genome.fa.s8208.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008208.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110830_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2533913

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948695--1948734	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
1950554--1950605	23	2.3	23	93	0	86	26	36	3	32	1.75
1950577--1950679	36	2.9	36	85	0	134	29	33	3	33	1.76
1951123--1951169	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
1956313--1956342	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
1959504--1959559	10	5.7	10	74	4	60	83	8	7	0	0.80
1959503--1959561	20	3.0	20	80	9	77	81	10	8	0	0.88
1959522--1959549	12	2.3	12	100	0	56	78	7	14	0	0.95
1959517--1959549	12	2.5	13	85	14	50	78	9	12	0	0.95
1959512--1959577	21	3.1	21	78	8	62	77	12	10	0	1.00
1959503--1959570	21	3.4	20	84	9	86	79	11	8	0	0.94
1971277--1971338	13	5.2	12	75	16	58	24	41	1	32	1.64
1971279--1971358	35	2.3	35	97	0	151	26	40	2	31	1.69
1971496--1971539	15	2.8	16	86	6	54	15	29	0	54	1.42
1971972--1972024	16	3.1	16	83	8	61	15	18	0	66	1.26
1975009--1975082	35	2.1	36	92	2	123	27	37	2	32	1.71
1989356--1989401	15	2.9	15	81	18	58	8	30	0	60	1.26
1993045--1993090	15	2.9	15	81	18	58	8	30	0	60	1.26
1993676--1994012	178	1.9	181	98	1	653	31	23	5	39	1.79
2002493--2002538	15	2.9	15	81	18	58	8	30	0	60	1.26
2004398--2004427	15	2.0	15	93	0	51	13	23	0	63	1.29
2007533--2007597	13	5.4	12	75	21	57	29	3	35	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2007515--2007619	36	2.9	36	92	1	167	28	4	36	30	1.78
2012060--2012145	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
2012042--2012146	36	2.9	36	94	1	176	27	4	37	30	1.77
2018497--2018549	23	2.2	24	86	3	72	62	13	13	11	1.55
2018497--2018557	23	2.6	22	78	14	61	62	13	14	9	1.55
2041181--2041246	19	3.4	19	87	4	78	74	3	19	3	1.09
2041198--2041248	5	10.2	5	79	12	52	76	0	21	1	0.88
2041211--2041241	8	3.9	8	95	0	53	77	0	19	3	0.90
2041181--2041251	16	4.1	16	77	18	63	74	2	19	2	1.07
2041198--2041248	27	1.9	27	88	11	79	76	0	21	1	0.88
2046503--2046858	198	1.8	194	93	2	622	30	19	7	42	1.79
2047261--2047409	36	4.1	36	88	0	208	29	4	38	27	1.77
2047304--2047399	25	4.0	23	65	25	56	31	5	36	27	1.79
2051277--2051425	36	4.1	36	88	0	208	29	4	38	27	1.77
2051320--2051415	25	4.0	23	65	25	56	31	5	36	27	1.79
2053989--2054026	19	2.0	19	85	10	51	81	5	13	0	0.85
2054057--2054106	24	2.1	24	85	7	66	76	6	14	4	1.13
2060409--2060441	17	2.0	17	94	5	59	0	18	6	75	1.00
2060394--2060434	21	2.0	21	90	9	66	0	21	2	75	0.92
2065131--2065178	13	3.8	12	79	20	53	79	4	14	2	0.98
2070345--2070382	19	2.0	19	90	10	60	23	10	0	65	1.23
2074966--2075005	8	4.9	8	85	14	55	0	20	2	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074959--2075007	16	2.9	17	85	14	66	0	18	4	77	0.92
2075269--2075304	18	1.9	20	88	11	58	66	0	11	22	1.22
2084338--2084441	25	4.4	24	68	21	67	27	35	4	31	1.78
2084336--2084476	36	3.9	36	90	0	219	28	36	4	31	1.76
2084336--2084474	72	1.9	72	94	0	242	28	35	4	31	1.77
2084616--2084650	15	2.3	15	95	0	61	17	25	0	57	1.40
2084872--2084899	11	2.5	11	100	0	56	89	0	10	0	0.49
2088400--2088429	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
2095648--2095751	25	4.4	23	66	23	63	27	34	5	31	1.81
2095646--2095786	36	3.9	36	88	0	210	28	35	4	31	1.79
2095646--2095784	72	1.9	72	92	0	233	28	35	5	31	1.79
2097555--2097587	15	2.2	15	94	0	57	51	0	24	24	1.48
2097729--2097877	36	4.1	36	89	0	217	30	4	36	28	1.76
2097764--2097867	25	4.4	22	67	21	59	31	4	35	27	1.78
2097731--2097869	72	1.9	72	94	0	242	31	4	35	28	1.77
2101576--2101724	36	4.1	36	88	0	208	30	4	36	27	1.77
2101578--2101716	72	1.9	72	92	0	233	31	5	35	27	1.78
2107720--2107760	19	2.2	19	90	0	64	2	12	2	82	0.86
2114012--2114046	2	18.0	2	88	5	54	51	0	0	48	1.00
2118055--2118139	11	7.2	11	72	22	66	31	35	3	29	1.75
2118052--2118156	36	2.9	36	92	1	167	30	36	4	28	1.78
2120755--2120802	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124181--2124220	17	2.4	17	86	0	53	32	15	12	40	1.84
2126657--2126708	21	2.7	19	81	18	63	51	3	25	19	1.63
2126658--2126702	21	2.1	21	88	8	65	51	4	26	17	1.65
2128034--2128075	18	2.3	18	95	0	75	33	7	9	50	1.62
2130202--2130230	13	2.1	14	93	6	51	24	41	3	31	1.71
2130209--2130288	35	2.3	35	93	0	133	28	41	2	27	1.69
2130992--2131024	17	1.9	17	93	0	57	30	33	0	36	1.58
2132055--2132098	17	2.6	17	92	0	70	31	13	29	25	1.94
2136298--2136322	13	1.9	13	100	0	50	24	44	0	32	1.54
2138992--2139025	16	2.1	17	89	10	54	23	0	5	70	1.09
2139776--2139835	8	7.0	8	81	10	66	81	11	6	0	0.86
2139776--2139854	10	8.5	10	72	18	55	78	13	7	0	0.95
2143728--2143761	16	2.1	17	89	10	54	23	0	5	70	1.09
2145845--2145892	24	2.0	25	87	4	71	52	10	25	12	1.71
2149522--2149661	36	3.9	36	89	0	208	27	37	5	29	1.78
2153373--2153436	19	3.3	20	83	12	73	76	3	17	3	1.04
2153391--2153439	13	3.8	12	82	15	53	77	0	20	2	0.87
2167548--2167574	13	2.1	13	100	0	54	44	14	14	25	1.84
2170438--2170507	18	4.0	17	76	9	70	37	17	8	37	1.80
2172586--2172632	8	5.8	8	83	14	60	87	2	4	6	0.74
2172586--2172633	17	2.9	17	87	3	71	87	2	4	6	0.73
2172677--2172725	24	2.1	24	84	3	64	55	18	12	14	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172720--2172757	13	3.0	13	88	3	51	78	2	18	0	0.86
2173317--2173386	13	5.6	13	79	16	69	27	2	38	31	1.71
2173329--2173412	36	2.3	36	97	0	159	28	4	36	29	1.78
2173753--2173803	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2177433--2177502	13	5.6	13	79	16	69	27	2	38	31	1.71
2177445--2177528	36	2.3	36	97	0	159	28	4	36	29	1.78
2179609--2179681	24	3.0	24	95	2	128	12	12	15	60	1.60
2189639--2189691	27	2.0	26	85	3	70	58	1	28	11	1.43
2200815--2200852	19	1.9	19	89	5	58	0	10	10	78	0.95
2200830--2200870	14	2.8	14	92	7	64	0	9	9	80	0.91
2200815--2200854	21	1.9	21	89	0	62	0	10	10	80	0.92
2200808--2200873	22	3.0	21	77	14	62	0	10	12	77	1.00
2206282--2206329	24	2.0	25	83	4	62	12	25	12	50	1.75
2216249--2216289	19	2.1	20	90	4	66	51	4	4	39	1.45
2218195--2218233	21	1.9	20	89	5	60	58	0	28	12	1.34
2218195--2218243	20	2.4	21	86	3	64	57	2	26	14	1.48
2220097--2220344	123	2.0	123	89	0	379	26	18	14	39	1.90
2224183--2224275	47	2.0	47	86	0	132	20	19	29	31	1.97
2226725--2226819	30	3.2	30	73	8	95	21	27	15	35	1.94
2232914--2232950	16	2.3	16	100	0	74	35	0	43	21	1.53
2237144--2237183	8	4.9	8	85	14	55	0	20	2	77	0.88
2237137--2237185	16	2.9	17	85	14	66	0	18	4	77	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240764--2240793	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
2245201--2245266	34	1.9	34	96	0	123	10	37	10	40	1.74
2246839--2246924	13	7.2	12	72	22	58	29	3	37	30	1.74
2246824--2246925	36	2.9	36	94	1	170	26	4	36	32	1.78
2250903--2251007	36	2.9	36	88	0	165	27	34	4	33	1.78
2251618--2251669	16	3.3	15	77	17	52	15	17	0	67	1.24
2254953--2255050	36	2.7	36	90	0	160	28	34	5	31	1.79
2257478--2257558	40	2.0	40	95	4	146	32	25	9	32	1.89
2263127--2263192	34	1.9	34	96	0	123	10	37	10	40	1.74
2264767--2264868	36	2.9	36	91	1	161	25	4	36	33	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8