genome.fa.s8129.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110684_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2577775

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1996--2094	3	32.0	3	69	20	53	59	2	3	35	1.24
2017--2065	21	2.3	22	77	19	59	61	2	4	32	1.26
1986--2095	43	2.5	44	78	15	113	58	1	2	37	1.23
2502--2623	46	2.6	49	81	5	151	27	17	24	31	1.97
3761--3817	30	1.9	30	88	0	87	36	5	10	47	1.61
3917--4007	31	3.0	30	71	15	87	63	7	5	23	1.42
6187--6275	21	4.3	20	74	14	76	35	24	14	24	1.93
19897--20162	36	7.4	36	86	6	290	36	23	19	20	1.95
19897--20144	108	2.3	108	85	2	354	37	22	20	19	1.94
20542--20875	54	6.2	54	85	6	403	30	17	25	26	1.97
20530--20885	157	2.2	164	82	5	442	31	16	25	27	1.97
20542--20875	103	3.1	106	83	9	394	30	17	25	26	1.97
20849--20983	55	2.5	55	85	7	184	29	14	25	30	1.95
21441--21465	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
25004--25082	28	3.0	27	71	14	67	24	2	2	70	1.11
27784--27837	12	4.6	11	80	11	63	14	22	0	62	1.31
32289--32381	44	2.1	44	86	4	125	25	15	26	32	1.95
32737--32776	19	2.1	19	85	0	53	55	7	2	35	1.42
34521--34545	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
38907--38946	21	1.9	21	85	10	55	30	7	7	55	1.56
42907--42967	23	2.7	23	81	0	86	31	26	24	18	1.97
44496--44548	19	2.8	19	94	0	97	24	30	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44572--44612	21	2.0	21	90	0	64	34	19	17	29	1.94
48157--48211	23	2.4	23	90	0	92	30	25	25	18	1.98
49732--49784	19	2.8	19	100	0	106	22	30	16	30	1.96
49808--49848	21	2.0	21	95	0	73	34	19	19	26	1.96
53412--53471	23	2.7	23	86	2	86	31	26	23	18	1.97
61955--61982	14	2.0	14	100	0	56	35	35	7	21	1.81
64249--64292	21	2.1	21	82	0	52	38	25	13	22	1.91
71660--71691	11	2.8	12	86	13	50	81	0	6	12	0.87
81433--81933	54	9.3	54	92	1	774	29	20	17	31	1.96
83881--83921	15	2.6	16	80	7	57	43	0	0	56	0.99
84339--84373	17	2.1	16	89	5	52	31	0	0	68	0.90
90569--90712	73	1.9	74	88	2	218	55	11	2	30	1.47
96647--96709	22	2.8	22	90	2	99	30	19	22	28	1.98
96976--97194	2	109.5	2	95	0	393	0	0	48	50	1.07
98355--98400	24	1.9	24	95	0	83	26	13	8	52	1.69
99564--99600	11	3.4	11	92	0	65	10	8	5	75	1.17
101526--101573	3	16.0	3	100	0	96	66	0	33	0	0.92
104677--104754	29	2.7	29	85	2	102	32	7	14	46	1.72
104792--104860	29	2.3	30	92	2	113	34	7	11	46	1.68
104680--104985	107	2.8	105	84	7	357	33	11	13	41	1.79
104935--105153	65	3.4	64	70	10	210	35	11	10	42	1.76
105029--105090	29	2.1	29	87	0	88	35	6	11	46	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105003--105219	65	3.3	66	70	10	221	35	8	11	43	1.73
105159--105220	29	2.1	29	87	0	88	35	6	11	46	1.65
104926--105237	130	2.4	130	97	1	581	33	10	12	42	1.77
106964--107167	95	2.1	95	87	1	284	44	21	4	29	1.73
118008--118074	3	22.7	3	90	3	109	35	0	1	62	1.04
120305--120361	2	29.0	2	86	10	82	47	1	1	49	1.22
131874--131948	25	3.1	25	81	7	84	77	2	12	8	1.08
131911--131961	18	2.7	19	90	6	77	78	0	11	9	0.97
131894--131963	33	2.1	33	89	5	106	77	0	12	10	1.00
131881--131954	8	9.2	8	76	15	73	77	1	12	9	1.07
132984--133151	92	1.9	90	92	3	284	39	14	22	23	1.91
133209--133601	105	3.7	105	88	3	520	40	16	18	23	1.91
133729--133831	3	34.7	3	90	1	163	33	0	2	63	1.10
136070--136130	2	32.0	2	81	15	67	44	1	3	50	1.28
136556--136601	17	2.7	17	96	0	83	39	6	8	45	1.61
137616--138328	228	3.1	227	96	1	1308	44	7	8	39	1.62
138377--138423	20	2.4	19	86	10	67	53	10	19	17	1.72
138558--138604	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
140828--140871	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
142098--142201	6	17.3	6	79	4	84	39	7	32	20	1.81
142101--142201	12	8.4	12	86	0	112	38	7	32	20	1.82
143706--144198	183	2.7	182	94	1	860	34	14	17	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144992--145019	13	2.2	13	100	0	56	60	21	17	0	1.36
146680--146744	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
147090--147162	23	3.2	23	84	0	92	34	4	20	41	1.72
147090--147187	46	2.1	45	81	7	108	33	6	17	42	1.74
147590--147626	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
147582--147628	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
147878--147964	39	2.2	39	85	4	122	50	18	12	18	1.77
148378--148450	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
148802--148874	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
148176--150497	424	5.5	427	95	2	4228	41	7	12	38	1.71
149231--149299	23	3.2	22	80	12	72	34	4	21	39	1.73
149440--149504	30	2.2	29	82	15	73	52	4	0	43	1.22
149651--149714	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
149650--149723	23	3.2	23	81	7	78	36	4	21	37	1.73
148176--150497	849	2.7	852	96	1	4302	41	7	12	38	1.71
150081--150153	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
150564--150611	23	2.1	23	92	0	78	33	16	12	37	1.86
152687--152721	18	1.9	18	88	0	52	22	8	22	45	1.79
156241--156293	12	4.5	11	79	11	61	64	0	22	13	1.28
156233--156293	23	2.7	23	83	14	74	65	0	21	13	1.26
164273--164320	21	2.3	21	85	0	60	31	22	14	31	1.94
165694--165736	18	2.4	18	84	7	52	23	9	2	65	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174326--174371	23	2.0	23	83	8	58	30	15	0	54	1.41
177198--177231	12	2.8	12	86	0	50	11	2	0	85	0.71
181666--181710	18	2.5	18	92	7	74	24	6	4	64	1.37
187014--187039	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
187173--187269	21	4.7	21	77	7	74	19	19	24	36	1.95
187194--187245	20	2.6	19	85	8	77	11	25	21	42	1.86
187170--187309	61	2.3	60	81	7	149	22	17	22	37	1.94
188684--189051	37	10.0	37	75	10	274	44	3	6	45	1.46
188696--189051	74	4.8	72	76	10	308	44	3	6	45	1.46
188864--188924	29	2.1	29	84	6	79	49	3	1	45	1.28
189064--189113	3	16.3	3	80	12	57	26	2	0	72	0.96
189601--189647	20	2.3	21	85	7	62	72	21	4	2	1.12
191057--191109	20	2.5	21	81	9	54	50	1	1	45	1.23
193459--193493	15	2.3	15	95	0	61	20	22	31	25	1.98
194420--194452	17	1.9	17	93	0	57	66	9	6	18	1.40
194463--194509	16	2.8	17	80	9	60	57	2	0	40	1.11
194463--194508	17	2.8	16	83	6	56	56	2	0	41	1.11
194661--194750	32	2.8	33	82	3	119	41	1	11	46	1.46
195705--195748	22	2.0	22	90	0	70	59	15	6	18	1.58
198745--198778	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
200990--201127	68	2.1	66	82	14	171	43	5	3	47	1.45
202077--202251	87	2.0	87	93	0	296	25	14	15	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202168--202452	110	2.6	111	91	2	446	26	13	12	47	1.78
203553--203721	53	3.1	53	71	17	128	35	5	8	49	1.58
203554--203857	58	5.4	58	72	13	208	37	5	10	46	1.64
206496--206545	20	2.4	21	90	3	75	28	38	12	22	1.89
224534--224609	23	3.5	22	85	5	91	23	34	23	18	1.96
226179--226234	18	3.1	17	82	10	67	46	23	30	0	1.53
237573--237717	45	3.5	42	70	19	126	28	25	12	33	1.92
237563--237885	79	4.1	79	91	0	511	28	23	11	36	1.89
238222--238257	19	1.9	18	88	5	54	38	13	0	47	1.44
238375--238448	19	3.7	19	74	22	71	21	27	17	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10