genome.fa.s8208.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008208.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110830_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2533913

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678051--678153	45	2.3	45	93	1	172	36	9	23	30	1.87
678913--678963	15	3.5	14	84	7	66	49	0	0	50	1.00
688608--688656	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
688898--689490	134	4.4	134	84	1	744	30	16	22	30	1.96
690041--690146	42	2.5	41	81	3	131	32	21	20	25	1.98
693127--693210	20	4.1	20	73	19	73	11	13	0	75	1.06
693135--693240	43	2.4	43	84	6	124	10	15	0	74	1.07
693213--693344	25	5.5	22	72	22	72	10	16	0	72	1.11
693192--693346	73	2.2	70	90	5	240	10	17	0	72	1.12
699297--699330	17	2.0	17	100	0	68	58	11	23	5	1.55
701099--701166	23	3.2	23	62	23	58	23	8	10	57	1.60
701099--701180	40	2.0	40	95	0	146	24	10	9	54	1.65
701375--701469	35	2.6	36	77	9	104	47	2	2	48	1.25
702254--702362	39	2.8	39	77	13	125	46	1	14	36	1.56
702383--702430	3	17.0	3	76	20	50	64	0	2	33	1.05
703771--703811	14	2.8	14	88	7	55	80	4	0	14	0.87
703771--703828	22	2.6	23	81	13	59	75	3	5	15	1.11
703809--703849	21	2.0	21	85	9	57	65	2	14	17	1.37
703873--703936	30	2.1	32	82	11	80	73	6	10	9	1.25
703873--703937	31	2.1	32	82	8	80	73	6	10	9	1.23
703962--704002	14	2.8	15	85	10	50	80	0	4	14	0.87
703991--704038	17	2.7	17	78	15	53	70	0	2	27	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703963--704103	4	35.8	4	70	18	73	70	1	4	23	1.12
703963--704042	31	2.7	30	76	12	85	75	0	3	21	0.96
704026--704109	39	2.0	43	80	13	97	67	2	5	23	1.24
707098--707130	7	4.9	7	88	3	50	0	21	0	78	0.75
716774--716825	2	25.5	2	80	3	59	42	1	5	50	1.37
722115--722175	7	8.6	7	81	13	63	11	1	3	83	0.83
722117--722169	13	3.7	14	76	20	56	11	1	3	83	0.87
722114--722175	27	2.2	28	85	8	90	12	1	3	82	0.87
730765--730828	33	1.9	33	84	6	85	32	15	28	23	1.95
732997--733042	23	2.0	23	100	0	92	17	13	26	43	1.85
732998--733050	23	2.3	23	93	0	88	18	13	22	45	1.84
736055--736210	44	3.5	44	84	0	204	40	10	23	26	1.86
736216--736298	43	1.9	44	92	2	141	38	13	26	21	1.90
736149--736275	66	1.9	67	85	1	175	39	13	23	23	1.90
739553--739877	44	7.4	43	80	9	286	44	11	18	25	1.84
745089--745138	18	2.8	18	87	6	66	32	14	22	32	1.93
745635--745943	44	7.0	44	91	0	465	40	12	22	23	1.88
757282--757339	21	2.8	21	89	0	89	36	20	17	25	1.94
760658--760876	81	2.8	75	78	14	244	37	16	9	36	1.81
760788--761472	251	2.7	258	81	7	739	33	14	10	41	1.80
762798--762915	42	2.8	43	80	1	121	48	8	19	23	1.76
762855--763176	87	3.7	85	73	10	247	44	10	20	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762855--763176	176	1.9	170	81	7	398	44	10	20	25	1.82
762797--763182	43	9.0	42	74	8	251	45	9	20	24	1.80
764198--764247	21	2.4	21	89	0	73	30	20	24	26	1.98
765030--765087	21	2.8	21	89	0	80	15	39	0	44	1.47
767566--767631	24	2.6	25	75	15	73	50	1	0	48	1.10
768554--768860	44	7.0	43	84	2	362	26	19	11	42	1.86
768560--768860	88	3.4	88	87	1	399	26	19	11	42	1.85
769433--769473	21	2.1	19	86	9	55	34	9	14	41	1.79
779621--779670	22	2.3	22	82	6	66	22	14	20	44	1.86
781031--781076	21	2.2	21	84	0	56	17	13	4	65	1.42
788196--788417	54	4.1	54	79	1	212	34	18	13	33	1.90
789455--789650	98	2.0	98	100	0	392	36	18	5	39	1.73
794390--794602	54	3.9	54	86	1	275	36	16	13	33	1.88
794397--794602	108	1.9	109	87	3	308	35	16	14	33	1.88
797330--797372	18	2.3	18	84	4	50	13	13	9	62	1.53
799002--799028	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
805191--805253	30	2.0	31	85	11	85	73	3	12	11	1.22
813687--813787	29	3.2	29	64	28	71	38	8	20	31	1.84
813698--813800	31	3.2	31	64	28	79	36	10	20	32	1.87
813670--813801	66	2.0	66	100	0	264	36	10	21	31	1.87
816170--816240	8	8.9	8	98	0	133	14	35	0	50	1.43
827969--828260	162	1.8	162	85	1	415	32	20	15	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827970--828260	54	5.4	54	81	2	343	31	20	15	31	1.94
828182--828348	89	1.9	89	94	0	298	28	21	16	32	1.95
828271--828429	54	2.9	54	87	1	239	29	19	18	32	1.95
828132--828409	143	1.9	143	91	0	448	29	20	17	32	1.95
828275--828560	54	5.3	54	78	3	238	32	20	18	29	1.96
828082--828461	197	1.9	198	84	4	509	31	21	17	30	1.96
833796--834557	54	14.1	54	78	4	678	32	20	16	30	1.95
838814--839162	174	2.0	174	100	0	698	24	23	12	39	1.89
851828--851870	16	2.6	16	85	3	50	58	0	27	13	1.37
863602--863640	20	2.0	20	89	0	60	56	5	20	17	1.60
863777--863807	15	2.1	15	100	0	62	25	12	6	54	1.62
864120--864215	24	4.0	24	74	5	86	28	19	17	34	1.95
864228--864265	15	2.5	15	95	0	67	31	5	15	47	1.68
865124--865266	52	2.7	52	96	1	259	30	19	7	41	1.79
865417--865538	40	3.0	40	98	0	235	32	26	17	23	1.96
868631--868674	22	2.0	22	100	0	88	45	4	0	50	1.22
869135--869167	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
872793--872863	26	2.8	25	84	2	97	47	0	15	36	1.46
873808--873842	18	1.9	18	100	0	70	48	17	11	22	1.79
875592--875704	42	2.7	41	82	4	136	33	18	21	26	1.96
875397--876084	257	2.7	256	84	1	903	34	16	15	33	1.91
875988--876129	62	2.3	63	93	2	241	40	10	10	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878428--878592	76	2.2	75	85	3	224	29	2	10	56	1.46
878607--878635	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
879247--879286	21	2.0	21	90	5	64	17	5	0	77	0.94
879236--879286	23	2.3	21	83	6	57	21	3	0	74	0.98
888450--888488	14	2.8	14	88	0	51	15	2	2	79	0.95
889525--889640	55	2.1	54	90	6	182	52	13	12	21	1.73
890397--890545	76	2.0	75	89	4	228	30	2	10	57	1.46
890529--890580	19	2.6	20	75	6	52	32	0	7	59	1.26
891634--891758	47	2.8	45	85	6	171	31	23	7	38	1.82
891859--891994	58	2.3	58	78	3	157	29	23	18	28	1.98
894242--894291	19	2.6	19	81	9	66	18	4	2	76	1.04
894957--895042	22	4.0	20	73	19	75	45	4	3	46	1.41
903892--903926	13	2.7	13	95	0	61	14	25	20	40	1.90
906370--906427	29	2.0	29	89	0	89	39	13	15	31	1.86
906897--907503	54	11.2	54	80	5	552	31	21	17	29	1.96
907641--907723	21	3.8	21	68	7	67	45	12	22	19	1.83
908586--908631	19	2.4	19	89	10	67	17	26	30	26	1.97
908596--908637	19	2.2	19	83	8	50	16	33	30	19	1.94
908634--908675	22	1.9	22	100	0	84	19	52	23	4	1.65
908632--908678	5	9.2	5	82	13	60	19	55	21	4	1.60
908632--908691	31	1.9	32	89	3	95	20	51	20	8	1.72
908706--908884	29	6.1	29	78	7	166	31	5	21	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908706--908841	30	4.6	29	83	4	130	33	5	22	38	1.78
911365--911429	24	2.8	24	92	2	105	23	13	43	20	1.87
915980--916019	17	2.4	17	95	0	71	20	45	25	10	1.81
916032--916190	29	5.5	28	85	5	192	30	5	23	40	1.77
916032--916210	58	3.1	58	81	6	202	30	5	22	42	1.75
924475--924768	45	6.5	45	92	1	448	25	23	13	38	1.91
931129--931428	45	6.7	45	91	0	449	26	22	13	38	1.90
931995--932033	20	2.0	20	94	0	69	23	17	17	41	1.91
932942--933044	34	2.9	35	84	4	127	54	5	19	20	1.64
932989--933044	19	3.1	19	70	14	55	51	3	21	23	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8