genome.fa.s8129.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110684_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2577775

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  3  of  10  ( 1095 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
547225--547261	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
547519--547644	39	3.2	39	97	0	234	48	20	13	17	1.81
548048--548111	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
548048--548120	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
550632--550692	32	1.9	32	83	6	79	34	18	16	31	1.93
552819--552847	15	1.9	15	100	0	58	62	17	0	20	1.33
557822--558031	45	4.6	45	89	4	312	25	25	10	38	1.89
557822--558031	94	2.3	90	90	3	312	25	25	10	38	1.89
558006--558128	46	2.7	46	90	0	192	21	21	7	48	1.74
558160--558315	81	1.9	81	85	2	215	30	22	12	35	1.91
558248--558724	68	7.0	68	92	0	783	29	27	14	28	1.95
558934--559091	57	2.8	57	83	1	183	41	16	7	34	1.77
568275--568344	21	3.3	21	96	4	124	41	15	14	28	1.86
569142--569257	5	23.4	5	90	9	177	58	0	0	41	0.98
569142--569257	33	3.4	34	93	6	191	58	0	0	41	0.98
569872--569942	36	2.0	36	94	0	124	33	15	2	47	1.60
569874--569951	36	2.2	36	86	4	115	37	15	2	44	1.60
570909--570950	19	2.2	20	86	4	59	52	2	2	42	1.27
572240--572294	3	18.3	3	92	0	92	61	0	3	34	1.13
572618--573289	113	6.0	113	96	0	1175	28	19	14	37	1.90
574082--574595	83	6.2	82	88	4	726	35	21	13	29	1.92
584483--584523	20	2.0	21	85	4	57	53	2	2	41	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
585817--585868	3	17.3	3	91	0	86	61	0	3	34	1.14
589892--589973	39	2.1	39	97	0	155	19	21	19	39	1.93
590168--590240	36	2.0	36	86	0	101	35	28	15	20	1.93
607684--607723	21	1.9	21	90	10	64	57	7	5	30	1.48
611490--611533	22	1.9	24	90	9	74	29	31	20	18	1.96
611483--611562	20	3.7	22	77	11	76	26	32	23	17	1.97
616082--616116	16	2.2	16	89	0	52	77	5	0	17	0.96
620339--620396	21	3.0	19	83	14	82	50	8	12	29	1.69
620339--620396	18	3.1	18	85	11	80	50	8	12	29	1.69
620620--620677	21	3.0	19	83	14	82	50	8	12	29	1.69
620620--620677	18	3.1	18	85	11	80	50	8	12	29	1.69
621532--621597	23	2.9	23	97	0	123	24	24	15	36	1.93
621819--621866	19	2.5	20	75	3	53	29	14	6	50	1.67
623002--623041	20	1.9	22	90	10	66	10	10	42	37	1.72
623151--623210	21	2.9	21	82	5	77	30	21	21	26	1.99
628155--628200	14	3.1	15	76	20	51	43	4	17	34	1.69
629169--629239	22	3.2	22	83	0	70	38	18	16	26	1.92
629636--629692	13	4.4	13	81	0	60	31	22	14	31	1.93
635119--635169	20	2.5	20	90	0	75	29	21	17	31	1.96
635130--635176	20	2.6	17	75	18	58	25	27	17	29	1.97
640762--640838	19	4.1	19	96	0	145	53	6	25	14	1.65
640750--640831	38	2.2	38	86	0	110	54	7	23	14	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
640769--640838	10	7.3	10	71	9	65	55	5	25	12	1.59
641045--641098	17	3.1	17	83	2	72	68	0	5	25	1.11
642366--642407	22	1.9	22	95	0	75	19	26	33	21	1.97
648700--648737	20	1.9	20	88	0	58	31	7	7	52	1.59
650722--650767	22	2.0	22	91	4	74	15	26	32	26	1.95
652901--652954	21	2.6	21	84	0	81	37	25	16	20	1.93
652964--653059	21	4.6	21	69	0	66	39	22	15	21	1.91
654384--654423	21	1.9	21	89	0	62	30	15	5	50	1.65
658699--658863	43	3.8	45	85	10	227	41	7	21	28	1.81
658699--658863	87	1.9	86	91	3	269	41	7	21	28	1.81
664522--664562	21	1.9	22	90	5	66	24	19	17	39	1.92
668522--668557	17	2.1	17	89	0	54	61	2	11	25	1.43
670346--670464	44	2.7	44	93	0	193	25	26	29	19	1.98
673357--673390	12	2.8	12	95	0	59	26	2	26	44	1.69
673879--674216	186	1.8	183	92	1	568	46	8	2	41	1.49
674168--674211	21	2.2	20	83	4	52	45	0	2	52	1.13
675191--677000	906	2.0	901	94	1	3203	35	13	11	39	1.81
677405--677468	2	32.5	2	96	3	121	51	0	0	48	1.00
696123--696162	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
697940--697971	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
699372--699443	17	4.2	17	80	5	74	37	15	6	40	1.74
703266--703348	17	4.9	17	65	11	53	26	13	14	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703266--703348	34	2.4	34	78	11	98	26	13	14	45	1.81
703369--703408	17	2.4	17	91	0	62	40	17	5	37	1.72
707361--707452	34	2.7	34	77	11	89	30	13	11	44	1.79
707441--707512	17	4.2	17	80	5	65	38	13	5	41	1.68
707464--707515	17	3.1	17	88	0	77	40	13	1	44	1.55
710998--711029	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
712985--713038	27	2.0	27	100	0	108	29	37	3	29	1.75
714198--714238	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
718489--718538	19	2.5	20	83	3	66	28	24	20	28	1.99
720358--720429	37	1.9	37	94	0	126	34	15	16	33	1.90
722871--722949	38	2.1	38	82	2	95	24	15	18	41	1.89
733592--733659	35	1.9	35	81	0	82	30	22	14	32	1.94
735385--735660	43	6.4	44	79	7	210	25	16	23	34	1.95
735626--735696	35	2.0	35	86	0	97	21	19	19	39	1.93
736119--736168	21	2.4	21	93	0	82	4	38	20	38	1.71
740804--740923	42	2.9	41	69	16	120	22	24	18	35	1.96
740796--740932	41	3.3	41	68	13	109	23	23	18	35	1.96
740981--741419	190	2.3	189	81	3	490	32	16	16	33	1.92
745402--745439	19	2.0	19	94	0	67	34	15	26	23	1.95
746236--746453	103	2.1	103	96	0	400	26	12	23	37	1.91
747633--747805	90	1.9	89	91	1	283	43	7	10	38	1.67
749646--749687	19	2.2	19	95	0	75	26	2	33	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753508--753541	17	2.0	17	88	0	50	29	11	23	35	1.90
754270--754434	90	1.8	89	88	1	249	45	7	9	38	1.64
754967--755002	15	2.4	15	90	0	54	41	2	5	50	1.40
758188--758236	21	2.3	21	100	0	98	14	22	14	48	1.79
762647--762884	55	4.3	55	83	3	284	33	19	19	26	1.96
766450--766487	20	1.9	20	94	0	67	23	23	18	34	1.96
773429--773474	22	2.2	22	84	7	60	23	19	23	32	1.97
780468--780521	20	2.6	21	83	16	69	25	24	16	33	1.96
783798--783837	21	2.0	21	95	5	73	22	22	15	40	1.91
787290--787325	18	1.9	19	88	5	56	52	5	0	41	1.24
791434--791477	3	14.7	3	90	9	72	68	0	0	31	0.90
791609--791825	102	2.2	99	81	8	246	24	17	17	41	1.90
791725--792358	123	5.2	124	90	3	881	25	18	15	40	1.90
791716--792358	247	2.6	245	87	5	893	25	19	15	40	1.90
792049--792545	113	4.3	113	88	4	606	27	19	14	37	1.91
792559--792789	76	3.0	76	94	0	390	34	21	20	23	1.97
792949--793305	73	4.9	73	91	1	581	38	13	17	30	1.87
792949--793301	146	2.4	146	96	1	645	39	13	16	30	1.87
793340--793667	165	2.0	166	90	1	516	36	13	14	35	1.85
794070--794124	22	2.5	22	93	0	92	43	14	7	34	1.73
796593--796809	114	1.9	114	91	0	353	29	19	15	34	1.93
799087--799129	20	2.2	20	83	8	52	4	13	0	81	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801063--801090	12	2.3	12	100	0	56	53	7	14	25	1.66
801030--801089	27	2.3	27	79	2	77	60	6	11	21	1.54
801149--801188	15	2.7	15	88	0	53	62	10	10	17	1.53
804354--804390	18	2.1	17	95	5	65	2	5	35	56	1.36
804890--804943	3	18.0	3	81	14	67	64	0	0	35	0.94
804890--804937	19	2.7	18	87	9	71	64	0	0	35	0.94
805935--806078	36	4.0	35	75	13	105	42	4	7	45	1.52
806062--806095	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
806028--806132	53	2.0	52	90	3	165	42	2	7	46	1.47
806078--806276	37	5.3	37	85	8	210	44	2	8	45	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10