genome.fa.s8128.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008128.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110683_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4987688

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125605--2125811	78	2.7	78	80	2	229	17	27	21	33	1.96
2130155--2130380	39	5.8	39	78	4	213	18	25	21	34	1.96
2130156--2130380	117	1.9	118	81	0	272	18	25	21	34	1.96
2130423--2130629	107	2.0	105	90	3	326	26	10	25	38	1.87
2131469--2131577	54	2.0	54	100	0	218	24	7	27	40	1.82
2137559--2137590	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2138677--2138858	87	2.1	87	100	0	364	39	6	6	48	1.53
2139190--2139240	23	2.2	24	85	3	68	33	13	9	43	1.77
2139204--2139247	23	1.9	23	85	0	61	34	18	11	36	1.86
2139467--2139526	12	5.0	12	75	0	57	40	23	16	20	1.91
2139467--2139526	24	2.5	24	81	5	68	40	23	16	20	1.91
2140796--2140853	24	2.5	23	75	13	57	12	20	15	51	1.75
2142185--2142225	20	2.1	19	86	4	55	43	2	2	51	1.28
2151647--2151695	24	2.1	23	81	11	55	67	4	2	26	1.19
2153119--2153154	14	2.6	14	100	0	72	22	16	5	55	1.62
2154890--2154916	14	1.9	14	100	0	54	74	0	11	14	1.08
2156729--2156760	16	2.0	16	93	0	55	43	15	0	40	1.47
2156779--2156848	36	2.0	33	83	8	86	50	4	2	42	1.37
2156939--2156981	16	2.6	18	78	17	56	67	0	2	30	1.03
2156939--2156980	11	3.8	11	84	9	59	69	0	2	28	1.01
2161423--2161455	16	2.1	16	100	0	66	39	6	12	42	1.67
2170961--2171767	55	14.7	55	89	1	1210	27	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170961--2171767	110	7.4	110	94	0	1350	27	15	28	28	1.96
2178952--2179053	36	2.8	36	92	2	161	50	13	5	30	1.66
2179392--2179431	20	2.1	19	90	4	62	52	5	17	25	1.64
2180610--2180702	30	3.1	30	87	4	136	38	37	4	19	1.71
2180744--2180776	16	2.1	16	88	11	50	36	0	0	63	0.95
2183121--2183481	185	1.9	185	93	2	618	44	10	3	41	1.55
2183480--2183524	20	2.2	21	84	4	56	42	0	0	57	0.98
2187412--2187481	25	2.6	27	73	11	72	62	4	0	32	1.14
2192495--2192553	3	19.7	3	85	0	55	3	25	28	42	1.71
2192495--2192553	12	4.9	12	80	0	64	3	25	28	42	1.71
2192864--2192926	27	2.3	27	83	0	72	25	15	42	15	1.87
2198936--2198976	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
2199048--2199902	128	6.9	128	86	7	1239	22	25	19	31	1.98
2199102--2199827	253	3.0	237	83	10	968	22	25	19	31	1.98
2200292--2200396	34	3.1	33	84	5	129	36	1	4	57	1.31
2200915--2201002	21	4.3	21	86	11	121	21	27	34	17	1.95
2201008--2201055	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
2202776--2202817	19	2.1	21	79	16	54	52	2	0	45	1.13
2202756--2202828	31	2.3	31	79	11	85	60	1	0	38	1.06
2202783--2202857	32	2.3	34	84	11	95	62	5	0	32	1.17
2204788--2204836	23	2.1	24	81	11	57	24	2	2	71	1.07
2205034--2205167	64	2.1	64	97	1	250	50	6	7	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205590--2205672	26	3.1	26	83	13	82	62	10	1	25	1.35
2205590--2205647	13	4.5	13	78	4	55	60	12	1	25	1.41
2205622--2205660	20	1.9	21	94	5	71	64	10	0	25	1.25
2207432--2208119	54	12.7	54	85	5	906	35	20	17	26	1.95
2213210--2213295	27	3.2	27	65	12	68	41	19	11	26	1.86
2213222--2213357	27	5.0	27	64	16	75	40	19	11	28	1.86
2213154--2213727	161	3.5	160	86	3	731	34	21	15	28	1.94
2213154--2213727	54	10.7	54	85	2	665	34	21	15	28	1.94
2213154--2213727	215	2.7	216	85	1	760	34	21	15	28	1.94
2216092--2216594	253	2.0	255	98	0	983	42	15	12	29	1.84
2219047--2219085	9	4.3	9	81	12	53	38	15	15	30	1.88
2220421--2220526	30	3.5	30	85	2	142	44	12	2	40	1.57
2221102--2221131	15	2.1	14	93	6	51	63	3	0	33	1.11
2228123--2228165	18	2.4	17	81	14	50	32	4	6	55	1.47
2228790--2228837	20	2.5	19	77	12	53	8	39	0	52	1.32
2235031--2235088	20	2.9	20	82	7	73	34	20	18	25	1.96
2236886--2237006	38	3.2	38	84	1	161	29	28	16	24	1.97
2236990--2237044	23	2.4	23	96	0	101	30	14	18	36	1.91
2237464--2237505	19	2.2	19	100	0	84	35	21	0	42	1.53
2241411--2241471	31	2.0	31	87	3	88	36	16	9	37	1.82
2245941--2246093	38	4.0	38	93	1	254	30	28	19	21	1.98
2247585--2247642	31	1.9	31	85	3	82	34	18	10	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2248454--2248511	24	2.6	21	82	17	80	51	1	0	46	1.11
2248465--2248512	24	2.0	24	100	0	96	54	0	0	45	0.99
2248633--2248734	3	34.0	3	100	0	204	33	0	33	33	1.58
2249099--2249129	13	2.4	13	94	0	53	19	16	19	45	1.86
2249278--2249349	35	2.1	35	92	5	119	38	15	11	34	1.83
2252478--2252513	13	2.8	13	82	0	54	25	11	19	44	1.83
2257769--2258218	128	3.5	128	88	1	623	26	19	17	37	1.93
2259287--2259362	38	2.0	38	89	0	116	42	7	5	44	1.56
2261273--2261401	39	3.3	39	86	0	195	15	26	24	33	1.95
2261273--2261445	78	2.2	78	80	3	197	16	24	26	31	1.96
2265780--2265830	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
2266468--2266507	20	1.9	21	85	10	55	30	2	10	57	1.45
2270520--2270581	25	2.5	24	85	10	81	32	9	1	56	1.41
2272679--2272706	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2275690--2275884	102	1.9	102	86	4	277	33	17	12	35	1.88
2275773--2275843	36	2.0	36	83	5	90	32	18	15	33	1.92
2276288--2276535	137	1.8	137	84	1	345	33	25	16	24	1.96
2276638--2276835	97	2.0	97	86	1	272	37	24	10	26	1.88
2276730--2276984	122	2.1	120	83	5	316	35	23	12	28	1.91
2277218--2277258	3	14.0	3	84	5	57	31	4	0	63	1.15
2277218--2277252	15	2.3	15	100	0	70	31	5	0	62	1.18
2277632--2277678	22	2.2	22	81	11	53	51	29	4	14	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280138--2280187	16	3.4	16	68	21	54	40	6	8	46	1.58
2280136--2280199	28	2.3	28	100	0	128	40	6	6	46	1.54
2280136--2280216	28	2.9	28	88	5	92	41	7	6	44	1.57
2280194--2280227	17	2.0	17	88	0	50	47	8	2	41	1.50
2283177--2283218	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
2283207--2283282	33	2.4	31	80	10	100	28	10	15	44	1.80
2310512--2310554	18	2.4	18	92	7	70	74	0	4	20	1.00
2319171--2319221	18	2.9	18	91	2	86	11	21	41	25	1.87
2325230--2325270	21	2.0	20	86	9	57	24	19	24	31	1.98
2329395--2329419	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2332463--2332520	7	8.1	7	76	19	50	72	0	5	22	1.04
2332430--2332520	35	2.5	36	83	13	107	70	0	5	24	1.08
2332558--2332603	18	2.5	18	89	3	65	67	2	4	26	1.21
2337438--2337486	16	3.2	16	85	5	57	77	0	14	8	0.98
2337468--2337543	6	11.8	6	71	18	55	77	0	18	3	0.92
2337468--2337546	13	6.1	13	76	15	65	77	0	18	3	0.92
2337465--2337544	19	4.4	17	73	18	63	78	0	17	3	0.89
2337462--2337544	21	4.0	21	70	21	61	78	0	18	3	0.90
2338474--2338770	105	2.8	104	81	4	339	41	17	18	23	1.90
2338716--2338811	35	2.7	35	85	1	129	45	17	16	19	1.85
2338756--2339023	101	2.6	103	84	4	335	39	19	19	22	1.92
2338611--2338911	136	2.2	138	84	4	383	41	17	19	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2338513--2338986	241	2.0	243	85	3	659	39	18	18	22	1.92
2340317--2340386	29	2.4	29	95	0	122	28	22	0	48	1.51
2341176--2341258	41	2.0	41	100	0	166	50	4	16	27	1.65
2346247--2346402	83	1.9	83	82	5	199	34	14	18	32	1.91
2346374--2346425	22	2.6	20	76	11	54	28	17	25	28	1.97
2346567--2346642	3	24.0	3	78	7	71	42	1	0	56	1.07
2348316--2348349	11	3.0	11	95	4	59	26	2	0	70	1.01
2348316--2348352	12	3.2	12	88	7	58	27	2	0	70	1.01
2348552--2348584	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
2348797--2348843	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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