genome.fa.s8062.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008062.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110557_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2089609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537--2577	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
2647--3269	128	4.9	127	94	2	1074	23	24	19	32	1.97
2647--3269	252	2.5	254	94	1	1097	23	24	19	32	1.97
3682--3757	28	2.8	28	88	4	102	40	1	3	53	1.27
3659--3756	28	3.2	30	75	18	94	38	2	5	54	1.34
4271--4364	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
4368--4415	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
6143--6209	29	2.2	29	81	7	80	59	1	0	38	1.06
6843--6896	26	2.1	26	82	3	65	46	7	7	38	1.60
7231--7303	25	3.1	26	73	25	72	53	0	0	46	1.00
7224--7256	17	1.9	17	93	0	57	57	0	0	42	0.98
7242--7303	15	4.1	15	76	12	54	53	0	0	46	1.00
7429--7463	18	1.9	18	94	0	61	57	8	8	25	1.57
8233--8304	2	37.5	2	91	8	123	50	0	0	50	1.00
8232--8304	19	3.7	20	89	7	105	49	0	0	50	1.00
8326--8365	20	2.0	21	85	5	55	55	7	0	37	1.29
8899--9450	283	1.9	284	82	5	688	35	14	14	35	1.87
11818--11859	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
12068--12136	31	2.2	31	85	12	97	43	13	7	36	1.71
12077--12136	29	2.0	29	90	6	93	43	15	6	35	1.72
15694--15734	21	2.0	21	95	0	73	43	0	0	56	0.99
19605--19646	21	2.1	20	82	8	50	52	7	0	40	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20945--20978	17	2.0	17	94	0	59	61	5	0	32	1.20
22528--22560	15	2.1	16	94	5	59	51	18	24	6	1.68
28129--28159	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
29025--29079	18	3.0	18	82	15	60	40	0	9	50	1.34
31748--31773	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
34493--34538	23	2.0	23	100	0	92	13	21	39	26	1.90
37185--37217	12	2.6	13	85	9	50	69	6	0	24	1.10
42388--42450	31	2.0	31	87	6	92	53	1	1	42	1.19
42383--42450	19	3.5	20	73	15	54	54	1	2	41	1.24
52189--52257	31	2.2	31	84	5	86	20	23	26	30	1.98
52463--52509	24	2.0	24	82	0	58	46	4	0	48	1.21
53211--53273	31	2.0	31	100	0	126	34	0	44	20	1.52
63819--63887	26	2.6	27	95	4	131	36	17	7	39	1.77
64993--65480	239	2.0	241	98	0	944	27	18	19	35	1.95
71219--71311	2	51.5	2	70	19	62	44	0	1	54	1.07
71246--71319	20	3.5	22	76	16	84	41	0	0	58	0.98
71223--71319	33	2.9	33	89	7	135	42	0	1	56	1.06
71234--71334	41	2.5	41	87	12	140	41	0	0	58	0.98
72093--72153	21	2.9	20	87	4	77	21	14	29	34	1.93
72287--72324	19	2.0	19	94	0	67	78	2	0	18	0.86
74467--74614	58	2.6	57	85	8	210	47	4	8	40	1.52
75469--75504	18	1.9	19	88	5	56	63	0	2	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78212--78257	22	2.1	22	92	4	76	56	2	4	36	1.31
80611--80641	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
102773--102885	40	2.8	39	82	6	138	44	3	8	43	1.52
103151--103189	14	2.8	14	88	0	60	10	10	17	61	1.55
103452--103497	10	4.4	11	78	15	53	50	0	0	50	1.00
103452--103497	21	2.2	21	84	7	58	50	0	0	50	1.00
103455--103514	23	2.7	23	77	10	63	50	0	0	50	1.00
103479--103560	16	5.4	16	64	20	50	46	1	1	51	1.16
103466--103514	21	2.2	24	82	10	59	48	0	0	51	1.00
104603--104689	27	3.4	27	65	30	73	60	1	3	34	1.21
104638--104683	21	2.2	21	88	3	67	60	0	4	34	1.16
105584--105680	18	5.1	19	79	9	108	10	16	8	64	1.47
105584--105680	38	2.6	38	94	0	167	10	16	8	64	1.47
105584--105693	38	2.9	37	86	8	123	13	15	8	62	1.53
111231--111270	21	1.9	21	84	0	53	40	0	2	57	1.12
111419--111456	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
111669--111716	24	2.0	24	83	4	60	47	0	2	50	1.12
114362--114494	30	4.4	30	94	0	230	31	22	20	25	1.98
114362--114519	60	2.6	60	87	3	201	33	23	18	24	1.97
115614--115687	20	3.5	20	77	15	69	24	25	22	27	2.00
115657--115796	64	2.2	64	82	3	158	25	23	20	31	1.98
119130--119262	30	4.4	30	97	0	248	33	23	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119130--119279	60	2.5	60	91	0	201	34	23	19	23	1.97
119515--119619	8	13.1	8	94	0	129	42	22	6	27	1.78
119515--119619	16	6.6	16	92	0	147	42	22	6	27	1.78
119522--119615	24	3.9	24	92	0	143	42	23	7	26	1.80
120455--120531	20	3.7	20	79	14	75	25	24	22	27	2.00
126085--126109	13	1.9	13	100	0	50	24	24	12	40	1.88
127303--127358	29	2.0	27	82	6	67	37	3	3	55	1.35
127500--127570	27	2.5	30	81	6	94	60	0	2	36	1.11
127527--127587	23	2.5	24	84	5	79	50	0	4	44	1.23
127806--127843	19	2.0	19	89	0	58	47	0	0	52	1.00
133711--133764	16	3.4	16	81	0	72	38	14	24	22	1.91
135397--135528	65	2.1	65	88	4	198	39	12	3	43	1.61
135735--135777	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
138308--138525	81	2.7	83	85	3	273	36	8	14	40	1.76
138375--138545	81	2.1	81	82	4	220	38	6	14	40	1.72
139036--139270	115	2.1	113	81	7	278	28	11	4	55	1.55
154584--154613	12	2.5	12	94	0	51	26	0	6	66	1.16
155413--155487	21	3.6	21	90	3	116	30	29	20	20	1.97
155413--155525	21	5.5	19	80	10	84	30	26	20	22	1.98
155536--155610	21	3.6	21	98	0	141	22	21	26	29	1.99
156846--156882	6	6.5	6	96	3	60	0	16	54	29	1.43
157354--157475	53	2.3	54	89	1	183	22	31	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162717--162778	23	2.9	21	80	7	72	22	35	24	17	1.95
164718--164768	9	6.2	8	76	19	52	13	0	27	58	1.36
164720--164763	17	2.6	17	85	7	63	13	0	29	56	1.38
165352--165558	76	2.7	77	88	3	287	24	31	23	20	1.98
166255--166353	21	4.8	21	79	10	105	26	22	22	29	1.99
182253--182333	23	3.8	22	80	9	96	24	30	24	19	1.98
183847--183882	14	2.6	14	95	0	63	25	19	16	38	1.92
188575--188613	20	2.0	20	94	0	69	43	23	2	30	1.67
189453--189486	12	2.8	12	86	4	50	64	0	29	5	1.17
194975--195693	229	3.1	229	97	0	1352	45	7	8	39	1.62
195742--195788	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
195923--195969	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
195932--195974	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
198259--198324	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
200115--200163	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
200282--201425	198	5.8	198	97	0	2067	35	15	17	31	1.91
200282--201435	394	2.9	397	96	0	2089	35	15	17	31	1.91
202890--202993	6	17.3	6	81	0	91	38	7	33	20	1.81
202893--202993	12	8.4	12	88	0	121	37	7	33	20	1.82
204497--204989	183	2.7	182	94	1	869	34	14	17	33	1.90
207284--207356	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
207715--207787	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207272--208138	431	2.0	431	98	0	1689	40	7	12	39	1.71
209584--209685	50	2.0	50	98	0	195	26	1	14	56	1.49
213856--213944	41	2.2	41	91	0	142	20	16	23	39	1.92
214000--214055	10	5.2	11	95	4	89	26	53	19	0	1.45
214000--214055	5	10.4	5	94	5	76	26	53	19	0	1.45
214627--214695	19	3.5	19	71	11	66	42	20	17	20	1.90
214986--215044	29	2.0	29	93	0	100	25	33	11	28	1.91
217366--217478	29	4.0	28	79	7	111	38	6	0	54	1.31
217365--217677	30	10.7	29	71	13	115	38	6	1	54	1.33
217561--217627	31	2.2	31	83	5	82	31	5	2	59	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9