genome.fa.s8180.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008180.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110777_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2670214

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2105776--2105892	61	1.9	61	83	0	153	34	24	17	23	1.96
2106408--2106474	19	3.5	19	79	2	71	49	23	16	10	1.77
2106470--2106619	19	8.1	19	81	8	175	13	22	18	46	1.84
2108612--2108734	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
2108668--2108734	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2110093--2110130	14	2.7	14	83	0	58	26	0	23	50	1.50
2110312--2110438	33	3.9	32	84	8	166	14	22	19	43	1.88
2110305--2110434	66	2.0	66	93	0	224	16	21	19	43	1.88
2112927--2112980	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
2114033--2114090	20	2.9	20	97	0	107	37	24	22	15	1.93
2114109--2114176	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
2114140--2114205	33	2.0	33	81	0	78	15	21	19	43	1.87
2114293--2114329	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2116195--2116261	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
2116249--2116292	14	3.3	14	84	15	58	50	22	20	6	1.72
2116863--2116910	18	2.7	18	86	0	78	18	12	41	27	1.86
2118230--2118272	20	2.2	20	91	0	68	53	16	18	11	1.72
2118781--2118894	20	5.7	20	82	2	120	24	18	25	31	1.97
2118761--2118896	41	3.3	41	78	2	148	24	17	24	33	1.96
2118761--2118916	41	3.8	41	76	3	109	23	19	23	33	1.97
2123863--2123901	17	2.2	18	90	4	62	17	43	23	15	1.87
2124805--2125098	117	2.5	116	93	1	498	18	15	32	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132137--2132432	117	2.5	117	91	0	484	18	15	32	32	1.93
2148750--2148800	24	2.1	24	85	0	66	19	41	5	33	1.76
2150096--2150129	17	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
2152498--2152556	3	20.0	3	78	3	66	66	1	3	28	1.18
2152776--2152964	40	4.4	41	71	17	127	23	15	34	25	1.94
2152858--2153055	43	4.5	42	70	18	134	22	17	34	25	1.96
2152773--2153113	133	2.6	133	92	0	549	22	17	33	26	1.96
2153140--2153216	28	2.6	28	80	13	93	48	14	14	23	1.80
2153580--2153865	106	2.7	105	87	6	420	40	12	15	32	1.84
2153839--2153936	35	2.7	37	84	4	130	32	13	18	35	1.89
2153839--2153976	71	1.9	71	82	5	172	36	13	16	33	1.88
2153921--2153994	37	2.0	37	84	5	96	47	13	12	27	1.78
2157959--2158020	32	2.0	32	96	3	117	61	9	14	14	1.57
2159494--2159527	17	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
2161885--2161943	3	20.0	3	78	3	66	66	1	3	28	1.18
2163234--2163260	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
2167091--2167131	18	2.3	18	86	0	55	2	31	26	39	1.70
2167583--2167637	20	2.8	20	91	0	92	23	25	20	30	1.98
2168227--2168275	20	2.5	20	86	0	62	18	16	26	38	1.91
2168243--2168298	20	2.8	20	91	0	85	10	16	23	50	1.76
2168262--2168305	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
2170193--2170285	20	4.7	20	81	2	107	39	21	20	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170174--2170285	40	2.8	39	79	4	125	41	22	18	17	1.91
2170291--2170328	20	1.9	20	94	0	67	13	21	18	47	1.82
2170295--2170367	33	2.2	34	87	2	103	15	21	17	45	1.85
2170362--2170430	20	3.5	20	86	7	95	20	21	23	34	1.96
2170344--2170431	40	2.4	37	78	14	92	19	22	21	36	1.95
2170417--2170460	20	2.2	20	91	0	70	13	13	25	47	1.79
2170943--2171058	21	5.5	21	71	8	92	23	33	18	25	1.96
2170948--2171058	42	2.6	42	85	2	143	23	34	18	24	1.96
2172595--2172658	20	3.2	20	84	0	92	45	20	20	14	1.85
2172582--2172658	40	1.9	40	86	5	111	44	23	19	12	1.85
2172697--2172780	20	4.2	20	85	0	114	25	19	21	34	1.96
2175309--2175376	24	2.8	24	79	0	73	39	19	16	25	1.91
2176217--2176291	21	3.6	21	78	10	91	22	16	25	36	1.94
2176197--2176312	41	2.8	41	90	2	180	24	17	25	32	1.96
2176182--2176311	20	6.4	20	77	10	120	24	17	26	30	1.97
2176327--2176372	21	2.2	21	84	0	56	36	15	19	28	1.92
2180903--2180941	17	2.3	17	95	0	69	35	25	17	20	1.95
2186368--2186428	22	2.7	23	77	7	72	24	36	24	14	1.93
2187987--2188027	18	2.3	18	91	0	64	41	26	29	2	1.69
2192221--2192260	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
2192388--2192608	110	2.0	111	93	0	381	35	6	11	46	1.66
2200320--2200355	2	17.0	2	88	11	54	5	0	47	47	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204715--2204754	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2213153--2213213	22	2.8	22	89	0	95	31	31	22	14	1.94
2218127--2218187	22	2.7	23	87	7	90	31	31	21	16	1.95
2219022--2219097	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
2236609--2236661	21	2.5	21	79	11	63	33	16	9	39	1.81
2237954--2237982	12	2.3	13	94	5	51	68	0	6	24	1.13
2238050--2238080	11	2.8	11	90	0	53	61	0	9	29	1.28
2238081--2238116	18	1.9	19	88	5	56	77	2	8	11	1.08
2239640--2239700	27	2.3	26	83	13	72	65	0	1	32	1.02
2239653--2239698	5	9.2	5	88	7	51	63	0	2	34	1.07
2239931--2240089	83	1.9	84	88	3	241	22	20	25	32	1.98
2240084--2240220	35	3.9	35	91	5	213	29	8	18	42	1.81
2240084--2240220	71	1.9	71	91	4	224	29	8	18	42	1.81
2240226--2240577	36	9.9	36	80	7	382	38	14	20	26	1.91
2240226--2240577	73	5.0	73	77	10	397	38	14	20	26	1.91
2240196--2240558	172	2.1	175	87	5	522	38	13	20	27	1.90
2240265--2240520	136	1.9	137	85	3	363	39	13	19	27	1.89
2240454--2240518	21	3.4	21	65	30	63	41	9	20	29	1.83
2241747--2241841	32	2.9	33	90	4	149	36	20	11	31	1.88
2242759--2242888	61	2.0	65	88	11	196	25	13	22	39	1.90
2244218--2244267	25	2.0	24	84	11	64	50	8	20	22	1.74
2246057--2246093	19	1.9	19	88	0	56	78	2	8	10	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247597--2247635	17	2.4	17	86	4	53	79	0	0	20	0.73
2247595--2247658	24	2.5	24	80	7	65	71	0	1	26	0.94
2247595--2247633	7	5.6	7	84	9	53	79	0	0	20	0.73
2249283--2249538	138	1.9	137	95	0	467	42	11	11	33	1.77
2249706--2249741	16	2.1	18	90	10	58	41	0	0	58	0.98
2256585--2256618	15	2.3	15	94	0	59	41	2	0	55	1.15
2256675--2256717	15	2.9	14	86	10	59	34	4	0	60	1.17
2256677--2256749	30	2.4	30	82	11	85	30	4	2	63	1.27
2256674--2256729	15	3.7	15	73	15	53	28	5	0	66	1.14
2256851--2257252	158	2.6	156	80	11	450	42	7	7	42	1.61
2257808--2257867	23	2.6	23	76	19	70	28	5	0	66	1.12
2257801--2257864	25	2.5	26	83	16	73	29	4	0	65	1.13
2259286--2259325	7	5.9	7	86	13	57	15	17	12	55	1.70
2261670--2261711	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
2262382--2262443	27	2.3	27	97	0	115	38	9	32	19	1.84
2265984--2266108	31	4.0	31	93	2	207	40	23	18	18	1.92
2267334--2267374	3	13.7	3	94	0	73	63	0	34	2	1.08
2270286--2270410	31	4.0	31	92	2	207	40	24	17	18	1.91
2271050--2271211	64	2.5	64	82	4	193	29	17	19	33	1.95
2271750--2271781	3	10.7	3	93	0	55	62	0	34	3	1.11
2272507--2272875	73	5.0	72	82	7	373	33	16	12	37	1.86
2272507--2272749	36	6.7	36	71	2	153	32	15	11	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272594--2272780	37	5.1	35	71	8	131	32	17	14	35	1.91
2272796--2272843	20	2.5	20	76	10	55	45	12	6	35	1.67
2272528--2272882	146	2.4	146	83	4	417	33	16	12	37	1.87
2273046--2273163	59	1.9	59	80	8	130	42	12	21	23	1.87
2274816--2274849	15	2.3	15	94	0	59	41	2	0	55	1.15
2274908--2274949	15	2.7	15	86	13	59	35	0	0	64	0.94
2274907--2274943	7	4.8	8	87	12	51	35	0	0	64	0.94
2274908--2274976	30	2.2	32	80	12	81	28	2	1	66	1.14
2278586--2278615	15	2.0	15	100	0	60	46	13	20	20	1.83
2281139--2281163	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14