genome.fa.s8206.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008206.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110828_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1504526

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685209--685248	19	2.2	19	86	4	55	37	5	0	57	1.21
689050--689133	40	2.1	40	95	0	150	27	9	22	40	1.85
694316--694378	28	2.2	28	100	0	126	28	14	20	36	1.92
699720--699879	83	1.9	83	91	2	259	40	6	11	41	1.66
699955--699998	23	2.0	22	82	13	54	34	18	0	47	1.49
706459--706504	23	2.0	22	91	4	74	41	2	10	45	1.51
706533--706557	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
707784--707834	22	2.3	22	96	0	93	19	45	15	19	1.86
709369--709480	20	5.5	20	72	12	84	27	16	23	33	1.95
709368--709483	41	2.8	39	81	5	124	27	15	23	33	1.95
709491--709534	20	2.2	20	91	0	70	18	15	25	40	1.90
709786--709830	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
710060--710099	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
710867--710918	20	2.6	20	90	0	77	46	23	11	19	1.82
710908--710996	19	4.5	19	84	7	90	35	17	12	33	1.88
711805--711838	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
711964--712017	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
712192--712231	3	13.3	3	94	0	71	67	0	32	0	0.91
712973--713047	24	3.1	24	86	3	98	13	10	20	56	1.66
712997--713027	14	2.2	14	94	0	53	9	12	22	54	1.67
713770--713844	10	7.7	10	68	21	52	9	10	21	58	1.59
713776--713840	16	4.1	16	91	0	112	7	10	23	58	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713910--713942	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
716261--716313	24	2.2	24	86	0	70	35	1	13	49	1.53
717517--717638	20	6.4	20	67	11	85	20	18	24	36	1.95
717645--717804	65	2.4	66	87	10	227	53	16	2	27	1.55
719149--719245	21	4.7	20	73	14	72	20	19	34	25	1.96
719149--719246	42	2.4	41	78	11	110	21	19	33	25	1.97
719656--719696	21	2.0	21	90	0	64	31	26	19	21	1.97
721371--721437	34	2.0	34	90	0	107	47	19	20	11	1.81
721360--721437	20	4.2	20	73	18	78	50	16	19	14	1.79
721460--721499	20	2.0	20	85	0	53	15	10	22	52	1.71
721834--721890	22	2.6	22	85	0	87	17	17	43	21	1.88
722018--722245	20	11.4	20	70	8	160	20	16	23	39	1.91
722017--722270	40	6.4	40	80	7	286	20	16	23	39	1.92
722011--722270	80	3.2	80	84	4	339	20	16	23	39	1.92
722255--722393	21	6.8	21	79	4	95	28	16	27	27	1.97
722336--722389	20	2.7	19	75	8	63	24	14	33	27	1.94
730276--730342	19	3.6	19	72	11	75	23	0	5	70	1.09
736194--736226	16	2.1	16	88	11	50	63	0	0	36	0.95
736268--736325	30	2.0	29	86	3	80	20	5	37	36	1.75
737216--737261	18	2.6	18	100	0	92	17	52	21	8	1.71
737238--737282	13	3.3	13	90	6	63	17	42	22	17	1.89
739754--739842	24	3.8	24	80	7	112	25	16	20	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742017--742060	18	2.4	18	100	0	88	15	52	22	9	1.71
742037--742081	13	3.3	13	90	6	63	17	42	22	17	1.89
744476--744565	23	3.8	24	83	4	121	25	16	20	37	1.93
754805--754850	23	2.0	23	100	0	92	39	17	13	30	1.87
754909--754952	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
754986--755051	33	2.0	33	87	0	96	33	0	43	22	1.54
757156--757873	201	3.6	201	95	0	1265	36	14	17	32	1.90
761779--762481	200	3.5	196	82	6	743	40	13	15	30	1.86
766507--766561	25	2.2	25	93	0	92	18	10	32	38	1.85
778258--778641	41	9.4	41	82	3	443	25	18	20	35	1.95
778258--778641	124	3.1	123	82	5	447	25	18	20	35	1.95
778258--778641	165	2.3	162	82	4	430	25	18	20	35	1.95
781147--781226	36	2.2	36	93	0	133	32	11	17	38	1.85
783910--784161	43	5.8	43	85	2	272	39	13	23	23	1.90
783893--784168	132	2.1	128	84	2	354	40	14	22	22	1.90
784202--784327	44	2.9	44	82	4	141	27	22	19	30	1.97
790456--790503	17	2.8	17	78	15	53	62	2	0	35	1.07
790830--790881	24	2.2	25	83	10	65	19	11	5	63	1.47
792291--792326	17	2.1	18	89	5	56	41	0	0	58	0.98
799496--799521	10	2.6	10	100	0	52	15	0	30	53	1.42
800060--800267	105	2.0	106	80	4	233	34	11	15	39	1.83
801941--802043	42	2.5	42	91	0	170	50	18	8	22	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805432--805551	64	1.9	63	85	1	168	44	16	10	28	1.81
806033--806088	28	2.0	29	86	10	80	17	1	8	71	1.21
807583--807650	28	2.5	27	92	4	118	70	0	1	27	0.96
807583--807663	28	2.9	28	84	15	107	67	0	2	29	1.03
807739--807793	28	2.0	27	89	6	85	47	1	5	45	1.36
809841--809865	13	1.9	13	100	0	50	8	12	0	80	0.92
811217--811262	21	2.1	22	84	8	58	21	34	19	23	1.96
812151--812184	17	1.9	18	88	5	52	32	5	0	61	1.20
812281--812335	2	29.5	2	82	14	73	43	0	0	56	0.99
816085--816188	52	2.0	52	100	0	208	25	26	25	23	2.00
822764--822808	9	5.4	8	82	17	56	86	2	11	0	0.65
822763--822808	18	2.8	16	90	9	67	84	2	13	0	0.71
822766--822821	14	3.7	15	83	16	71	83	1	14	0	0.72
823943--824230	111	2.6	110	92	0	450	35	24	15	24	1.95
823943--824260	110	2.9	110	88	2	449	35	23	17	23	1.95
826453--826497	24	1.9	23	86	13	65	11	6	6	75	1.18
826530--826576	25	2.0	23	83	8	58	19	10	2	68	1.30
829488--829527	18	2.2	18	90	0	62	47	0	32	20	1.50
835581--835632	3	18.0	3	86	7	72	65	1	0	32	1.04
837502--837662	83	2.0	81	88	4	243	39	14	7	38	1.74
841888--841948	12	5.1	12	70	7	52	16	11	19	52	1.74
841879--841950	24	3.0	24	77	0	81	18	12	19	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841842--841950	48	2.3	49	82	3	123	18	15	19	46	1.84
847137--847224	24	3.7	23	81	6	95	19	14	18	47	1.82
847137--847219	12	6.9	12	72	10	71	19	15	18	46	1.83
847123--847231	48	2.3	48	82	6	132	18	17	17	46	1.84
851984--852048	33	2.0	33	87	0	94	32	10	15	41	1.81
854141--854171	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
856622--856670	15	3.1	15	79	8	53	28	2	2	67	1.13
856621--856665	23	1.9	24	86	4	65	28	2	2	66	1.15
859669--859810	71	2.0	72	94	1	250	29	11	15	42	1.83
860479--860532	21	2.6	21	84	0	72	25	33	16	24	1.96
862430--862501	20	3.6	19	79	5	72	52	18	15	13	1.74
862514--862626	20	6.1	19	75	13	110	12	22	19	46	1.83
863596--863631	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
863733--863880	19	7.7	19	97	0	269	47	17	20	14	1.82
863890--864052	33	4.9	34	87	3	231	12	22	21	43	1.86
863888--864052	67	2.5	67	90	0	258	12	22	21	43	1.86
864017--864077	20	3.0	20	85	0	68	18	19	22	39	1.92
866491--866544	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
866491--866558	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
867431--867595	20	8.2	19	80	9	141	21	18	21	39	1.93
867406--867537	60	2.2	60	83	2	158	23	18	18	39	1.92
867446--867614	40	4.2	40	87	0	221	20	18	22	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867502--867637	61	2.2	60	78	6	148	19	18	25	36	1.94
867623--867675	20	2.7	20	86	13	74	13	16	24	45	1.83
871095--871185	45	2.0	46	89	2	139	26	19	25	28	1.99
873924--874003	23	3.6	22	85	14	103	28	22	25	23	1.99
879836--879926	45	2.0	46	91	2	148	27	19	25	27	1.99
888080--888143	27	2.4	28	86	5	87	26	1	43	28	1.64
888124--888170	24	2.0	24	86	0	67	29	0	40	29	1.57
889366--889413	12	3.8	12	76	15	51	45	8	18	27	1.78
889361--889415	27	2.0	27	96	0	101	47	9	18	25	1.78
889361--889401	15	2.9	15	75	17	52	46	12	17	24	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9