genome.fa.s8208.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008208.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110830_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2533913

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267268--2267372	36	2.9	36	89	0	174	27	35	4	32	1.78
2271332--2271436	36	2.9	36	86	0	165	26	35	4	33	1.78
2276979--2277013	12	2.9	12	91	8	54	77	0	22	0	0.78
2281675--2281726	24	2.2	24	82	0	59	28	21	19	30	1.97
2286180--2286221	21	2.0	22	90	4	68	16	7	0	76	1.00
2290629--2290674	18	2.6	18	92	0	74	47	13	6	32	1.68
2312390--2312440	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2316395--2316445	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2318042--2318106	2	33.0	2	96	3	123	50	0	0	49	1.00
2318137--2320906	919	3.0	920	95	1	4930	34	17	22	25	1.95
2322152--2322180	11	2.6	11	100	0	58	89	10	0	0	0.48
2322152--2322210	30	1.9	30	86	3	82	83	10	6	0	0.82
2322157--2322223	20	3.3	19	75	18	64	80	10	8	0	0.90
2322156--2322230	21	3.6	21	82	7	82	78	12	9	0	0.96
2326009--2326108	49	2.2	44	81	15	107	34	2	15	49	1.56
2330137--2330434	149	2.0	152	96	3	552	18	19	21	40	1.91
2333901--2333947	24	2.0	24	86	0	67	38	10	25	25	1.88
2332948--2334797	926	2.0	926	94	0	3213	34	17	22	25	1.95
2342902--2342931	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
2348404--2348433	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
2354045--2354088	18	2.3	18	84	7	52	36	9	2	52	1.46
2362091--2362150	19	3.2	19	88	6	79	75	1	18	5	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367698--2367757	19	3.2	19	88	6	79	75	3	18	3	1.09
2373298--2373357	19	3.2	19	88	6	79	75	3	18	3	1.09
2378998--2379055	25	2.3	25	96	0	107	41	22	10	25	1.85
2385192--2385251	19	3.2	19	88	6	79	75	3	18	3	1.09
2391764--2391825	13	5.2	12	73	22	51	35	1	35	27	1.67
2391746--2391825	35	2.3	35	88	0	124	35	2	33	28	1.71
2398352--2398402	19	2.6	20	87	3	68	45	5	13	35	1.68
2401552--2401615	13	5.2	13	75	19	57	31	1	40	26	1.65
2401529--2401608	35	2.3	35	97	0	151	31	2	40	26	1.69
2404752--2404799	16	2.9	16	87	6	60	66	0	16	16	1.25
2405011--2405046	18	2.0	18	88	0	54	0	13	5	80	0.88
2405419--2405495	35	2.2	35	95	0	136	31	3	40	24	1.73
2405474--2405515	13	3.2	13	93	3	66	33	2	40	23	1.68
2407810--2407894	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
2407807--2407908	36	2.9	36	94	1	170	32	36	4	26	1.78
2407808--2407924	36	3.4	34	85	11	130	30	36	3	29	1.74
2407808--2407946	36	4.0	33	84	10	86	30	35	2	30	1.72
2408287--2408333	25	2.0	24	84	16	62	74	8	17	0	1.05
2408549--2408597	23	2.1	24	81	11	57	14	22	0	63	1.30
2418744--2418773	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
2422743--2424402	415	4.0	415	99	0	3248	35	15	16	31	1.91
2430547--2430626	36	2.2	36	93	0	133	31	35	5	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431345--2431549	104	2.0	104	96	0	374	31	14	22	31	1.94
2431457--2431706	123	2.0	123	97	0	473	29	11	26	32	1.91
2445547--2445580	16	2.2	16	89	5	52	0	20	0	79	0.73
2451018--2451060	20	2.2	20	87	4	61	32	9	9	48	1.67
2451569--2451615	13	3.2	16	80	17	57	17	19	0	63	1.30
2451579--2451620	13	3.1	14	83	13	52	16	19	0	64	1.30
2451809--2451850	6	6.8	6	81	13	50	80	2	16	0	0.81
2452037--2452085	16	2.9	16	84	6	53	16	22	0	61	1.34
2452705--2458233	294	18.8	292	71	10	2572	32	13	21	32	1.93
2462285--2464623	294	7.9	292	73	7	1464	31	13	22	32	1.93
2464722--2467854	292	10.7	290	71	9	1484	31	13	21	32	1.93
2464806--2465904	585	1.9	579	79	6	1218	32	13	22	31	1.93
2464806--2465904	581	1.9	583	80	5	1263	32	13	22	31	1.93
2467954--2467988	13	2.7	13	90	0	61	25	20	17	37	1.94
2471964--2472018	27	2.0	27	100	0	110	23	18	0	58	1.39
2473795--2473836	20	2.1	20	90	0	66	50	0	21	28	1.49
2484530--2484567	19	2.0	19	85	10	51	36	2	21	39	1.67
2485339--2485408	31	2.3	30	78	9	81	41	10	17	31	1.82
2488855--2488906	18	2.8	18	78	16	52	75	1	3	19	1.06
2489580--2490854	581	2.2	575	80	7	1370	30	20	14	33	1.93
2488611--2490863	287	7.8	294	72	9	1148	31	20	15	32	1.93
2501201--2501839	81	7.9	81	89	1	913	35	10	21	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513483--2513515	5	6.6	5	100	0	66	21	0	0	78	0.75
2514577--2514620	16	2.8	16	80	10	54	47	0	0	52	1.00
2514876--2514946	36	2.0	35	91	2	115	32	11	11	45	1.75
2515624--2515687	31	2.1	31	91	5	103	26	9	10	53	1.66
2516387--2516471	31	2.7	31	75	1	80	27	29	28	15	1.96
2521996--2522048	20	2.7	20	87	0	79	33	3	28	33	1.75
2524418--2524739	41	7.9	41	71	4	182	35	15	15	33	1.89
2524408--2524746	82	4.1	82	82	3	369	35	15	16	33	1.90
2524407--2524746	164	2.1	163	82	4	407	35	15	16	33	1.90
2525914--2526137	112	2.0	113	91	0	369	18	19	17	45	1.86
2530111--2530177	30	2.2	32	94	5	120	31	8	8	50	1.64
2533608--2533673	23	2.9	23	75	2	62	19	27	25	27	1.99
2533607--2533683	21	3.5	21	71	13	66	22	24	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8

The End!