genome.fa.s8136.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008136.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110691_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1585607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762590--762694	37	2.8	37	85	2	140	32	12	14	40	1.83
763033--763067	17	2.0	18	88	5	54	37	2	5	54	1.39
771015--771112	5	18.4	5	76	14	63	78	0	14	7	0.95
771024--771102	15	5.3	14	78	15	79	78	0	15	6	0.94
771018--771097	24	3.4	23	78	14	83	78	0	16	5	0.91
771016--771102	30	3.0	30	82	11	101	78	0	16	5	0.94
771030--771114	25	3.2	24	75	23	73	77	0	14	8	0.98
771812--771842	13	2.5	12	94	5	53	80	0	19	0	0.71
771812--771842	6	5.0	6	92	7	53	80	0	19	0	0.71
771812--771867	25	2.2	25	84	6	69	78	0	19	1	0.84
771812--771872	12	4.9	12	78	13	52	77	0	19	3	0.91
771826--771877	24	2.1	25	85	3	70	78	0	15	5	0.92
772411--773029	135	4.6	135	81	3	687	31	16	16	35	1.91
773882--773977	13	7.5	13	67	21	60	25	9	15	50	1.74
773879--773989	25	4.4	25	87	6	143	25	9	15	49	1.75
774193--774217	13	1.9	13	100	0	50	44	32	8	16	1.76
779774--779846	18	3.9	18	84	7	101	27	31	20	20	1.97
779774--779868	18	4.8	21	77	14	96	27	30	20	22	1.98
780066--780123	24	2.5	21	75	25	55	32	22	5	39	1.76
780609--780660	19	2.7	19	93	0	86	19	32	17	30	1.95
786801--786873	18	3.9	18	77	13	85	31	30	19	19	1.96
787226--787259	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794780--794838	31	1.9	31	100	0	118	35	16	6	40	1.76
795369--795563	107	1.8	109	88	2	304	34	14	11	38	1.83
796132--796179	24	2.0	25	83	4	62	58	20	4	16	1.55
797234--797260	14	1.9	14	100	0	54	29	29	18	22	1.97
801575--801620	18	2.6	18	92	0	74	19	50	19	10	1.77
804155--804211	12	4.8	12	80	8	71	17	15	15	50	1.78
804132--804230	24	4.0	25	77	7	78	20	14	15	50	1.78
806266--806311	18	2.6	18	89	6	67	19	47	19	13	1.81
808805--808887	24	3.5	24	76	3	87	20	15	15	48	1.81
808805--808913	48	2.3	48	82	3	130	20	14	14	50	1.78
808819--808898	24	3.3	24	75	13	83	21	15	15	48	1.80
812484--812535	20	2.6	19	79	8	59	34	28	13	23	1.92
812522--812600	21	3.8	21	84	0	86	36	29	16	17	1.92
814325--814435	51	2.2	51	96	1	206	30	15	8	45	1.75
816959--816992	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
822645--822711	27	2.5	27	92	0	107	37	14	10	37	1.81
822723--822779	15	3.8	15	100	0	114	33	24	14	28	1.94
822857--822903	15	2.8	18	68	18	55	25	14	27	31	1.95
832043--832103	25	2.4	25	86	0	77	26	8	14	50	1.71
833160--833400	2	123.0	2	65	24	79	46	2	4	46	1.39
833711--833896	103	1.8	102	86	5	268	32	26	5	36	1.79
834172--834259	36	2.4	36	80	3	86	23	29	4	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836199--836241	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
836270--836314	22	2.0	22	82	4	54	33	33	24	8	1.86
837189--837328	31	4.5	31	94	0	244	19	19	22	39	1.93
837191--837344	62	2.5	62	90	4	222	20	18	22	38	1.94
839526--839572	2	23.5	2	95	0	85	48	2	0	48	1.13
840447--840489	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
840518--840562	22	2.0	22	82	4	54	33	33	24	8	1.86
841457--841612	31	5.0	31	92	1	242	20	19	22	37	1.94
843967--844001	17	2.1	17	88	0	52	5	17	28	48	1.69
844784--844851	32	2.1	32	83	5	84	41	14	19	25	1.89
844805--844855	16	3.2	16	80	0	66	35	15	25	23	1.94
847118--847291	90	1.9	89	95	1	312	37	10	5	45	1.63
848176--848208	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
852008--852047	19	2.1	19	95	0	71	42	0	12	45	1.42
854266--854294	6	4.8	6	100	0	58	13	51	0	34	1.42
856913--856963	3	16.7	3	81	18	61	68	0	1	29	1.00
856913--856963	19	2.7	19	85	14	79	68	0	1	29	1.00
856913--856963	16	3.3	15	80	20	61	68	0	1	29	1.00
857155--857457	134	2.3	132	82	3	358	24	17	32	25	1.97
857578--857651	15	4.8	15	67	18	53	36	9	20	33	1.85
857655--857731	30	2.7	29	82	6	84	41	6	16	35	1.75
858011--858116	37	2.9	37	84	2	108	41	10	16	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858025--858133	37	3.0	36	85	6	139	40	11	16	31	1.85
859300--859350	22	2.3	22	83	6	59	5	9	5	78	1.08
859340--859378	17	2.2	18	86	4	53	2	17	0	79	0.84
863963--864002	3	13.7	3	89	5	64	65	0	2	32	1.06
868416--868539	65	1.9	64	88	8	189	29	22	19	28	1.98
872219--872292	3	24.0	3	78	5	76	40	0	1	58	1.07
876018--876058	7	5.9	7	83	11	57	14	17	9	58	1.62
878321--878354	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
878351--878389	19	2.1	19	100	0	78	17	25	20	35	1.95
878656--878709	26	2.0	27	96	3	101	68	11	16	3	1.33
878695--878727	17	1.9	17	100	0	66	78	0	21	0	0.75
878698--878748	10	5.6	9	77	11	50	78	0	19	1	0.85
878700--878770	21	3.6	20	81	10	67	80	1	16	1	0.86
881023--881367	115	3.0	114	90	2	539	33	15	20	30	1.94
884610--885324	76	9.4	76	95	1	1227	23	19	21	35	1.96
884610--885324	305	2.3	301	93	2	1223	23	19	21	35	1.96
885455--885522	3	22.0	3	79	5	73	39	0	1	58	1.07
885449--885484	18	2.0	18	94	0	63	41	0	0	58	0.98
890860--890889	15	2.0	15	100	0	60	40	6	20	33	1.78
896055--896088	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
898100--898126	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
898858--898900	21	2.0	21	86	0	59	20	9	23	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908161--908185	10	2.5	10	100	0	50	52	20	8	20	1.71
915384--915447	23	2.8	23	81	9	85	31	26	23	18	1.98
925669--925796	64	2.0	67	87	7	192	27	17	20	34	1.95
925681--925841	64	2.5	63	81	5	180	27	19	18	34	1.96
925866--925933	29	2.3	29	97	0	127	29	22	25	23	1.99
926814--926852	21	1.9	21	89	5	62	25	15	25	33	1.95
933287--933384	37	2.6	39	87	6	139	28	31	3	36	1.73
933457--933548	35	2.6	35	79	16	109	20	6	17	55	1.64
934634--934682	18	2.7	18	87	6	64	44	6	4	44	1.47
934703--934840	2	70.5	2	76	14	128	48	2	2	47	1.26
935286--935360	2	37.5	2	86	5	107	46	1	1	50	1.18
935670--935849	2	93.0	2	77	14	182	48	1	2	47	1.26
935849--935888	2	20.5	2	94	5	73	52	0	47	0	1.00
936022--936058	14	2.7	14	91	4	58	48	8	0	43	1.32
936017--936069	2	25.0	2	77	11	52	47	7	1	43	1.42
936102--936155	21	2.6	21	85	5	65	51	20	0	27	1.47
936509--936561	20	2.5	20	72	6	52	47	5	9	37	1.60
936631--936683	21	2.5	21	84	6	63	52	26	0	20	1.46
936935--936981	22	2.0	22	88	8	67	42	0	2	55	1.12
936974--937044	19	3.7	18	83	10	88	46	8	4	40	1.54
936994--937059	23	2.9	23	86	6	91	48	7	1	42	1.40
936968--937059	21	4.3	21	78	9	96	47	7	3	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
937012--937050	2	20.0	2	86	5	53	48	5	0	46	1.24
937048--937152	49	2.1	49	84	3	131	48	11	6	33	1.65
937140--937191	14	3.7	14	75	10	52	50	25	0	25	1.50
937140--937191	21	2.5	21	83	0	68	50	25	0	25	1.50
937531--937585	28	2.0	28	81	0	65	47	5	9	38	1.58
937680--937724	14	3.2	14	84	12	65	53	22	0	24	1.46
936159--938044	533	3.6	513	74	15	1682	43	11	9	36	1.73
940913--940960	23	2.1	22	82	17	55	6	18	0	75	1.01
941253--941319	2	33.5	2	100	0	134	49	0	0	50	1.00
947762--947809	20	2.3	22	85	7	64	52	2	2	43	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9