genome.fa.s8136.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008136.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110691_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1585607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95--142	19	2.5	19	79	3	60	50	20	10	18	1.76
116--2408	39	59.0	39	83	3	2614	36	16	17	28	1.92
197--261	19	3.4	19	70	4	67	44	13	15	26	1.84
116--20752	117	176.8	118	77	8	13884	37	16	17	29	1.92
2408--2455	19	2.5	19	75	3	51	52	18	10	18	1.74
2429--5672	39	83.4	39	82	3	3517	37	16	17	28	1.92
2509--2573	19	3.4	19	70	4	67	44	13	15	26	1.84
2256--2570	173	1.8	173	81	6	397	40	15	16	27	1.89
2429--11143	78	111.8	78	78	5	6937	37	16	17	29	1.91
5657--5693	19	1.9	19	100	0	74	45	27	10	16	1.80
5586--5769	97	1.9	97	83	0	242	39	17	15	27	1.90
5679--11143	39	140.5	39	82	3	5895	37	16	17	29	1.91
11120--11162	19	2.3	19	95	0	77	39	25	20	13	1.90
11086--11200	58	2.0	58	89	0	176	38	19	17	25	1.93
11139--11943	39	21.2	39	77	10	695	37	16	17	28	1.92
11222--11286	19	3.4	19	70	4	58	41	13	15	29	1.86
11377--11433	19	3.0	20	68	17	57	40	21	17	21	1.92
11915--11960	22	2.2	20	78	14	56	32	17	21	28	1.96
11921--11965	22	2.0	22	95	0	81	35	13	22	28	1.92
11780--12120	178	1.9	178	82	5	431	35	16	19	29	1.93
11943--20752	39	228.8	39	81	7	7836	36	16	17	28	1.92
11804--12074	139	1.9	139	80	7	309	35	16	17	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12882--12946	22	3.2	22	62	20	59	36	15	16	30	1.90
12954--13018	22	3.2	22	62	20	59	40	12	18	29	1.87
15229--15279	19	2.7	19	81	0	57	47	17	19	15	1.83
15195--15309	58	2.0	58	84	3	151	40	17	18	24	1.91
15073--15421	175	2.0	175	80	4	400	39	15	18	26	1.90
15332--15396	19	3.4	19	70	4	58	40	13	16	29	1.88
15526--15582	19	3.0	20	68	17	57	40	21	17	21	1.92
16090--16133	22	2.0	22	86	0	61	34	13	20	31	1.92
15959--16290	178	1.9	177	83	2	432	36	17	18	28	1.93
17205--17304	19	5.2	19	61	11	51	35	18	24	23	1.96
19012--19072	19	3.3	19	62	4	52	36	14	19	29	1.92
19671--19721	15	3.1	16	71	23	52	45	17	17	19	1.86
19664--19712	15	3.1	16	72	21	57	40	20	20	18	1.91
21318--21350	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
21746--21780	18	1.9	18	94	0	61	28	31	22	17	1.96
24155--24195	21	2.0	21	85	4	57	12	14	17	56	1.68
24298--24362	21	2.9	21	84	13	69	1	23	0	75	0.89
24303--24405	11	9.3	11	79	15	83	1	23	1	72	1.04
24298--24393	22	4.1	23	80	15	92	1	23	2	72	1.01
24298--24378	12	6.8	12	84	8	96	1	24	0	74	0.90
24319--24392	37	2.0	37	84	12	98	0	25	2	71	0.99
28366--28460	51	1.9	48	85	10	129	60	11	8	20	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30189--30278	38	2.4	38	88	3	128	13	10	38	37	1.78
30186--30577	202	2.0	195	90	3	613	23	9	30	35	1.88
30176--30620	195	2.3	192	85	7	558	22	10	29	36	1.88
30641--30729	38	2.4	38	86	7	128	11	11	40	37	1.77
31074--31122	20	2.5	20	93	0	89	59	4	8	28	1.45
31280--31323	18	2.6	17	83	16	56	29	27	6	36	1.83
38603--38976	137	2.7	137	88	0	579	23	18	25	33	1.97
39273--39495	102	2.2	102	83	4	272	38	10	14	36	1.81
41836--41891	26	2.2	25	78	6	60	57	3	7	32	1.43
47206--47391	93	2.0	94	84	3	241	33	24	10	31	1.89
48712--48786	37	2.0	37	97	0	141	21	17	22	38	1.93
48749--49019	79	3.5	79	93	1	474	24	21	22	31	1.98
49346--49443	43	2.3	43	89	0	142	24	16	27	31	1.96
49673--49783	43	2.6	43	86	0	150	21	18	31	27	1.97
49082--49845	335	2.3	334	91	1	1217	24	18	23	32	1.97
49955--50114	81	2.0	82	90	3	252	30	13	26	28	1.94
50195--50269	37	2.0	37	89	0	114	24	17	18	40	1.91
50232--50504	79	3.5	79	96	0	492	24	20	22	32	1.98
50831--50933	43	2.4	43	85	0	134	22	16	30	31	1.96
50567--51327	335	2.3	331	90	1	1193	24	18	23	33	1.97
51469--51599	63	2.1	64	88	1	192	30	11	19	38	1.87
52721--52774	11	5.2	11	84	8	60	0	18	5	75	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52721--52793	30	2.6	27	82	10	83	0	17	5	76	0.97
52983--53058	2	40.0	2	87	10	115	51	0	0	48	1.00
52985--53058	17	4.5	17	88	9	109	51	0	0	48	1.00
55545--55579	16	2.1	18	89	10	56	17	25	0	57	1.40
56241--56382	55	2.6	55	86	2	196	21	24	12	40	1.88
59095--59280	93	2.0	94	86	3	259	34	24	11	30	1.90
60454--60490	16	2.3	17	86	9	51	56	5	5	32	1.45
63801--63849	15	3.1	15	88	11	64	55	6	18	20	1.64
63819--63852	17	2.0	17	100	0	68	47	11	17	23	1.81
65359--65516	39	3.7	39	69	19	118	22	23	14	39	1.91
65340--66345	91	11.1	91	91	1	1653	24	22	15	37	1.93
66558--66587	13	2.3	13	100	0	60	30	23	6	40	1.80
66634--66910	75	3.7	75	82	4	315	38	14	18	28	1.90
66634--66910	150	1.8	151	85	2	387	38	14	18	28	1.90
66947--67107	36	4.7	35	73	17	140	37	13	21	27	1.91
66983--67127	36	4.5	31	75	18	102	35	12	21	30	1.90
66881--67071	66	2.9	66	83	8	214	37	14	21	26	1.91
66947--67262	102	3.1	101	80	5	321	37	12	19	31	1.89
67551--67664	42	2.7	42	87	1	167	28	21	22	27	1.99
67829--67895	20	3.3	20	72	12	64	23	22	23	29	1.99
67813--67935	41	3.0	42	85	1	131	25	24	23	26	2.00
67860--67935	20	3.7	20	68	13	55	27	23	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68073--68151	38	2.1	38	87	0	113	40	16	12	30	1.86
68092--68169	38	2.1	37	83	4	95	47	15	8	28	1.75
71907--71949	18	2.3	18	88	4	59	48	4	6	39	1.51
72447--72501	22	2.5	22	90	0	92	36	23	25	14	1.93
76206--76284	3	26.7	3	92	2	133	35	1	0	63	1.03
78581--78677	47	2.1	48	83	11	121	32	13	18	35	1.90
78905--78934	7	4.3	7	95	0	51	16	40	13	30	1.87
83424--84537	62	17.9	62	86	2	1304	26	21	15	35	1.94
83393--84518	561	2.0	561	98	0	2162	26	20	15	36	1.93
84716--85177	36	12.9	35	91	1	647	36	21	23	18	1.95
85352--85425	3	25.3	3	86	5	107	35	2	0	62	1.10
90031--90070	19	2.2	19	86	8	57	35	5	0	60	1.19
91643--91684	2	21.0	2	90	9	68	50	0	2	47	1.14
91857--91909	22	2.5	21	78	3	61	43	5	7	43	1.56
91879--91945	28	2.4	28	82	7	73	40	4	4	50	1.43
93722--93758	19	1.9	19	94	0	65	40	2	5	51	1.39
94603--94656	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
97428--97487	22	2.7	21	82	14	68	51	1	0	46	1.10
97445--97479	15	2.2	16	90	5	54	54	0	0	45	0.99
100404--100457	23	2.3	23	96	0	99	31	12	33	22	1.92
104380--104427	24	2.0	24	100	0	96	29	12	37	20	1.90
104383--104434	24	2.2	24	89	0	77	36	11	34	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114778--115319	186	2.9	186	89	0	814	32	25	16	25	1.96
115156--115426	142	1.9	142	89	3	420	33	25	15	25	1.95
116505--116547	22	1.9	23	85	4	61	55	4	2	37	1.33
116754--116807	26	2.1	26	96	0	99	27	14	22	35	1.93
117080--117148	3	23.3	3	81	8	79	37	2	0	59	1.12
120798--120852	16	3.4	16	97	0	101	18	29	14	38	1.90
121033--121059	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
121098--121148	24	2.1	25	92	7	88	47	0	3	49	1.20
124269--124503	102	2.3	102	92	1	382	51	18	7	22	1.71
124761--124815	17	3.2	17	77	10	58	9	0	45	45	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9