genome.fa.s8129.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110684_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2577775

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1095 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144626--2144671	10	4.6	10	83	0	56	2	2	10	84	0.79
2144617--2144663	20	2.3	21	92	3	78	0	4	14	80	0.85
2144617--2144672	20	2.8	20	84	7	62	1	3	14	80	0.93
2153293--2153361	35	1.9	36	94	2	122	30	36	2	30	1.72
2158790--2158836	15	3.1	15	82	11	60	17	23	0	59	1.37
2159653--2159691	19	2.0	20	90	5	62	64	0	15	20	1.30
2162603--2162678	24	3.2	24	72	7	57	32	19	15	31	1.94
2166811--2166857	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
2175110--2175173	26	2.5	26	85	12	80	6	17	4	71	1.24
2175445--2175484	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
2179077--2179125	24	2.0	23	84	7	62	28	20	28	22	1.98
2179944--2179994	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2181940--2181999	24	2.5	24	72	0	57	31	18	20	30	1.96
2183888--2183938	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2186487--2186537	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2190783--2190829	15	3.0	15	79	11	51	17	21	0	61	1.34
2191266--2191305	13	2.9	15	85	14	59	60	0	27	12	1.33
2193858--2193909	24	2.2	24	89	6	79	40	17	21	21	1.91
2201989--2202037	9	5.0	10	82	7	57	0	10	2	87	0.62
2217166--2217212	15	3.0	16	85	11	62	19	23	0	57	1.41
2217403--2217445	18	2.3	19	80	15	54	79	4	16	0	0.90
2220894--2220926	16	2.1	16	100	0	66	33	18	6	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2224499--2224531	16	2.1	16	100	0	66	33	18	6	42	1.75
2226404--2226458	24	2.3	25	81	6	60	29	21	16	32	1.95
2226526--2226583	30	1.9	31	85	3	82	32	13	12	41	1.82
2227744--2227829	36	2.4	37	84	9	106	8	16	8	67	1.40
2231505--2231544	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2231527--2231576	23	2.3	23	86	6	77	20	22	42	16	1.89
2237350--2237401	20	2.7	19	91	5	86	17	21	44	17	1.87
2240021--2240045	11	2.3	11	100	0	50	52	0	16	32	1.44
2248598--2248640	19	2.3	19	100	0	86	39	11	0	48	1.40
2256926--2256972	23	2.0	23	84	12	60	48	2	8	40	1.45
2256941--2257012	26	2.8	26	78	15	62	45	5	6	41	1.54
2257779--2257879	33	3.0	33	80	11	82	32	1	33	31	1.69
2261305--2261346	15	2.6	16	88	7	59	0	11	4	83	0.79
2261685--2261785	33	3.0	33	80	11	82	32	1	33	31	1.69
2269416--2269465	8	5.6	9	84	11	59	0	10	2	88	0.61
2269442--2269467	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
2282928--2282956	13	2.3	13	94	5	51	48	0	31	20	1.50
2291151--2291202	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
2295296--2295347	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
2299221--2299283	26	2.4	26	97	0	117	30	0	41	28	1.56
2313074--2313113	18	2.2	18	86	8	55	0	15	2	82	0.77
2313293--2313326	11	3.0	11	91	4	50	64	0	17	17	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313293--2313330	16	2.4	16	86	8	51	63	0	18	18	1.32
2322134--2322201	5	12.8	5	74	20	50	2	16	1	79	0.93
2322136--2322186	13	3.8	13	73	19	50	1	17	1	78	0.94
2322128--2322202	8	9.0	8	75	13	53	2	17	1	78	0.93
2322131--2322202	28	2.6	27	79	12	83	2	16	1	79	0.93
2324082--2324129	17	2.9	16	87	6	60	79	4	16	0	0.89
2324087--2324128	20	2.1	20	86	8	59	78	2	19	0	0.86
2328500--2328533	17	2.0	17	88	11	52	0	23	5	70	1.09
2328661--2328721	28	2.2	28	100	0	122	27	19	18	34	1.95
2331769--2331813	21	2.1	21	95	0	81	2	28	15	53	1.54
2337922--2337966	8	5.5	8	87	12	65	0	20	2	77	0.87
2337913--2337968	16	3.5	16	86	13	71	0	19	3	76	0.93
2340785--2340824	21	1.9	21	85	10	55	0	10	12	77	0.99
2340794--2340833	10	3.9	10	83	3	53	0	7	7	85	0.76
2351145--2351199	24	2.3	24	80	0	65	27	23	18	30	1.97
2354519--2354570	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
2356531--2356580	24	2.0	24	84	3	64	26	20	14	40	1.90
2357879--2357903	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2358631--2358682	19	2.6	21	87	6	72	48	7	11	32	1.68
2364607--2364653	24	1.9	25	82	4	60	12	23	12	51	1.74
2367141--2367210	19	3.6	19	92	1	95	32	15	5	45	1.70
2367549--2367653	36	2.9	36	88	1	158	30	34	3	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372420--2372479	24	2.5	24	72	0	57	31	18	20	30	1.96
2373651--2373708	27	2.1	28	87	9	84	10	15	15	58	1.62
2374369--2374419	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2379284--2379333	14	3.9	13	73	21	52	78	2	20	0	0.86
2379278--2379333	19	3.1	18	82	17	71	78	1	19	0	0.84
2379278--2379333	11	4.7	11	74	21	51	78	1	19	0	0.84
2394176--2394212	11	3.3	11	96	3	65	16	35	8	40	1.78
2401885--2401929	19	2.5	18	79	10	56	77	2	15	4	1.02
2404338--2404412	22	3.4	22	67	10	71	37	14	22	25	1.92
2404332--2404424	45	2.1	45	100	0	186	37	12	22	26	1.91
2404840--2404904	2	32.5	2	100	0	130	50	49	0	0	1.00
2406155--2406191	12	3.2	12	92	7	60	35	35	0	29	1.58
2412352--2412399	11	4.7	10	82	12	53	83	8	8	0	0.82
2412380--2412410	14	2.2	14	94	0	53	80	9	9	0	0.90
2412352--2412398	10	4.7	10	89	10	62	82	8	8	0	0.83
2412370--2412417	23	2.0	24	88	4	71	77	12	10	0	1.00
2416888--2417281	195	2.0	195	98	0	761	39	19	14	26	1.91
2421712--2421769	7	7.7	7	77	19	55	84	10	5	0	0.77
2421715--2421771	16	3.5	16	80	9	71	84	10	5	0	0.77
2421743--2421783	21	2.0	21	95	0	73	80	12	7	0	0.90
2426233--2426269	16	2.3	16	86	13	58	35	10	8	45	1.69
2431571--2431596	11	2.4	11	100	0	52	0	15	7	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431578--2431615	11	3.4	11	92	3	58	0	5	7	86	0.69
2433737--2433816	35	2.2	37	86	4	110	31	37	2	28	1.71
2433767--2433815	11	4.2	12	75	19	50	32	36	2	28	1.69
2437682--2437761	35	2.2	37	86	4	110	31	37	2	28	1.71
2437712--2437760	11	4.2	12	75	19	50	32	36	2	28	1.69
2440612--2440657	24	1.9	25	82	8	60	41	6	15	36	1.73
2446995--2447041	18	2.6	19	83	12	64	82	2	14	0	0.75
2446994--2447057	15	4.0	16	76	10	51	78	6	14	1	1.02
2446994--2447047	24	2.2	23	87	9	72	79	5	12	1	0.98
2449434--2449462	15	2.0	15	93	6	51	75	3	20	0	0.94
2453910--2453956	24	2.0	24	86	0	67	34	14	25	25	1.94
2455872--2455938	24	2.7	25	84	13	86	74	5	17	1	1.09
2455885--2455919	14	2.4	15	90	4	54	80	0	20	0	0.72
2455871--2455948	24	3.2	24	80	8	79	71	7	17	2	1.21
2456950--2457000	19	2.6	20	81	3	59	43	5	17	33	1.73
2459845--2459897	16	3.2	16	77	17	56	66	0	18	15	1.26
2460085--2460129	24	1.9	23	86	13	65	0	20	4	75	0.97
2460885--2460935	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2465523--2465556	16	2.1	16	88	0	50	73	0	17	8	1.08
2469632--2469686	28	1.9	28	85	10	76	0	18	5	76	0.97
2475165--2475211	25	2.0	24	84	16	62	0	17	8	74	1.05
2485656--2485750	36	2.7	36	93	1	156	29	7	36	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486087--2486137	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2487107--2487144	18	2.1	18	85	9	51	57	2	15	23	1.51
2487600--2487675	24	3.2	24	70	7	82	22	22	22	32	1.98
2487580--2487675	48	2.0	48	100	0	192	25	22	22	29	1.99
2489697--2489776	35	2.2	37	88	4	119	32	36	3	27	1.75
2490218--2490264	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
2495366--2495445	35	2.2	37	88	4	119	31	36	5	27	1.78
2496248--2496427	90	2.0	89	85	1	243	27	22	27	22	1.99
2501820--2501849	13	2.4	13	94	5	53	23	33	0	43	1.54
2507765--2507817	18	2.9	18	81	8	63	75	5	15	3	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10