genome.fa.s8208.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008208.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110830_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2533913

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382--2431	13	3.8	13	75	15	57	34	4	12	50	1.58
2816--2862	15	3.0	15	79	11	58	29	12	12	44	1.80
2826--2859	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
2953--2984	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
15141--15208	27	2.5	29	81	15	83	66	1	1	30	1.10
15141--15208	13	5.2	13	73	18	61	66	1	1	30	1.10
15160--15208	25	1.9	26	87	4	73	67	0	2	30	1.02
15611--15703	43	2.2	42	78	7	98	38	21	17	22	1.93
17748--17802	25	2.1	26	87	12	78	72	20	0	7	1.07
22859--22888	15	2.0	15	93	0	51	23	13	20	43	1.86
26000--26384	54	7.1	54	88	0	518	31	16	19	32	1.94
27848--28125	109	2.6	108	84	2	387	31	17	17	33	1.94
27848--28125	54	5.1	54	86	4	371	31	17	17	33	1.94
34130--34179	20	2.5	20	87	6	66	36	14	26	24	1.93
34580--34846	54	4.9	54	91	0	399	31	17	18	31	1.95
34599--34681	27	3.1	27	61	19	64	34	16	16	31	1.92
40561--40619	26	2.3	26	100	0	118	28	8	18	44	1.79
41329--41365	13	2.8	13	100	0	74	16	43	0	40	1.48
43299--43394	46	2.1	46	92	0	156	31	19	5	43	1.73
43313--43406	46	2.1	46	87	2	136	29	23	6	40	1.79
43679--43716	10	3.7	10	89	10	51	23	5	2	68	1.23
45146--45198	15	3.6	14	80	19	63	7	28	0	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45994--46026	16	2.1	16	94	0	57	33	12	27	27	1.92
51590--51842	137	1.8	137	81	3	312	22	16	24	35	1.95
53903--53956	27	2.0	27	81	0	63	40	1	9	48	1.46
55359--55440	30	2.7	30	81	10	80	50	7	14	28	1.70
57442--57526	32	2.6	33	88	7	129	23	22	22	31	1.98
59531--59954	49	8.6	49	85	3	523	35	12	20	30	1.91
64487--64542	13	4.1	14	86	2	62	67	0	1	30	1.01
68948--68977	15	1.9	16	93	6	53	13	0	6	80	0.91
87143--87229	39	2.2	39	82	11	108	29	20	1	48	1.57
87401--87440	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
89080--89142	28	2.2	28	94	0	108	33	6	28	31	1.82
92627--92683	28	2.0	28	86	0	78	31	15	19	33	1.93
95898--96023	47	2.8	45	88	8	184	38	7	22	30	1.83
103547--103672	47	2.8	45	89	5	191	39	7	21	30	1.82
109997--110052	29	1.9	29	85	0	76	33	1	25	39	1.66
113779--113829	24	2.1	24	85	10	68	29	21	7	41	1.81
113789--113841	25	2.1	26	89	3	81	24	16	9	49	1.76
119616--119713	48	2.0	48	86	3	135	35	11	21	31	1.89
122660--122693	17	1.9	18	88	5	52	17	17	14	50	1.79
135284--135329	18	2.6	18	92	0	74	30	8	13	47	1.72
138920--138965	18	2.6	18	89	0	65	32	6	15	45	1.71
142464--142503	17	2.4	17	86	0	53	32	15	12	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142559--142610	18	2.9	18	88	2	79	38	5	11	44	1.65
146122--146161	17	2.4	17	86	0	53	32	15	12	40	1.84
146215--146262	18	2.7	18	86	0	69	33	6	10	50	1.62
160048--160084	13	2.8	13	91	0	56	29	40	0	29	1.57
159980--160265	101	3.0	99	83	13	405	42	27	4	25	1.75
160069--160215	47	3.2	48	61	28	113	43	24	6	25	1.77
160061--160270	88	2.4	87	94	1	357	42	27	6	24	1.78
160301--160352	22	2.4	22	96	0	95	34	5	11	48	1.63
161550--161592	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
167860--167890	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
172164--172198	18	1.9	18	88	0	52	34	11	5	48	1.63
172891--172923	14	2.4	14	90	10	50	78	0	21	0	0.75
176187--176229	20	2.3	19	92	8	70	34	11	4	48	1.60
179159--179209	23	2.2	23	85	3	66	19	13	37	29	1.90
182353--182391	21	1.9	20	84	5	51	66	20	2	10	1.33
183920--183944	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
187143--187275	70	1.9	70	85	0	185	28	12	26	33	1.92
191154--191199	21	2.2	21	88	0	65	45	6	0	47	1.28
191966--192011	18	2.6	18	96	3	85	39	10	23	26	1.88
192502--192540	20	2.0	20	90	10	62	43	7	15	33	1.75
192502--192549	19	2.4	20	86	6	62	45	8	14	31	1.74
193118--193394	143	1.9	143	94	0	491	25	13	16	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193360--193486	62	2.0	62	90	0	200	30	14	16	38	1.88
195164--195189	7	3.7	7	100	0	52	11	15	26	46	1.80
198965--198992	9	3.1	9	100	0	56	21	0	42	35	1.53
200997--201132	56	2.4	56	82	12	179	48	1	2	47	1.23
200990--201121	2	68.5	2	78	12	107	47	1	1	49	1.20
202214--202248	16	2.1	17	89	5	54	74	0	0	25	0.82
208858--208884	11	2.5	11	100	0	54	11	25	33	29	1.91
220346--220385	2	20.5	2	89	5	64	50	0	2	47	1.14
223287--223318	17	1.9	17	93	6	57	0	15	6	78	0.95
224904--224941	2	19.5	2	89	5	60	50	0	2	47	1.15
226051--226129	20	3.6	20	74	21	77	20	26	10	43	1.83
226035--226145	47	2.4	47	95	0	204	25	20	9	44	1.82
226071--226145	27	3.0	27	69	25	83	24	21	10	44	1.84
226523--226576	19	2.6	19	80	16	56	31	14	16	37	1.89
232140--232314	20	7.7	20	70	23	116	23	25	10	40	1.86
232124--232328	47	4.4	47	94	0	356	25	22	11	40	1.87
234804--234828	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
249369--249397	13	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
250872--250913	15	3.0	14	82	6	50	52	0	0	47	1.00
252407--252479	31	2.4	31	83	4	94	28	9	9	52	1.66
252579--252627	24	2.2	21	85	10	62	57	0	2	40	1.10
252573--252677	27	4.2	25	73	21	87	54	0	2	41	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252609--252677	25	2.7	26	84	8	88	56	1	2	39	1.23
252612--252687	27	3.1	24	83	9	75	52	1	5	40	1.32
252851--252939	40	2.2	40	76	9	101	44	2	15	37	1.59
261081--261105	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
265799--265866	19	3.6	19	83	11	86	27	16	27	27	1.97
266201--266533	116	2.8	113	86	5	450	33	12	18	35	1.88
266198--266533	59	5.8	58	85	1	431	33	12	18	35	1.88
271952--272343	59	6.7	59	88	3	535	33	11	20	34	1.88
279017--279236	112	2.0	111	89	0	341	35	19	15	30	1.92
280111--280215	37	2.8	37	85	0	138	40	15	12	31	1.84
280694--280761	18	3.9	18	73	19	63	32	4	0	63	1.14
280728--280765	20	1.9	20	84	10	51	36	5	0	57	1.21
280804--280861	2	29.5	2	96	3	109	50	0	0	50	1.00
280955--280996	22	2.0	22	81	13	52	21	2	9	66	1.32
281106--281147	16	2.6	16	88	7	59	16	7	0	76	1.00
281372--282416	106	10.0	106	85	5	1373	33	24	18	23	1.97
281980--282371	94	4.0	93	74	12	336	32	23	18	24	1.97
283100--283204	37	2.8	37	82	0	129	41	14	12	31	1.82
283674--283761	19	4.4	19	67	20	54	31	3	4	60	1.34
284024--284052	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
284050--284129	13	6.4	13	70	13	51	17	10	0	72	1.11
284065--284105	15	2.6	16	81	14	50	14	7	0	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298928--298976	16	3.2	16	72	21	50	55	0	4	40	1.19
300663--300718	29	1.9	29	100	0	112	23	37	3	35	1.72
322268--322310	23	1.9	21	81	13	50	37	13	18	30	1.90
322957--323001	13	3.5	13	84	0	63	31	17	15	35	1.92
322957--323008	13	4.0	13	84	0	59	28	17	15	38	1.90
334547--334606	17	3.5	17	74	0	57	26	16	8	48	1.75
334616--334651	17	2.1	17	94	0	63	44	16	5	33	1.71
344607--344647	20	2.1	19	90	4	64	43	7	19	29	1.78
355707--355755	24	2.0	24	92	7	82	34	18	22	24	1.96
362080--362132	4	11.8	4	81	18	52	11	22	0	66	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8