genome.fa.s8128.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008128.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110683_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4987688

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14780--14842	20	3.2	20	100	0	126	42	26	9	20	1.83
19711--19756	22	2.1	21	84	15	58	43	15	2	39	1.59
26422--26460	14	2.8	14	80	0	51	71	2	0	25	0.98
29019--29091	21	3.4	21	74	10	67	30	12	30	27	1.93
29042--29091	21	2.3	22	86	10	68	28	14	32	26	1.94
29629--29666	20	1.9	20	88	0	58	39	7	28	23	1.83
31062--31119	2	29.5	2	83	10	66	44	0	6	48	1.29
33415--33455	21	1.9	22	90	5	66	36	0	17	46	1.48
34122--34198	21	3.6	21	72	10	75	35	14	22	28	1.93
37550--37602	18	2.9	18	100	0	106	33	20	11	33	1.88
38527--38578	20	2.6	20	96	0	95	26	15	19	38	1.91
39735--39790	29	1.9	29	81	0	67	33	16	10	39	1.83
48269--48701	55	7.9	55	88	1	602	34	17	17	30	1.93
49275--49300	11	2.4	11	100	0	52	19	23	7	50	1.73
55242--55649	55	7.4	55	89	2	604	34	16	18	30	1.93
55789--55823	13	2.7	13	95	0	61	17	14	28	40	1.88
57282--57307	7	3.7	7	100	0	52	26	0	73	0	0.84
60981--61096	7	16.9	7	70	12	71	46	27	0	25	1.59
60988--61080	21	4.5	21	80	8	102	48	24	0	26	1.51
60982--61099	14	8.6	14	73	6	80	45	27	0	25	1.59
61010--61099	41	2.2	42	90	6	139	44	31	1	23	1.61
61170--61269	7	14.6	7	76	2	51	40	34	3	23	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62228--62347	11	10.5	12	78	9	135	30	20	20	28	1.97
62228--62360	23	5.8	23	91	1	205	30	18	21	29	1.97
62228--62360	45	2.9	46	89	2	205	30	18	21	29	1.97
62227--62360	68	2.0	68	90	0	214	30	18	20	29	1.97
63170--63210	20	2.0	20	90	0	64	51	2	0	46	1.14
65253--65287	18	1.9	18	100	0	70	60	0	0	40	0.97
65211--65287	15	5.1	14	71	20	57	57	2	2	37	1.27
65524--65568	21	2.3	19	85	11	63	40	0	0	60	0.97
66041--66209	60	2.8	57	81	12	155	42	4	20	32	1.73
66103--66200	29	3.3	29	66	20	76	39	3	22	34	1.70
66119--66212	29	3.2	29	67	14	75	41	4	19	35	1.71
73087--73131	20	2.2	20	100	0	90	26	31	15	26	1.96
74854--74891	19	2.0	19	89	0	58	31	10	15	42	1.81
79921--79998	29	2.5	33	72	17	78	34	23	6	35	1.80
85999--86063	20	3.2	20	86	0	94	27	16	26	29	1.97
86074--86124	21	2.4	21	81	15	61	37	23	13	25	1.92
87042--87089	20	2.3	21	85	7	62	31	29	12	27	1.93
93194--93606	55	7.5	55	87	0	558	36	16	16	30	1.91
97776--97809	12	2.8	12	90	4	50	50	0	29	20	1.49
98634--98671	19	2.1	18	85	9	51	47	5	5	42	1.48
107096--107138	16	2.7	15	82	13	50	16	18	4	60	1.52
110603--110641	5	7.4	5	94	5	60	82	0	17	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111314--111381	16	4.1	16	76	14	57	82	1	11	4	0.88
111316--111369	20	2.6	20	79	5	54	83	0	12	3	0.78
111314--111356	15	2.8	15	82	3	59	86	0	11	2	0.67
111314--111369	27	2.1	26	86	3	76	83	0	12	3	0.76
111313--111381	13	5.9	11	75	16	59	81	1	13	4	0.91
112160--112249	43	2.1	43	81	8	103	31	15	24	28	1.96
115650--115771	64	1.9	64	91	0	199	36	18	16	28	1.92
116452--116500	23	2.1	23	92	0	80	16	22	28	32	1.95
122011--122037	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
122177--122201	12	2.1	12	100	0	50	0	0	24	76	0.80
124596--124639	23	1.9	23	95	0	79	20	29	22	27	1.99
128326--128385	27	2.2	27	93	0	102	25	31	20	23	1.98
129247--129292	3	15.7	3	90	4	76	32	0	2	65	1.05
155048--155081	17	2.0	17	88	0	50	35	11	23	29	1.90
163427--163465	18	2.2	18	95	0	69	30	28	12	28	1.93
165908--166019	42	2.7	41	79	4	125	27	18	22	31	1.97
165755--166284	277	1.9	277	90	2	841	29	15	19	35	1.93
166021--166518	258	1.9	256	86	1	701	28	15	19	36	1.92
168354--168401	23	2.1	23	84	0	60	22	4	2	70	1.15
182984--183081	31	3.2	31	86	4	137	43	4	8	43	1.53
192184--192217	18	1.9	17	94	5	59	38	0	0	61	0.96
192184--192226	21	2.0	22	90	4	70	39	2	0	58	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193371--193419	18	2.6	19	90	6	73	40	0	0	59	0.98
193372--193418	15	3.4	14	78	21	55	40	0	0	59	0.97
196535--196596	32	1.9	32	90	6	99	19	14	9	56	1.65
196817--197251	210	2.1	210	83	2	534	32	17	22	26	1.97
198946--198988	13	3.2	13	75	18	52	16	18	11	53	1.72
203055--203103	15	3.2	14	83	13	53	81	0	16	2	0.78
203055--203102	20	2.4	19	80	10	60	83	0	14	2	0.74
204482--204765	126	2.3	126	79	6	297	29	22	19	27	1.98
204813--204909	43	2.2	43	82	8	108	29	26	14	28	1.95
205076--205116	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
211303--211342	20	2.0	21	95	5	73	25	20	22	32	1.98
213463--213500	15	2.4	16	82	13	51	0	21	2	76	0.91
213475--213504	15	2.0	15	100	0	60	0	13	6	80	0.91
213971--214031	3	20.0	3	80	9	70	63	0	1	34	1.04
214377--215022	113	5.7	113	83	2	803	29	19	13	38	1.89
214378--215039	337	2.0	339	89	1	1033	29	19	12	38	1.89
215773--216243	83	5.6	83	91	5	788	39	21	11	26	1.88
215773--216243	170	2.8	169	93	4	814	39	21	11	26	1.88
217582--217645	1	64.0	1	77	0	65	0	10	0	89	0.50
217572--217647	7	8.9	9	78	18	67	0	14	0	85	0.60
217573--217647	10	7.7	10	85	10	84	0	13	0	86	0.57
217573--217645	14	5.0	14	83	9	92	0	12	0	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217574--217651	30	2.6	30	86	10	106	0	15	0	84	0.62
223640--223671	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
228578--228606	14	2.1	14	100	0	58	0	13	6	79	0.93
229090--229151	3	20.0	3	83	6	79	64	0	1	33	1.03
229496--230171	113	6.0	113	82	2	777	29	19	12	38	1.88
230898--231373	83	5.6	83	92	3	808	39	21	11	26	1.88
230898--231373	170	2.8	170	96	1	852	39	21	11	26	1.88
232723--232766	18	2.4	18	85	14	72	0	15	0	84	0.63
232712--232775	22	3.0	22	90	2	94	0	18	0	81	0.70
243713--243739	14	1.9	14	100	0	54	0	14	7	77	0.97
244209--244269	3	20.0	3	83	9	79	65	0	0	34	0.93
249495--249608	29	3.9	28	74	7	111	38	12	0	48	1.47
249497--249609	59	1.9	58	83	1	145	37	12	0	49	1.47
249738--249801	25	2.5	24	82	12	67	34	4	3	57	1.35
249759--249841	30	2.8	29	78	18	100	37	3	2	56	1.30
259736--259765	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
265260--265337	22	3.5	22	75	6	77	25	25	21	26	2.00
267720--267865	45	3.2	45	82	1	141	43	10	19	26	1.84
273774--273917	45	3.2	44	81	4	166	42	12	19	25	1.86
275296--275342	19	2.3	20	75	10	51	40	6	23	29	1.79
277251--277281	14	2.2	14	100	0	62	51	19	9	19	1.74
280719--284820	231	17.9	231	84	4	4716	33	15	18	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281287--281378	41	2.2	42	82	1	105	26	15	19	39	1.91
287177--287338	2	82.0	2	83	2	184	8	0	40	50	1.36
307098--307145	11	4.5	11	84	5	62	70	8	8	12	1.32
310286--310353	21	3.2	21	89	0	109	20	22	22	35	1.96
311778--311820	12	3.2	13	84	12	52	65	2	0	32	1.06
317906--317941	16	2.3	16	90	4	56	8	13	13	63	1.50
320162--320210	18	2.7	18	84	6	55	20	10	2	67	1.30
323094--323127	6	5.7	6	92	0	59	20	0	0	79	0.73
324020--324079	17	3.3	18	73	19	54	60	6	13	20	1.55
325782--325824	18	2.4	18	88	7	61	20	9	4	65	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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