genome.fa.s8062.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008062.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110557_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2089609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221223--221247	12	2.1	12	100	0	50	8	24	8	60	1.52
224172--224211	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
224193--224255	21	2.9	21	83	4	81	20	25	33	20	1.97
230950--230979	13	2.2	14	94	5	53	40	13	26	20	1.89
232103--232139	17	2.2	17	90	4	58	21	0	2	75	0.92
237252--237307	19	2.9	19	81	0	67	33	30	21	14	1.93
246042--246135	45	2.1	45	91	0	152	38	14	12	34	1.85
257566--257615	22	2.3	22	83	13	59	24	4	16	56	1.57
259642--259683	22	1.9	22	90	9	68	64	2	2	30	1.19
259663--259717	27	2.0	29	86	10	80	49	3	0	47	1.19
261558--261596	10	3.9	10	83	12	53	33	25	0	41	1.56
261556--261596	20	2.1	19	90	4	64	31	26	0	41	1.56
261722--262028	111	2.8	110	94	1	533	35	7	10	46	1.67
262157--262212	20	2.8	20	94	0	94	26	25	19	28	1.99
262153--262220	20	3.4	20	89	0	82	29	26	17	26	1.98
263040--263091	24	2.2	23	86	6	77	21	19	17	42	1.89
265337--265371	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
265431--265700	140	1.9	140	96	0	504	30	12	14	42	1.82
265671--265782	20	5.9	20	76	12	119	33	24	16	25	1.96
265679--265800	54	2.3	54	92	0	199	36	25	17	21	1.95
267019--267061	22	2.0	22	100	0	86	18	13	41	25	1.88
267237--267310	20	3.7	20	77	0	76	27	18	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270529--270663	51	2.6	51	82	2	155	22	25	31	20	1.98
279538--279571	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
279784--279842	31	1.9	31	89	0	91	40	5	11	42	1.64
279854--279904	22	2.4	22	83	9	61	56	5	0	37	1.23
279867--279908	22	1.9	22	100	0	84	50	9	0	40	1.35
279870--279918	22	2.2	22	85	7	64	53	10	0	36	1.35
279889--280222	32	11.7	31	75	24	326	51	12	0	35	1.40
279857--280463	86	7.3	85	76	16	571	52	12	0	35	1.40
279953--279995	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
279921--280467	54	10.0	54	78	9	547	52	13	0	34	1.40
279955--280003	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
280007--280049	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
280009--280057	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
280061--280103	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
280063--280111	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
280147--280189	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
280149--280197	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
280249--280356	32	3.7	32	74	23	137	50	13	0	35	1.42
280281--280323	22	2.0	22	95	0	77	48	13	0	37	1.43
280283--280331	22	2.2	22	85	3	62	53	14	0	32	1.41
280365--280476	18	6.4	18	67	21	69	52	11	0	35	1.38
280337--280411	22	3.2	22	75	14	69	54	14	0	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280499--280618	15	8.0	15	89	0	186	51	0	0	48	1.00
280499--280618	30	4.0	30	98	0	222	51	0	0	48	1.00
287896--287990	35	2.7	33	91	1	102	32	21	26	20	1.97
287853--287990	36	3.9	35	85	2	177	34	18	26	20	1.96
289447--289545	21	4.8	20	72	6	72	36	22	19	22	1.95
289513--289823	20	15.5	20	81	6	79	34	26	19	20	1.96
289513--289902	40	9.7	40	87	2	439	35	25	18	20	1.95
289551--289902	20	17.6	19	85	5	398	34	25	18	21	1.96
290578--290624	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
290799--290823	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
293133--293378	19	13.7	19	83	12	342	46	16	22	14	1.83
293133--293400	109	2.5	105	90	6	450	46	16	22	14	1.84
293133--293400	52	5.0	52	92	4	446	46	16	22	14	1.84
293407--293489	20	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
293596--293632	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
295585--295641	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
295566--295658	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
295529--295663	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
295659--295787	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
295659--295750	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
295831--296208	93	4.1	93	97	1	717	46	18	12	22	1.82
297914--298003	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297906--298020	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
297913--298025	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
298037--298091	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
298021--298091	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
298032--298113	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
298044--298132	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
298214--298278	33	2.0	33	90	0	103	49	20	20	10	1.78
298463--298517	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
298663--298855	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
298663--298855	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
302064--302149	43	2.0	43	100	0	172	39	11	18	30	1.86
302339--302387	22	2.2	23	89	10	84	46	28	12	12	1.77
302367--302417	16	3.2	16	85	0	75	45	27	11	15	1.81
302367--302512	32	4.6	32	79	11	131	43	30	10	15	1.81
302437--302509	31	2.3	31	92	2	119	41	34	10	13	1.80
302460--302511	16	3.3	16	69	15	54	38	38	13	9	1.77
303208--303281	32	2.3	32	80	0	85	45	25	9	18	1.80
303805--303863	29	2.1	29	93	3	102	59	1	0	38	1.08
311476--311564	30	3.0	30	74	11	85	34	17	4	42	1.70
312240--312293	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
327886--327934	20	2.4	20	75	3	53	24	6	12	57	1.58
329340--329378	12	3.0	13	85	7	53	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331240--331299	14	4.6	14	74	16	65	11	10	16	61	1.55
331249--331299	24	2.1	24	85	0	66	11	9	17	60	1.57
331495--331531	14	2.6	14	100	0	74	13	24	16	45	1.83
338682--338706	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
340563--340589	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
347017--347058	16	2.5	17	96	3	77	71	0	21	7	1.09
347017--347058	17	2.5	17	92	3	68	71	0	21	7	1.09
347733--347775	21	2.0	21	95	0	77	34	41	0	23	1.55
349594--349648	21	2.6	21	83	11	76	29	25	18	27	1.98
350945--351303	182	2.0	182	97	0	673	23	20	19	36	1.95
361968--362002	18	1.9	18	88	0	52	37	14	14	34	1.86
368403--368440	20	1.9	20	88	0	58	47	0	10	42	1.38
376559--376586	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
376779--376819	14	2.9	14	86	10	57	34	24	7	34	1.83
378586--378706	61	2.0	60	88	4	181	42	9	9	38	1.70
382037--382083	18	2.8	16	75	12	58	72	4	12	10	1.25
382044--382092	18	2.7	18	80	0	62	73	4	12	10	1.22
382071--382100	11	2.8	11	95	5	53	83	0	6	10	0.81
383539--383615	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
384500--384547	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
388412--388451	20	2.0	20	95	0	71	47	10	5	37	1.59
388516--388554	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
388408--388552	50	2.8	51	91	6	240	47	13	6	33	1.67
393113--393152	20	2.0	20	90	9	64	45	10	5	40	1.60
393166--393205	20	2.0	21	90	5	64	45	15	5	35	1.68
393219--393257	20	2.0	20	94	0	69	41	17	5	35	1.72
393109--393258	52	2.9	52	95	3	266	48	12	6	33	1.66
417260--417302	14	3.1	14	89	0	68	55	16	13	13	1.69
420360--420399	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
420403--420429	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
420662--420700	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
421059--421106	14	3.4	14	85	5	53	16	10	0	72	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9