genome.fa.s8206.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008206.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110828_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1504526

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  1  of  9  ( 1041 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8707--8763	29	2.0	29	83	10	73	47	8	8	35	1.66
16518--16576	23	2.6	23	86	0	73	30	23	25	20	1.98
16534--16586	23	2.3	23	90	0	88	24	26	30	18	1.98
17222--17279	26	2.2	26	100	0	116	18	8	31	41	1.81
25681--25726	3	14.7	3	82	8	56	34	0	0	65	0.93
27338--27431	49	1.9	49	82	4	118	46	3	2	47	1.30
27842--27898	21	3.0	19	82	10	55	24	1	0	73	0.92
32340--32388	17	2.9	16	81	6	53	75	0	20	4	0.96
32310--32389	36	2.2	36	80	10	92	73	3	18	3	1.13
34557--34780	114	2.0	114	90	0	349	35	15	17	31	1.92
37311--37365	22	2.5	22	81	0	65	34	14	14	36	1.87
37772--38382	113	5.5	111	87	4	777	36	13	19	29	1.91
38883--38928	3	14.7	3	82	8	56	34	0	0	65	0.93
40156--40375	113	2.0	111	83	6	275	36	8	9	45	1.67
46292--46366	27	2.7	27	89	2	114	30	28	20	21	1.98
46347--46382	18	2.0	18	94	0	63	25	33	19	22	1.97
52219--52310	24	3.8	24	90	5	141	25	15	19	40	1.90
53932--54012	31	2.6	31	82	5	92	43	8	22	25	1.82
53964--54027	31	2.1	31	87	0	92	42	10	21	25	1.85
54578--54606	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
57648--57826	6	29.8	6	100	0	358	49	16	0	33	1.46
58450--58496	20	2.4	19	76	13	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59760--59795	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
73168--73223	28	2.0	28	100	0	112	53	25	7	14	1.66
76520--76571	20	2.5	21	81	3	61	40	19	23	17	1.91
76560--76673	20	5.7	20	81	6	104	32	25	17	24	1.97
76557--76673	61	1.9	61	83	0	153	34	24	17	23	1.96
77232--77273	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
77269--77400	19	7.1	19	78	11	121	12	23	20	43	1.86
77464--77518	25	2.2	24	78	15	58	20	7	20	52	1.69
79454--79520	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
79402--79520	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
80877--80913	14	2.6	14	88	12	58	29	0	21	48	1.50
81020--81072	19	2.8	19	97	0	97	45	20	20	13	1.84
81081--81207	33	3.9	32	83	8	175	15	22	18	43	1.88
81074--81202	66	2.0	66	95	0	231	17	21	17	43	1.88
83704--83750	24	2.0	24	91	0	76	34	17	19	29	1.94
83708--83759	24	2.2	24	82	0	59	36	19	17	26	1.94
84796--84873	20	3.9	20	96	0	138	38	23	23	15	1.92
84892--84993	19	5.6	19	85	7	115	14	22	17	45	1.85
85081--85117	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
86983--87050	20	3.5	19	82	6	82	38	23	23	14	1.92
87039--87096	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
87023--87101	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87132--87187	14	3.7	14	76	17	58	12	16	21	50	1.78
87111--87203	32	2.8	33	93	3	161	13	19	20	46	1.84
87188--87242	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
87724--87768	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
89390--89433	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
89621--89693	20	3.7	20	92	0	119	26	19	28	26	1.98
89724--89819	41	2.3	41	90	1	120	18	21	16	42	1.89
89729--89799	21	3.4	21	74	3	81	16	21	16	45	1.86
89750--89816	20	3.3	20	72	4	71	19	20	16	43	1.88
91999--92051	21	2.5	21	75	6	63	20	24	18	35	1.95
92041--92092	21	2.5	20	81	3	59	40	17	19	23	1.91
92038--92174	41	3.3	41	74	11	102	31	19	17	31	1.95
92102--92174	21	3.5	21	79	3	76	23	21	17	36	1.94
92164--92235	20	3.5	20	79	5	65	37	19	19	23	1.94
92793--92836	19	2.3	19	92	0	70	47	27	15	9	1.76
92836--92924	14	5.6	14	71	23	70	10	24	23	41	1.85
92833--92948	33	3.5	33	96	1	205	10	25	23	40	1.86
92850--92965	20	6.5	19	69	21	90	12	24	22	41	1.87
93684--93728	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
93707--94010	149	2.0	149	99	0	599	34	20	17	27	1.95
94821--94855	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
95373--95415	22	2.0	21	86	8	61	11	27	34	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95439--95483	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
98614--98658	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
98639--98940	149	2.0	149	98	0	586	35	20	16	27	1.94
99744--99778	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
100362--100406	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
103202--103271	21	3.3	21	68	5	61	24	35	20	20	1.96
103153--103271	42	2.8	42	82	5	116	23	36	17	22	1.95
104629--104664	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
104789--104845	14	3.7	14	72	20	51	45	22	22	8	1.80
104771--104860	33	2.7	33	92	0	144	44	21	21	13	1.85
104771--104831	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
104856--104986	19	7.7	19	62	23	67	13	22	19	44	1.86
104853--104983	66	2.0	66	93	0	226	15	22	19	43	1.87
104860--104986	33	3.8	33	85	4	175	14	22	19	44	1.86
107282--107326	3	15.0	3	85	0	54	0	24	0	75	0.80
107278--107326	12	4.1	12	94	0	89	0	24	0	75	0.80
107501--107554	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
108333--108370	20	1.9	20	94	0	67	39	21	15	23	1.92
108374--108465	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
108679--108766	20	4.4	20	74	5	97	38	21	21	18	1.93
108800--108842	20	2.2	20	91	0	68	11	13	25	48	1.77
110853--110896	20	2.2	20	88	4	63	36	15	25	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110881--110973	33	2.8	32	90	1	141	45	21	19	13	1.85
110945--110995	18	2.8	18	81	3	57	43	23	19	13	1.87
110985--111048	19	3.7	18	74	21	73	14	21	20	43	1.87
111033--111077	20	2.3	20	88	3	65	17	26	20	35	1.95
111042--111086	20	2.3	20	84	3	56	17	22	24	35	1.95
111140--111182	17	2.6	16	82	7	50	72	20	2	4	1.14
111561--111604	18	2.5	18	85	3	63	13	15	43	27	1.85
112900--112956	20	3.0	20	87	5	73	40	22	19	17	1.91
113217--113260	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
113444--113495	20	2.6	20	93	0	86	25	21	28	25	1.99
113464--113558	41	2.3	41	80	3	102	20	22	22	35	1.96
114291--114675	192	2.0	192	97	2	729	24	8	17	49	1.75
114950--115218	133	2.0	132	96	0	493	21	17	16	43	1.87
119209--119279	36	2.0	36	91	2	117	28	5	19	46	1.72
125115--125178	25	2.6	25	87	5	76	59	0	0	40	0.97
125103--125185	34	2.6	32	88	5	114	57	0	0	42	0.98
125137--125193	25	2.2	25	87	6	78	57	0	3	38	1.16
125267--125424	21	7.8	20	70	7	77	39	25	16	18	1.91
125391--125660	20	13.5	20	81	6	269	37	25	17	20	1.94
126342--126388	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
128863--129073	33	6.2	34	79	13	197	46	18	20	14	1.83
128877--129079	19	11.7	19	73	20	185	46	18	20	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128905--129079	52	3.3	52	95	0	305	46	17	21	14	1.84
129088--129185	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
129069--129185	53	2.2	53	96	1	218	13	24	17	43	1.86
129292--129328	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
131251--131385	19	7.6	19	76	16	137	45	24	19	10	1.81
131307--131363	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
131288--131380	33	2.8	33	98	0	177	47	22	20	9	1.79
131251--131385	52	2.5	54	75	18	131	45	24	19	10	1.81
131381--131509	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
131381--131472	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9