genome.fa.s8180.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008180.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110777_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2670214

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
640917--640977	21	3.0	20	73	7	68	21	11	42	24	1.86
641326--641412	20	4.4	20	83	1	95	37	25	19	17	1.93
641438--641501	19	3.6	19	70	20	66	14	20	20	45	1.85
641486--641529	20	2.2	20	84	4	54	20	25	18	36	1.95
642081--642128	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
643433--643480	20	2.4	20	86	6	62	39	25	14	20	1.91
643758--643801	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
644008--644125	61	1.9	61	91	0	191	17	18	27	36	1.94
643968--644102	41	3.3	41	83	6	175	20	17	26	34	1.95
643968--644121	81	1.9	81	87	0	227	20	18	26	35	1.95
643994--644122	20	6.4	20	88	5	161	19	18	28	33	1.96
644008--644143	61	2.2	61	86	2	184	17	20	26	35	1.95
644152--644204	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
644514--644560	19	2.4	20	86	10	62	40	44	0	14	1.46
645170--645214	21	2.1	21	91	0	72	48	28	6	15	1.70
648188--648218	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
650354--650453	42	2.4	42	93	1	164	19	13	40	28	1.88
650826--650965	43	3.3	42	84	5	183	30	10	27	32	1.89
661633--661675	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
662217--662530	150	2.1	147	92	2	522	26	17	21	34	1.95
662498--662542	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
668562--668604	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668631--668689	20	2.9	21	92	2	93	23	32	33	10	1.88
669166--669481	150	2.1	149	93	1	535	26	17	21	34	1.95
669449--669493	23	2.0	23	86	0	63	22	24	26	26	2.00
672482--672576	7	11.8	8	85	9	72	80	0	10	9	0.92
672482--672587	9	11.7	9	80	12	67	80	1	9	8	0.99
672494--672576	18	4.9	18	84	15	115	78	0	10	10	0.97
672479--672576	18	6.1	17	82	17	113	78	0	11	10	0.96
673930--674760	54	15.6	53	91	4	1318	31	18	25	24	1.98
673921--674760	107	7.9	107	92	3	1385	31	18	25	24	1.97
682569--682601	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
686776--686811	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
689013--689097	30	2.8	30	94	0	143	34	15	18	31	1.92
704914--704954	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
709057--709103	16	2.7	17	80	12	51	57	0	0	42	0.98
718479--718513	2	18.0	2	91	5	54	45	0	0	54	0.99
718522--718559	18	2.1	18	95	0	67	55	7	0	36	1.29
718535--718576	22	1.9	23	90	9	70	54	9	0	35	1.33
720856--720944	42	2.1	42	97	0	169	42	16	11	29	1.83
728424--728484	30	2.0	30	87	12	90	31	16	18	34	1.93
729739--729778	20	2.0	20	100	0	80	30	30	15	25	1.95
737977--738031	23	2.5	22	85	5	67	25	29	30	14	1.95
738158--738203	22	2.0	22	83	8	56	19	26	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738467--738506	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
740962--741006	21	2.1	22	88	12	67	53	8	0	37	1.32
740953--741062	24	4.5	26	70	19	60	50	8	0	40	1.38
740977--741019	21	2.0	21	82	8	52	53	6	2	37	1.41
741346--741451	47	2.3	46	81	12	121	45	10	0	44	1.38
741380--741544	59	2.8	59	87	2	219	47	8	0	43	1.38
741467--741537	21	3.5	20	69	14	54	47	5	1	45	1.35
741536--741572	14	2.6	14	91	0	56	45	18	0	35	1.50
741714--741754	23	1.9	20	85	14	55	48	7	7	36	1.59
744446--744526	26	3.1	26	70	19	69	44	2	7	45	1.45
744722--744759	17	2.2	17	86	9	51	47	13	0	39	1.42
745194--745329	49	2.8	49	77	10	143	51	11	0	36	1.43
745243--745296	28	1.9	28	100	0	108	57	14	0	27	1.38
745235--745303	28	2.4	28	86	11	104	56	11	0	31	1.35
745273--745321	21	2.3	21	89	3	71	53	14	0	32	1.41
746747--746982	127	1.8	129	85	1	332	31	19	13	35	1.91
747639--747723	31	2.7	31	94	0	143	9	30	25	34	1.88
752784--752809	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
754276--754317	18	2.4	18	88	4	59	28	30	7	33	1.84
754669--754723	21	2.8	20	80	5	67	40	1	12	45	1.53
761903--762046	72	2.0	73	87	1	209	25	8	29	37	1.85
763022--763117	40	2.4	41	77	10	108	30	10	18	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763095--763201	42	2.6	41	78	12	112	24	14	22	38	1.92
763022--763374	41	8.6	41	80	3	246	30	17	17	34	1.94
766449--766507	21	2.8	21	84	0	73	18	5	20	55	1.61
766703--766971	43	6.3	43	90	0	322	27	22	21	28	1.99
766660--766971	86	3.6	86	82	2	324	27	22	21	28	1.99
771812--771847	13	2.8	13	91	0	63	72	0	2	25	0.98
774011--774127	59	2.0	58	82	12	141	38	17	11	32	1.86
775841--775954	60	1.9	59	82	5	140	43	2	20	33	1.65
780880--780960	20	3.8	21	80	13	85	23	24	28	23	2.00
780880--780940	21	2.8	22	85	11	81	24	24	29	21	1.99
786730--786785	20	2.7	21	94	5	96	14	23	44	17	1.85
788384--788439	24	2.3	24	96	0	103	42	7	17	32	1.77
788971--789052	31	2.6	31	96	0	146	34	17	18	30	1.94
789185--789286	32	3.2	31	70	16	75	36	16	15	31	1.91
789385--789452	32	2.2	32	92	5	113	60	7	10	22	1.54
792658--792690	17	2.0	17	94	5	59	6	12	18	63	1.48
793730--793789	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
794280--794321	16	2.6	16	100	0	84	59	0	0	40	0.97
794280--794324	7	5.6	8	80	19	58	60	0	0	40	0.97
795023--795079	3	18.3	3	85	7	78	40	0	0	59	0.97
795025--795079	16	3.5	15	90	7	83	40	0	0	60	0.97
795012--795083	19	3.7	19	82	12	92	41	1	0	56	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795023--795079	22	2.6	22	91	0	96	40	0	0	59	0.97
802263--802320	9	6.4	9	80	7	73	82	1	15	0	0.74
802263--802335	12	6.5	10	75	18	56	80	1	16	1	0.85
802263--802325	17	3.6	17	81	8	81	80	1	15	1	0.86
802263--802320	26	2.1	28	87	6	84	82	1	15	0	0.74
802292--802340	16	3.1	16	80	11	57	75	0	18	6	1.00
804708--804880	75	2.3	74	78	10	190	34	12	21	31	1.91
805754--805964	54	3.9	53	85	4	253	38	14	19	27	1.91
805754--805964	108	2.0	108	84	1	280	38	14	19	27	1.91
807153--807435	45	6.3	45	94	0	487	24	24	18	32	1.97
807158--807567	134	3.1	136	89	6	570	24	23	19	32	1.97
807454--807557	45	2.3	45	89	0	154	29	22	16	31	1.95
807332--807624	122	2.4	120	90	2	460	25	21	20	32	1.98
807787--807847	3	20.0	3	83	3	77	37	0	1	60	1.07
813666--813690	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
820975--821028	21	2.6	21	90	0	81	31	27	22	18	1.97
821037--821138	21	4.9	21	76	15	104	24	21	24	29	1.99
821012--821137	62	2.0	62	85	8	168	26	20	23	28	1.99
821886--822025	42	3.3	42	93	0	253	35	23	20	21	1.96
821886--822031	21	6.9	20	74	16	127	34	23	20	21	1.96
828173--828214	20	2.2	19	83	12	50	69	14	0	16	1.20
828661--828720	18	3.1	19	81	13	77	28	15	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828660--828731	21	3.6	21	85	9	96	29	15	16	38	1.89
831288--831419	36	3.7	36	87	8	196	41	15	14	28	1.86
833993--834017	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
834535--834591	19	2.9	19	70	17	53	31	17	10	40	1.84
834724--834785	22	2.8	22	92	0	106	24	40	16	19	1.91
835152--835184	14	2.3	15	84	10	50	48	24	12	15	1.78
835165--835234	20	3.5	20	90	0	104	51	21	14	12	1.75
835156--835223	14	5.0	14	73	7	50	50	25	13	11	1.75
836696--836823	42	3.0	42	91	0	202	23	38	14	23	1.92
836793--836853	31	2.0	31	93	0	104	26	42	11	19	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14