genome.fa.s8128.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008128.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110683_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4987688

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350204--2350241	8	5.3	7	90	9	51	13	18	10	57	1.63
2350204--2350233	8	3.9	8	95	4	53	13	20	13	53	1.72
2350204--2350241	15	2.6	15	84	15	53	13	18	10	57	1.63
2350300--2350366	6	10.3	6	78	12	53	19	13	10	56	1.65
2350305--2350366	26	2.3	27	88	2	99	17	14	11	56	1.67
2353033--2353068	16	2.2	17	95	5	65	77	0	22	0	0.76
2353518--2353583	32	2.2	30	86	8	89	45	18	15	21	1.85
2357554--2357616	22	3.0	20	88	9	81	38	12	14	34	1.84
2358262--2358699	45	9.8	45	93	0	707	23	24	21	31	1.98
2358264--2358699	224	1.9	224	92	0	737	23	24	21	31	1.98
2358955--2359024	3	22.0	3	80	8	68	37	4	0	58	1.18
2360744--2360788	24	1.9	23	86	4	63	42	0	2	55	1.12
2362646--2362685	21	1.9	21	94	0	71	22	10	17	50	1.76
2368849--2368896	18	2.6	19	80	9	64	50	6	20	22	1.71
2399683--2399738	23	2.4	23	100	0	112	62	0	14	23	1.31
2401849--2401873	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2402320--2402378	31	1.9	31	96	0	109	42	6	8	42	1.61
2402850--2402919	17	4.0	16	71	18	50	60	1	1	37	1.15
2402955--2403061	12	8.7	12	72	18	78	57	1	0	40	1.09
2402901--2403057	64	2.5	64	91	4	257	56	1	0	40	1.15
2403019--2403069	12	4.3	12	76	18	54	66	1	0	31	1.03
2403875--2403926	24	2.1	25	82	3	61	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2405020--2405049	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2417452--2417489	20	2.0	20	89	5	60	44	0	28	26	1.54
2417457--2417500	19	2.2	20	84	4	54	50	0	22	27	1.50
2417702--2417736	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2417914--2417951	19	2.0	19	94	0	67	50	7	0	42	1.31
2417905--2417936	13	2.5	13	94	0	55	50	9	0	40	1.35
2418452--2418505	2	27.0	2	90	7	83	50	1	1	46	1.23
2418426--2418514	29	3.0	31	85	9	114	48	4	4	42	1.43
2418589--2418639	7	7.3	7	81	0	66	50	33	0	15	1.44
2418589--2418639	14	3.6	14	89	5	77	50	33	0	15	1.44
2417905--2419508	556	2.9	558	86	6	2127	43	11	9	35	1.73
2418991--2419024	13	2.6	13	95	0	59	50	8	0	41	1.34
2419120--2419187	21	3.2	20	78	12	75	48	27	1	22	1.59
2419116--2419187	14	5.2	13	76	18	56	50	27	1	20	1.57
2419827--2419876	23	2.1	24	92	3	84	46	4	2	48	1.32
2419915--2419941	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2420137--2420195	16	3.7	16	83	0	73	37	13	27	22	1.91
2420309--2420348	21	1.9	21	94	0	71	25	22	17	35	1.95
2421140--2421197	13	4.5	13	70	23	50	50	0	3	46	1.18
2421130--2421200	21	3.6	21	73	19	71	53	0	2	43	1.15
2421189--2421334	14	10.1	15	75	17	80	36	6	1	55	1.35
2421198--2421336	36	4.1	36	74	16	159	35	7	1	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2421167--2421336	65	2.5	66	78	15	159	37	5	1	55	1.35
2421196--2421332	13	9.6	14	71	22	67	35	7	1	56	1.36
2421217--2421390	22	7.9	22	77	12	123	34	7	1	56	1.38
2421221--2421376	65	2.4	64	81	9	172	33	8	1	56	1.40
2422380--2422457	34	2.2	35	82	8	88	46	17	3	32	1.67
2422547--2423451	4	226.0	4	82	1	1035	45	25	4	24	1.71
2423528--2423575	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2423592--2423670	28	2.8	28	81	7	97	21	2	29	46	1.64
2423592--2423670	21	3.8	21	75	0	77	21	2	29	46	1.64
2423604--2423670	7	9.6	7	78	0	62	20	2	28	47	1.65
2423592--2423657	14	4.7	14	90	3	89	22	3	27	46	1.66
2423743--2423781	15	2.4	15	87	12	51	41	2	7	48	1.45
2423743--2423781	17	2.2	18	90	4	62	41	2	7	48	1.45
2423752--2423797	20	2.3	20	85	3	58	39	8	6	45	1.61
2424010--2424044	12	2.9	12	91	0	52	31	20	17	31	1.95
2424132--2424167	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2424184--2424256	7	10.4	7	79	5	58	24	0	28	46	1.53
2424188--2424262	21	3.6	21	81	0	78	24	0	29	46	1.53
2423421--2424611	598	2.0	595	94	3	2104	37	7	10	43	1.69
2424184--2424249	14	4.7	14	86	0	96	25	0	27	46	1.53
2424335--2424379	23	1.9	24	90	4	74	42	2	6	48	1.41
2424747--2424804	7	8.3	7	80	0	62	18	0	31	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2424747--2424804	21	2.8	21	83	0	71	18	0	31	50	1.48
2425441--2425672	2	116.0	2	65	21	78	44	3	3	48	1.38
2425513--2425647	15	9.0	15	74	16	111	43	3	5	47	1.43
2425513--2425647	13	10.2	13	74	16	91	43	3	5	47	1.43
2425639--2425673	17	2.1	16	89	5	52	42	2	0	54	1.15
2425441--2425672	90	2.6	85	77	14	222	44	3	3	48	1.38
2425704--2425742	20	1.9	21	89	5	62	20	10	2	66	1.33
2427390--2427428	15	2.6	15	95	0	69	35	5	20	38	1.75
2432912--2432936	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2434838--2434911	23	3.3	23	92	1	114	22	21	33	21	1.97
2434838--2434922	23	3.7	23	90	1	109	22	22	30	24	1.99
2440528--2440552	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2441600--2441626	11	2.5	11	100	0	54	37	22	7	33	1.82
2442240--2442303	32	2.0	33	87	9	96	56	0	1	42	1.09
2446746--2446865	60	2.0	60	83	3	152	25	25	25	25	2.00
2451426--2451475	18	2.6	19	81	12	57	54	0	0	46	1.00
2452200--2452225	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2452378--2452464	2	43.5	2	100	0	174	50	0	0	49	1.00
2465973--2466003	14	2.2	14	100	0	62	48	0	38	12	1.42
2467900--2467961	20	3.2	20	73	17	76	37	9	30	22	1.86
2467882--2467961	38	2.1	39	97	2	153	38	10	30	21	1.86
2468426--2468689	54	4.9	54	88	0	393	34	19	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468426--2468689	108	2.4	108	93	2	433	34	19	15	30	1.93
2468426--2468741	162	2.0	162	83	1	409	33	18	16	31	1.93
2484109--2484142	18	1.9	18	94	5	61	50	5	5	38	1.51
2484507--2484785	54	5.2	54	85	1	299	31	19	18	30	1.96
2484507--2484785	108	2.6	108	83	0	333	31	19	18	30	1.96
2500948--2501310	81	4.5	81	81	6	403	30	21	13	34	1.92
2500948--2501310	162	2.2	162	83	3	455	30	21	13	34	1.92
2501260--2501583	68	4.8	68	88	0	468	31	24	13	30	1.94
2502328--2502380	20	2.7	20	77	11	54	24	33	11	30	1.90
2503569--2503749	59	3.1	58	87	3	263	30	21	16	31	1.95
2504159--2504192	17	1.9	18	88	5	52	41	5	11	41	1.66
2509792--2510031	59	4.1	59	85	3	295	32	21	14	30	1.93
2509776--2510031	118	2.2	118	87	2	354	32	21	15	30	1.94
2519516--2519819	54	5.7	54	76	8	187	26	15	20	37	1.92
2519564--2519824	107	2.4	107	81	5	303	26	16	20	36	1.93
2520533--2520575	21	2.0	21	100	0	86	32	23	4	39	1.75
2521636--2521801	84	2.0	84	100	0	332	26	16	11	45	1.82
2526491--2526886	54	7.3	54	82	8	468	28	16	19	35	1.93
2526491--2526886	108	3.7	107	86	6	530	28	16	19	35	1.93
2534890--2535067	90	2.0	90	93	0	302	36	11	7	44	1.69
2543414--2543472	23	2.6	22	78	5	64	10	16	10	62	1.53
2547533--2547707	90	2.0	89	91	1	287	36	12	6	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2552611--2552847	45	5.2	45	81	1	276	27	21	6	45	1.76
2553427--2553717	34	7.9	34	75	15	240	26	23	13	36	1.92
2553418--2553740	79	4.2	79	79	10	375	26	23	13	36	1.93
2553616--2553741	34	3.0	46	68	27	143	24	26	14	34	1.94
2553438--2553717	147	1.9	147	87	2	411	26	23	13	36	1.92
2558304--2558458	45	3.4	45	88	1	186	29	20	6	44	1.76
2558263--2558458	90	2.2	91	79	7	229	28	20	7	44	1.77
2559152--2559270	34	2.9	45	70	25	134	26	26	13	33	1.93
2559020--2559270	79	3.2	79	91	0	414	27	23	12	36	1.91
2559708--2559883	94	1.9	95	89	1	273	26	26	14	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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