genome.fa.s8128.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008128.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110683_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4987688

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2560312--2560351	21	1.9	21	84	0	53	32	17	2	47	1.61
2561514--2561563	23	2.2	23	96	0	91	38	8	18	36	1.80
2565401--2565447	21	2.3	20	82	7	58	55	8	2	34	1.42
2568959--2568983	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2569197--2569243	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2570001--2570064	31	2.1	31	90	0	101	28	10	9	51	1.68
2570174--2570266	28	3.1	31	76	17	88	54	0	2	43	1.12
2574422--2574460	18	2.2	18	90	4	62	38	7	20	33	1.81
2575360--2575405	18	2.6	18	82	6	58	58	6	0	34	1.24
2577685--2577741	20	2.8	20	94	0	96	17	21	33	28	1.96
2577764--2577801	20	1.9	20	94	0	67	26	26	26	21	1.99
2577769--2577816	20	2.4	20	86	6	62	31	27	18	22	1.97
2578363--2578412	18	2.8	17	82	8	64	60	6	0	34	1.21
2581230--2581269	21	1.9	21	90	10	64	55	5	7	32	1.50
2585087--2585139	23	2.3	23	90	0	79	22	18	24	33	1.97
2585118--2585153	15	2.4	15	90	0	54	22	19	25	33	1.97
2585102--2585172	38	1.9	36	88	5	106	25	18	26	29	1.98
2585126--2585154	15	1.9	15	100	0	58	20	13	31	34	1.92
2591332--2591381	20	2.5	20	86	0	73	30	22	24	24	1.99
2591932--2591982	17	2.9	17	75	11	50	52	5	3	37	1.44
2592003--2592063	27	2.3	27	82	5	70	57	8	13	21	1.62
2593163--2593192	14	2.1	15	93	6	53	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2594248--2594295	18	2.7	18	87	3	71	58	4	0	37	1.18
2597294--2597342	23	2.1	24	88	3	73	48	6	16	28	1.69
2598454--2598488	18	2.0	17	88	5	52	68	0	0	31	0.90
2603640--2603767	4	31.0	4	71	13	73	64	3	4	27	1.31
2603640--2603745	30	3.4	30	80	11	124	64	3	3	28	1.28
2603640--2603745	34	3.3	34	83	6	132	64	3	3	28	1.28
2603641--2603769	26	4.8	25	75	16	100	65	3	4	26	1.30
2617385--2617411	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2624238--2624468	112	2.1	112	94	0	408	33	18	17	30	1.94
2624992--2625034	22	2.0	22	85	0	59	27	23	11	37	1.89
2632293--2632337	22	2.0	22	86	4	63	33	4	6	55	1.46
2632691--2632751	21	2.9	21	95	0	104	8	24	42	24	1.82
2632690--2632792	21	4.8	21	81	8	73	13	24	38	23	1.91
2632734--2632794	20	2.9	21	82	7	70	14	26	36	22	1.93
2637949--2638186	111	2.1	111	89	1	370	35	18	15	30	1.92
2638555--2638587	14	2.4	14	100	0	66	33	33	0	33	1.58
2641000--2641030	16	1.9	16	93	0	53	74	0	12	12	1.08
2640999--2641068	26	2.6	26	80	15	72	77	0	11	11	1.00
2641006--2641070	16	4.0	16	76	9	51	78	0	10	10	0.97
2643613--2643665	18	3.1	16	75	19	61	45	13	20	20	1.84
2643611--2643670	18	3.2	19	66	20	54	40	13	21	25	1.89
2643611--2643923	117	2.7	115	84	5	382	36	15	21	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2643963--2644114	42	3.7	42	91	1	236	29	25	18	26	1.98
2644047--2644115	23	3.3	23	61	23	60	31	26	18	23	1.97
2643920--2644118	42	4.8	40	85	3	218	28	25	19	27	1.98
2644381--2644439	3	19.7	3	92	0	100	66	1	1	30	1.12
2645797--2645822	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2652569--2652630	27	2.3	26	88	2	88	50	9	9	30	1.67
2652569--2652639	27	2.8	25	83	12	74	50	9	8	30	1.65
2666545--2666585	19	2.2	19	90	0	64	36	9	41	12	1.76
2667744--2667789	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
2671723--2671759	18	2.1	18	89	0	56	48	8	8	35	1.62
2673855--2673887	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2674920--2674955	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2679452--2679499	25	1.9	25	95	0	87	29	8	27	35	1.86
2688838--2688880	10	4.6	10	85	8	56	83	9	6	0	0.80
2688824--2688888	27	2.6	25	79	15	71	81	6	10	1	0.93
2688847--2688890	10	4.4	11	81	16	51	81	6	11	0	0.86
2690179--2690607	51	8.3	51	86	4	522	30	18	26	24	1.98
2690179--2690607	156	2.8	156	87	4	609	30	18	26	24	1.98
2690176--2690634	207	2.2	209	87	5	646	30	18	26	24	1.98
2690591--2690705	55	2.1	55	91	0	185	31	13	26	28	1.94
2694654--2694688	19	1.9	18	88	11	54	57	0	0	42	0.99
2694914--2694951	11	3.5	11	88	0	58	36	21	7	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694914--2694955	22	2.0	21	90	4	66	38	21	7	33	1.81
2700883--2700937	17	3.1	17	82	14	67	52	3	0	43	1.18
2700886--2700940	22	2.3	23	87	9	76	54	1	0	43	1.10
2700891--2700949	22	2.7	22	75	15	59	54	1	0	44	1.10
2700905--2700950	17	2.8	17	78	15	60	56	0	0	43	0.99
2702090--2702135	22	2.1	22	95	0	83	39	15	10	34	1.82
2706630--2706713	24	3.5	24	79	12	93	50	16	10	22	1.76
2709060--2709124	8	7.5	8	77	10	58	23	23	38	15	1.92
2709080--2709134	25	2.2	26	93	3	94	16	21	45	16	1.85
2709119--2709143	5	5.0	5	100	0	50	0	20	60	20	1.37
2709149--2709198	21	2.4	21	96	0	91	36	20	26	18	1.95
2714253--2714322	3	24.7	3	76	16	69	58	1	1	38	1.16
2714253--2714322	8	8.2	9	78	13	69	58	1	1	38	1.16
2714252--2714320	17	3.9	17	78	14	77	57	1	1	39	1.16
2714251--2714330	17	4.5	17	73	18	74	56	1	1	41	1.15
2719431--2719504	25	3.0	25	84	3	98	55	18	12	13	1.69
2720419--2720463	22	2.0	22	95	0	81	44	17	8	28	1.79
2727510--2729032	107	14.3	106	94	2	2580	24	25	18	31	1.98
2727510--2729032	267	5.7	267	95	1	2659	24	25	18	31	1.98
2727510--2729032	374	4.1	374	96	0	2700	24	25	18	31	1.98
2730390--2730472	9	9.7	9	76	13	86	9	12	0	78	0.97
2730389--2730465	35	2.2	36	92	2	129	10	11	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2730389--2730465	36	2.2	35	90	6	120	10	11	0	77	0.98
2736801--2736895	21	4.6	21	89	6	122	13	23	22	41	1.89
2737822--2737954	66	2.0	66	100	0	266	48	15	13	22	1.79
2742339--2742417	12	7.1	10	90	7	61	69	0	0	30	0.89
2742351--2742417	3	22.7	3	91	8	111	68	0	0	31	0.90
2745877--2745925	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2746407--2746455	24	2.2	24	89	10	77	53	0	0	46	1.00
2748153--2748209	25	2.4	24	82	11	64	43	3	1	50	1.29
2749393--2749445	15	3.5	15	100	0	106	52	13	13	20	1.73
2750367--2750427	32	1.9	31	90	3	95	16	13	24	45	1.83
2750389--2750512	64	1.9	64	90	0	194	12	13	34	38	1.83
2750389--2750538	64	2.3	64	83	2	167	14	13	34	38	1.84
2751191--2751331	57	2.4	57	85	4	185	34	19	5	39	1.76
2751826--2751886	16	3.9	16	78	4	61	11	16	22	49	1.78
2751830--2751890	31	2.0	31	86	0	86	11	14	24	49	1.77
2757619--2757691	20	3.6	20	79	5	67	28	16	24	30	1.96
2758952--2759010	26	2.3	26	96	0	109	28	22	20	28	1.98
2762640--2763094	55	8.3	55	82	2	551	28	17	19	34	1.95
2762640--2763094	109	4.2	109	85	3	549	28	17	19	34	1.95
2772175--2772241	28	2.4	28	89	2	98	25	28	22	23	1.99
2778091--2778171	23	3.6	23	75	8	85	25	23	23	27	2.00
2780681--2780840	65	2.5	63	84	8	198	31	21	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2787816--2788160	166	2.1	161	84	10	439	42	15	20	22	1.89
2788284--2788309	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2794751--2794788	12	3.0	13	80	7	51	44	10	0	44	1.38
2795098--2795414	55	5.8	54	79	5	289	28	15	18	38	1.91
2795150--2795415	109	2.4	109	84	5	340	28	14	19	37	1.90
2802371--2802408	17	2.2	17	95	0	67	13	0	44	42	1.43
2804835--2804961	47	2.7	46	83	2	164	45	12	22	19	1.84
2809760--2809931	95	1.8	94	83	3	229	38	10	23	26	1.87
2810066--2810372	27	12.5	26	69	18	194	44	15	19	20	1.86
2810192--2810393	47	4.3	47	91	0	305	43	15	21	20	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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