117	29	2.6	29	83	6	91	48	2	11	36	1.54
186105--186155	24	2.1	25	85	3	68	50	0	7	41	1.31
186143--186193	18	2.8	19	79	8	61	41	0	17	41	1.50
188215--188270	3	18.3	3	96	3	103	33	0	0	66	0.92
190772--190818	22	2.0	22	84	12	58	46	4	0	48	1.21
193584--193813	2	115.0	2	98	0	442	50	49	0	0	1.04
196305--196779	54	8.8	54	85	4	577	32	16	17	33	1.93
196305--196779	161	2.9	158	86	4	612	32	16	17	33	1.93
196305--196779	215	2.2	215	88	2	686	32	16	17	33	1.93
197119--197170	22	2.6	19	87	9	68	30	17	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197121--197170	19	2.4	21	87	9	68	30	18	18	34	1.94
198072--198102	13	2.4	13	94	0	53	22	25	9	41	1.84
203726--203751	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
206054--206437	90	4.3	89	91	1	597	35	20	17	26	1.95
206465--206680	43	5.0	43	90	2	319	28	31	14	25	1.95
206541--206610	23	3.2	23	65	19	67	28	34	14	22	1.93
206615--206681	22	3.1	22	64	20	59	28	31	14	25	1.95
208186--208365	52	3.5	51	83	3	218	21	23	17	36	1.95
208174--208366	104	1.9	102	84	2	260	21	23	18	36	1.95
209544--209614	7	10.4	7	89	10	112	0	16	0	83	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9