genome.fa.s8031.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008031.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110511_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1788856

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1016 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1325231--1325309	42	2.0	39	80	11	90	12	10	3	73	1.22
1325289--1325430	64	2.2	63	82	7	162	22	6	1	69	1.19
1325266--1325372	15	6.8	16	68	17	53	16	5	2	74	1.12
1325324--1325444	33	3.7	31	73	10	91	26	4	1	66	1.21
1330554--1330685	69	1.9	69	84	3	176	27	18	25	28	1.98
1333956--1333995	19	2.1	19	90	0	62	37	12	27	22	1.90
1336065--1336115	19	2.6	20	78	3	59	29	15	29	25	1.96
1336137--1336178	19	2.2	19	100	0	84	23	14	35	26	1.93
1345521--1345561	21	2.0	21	95	0	73	12	24	39	24	1.89
1346293--1346648	47	7.6	47	89	0	525	45	12	20	20	1.84
1346293--1346888	94	6.6	94	82	10	711	45	13	19	20	1.84
1346610--1346668	27	2.2	27	93	0	100	50	10	18	20	1.75
1346637--1346888	47	5.4	47	90	1	389	46	13	19	20	1.84
1346566--1346715	74	2.0	74	92	2	248	49	12	18	20	1.79
1346516--1346762	121	2.0	121	90	0	386	48	13	18	19	1.81
1346472--1346816	168	2.1	168	91	1	557	46	14	18	20	1.83
1346422--1346856	215	2.0	215	90	0	681	46	14	19	20	1.83
1346777--1346856	27	3.2	27	71	23	93	46	15	21	17	1.84
1346803--1346883	20	3.7	20	67	20	63	40	13	25	19	1.89
1352761--1352816	20	2.8	21	78	10	64	28	12	26	32	1.93
1353175--1353636	54	8.6	54	86	0	602	36	19	16	27	1.93
1363020--1363104	2	42.5	2	97	0	161	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1363133--1363277	73	2.0	73	89	2	220	32	5	19	42	1.74
1363148--1363339	73	2.6	73	81	5	192	32	6	17	43	1.74
1363324--1363378	28	2.0	28	85	7	76	32	0	23	43	1.54
1364013--1364088	33	2.3	34	82	11	95	32	7	15	43	1.76
1366357--1366416	22	2.7	23	82	5	61	36	16	8	38	1.79
1366368--1366416	22	2.2	21	85	7	62	40	14	8	36	1.75
1366672--1366702	12	2.6	12	94	0	53	35	41	16	6	1.74
1369112--1369177	32	2.1	32	97	0	123	31	19	33	15	1.93
1371249--1371348	35	2.7	35	86	6	119	38	15	16	31	1.89
1371810--1371905	37	2.6	37	82	8	108	38	3	1	57	1.22
1372027--1372095	29	2.4	29	80	2	77	21	0	5	72	1.05
1372171--1372257	4	22.2	4	70	19	51	18	6	0	74	1.03
1372178--1372252	20	4.0	19	72	19	59	17	5	0	77	0.95
1372178--1372232	10	5.6	10	83	8	69	18	3	0	78	0.90
1372186--1372232	21	2.3	20	89	10	69	17	4	0	78	0.90
1372182--1372244	26	2.5	26	82	17	71	15	4	0	79	0.90
1372200--1372252	26	2.0	26	82	7	63	16	5	0	77	0.96
1374072--1374105	7	4.7	7	96	3	59	14	14	14	55	1.69
1375252--1375313	23	2.7	22	80	9	72	79	6	14	0	0.93
1375252--1375320	20	3.2	20	82	10	66	79	5	13	1	0.97
1375932--1375982	22	2.3	22	93	0	84	35	25	11	27	1.91
1376841--1376953	36	3.1	36	82	5	138	30	21	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1376860--1377315	102	4.5	101	92	1	734	30	20	12	36	1.90
1377062--1377148	37	2.4	37	88	1	122	25	20	13	40	1.89
1377181--1377255	37	2.0	38	86	2	107	26	24	13	36	1.92
1377221--1377380	65	2.5	65	94	0	293	31	20	12	35	1.90
1377098--1377415	167	1.9	169	91	1	523	30	20	12	36	1.89
1377488--1377559	37	1.9	37	82	0	90	26	22	11	40	1.87
1377882--1378219	159	2.1	159	95	0	604	32	25	21	20	1.98
1378042--1378760	109	6.9	105	78	7	642	32	24	20	21	1.98
1379221--1379320	36	2.7	35	84	9	112	38	14	17	31	1.89
1379789--1379861	2	39.5	2	72	15	50	41	2	1	54	1.23
1379779--1379853	37	2.0	37	85	10	100	37	4	1	57	1.26
1380173--1380220	22	2.3	20	89	7	69	16	6	0	77	0.97
1380150--1380183	4	8.2	4	93	6	59	23	2	0	73	0.97
1381481--1381727	109	2.3	108	81	6	284	19	15	17	47	1.82
1381985--1382043	26	2.3	25	80	11	66	16	3	5	74	1.13
1381999--1382055	26	2.2	26	81	9	64	17	1	8	71	1.19
1393124--1393165	18	2.3	18	91	0	66	76	0	14	9	1.02
1394238--1394753	139	3.7	139	88	0	737	36	16	21	25	1.94
1395417--1395503	37	2.4	37	80	9	97	51	12	11	24	1.72
1395911--1396111	108	1.9	109	82	5	255	17	16	18	46	1.85
1402595--1402969	81	4.6	81	90	0	570	28	22	14	35	1.93
1402919--1403106	68	2.8	68	95	0	331	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1403318--1403475	55	2.9	55	86	4	223	32	20	12	34	1.89
1406801--1406839	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
1407021--1407081	20	2.9	21	87	7	79	18	24	34	22	1.96
1407020--1407081	23	2.9	21	85	7	81	17	24	35	22	1.95
1409078--1409109	12	2.7	12	100	0	64	28	25	15	31	1.96
1413687--1413725	20	2.0	20	85	5	53	53	0	20	25	1.45
1420484--1420585	51	2.0	51	96	0	186	37	11	18	32	1.87
1426138--1426172	14	2.6	14	90	4	54	45	11	5	37	1.64
1428419--1428475	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
1430699--1430754	25	2.3	26	84	9	73	46	0	0	53	1.00
1430727--1430761	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
1431126--1431190	32	2.0	32	96	0	121	49	7	3	40	1.47
1434646--1434758	55	2.0	56	96	3	210	34	10	22	32	1.88
1438107--1438261	65	2.4	65	84	3	206	29	20	18	32	1.96
1443336--1443406	23	3.2	23	67	18	60	29	21	19	29	1.98
1443309--1443425	43	2.7	43	84	6	157	29	21	20	29	1.98
1445552--1445675	64	1.9	65	83	4	162	29	20	16	33	1.94
1452907--1452958	25	2.1	25	92	0	86	32	3	32	30	1.76
1459284--1459333	24	2.1	24	92	0	82	18	10	10	62	1.54
1463255--1463297	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
1465833--1465862	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1466767--1466838	30	2.4	30	90	0	108	20	34	2	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1470164--1470190	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1478007--1478084	3	25.7	3	94	2	138	35	0	0	64	0.94
1482498--1482571	31	2.4	29	76	12	76	72	6	17	2	1.18
1482534--1482600	21	3.2	21	83	6	75	77	2	13	5	1.07
1482494--1482574	16	5.2	16	77	16	80	74	6	17	2	1.14
1482494--1482573	15	5.2	15	81	14	83	73	6	17	2	1.15
1482507--1482605	36	2.9	35	78	15	109	76	5	14	4	1.10
1483647--1483715	33	2.1	33	91	0	111	33	17	18	30	1.94
1483861--1483969	38	2.9	37	85	6	141	39	14	11	34	1.82
1484801--1484963	55	3.0	55	87	3	222	27	19	20	32	1.97
1485033--1485061	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1485405--1485484	34	2.4	34	91	0	124	28	17	23	30	1.97
1492798--1492985	32	5.9	31	78	5	155	29	18	20	32	1.96
1492814--1492934	64	1.9	63	89	1	188	32	16	18	33	1.93
1492912--1492987	31	2.5	31	82	0	89	27	18	23	30	1.98
1497269--1497388	55	2.2	55	80	0	141	34	23	16	25	1.95
1497424--1497465	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1497847--1497899	22	2.5	22	87	6	74	26	20	16	35	1.94
1497779--1497975	95	2.1	95	87	1	279	25	22	16	35	1.95
1499788--1500055	55	4.9	55	82	2	308	29	21	17	31	1.96
1500415--1500602	95	2.0	95	88	0	277	27	21	16	34	1.95
1502643--1502701	2	29.5	2	92	0	100	0	52	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1503211--1503329	30	4.0	29	76	14	109	19	12	10	57	1.62
1503290--1503403	30	3.8	28	77	11	102	16	11	11	60	1.58
1503220--1503392	60	2.9	60	79	5	179	17	13	12	56	1.67
1503458--1503495	20	1.9	20	88	0	58	23	7	10	57	1.58
1508003--1508049	12	3.6	14	72	21	57	17	19	8	55	1.67
1510368--1510439	35	2.1	35	89	0	108	43	8	19	29	1.80
1510814--1510852	16	2.3	18	83	16	57	25	5	2	66	1.25
1510903--1510927	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1511096--1511120	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1511231--1511307	41	1.9	39	84	5	100	18	25	5	50	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9