genome.fa.s8136.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008136.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110691_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1585607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124769--124800	6	5.5	6	92	7	57	0	0	46	53	1.00
124769--124913	12	12.2	12	64	7	55	13	3	37	44	1.61
125604--125671	15	4.7	15	81	15	74	50	1	0	48	1.10
125604--125685	28	2.9	28	83	16	100	50	1	0	48	1.08
125601--125756	6	25.2	6	68	21	58	50	1	1	46	1.20
125615--125896	31	8.9	30	70	21	132	50	2	3	43	1.34
125754--125960	21	9.6	21	70	16	63	48	5	5	40	1.50
125774--125842	14	4.9	14	79	13	61	46	4	4	44	1.43
125669--125931	131	2.0	133	81	8	315	49	3	4	42	1.41
125878--125977	22	4.7	21	72	16	64	50	10	5	35	1.58
125999--126090	24	4.2	22	77	17	77	43	9	6	40	1.64
126012--126097	22	3.7	23	82	11	88	44	10	6	38	1.66
126109--126161	24	2.4	22	80	17	65	39	5	7	47	1.56
126174--126260	7	12.6	7	85	2	95	19	0	33	47	1.50
126257--126352	49	2.0	48	81	6	113	35	5	6	53	1.49
126366--126439	37	2.1	36	87	5	105	40	10	8	40	1.70
126653--126797	2	74.0	2	68	18	56	43	6	2	48	1.39
126654--126683	9	3.2	9	95	4	51	46	0	0	53	1.00
126812--126854	18	2.4	18	88	0	59	32	6	2	58	1.38
126822--126861	18	2.2	18	100	0	80	30	5	5	60	1.40
126882--127036	83	1.9	83	88	0	238	42	4	5	47	1.48
126988--127065	18	4.3	17	79	12	68	41	1	3	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128065--128104	18	2.2	18	86	8	55	32	0	10	57	1.32
129376--129474	52	1.9	52	89	0	153	31	8	19	41	1.80
131090--131132	21	2.0	21	86	0	59	44	20	11	23	1.84
131100--131133	11	3.2	11	83	8	52	47	20	8	23	1.78
147071--147102	7	4.4	7	96	4	55	37	0	3	59	1.13
147084--147232	21	6.9	22	68	18	89	46	0	1	51	1.14
147118--147232	42	2.7	44	87	10	168	50	0	0	47	1.13
148171--148234	23	2.8	23	97	0	119	25	15	14	45	1.83
153682--153738	18	2.9	20	84	10	73	10	17	12	59	1.60
173872--173908	14	2.6	14	100	0	74	32	8	21	37	1.83
183736--183784	16	2.9	16	81	6	53	51	4	18	26	1.64
184384--184449	32	2.1	31	86	8	89	40	25	9	24	1.84
184384--184449	31	2.1	32	86	8	82	40	25	9	24	1.84
184962--185004	22	2.0	21	86	8	61	74	0	0	25	0.82
186706--186792	37	2.4	38	84	7	117	45	5	5	42	1.51
186891--186922	5	6.4	5	96	0	55	40	0	3	56	1.15
188998--189092	43	2.2	43	96	0	172	36	35	10	16	1.84
189211--189326	24	4.8	24	90	4	162	40	19	13	25	1.89
189209--189344	72	1.9	72	83	6	177	41	19	13	25	1.87
191881--191910	13	2.3	13	94	0	51	16	23	50	10	1.75
194035--194129	43	2.2	43	92	0	163	35	35	10	17	1.85
194245--194363	24	5.0	24	88	4	177	39	20	14	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194224--194381	72	2.2	72	81	2	201	44	18	11	25	1.83
194248--194381	24	5.6	24	86	3	153	41	19	13	25	1.88
196931--196960	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
196937--196983	18	2.6	18	86	0	67	12	21	46	19	1.82
200421--200465	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
201754--201996	30	8.1	30	96	0	434	22	22	24	30	1.99
204303--204362	24	2.7	23	84	7	79	41	21	15	21	1.89
210340--210374	18	1.9	18	88	0	52	25	28	22	22	1.99
214633--214672	21	1.9	21	90	10	64	27	20	0	52	1.46
215056--215113	18	3.0	20	82	12	75	29	29	18	22	1.98
215908--215959	19	2.7	19	87	0	77	21	28	17	32	1.96
219601--219640	21	1.9	21	85	10	55	30	17	0	52	1.45
224944--224978	18	1.9	18	94	0	61	28	34	17	20	1.95
228785--228818	16	2.1	16	100	0	68	41	29	5	23	1.78
230989--231126	37	3.6	38	77	8	147	42	6	10	40	1.64
231114--231140	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
231176--231226	22	2.3	22	79	3	57	45	1	3	49	1.32
231186--231225	20	2.0	21	85	5	55	45	2	5	47	1.38
231241--231280	5	8.0	5	94	0	53	42	12	0	45	1.42
232122--232166	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
232191--232239	22	2.2	22	78	7	55	32	28	28	10	1.90
233218--233342	62	2.0	62	90	3	198	20	19	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233218--233327	31	3.5	31	97	0	202	19	20	21	39	1.93
235886--235978	23	4.0	23	72	10	64	35	25	19	19	1.95
235899--235987	23	3.9	23	75	0	79	33	24	21	20	1.97
236064--236105	15	2.9	15	89	3	50	35	26	4	33	1.77
236076--236105	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
236064--236112	14	3.4	14	86	5	62	34	26	6	32	1.81
239930--240007	41	1.9	41	91	0	129	39	23	15	21	1.91
240770--240904	21	6.4	21	74	13	107	22	14	26	36	1.93
242556--242580	13	1.9	13	100	0	50	56	4	24	16	1.57
244926--244950	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
245482--245628	55	2.7	55	84	1	204	27	18	21	33	1.96
246347--246435	21	4.1	21	79	11	99	26	15	24	32	1.96
246368--246453	44	2.0	44	88	0	127	27	17	24	30	1.97
249441--249504	31	2.1	31	81	0	74	50	15	6	28	1.68
249653--249705	23	2.3	23	80	0	61	32	24	24	18	1.97
249693--249760	23	2.9	23	75	2	73	29	19	25	26	1.98
249840--249877	16	2.5	16	87	8	53	39	21	7	31	1.82
254173--254203	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
254527--254594	18	3.8	18	100	0	136	44	44	5	5	1.52
261060--261215	31	5.0	31	95	1	260	19	18	23	38	1.93
262726--262828	30	3.4	30	75	15	104	62	24	10	2	1.42
268085--268132	21	2.3	21	96	0	87	16	22	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268231--268266	17	2.1	17	89	0	54	38	11	8	41	1.71
268437--268477	21	2.0	21	100	0	82	31	24	24	19	1.98
268685--268739	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
268725--268823	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
268818--268857	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
271020--271067	23	2.0	24	88	4	71	29	16	16	37	1.91
286226--286251	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
294584--294614	14	2.2	14	100	0	62	6	19	0	74	1.03
301504--301548	14	2.8	16	80	19	58	46	0	11	42	1.39
302667--302717	15	3.4	15	91	0	84	7	17	66	7	1.41
304477--304523	16	3.0	16	93	3	78	31	21	10	36	1.88
311020--311057	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
322269--322451	68	2.7	67	94	2	321	37	12	7	42	1.71
322675--322749	34	2.2	36	83	7	93	44	17	0	38	1.49
322734--322803	35	2.1	34	83	5	88	40	1	15	42	1.56
323727--323778	18	2.9	18	91	0	86	25	34	19	21	1.96
330588--330641	17	3.1	17	78	10	56	25	25	18	29	1.98
334862--334896	15	2.3	15	90	0	52	34	2	8	54	1.46
349182--349212	16	2.0	15	93	6	53	35	0	0	64	0.94
358836--358906	23	3.3	22	77	9	67	30	22	16	29	1.96
359347--359384	12	2.9	13	88	7	51	42	10	2	44	1.52
361118--361149	12	2.5	13	90	10	57	43	9	6	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
363275--363306	16	2.0	16	93	0	55	43	12	3	40	1.58
363867--363916	25	2.0	25	84	0	64	34	22	24	20	1.97
365230--365285	27	2.1	27	93	0	94	60	14	8	16	1.57
370952--371009	25	2.4	24	77	5	62	34	18	20	25	1.96
370998--371045	23	2.1	23	88	7	71	33	29	18	18	1.95
371011--371065	23	2.4	23	84	0	65	30	27	21	20	1.98
372283--372604	54	6.1	54	89	2	494	38	15	11	33	1.84
373508--373562	22	2.5	22	93	0	92	40	9	23	27	1.85
374985--375425	54	8.2	54	91	1	715	39	16	11	32	1.83
383202--383245	17	2.6	17	100	0	88	6	18	4	70	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9