genome.fa.s8129.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008129.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110684_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2577775

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806220--806271	28	1.9	26	84	7	68	40	0	9	50	1.35
806078--806276	76	2.6	75	78	12	221	44	2	8	45	1.46
807555--807594	9	4.3	9	81	6	53	12	5	0	82	0.82
807555--807608	14	3.8	13	79	11	54	11	5	1	81	0.93
810766--810835	36	1.9	36	94	0	122	17	15	10	57	1.65
811349--811544	99	2.0	99	88	0	293	35	14	18	32	1.91
812831--813356	83	6.3	82	79	7	393	35	20	16	26	1.94
812820--813446	166	3.7	168	79	6	585	35	20	16	26	1.94
812833--813450	85	7.4	84	81	4	592	36	20	16	26	1.94
814056--814090	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
814081--814167	38	2.2	40	84	6	108	50	3	5	40	1.43
814190--814234	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
814216--814493	39	7.4	39	83	11	280	43	2	7	46	1.44
814218--814493	37	7.4	36	80	11	245	43	2	7	46	1.44
814056--814345	137	2.1	137	81	11	317	46	2	5	44	1.40
814491--814521	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
815862--815896	15	2.4	14	86	13	52	17	2	0	80	0.84
818842--818884	21	2.0	21	100	0	86	23	39	13	23	1.90
819664--819770	2	53.5	2	100	0	214	0	0	49	50	1.00
819944--820107	33	5.0	33	79	0	148	23	24	21	29	1.99
822294--822329	18	1.9	19	88	5	56	52	5	0	41	1.24
823142--823519	182	2.1	182	89	1	578	41	14	16	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823359--823397	20	1.9	21	89	5	62	51	15	15	17	1.77
825378--825431	24	2.4	23	79	11	67	42	0	7	50	1.30
825709--825743	15	2.3	15	95	0	61	20	5	60	14	1.54
826075--826124	18	2.8	18	90	0	82	56	2	34	8	1.40
827677--827721	19	2.4	19	96	0	81	33	2	8	55	1.43
828528--828552	11	2.3	11	100	0	50	36	8	8	48	1.62
830164--831376	199	6.0	198	83	6	1473	38	14	15	31	1.88
830650--830700	20	2.5	20	96	0	93	43	7	13	35	1.73
830654--830707	20	2.7	20	91	0	72	42	9	16	31	1.80
830164--831348	418	2.9	403	85	6	1587	38	14	15	30	1.88
830166--831298	617	1.8	614	87	2	1614	38	14	15	30	1.88
832985--833032	19	2.5	19	82	0	60	35	4	8	52	1.51
835503--836218	201	3.6	199	87	2	990	38	15	15	31	1.88
839532--839599	28	2.4	28	97	0	127	63	11	4	20	1.45
840527--840998	195	2.5	192	85	2	581	32	21	12	32	1.91
850441--850474	17	2.0	17	88	0	50	29	29	5	35	1.81
850882--850935	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
850922--851039	21	5.8	19	74	10	83	37	21	19	22	1.95
850922--851198	20	13.6	20	68	11	107	37	23	18	20	1.94
850985--851216	40	5.8	40	79	9	215	38	25	18	18	1.93
850985--851128	60	2.4	60	78	6	150	40	23	16	18	1.90
851004--851215	60	3.5	59	76	10	182	38	25	17	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850985--851219	20	11.8	18	74	12	130	38	25	17	18	1.93
851305--851454	20	7.5	20	90	1	214	39	19	17	24	1.92
851651--851739	20	4.4	20	84	2	108	35	24	20	19	1.95
851744--851816	19	3.8	19	98	0	137	46	17	20	15	1.84
851825--851920	33	2.9	34	84	3	122	13	21	20	43	1.86
852014--852050	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
853464--853503	21	2.0	20	86	13	57	25	15	32	27	1.95
853402--853513	42	2.7	41	75	8	109	22	17	37	22	1.94
853993--854079	20	4.3	20	95	0	147	37	21	19	20	1.94
854235--854614	94	4.1	94	95	1	665	47	19	12	21	1.81
856318--856392	20	3.8	20	92	5	118	37	24	21	17	1.94
856309--856465	19	8.1	19	90	2	152	43	19	19	17	1.88
856461--856541	33	2.5	33	85	0	108	11	18	20	49	1.78
856525--856596	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
857154--857367	20	10.6	20	78	6	234	18	19	25	37	1.94
857156--857468	40	7.7	41	83	6	338	18	18	24	38	1.92
857156--857449	162	1.8	162	84	4	405	18	18	24	38	1.92
857376--857468	20	4.7	20	95	2	152	15	17	23	44	1.86
857436--857529	42	2.3	42	76	9	95	21	21	22	35	1.96
857518--857571	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
861694--861772	2	40.5	2	92	5	135	53	0	0	46	1.00
864828--865647	38	21.9	38	71	9	504	31	16	13	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864831--865651	74	11.0	74	83	4	855	31	17	13	38	1.87
865652--865797	59	2.5	59	87	2	204	26	24	17	31	1.97
865687--865810	59	2.1	59	80	5	135	29	23	19	28	1.98
865737--865969	92	2.5	92	85	0	322	31	22	17	27	1.97
865737--866001	93	2.9	92	82	2	325	33	21	17	27	1.96
866300--866340	19	2.2	19	100	0	82	58	31	0	9	1.31
866471--866504	15	2.4	14	90	5	50	85	0	8	5	0.75
873476--873807	55	6.0	55	88	0	448	32	18	15	33	1.92
873483--873807	165	2.0	165	89	0	497	32	18	15	32	1.92
873476--873872	110	3.6	110	83	1	447	31	18	15	34	1.92
874405--874452	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
878949--879010	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
878908--879061	76	2.0	76	87	5	222	28	1	10	59	1.41
879785--879865	24	3.3	24	69	17	69	27	3	0	69	1.05
880182--880216	7	5.0	7	89	10	54	74	0	25	0	0.82
891741--891786	22	2.1	21	84	4	56	39	13	0	47	1.42
893311--893360	21	2.4	21	86	0	64	34	28	16	22	1.95
893814--893863	22	2.4	22	80	9	61	26	28	18	28	1.98
893919--893991	20	3.5	20	77	15	76	27	28	13	30	1.94
893939--894012	22	3.4	22	72	10	71	25	27	13	33	1.93
893918--894020	43	2.4	43	88	1	145	25	28	14	32	1.95
894546--894581	13	2.8	13	95	0	63	66	0	30	2	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900757--900807	22	2.5	21	84	12	70	27	25	15	31	1.96
900840--900892	20	2.7	20	81	0	61	26	28	15	30	1.96
900882--900956	22	3.5	22	71	23	68	26	24	13	36	1.92
900860--900963	43	2.4	43	90	1	165	26	25	12	34	1.92
909766--909849	2	42.0	2	100	0	168	50	50	0	0	1.00
910272--910324	18	3.0	18	91	2	63	32	9	15	43	1.78
910280--910324	18	2.5	18	100	0	90	33	11	15	40	1.83
930451--930483	11	3.0	11	95	0	57	51	3	18	27	1.60
932362--932400	16	2.4	16	86	4	51	15	17	2	64	1.41
934512--934558	14	3.6	14	75	18	57	17	25	23	34	1.96
934512--934558	25	1.9	24	91	4	76	17	25	23	34	1.96
934544--934803	129	2.0	129	86	5	366	30	20	13	34	1.92
935429--935503	31	2.4	31	90	0	123	20	26	25	28	1.99
941741--941770	13	2.3	13	94	0	51	20	53	20	6	1.67
947497--947659	54	3.0	54	82	4	177	31	19	19	30	1.96
947601--948178	54	10.7	54	83	2	615	35	19	19	25	1.95
948420--948661	81	3.0	81	80	4	240	39	11	21	28	1.87
951603--951676	21	3.6	20	68	12	60	33	13	17	35	1.89
951602--951696	41	2.3	41	94	0	163	33	13	20	32	1.91
951625--951697	20	3.6	20	72	3	74	34	15	20	30	1.93
952135--952273	54	2.6	56	80	6	160	32	22	19	25	1.97
952240--952963	54	13.4	54	86	1	840	34	20	19	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
953112--953248	68	2.0	68	81	5	161	31	14	25	28	1.95
953194--953425	81	2.9	80	83	2	259	40	10	20	28	1.85
954712--954768	25	2.3	25	93	0	96	36	29	14	19	1.91
959629--959689	31	2.0	29	90	6	95	31	24	6	37	1.81
964260--964317	31	1.9	30	86	10	82	43	3	8	44	1.51
964394--964443	20	2.5	20	83	6	57	42	4	10	44	1.56
964497--964562	20	3.2	20	82	4	87	33	4	19	42	1.72
964497--964572	20	3.8	20	81	11	84	34	5	18	42	1.73
970842--970907	33	2.0	33	90	0	105	34	21	12	31	1.90
972051--972126	32	2.3	33	84	6	93	63	1	1	34	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10