genome.fa.s8099.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008099.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110627_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  767286

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7181--7229	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
7201--7356	65	2.5	63	82	9	176	26	18	24	30	1.98
21488--21560	18	3.9	18	80	7	92	27	30	23	19	1.98
22950--23090	64	2.2	63	79	7	151	24	24	19	31	1.98
23077--23128	21	2.5	21	100	0	104	26	23	21	28	1.99
24275--24415	64	2.2	63	79	7	151	25	24	18	31	1.97
25333--25376	19	2.3	18	77	11	52	38	2	15	43	1.60
25684--25847	64	2.6	64	83	3	188	32	20	20	26	1.97
26418--26467	18	2.8	18	93	0	82	18	22	32	28	1.97
28025--28052	13	2.2	13	100	0	56	10	21	17	50	1.77
28809--28847	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
29539--29577	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
45748--45844	25	3.9	25	92	6	162	25	15	20	38	1.92
45957--46046	3	29.7	3	97	2	171	66	0	0	33	0.92
46345--46541	43	4.6	43	73	12	161	23	18	30	26	1.98
46244--46570	130	2.5	133	86	5	432	24	18	29	27	1.98
46820--46957	38	3.8	36	75	8	109	39	11	14	34	1.82
47348--47474	69	1.9	67	90	6	202	43	11	14	31	1.80
47423--47667	28	8.4	28	73	14	140	42	15	11	30	1.82
47405--47589	93	2.0	90	85	7	248	43	15	10	31	1.80
47541--47667	29	4.5	27	85	8	157	41	17	11	29	1.84
47541--47679	57	2.4	56	83	8	176	43	17	10	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47917--48020	36	3.0	36	79	9	117	34	11	21	32	1.89
47918--48036	36	3.4	36	77	11	104	35	12	21	30	1.91
47961--48048	36	2.4	36	83	7	99	34	11	20	34	1.88
47988--48220	105	2.3	101	84	8	283	36	12	20	30	1.89
48085--48372	156	1.8	157	85	2	409	39	11	17	31	1.84
48674--48715	4	11.0	4	90	10	70	23	0	26	50	1.50
49898--49935	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
50556--50626	20	3.1	23	70	22	76	42	11	22	23	1.86
50544--50618	20	3.5	20	70	20	62	37	10	25	26	1.89
50555--50633	26	3.3	25	69	20	78	44	10	21	24	1.83
50542--50635	46	2.1	45	89	2	143	39	9	24	26	1.86
53066--53127	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
56573--56669	25	3.9	25	89	6	153	26	15	19	38	1.92
56790--56831	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
62684--62715	3	10.7	3	93	0	55	3	34	0	62	1.11
63251--63455	64	3.2	64	81	4	209	34	20	18	27	1.96
63398--63501	45	2.3	45	98	0	199	37	25	10	26	1.88
64176--64299	31	4.0	31	95	4	216	19	19	22	38	1.93
72702--72891	64	3.0	64	82	3	213	35	19	17	27	1.95
72834--72937	45	2.3	45	94	0	181	37	25	10	26	1.88
73612--73736	31	4.0	31	96	2	225	20	18	23	37	1.94
74950--75173	64	3.5	64	82	4	231	33	20	19	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75830--75931	31	3.3	31	97	0	195	20	19	20	39	1.93
77633--77696	29	2.2	29	94	0	110	43	9	10	35	1.72
80168--80224	24	2.4	25	77	17	66	57	8	8	24	1.57
85442--85466	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
90174--90248	18	4.3	18	72	23	54	37	0	2	60	1.11
90205--90248	19	2.4	19	81	7	56	43	0	2	54	1.12
90189--90267	33	2.4	32	78	19	83	39	0	1	59	1.06
91990--92037	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
92041--92134	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
92657--92753	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
92655--92760	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
93140--93766	127	4.9	128	96	1	1163	33	19	24	23	1.97
93834--93872	8	5.0	8	81	6	53	38	28	0	33	1.57
97930--97968	17	2.4	17	82	4	53	61	0	0	38	0.96
99543--99582	18	2.1	20	86	9	57	50	7	2	40	1.44
101359--101397	20	2.0	20	100	0	78	46	10	10	33	1.72
112062--112266	105	2.0	104	99	0	401	35	7	14	42	1.75
114382--114419	18	2.2	17	86	9	51	65	5	0	28	1.14
114380--114420	17	2.3	19	80	16	52	65	4	0	29	1.13
119285--119470	92	2.0	92	100	0	372	23	25	20	30	1.98
122399--122429	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
124643--124689	16	3.0	15	77	20	51	68	0	2	29	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124825--124887	32	1.9	34	81	12	78	61	0	1	36	1.05
130473--130549	37	2.1	36	83	9	93	46	1	3	48	1.28
144642--144691	21	2.4	20	80	6	55	32	4	0	64	1.12
145362--145425	33	1.9	33	90	0	101	51	20	1	26	1.56
147767--147812	23	2.0	23	86	0	65	76	0	4	19	0.96
147767--147824	22	2.6	23	83	2	73	74	0	3	22	0.97
151018--151209	32	6.1	32	86	3	232	27	17	19	35	1.94
151593--152704	84	13.7	77	78	13	585	23	19	23	33	1.97
151740--152670	84	11.3	84	85	4	1148	23	19	23	33	1.97
151573--152670	248	4.5	245	83	6	1267	23	19	23	33	1.97
151585--152670	416	2.7	410	83	6	1299	23	19	23	33	1.97
153807--154124	98	3.3	96	84	5	408	32	17	16	34	1.92
153823--154257	192	2.3	186	84	6	511	31	16	15	35	1.91
156789--156892	48	2.2	47	78	16	115	75	3	5	15	1.14
157845--157887	18	2.4	18	96	0	77	48	9	4	37	1.56
160054--160098	23	2.0	23	82	8	56	37	6	8	46	1.61
167456--167558	53	1.9	53	84	11	138	48	0	2	47	1.23
167489--167565	17	4.3	17	74	18	75	48	0	5	46	1.24
169965--169997	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
171111--171294	33	5.5	33	80	12	198	41	7	8	42	1.63
171072--171187	56	2.1	54	84	12	146	43	6	6	42	1.58
171220--171267	18	2.7	18	90	0	78	39	8	6	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171111--171294	67	2.7	63	80	14	192	41	7	8	42	1.63
171316--171379	31	2.0	33	84	6	87	43	3	6	46	1.44
171336--171412	20	3.8	21	80	16	74	46	3	6	42	1.48
171362--171454	27	3.5	27	79	8	93	45	3	9	41	1.53
171447--171496	24	2.1	24	88	7	75	44	10	6	40	1.63
171467--171535	33	2.2	31	92	5	111	39	5	8	46	1.59
171473--171583	18	6.0	18	70	23	79	40	7	9	43	1.64
171506--171589	42	2.0	42	92	0	141	41	9	8	40	1.68
171506--171601	42	2.3	42	87	7	133	39	9	9	41	1.70
171615--171743	18	7.7	18	69	18	66	42	7	6	42	1.60
171548--171712	65	2.5	66	97	2	305	40	8	7	43	1.63
171710--171783	20	3.5	20	72	16	67	52	1	6	39	1.36
171693--171760	33	2.1	32	91	2	109	51	4	5	38	1.46
171826--171944	2	62.5	2	66	21	51	48	4	1	45	1.31
171838--172126	20	14.4	20	68	17	84	44	5	4	45	1.48
171849--171945	11	8.6	11	68	17	65	48	3	2	46	1.29
171982--172105	22	5.9	21	67	16	69	42	6	6	44	1.55
171987--172047	27	2.2	28	82	2	70	39	4	9	45	1.59
172060--172132	2	35.5	2	76	10	67	45	5	1	47	1.34
172039--172119	22	3.8	22	79	14	98	45	4	3	45	1.42
178170--178667	225	2.2	218	87	6	705	27	11	26	34	1.91
185244--185289	23	2.0	23	82	0	56	50	2	2	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189459--189503	20	2.2	20	88	8	63	35	0	28	35	1.58
189423--189470	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
189844--189900	28	2.1	28	90	3	89	28	10	15	45	1.79
190296--190349	18	3.1	18	78	21	53	5	5	37	51	1.49
194279--194905	197	3.1	198	82	7	675	30	14	15	39	1.87
196269--197124	199	4.3	199	86	3	1161	27	13	15	42	1.85
196269--197124	397	2.2	399	90	1	1326	27	13	15	42	1.85
199697--199738	15	2.8	15	88	0	66	26	2	52	19	1.58
200150--200629	182	2.6	182	91	1	793	27	15	12	44	1.82
200468--201332	182	5.0	166	86	5	789	27	14	13	44	1.82

Tables:   1   2   3   4   5