genome.fa.s8180.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008180.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110777_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2670214

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307--345	19	2.0	19	85	5	51	5	25	0	69	1.09
4622--4671	24	2.1	24	88	7	75	58	14	2	26	1.47
10763--10881	13	8.9	13	69	21	61	25	6	0	67	1.21
11413--11451	20	2.0	20	94	0	69	28	5	28	38	1.78
15451--15477	13	2.1	13	100	0	54	29	7	25	37	1.83
22526--22552	14	1.9	14	100	0	54	55	0	14	29	1.40
24802--24886	20	4.1	20	73	15	64	15	25	35	23	1.94
28688--28727	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
37707--37796	25	3.4	25	81	14	108	35	0	36	27	1.57
37839--38151	159	2.0	161	94	1	558	32	18	15	33	1.91
39505--39546	3	13.3	3	90	9	66	69	0	30	0	0.89
43879--43983	52	2.0	52	92	0	174	20	15	16	47	1.82
51290--51349	31	1.9	31	96	0	111	38	3	21	36	1.70
56022--56109	34	2.6	34	78	7	106	65	12	2	19	1.35
56651--56702	27	1.9	27	100	0	104	23	11	48	17	1.79
59202--59239	20	1.9	20	88	0	58	36	5	2	55	1.37
60714--60765	20	2.6	20	87	0	77	13	23	19	44	1.86
60758--60840	19	4.1	20	73	11	62	21	16	24	37	1.94
60757--60849	22	4.4	22	77	9	95	20	18	24	36	1.95
60954--60995	6	7.5	6	97	2	63	28	54	16	0	1.42
60958--60998	5	7.6	5	97	2	55	26	53	19	0	1.45
61609--61701	22	4.4	22	74	9	95	36	24	18	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61587--61701	22	5.6	20	70	11	72	37	23	18	20	1.94
61645--61721	40	1.9	40	86	7	111	38	20	20	19	1.93
61693--61783	20	4.6	20	87	2	121	47	19	23	9	1.79
61693--61780	39	2.2	40	89	2	133	47	19	22	10	1.79
61666--61783	59	2.0	61	83	3	150	44	19	22	12	1.84
62518--62548	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
77738--77794	24	2.3	24	93	3	96	31	22	15	29	1.95
80957--81045	34	2.6	34	82	5	99	62	14	2	20	1.42
84611--84656	22	2.0	23	95	4	85	17	17	21	43	1.88
86650--86693	19	2.2	20	88	4	63	36	25	18	20	1.95
86665--86793	20	6.5	19	77	13	77	39	23	16	20	1.92
86667--86773	40	2.7	39	80	13	137	39	24	15	20	1.92
86746--86793	20	2.3	20	96	3	87	33	22	18	25	1.97
86797--86846	20	2.5	20	83	0	64	44	18	16	22	1.87
86623--86846	101	2.3	98	84	3	288	39	22	15	21	1.91
87035--87348	158	2.0	156	96	2	585	32	9	12	45	1.74
87468--87550	20	4.2	20	95	1	132	10	16	22	49	1.77
87468--87561	40	2.4	39	83	5	134	12	15	21	50	1.78
89495--89540	4	11.5	4	80	0	56	26	2	4	67	1.21
91148--91284	62	2.2	60	88	8	197	30	0	17	51	1.51
91400--91493	34	2.8	34	96	0	170	19	23	20	37	1.94
92515--92578	20	3.2	20	80	4	67	42	21	14	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92638--92707	20	3.5	20	96	0	122	15	20	22	41	1.90
92981--93015	17	2.0	18	88	5	54	17	2	28	51	1.59
94726--94759	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
101020--101098	21	3.8	20	71	15	54	24	30	25	20	1.98
104784--104836	19	2.6	21	91	5	83	26	11	24	37	1.89
104824--104919	20	4.8	20	85	2	138	18	16	25	39	1.91
104828--104919	41	2.3	40	84	3	130	19	17	23	39	1.92
108677--108712	19	1.9	19	88	5	56	47	8	22	22	1.77
108709--108805	49	2.0	49	95	0	176	23	7	27	41	1.81
115744--115777	2	17.0	2	90	0	50	52	2	0	44	1.16
116578--116624	18	2.6	17	87	12	60	38	6	0	55	1.26
117548--117633	3	29.0	3	97	2	165	66	0	0	33	0.92
118324--118380	21	2.7	20	76	15	60	63	1	0	35	1.05
125638--125680	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
125640--125688	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
125740--125869	32	4.4	32	79	18	172	53	9	0	37	1.33
125723--125846	54	2.3	54	95	0	221	52	11	0	36	1.37
125772--125814	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
125799--125855	18	3.4	18	72	18	68	54	10	0	35	1.35
125774--125822	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
125817--125966	15	9.5	15	76	15	133	52	3	0	44	1.17
128537--128629	36	2.6	36	96	0	168	11	24	46	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128570--128646	12	6.4	12	71	5	57	12	27	44	15	1.83
128597--128646	24	2.1	24	96	0	91	14	28	46	12	1.79
135716--135766	24	2.1	24	96	0	93	15	45	5	33	1.71
137884--137926	21	2.0	21	86	0	59	27	11	23	37	1.89
139590--139645	25	2.2	25	93	0	94	23	3	41	32	1.71
139724--139748	11	2.3	11	100	0	50	68	8	8	16	1.38
140070--140125	24	2.3	24	96	0	103	8	10	23	57	1.61
140070--140118	14	3.8	14	76	20	61	8	10	24	57	1.59
140083--140141	24	2.5	24	88	0	73	11	13	20	54	1.70
141018--141072	16	3.4	16	87	0	83	12	10	18	58	1.63
141822--141903	24	3.4	24	91	0	137	13	37	19	29	1.90
153276--153807	221	2.4	222	88	2	759	27	16	26	30	1.96
153276--153807	111	4.8	111	86	0	708	27	16	26	30	1.96
162045--162087	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
162044--162093	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
167274--167467	99	2.0	98	90	1	307	30	19	16	33	1.94
173691--173715	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
173694--173758	3	21.3	3	72	9	51	66	0	1	32	1.01
173701--173760	14	4.2	14	77	12	59	63	0	1	35	1.05
174293--174510	109	2.0	109	100	0	436	43	6	22	28	1.77
176121--176271	43	3.5	43	84	0	169	36	16	19	27	1.93
189008--189044	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189130--189182	20	2.7	20	84	0	79	39	18	20	20	1.92
189171--189245	21	3.7	20	74	16	73	32	28	20	20	1.97
189171--189261	41	2.2	41	92	0	155	30	28	19	20	1.97
189192--189277	20	4.2	20	81	8	111	29	27	19	23	1.98
189440--189518	22	3.6	22	91	3	133	17	44	20	17	1.87
189918--189967	20	2.6	19	90	3	73	14	14	22	50	1.77
189931--189974	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
191560--191599	21	1.9	21	89	0	62	20	17	35	27	1.95
191789--191850	31	2.0	31	87	9	90	22	8	17	51	1.71
191969--192128	20	8.6	19	67	19	97	36	23	21	18	1.95
191969--192128	74	2.2	74	91	0	266	36	23	21	18	1.95
192133--192169	19	1.9	19	88	0	56	8	13	27	51	1.69
192153--192233	33	2.4	33	89	2	108	16	19	23	40	1.90
192167--192241	19	4.2	19	72	19	70	18	20	21	40	1.92
192206--192273	20	3.4	20	77	4	57	20	14	23	41	1.89
192240--192283	20	2.2	20	95	0	79	15	11	20	52	1.74
192760--192867	21	5.1	21	75	6	94	19	36	19	25	1.95
192760--192871	42	2.7	42	80	2	127	19	37	18	24	1.94
194247--194312	30	2.2	30	100	0	132	28	3	13	54	1.54
194464--194719	20	13.8	20	73	14	217	23	21	21	34	1.97
194555--194711	54	2.9	54	92	1	253	21	21	22	35	1.96
194450--194642	73	2.6	73	92	0	314	22	21	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194450--194719	74	3.7	73	85	4	321	22	21	21	35	1.96
196965--197001	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
198070--198211	20	7.1	20	83	9	164	25	18	26	30	1.98
198162--198241	21	3.8	21	70	5	63	21	20	23	35	1.96
198221--198293	20	3.7	20	98	0	137	21	20	17	39	1.92
198340--198413	20	3.8	19	80	5	67	31	14	25	28	1.95
198379--198415	19	1.9	19	100	0	74	24	16	27	32	1.96
202965--203057	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
202962--203057	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
202965--203057	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14