genome.fa.s8209.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008209.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110831_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6561538

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

This is table  11  of  30  ( 3569 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2690250--2690620	102	3.6	102	88	2	469	29	19	12	38	1.89
2690433--2690658	36	6.4	36	78	11	236	26	19	13	40	1.88
2690250--2690620	203	1.8	204	82	2	478	29	19	12	38	1.89
2690453--2690704	138	1.8	138	89	0	396	26	19	13	40	1.88
2690616--2690787	65	2.6	64	83	7	211	32	20	9	37	1.86
2691172--2691227	17	3.3	16	83	16	69	26	5	0	67	1.11
2691166--2691214	19	2.6	19	81	12	57	26	6	0	67	1.14
2691172--2691223	19	2.7	20	74	14	56	25	5	0	69	1.10
2691156--2691227	16	4.5	15	77	19	58	29	4	0	66	1.10
2691279--2691383	41	2.5	40	82	11	122	33	4	0	60	1.24
2691402--2691483	35	2.3	35	84	12	98	23	4	4	67	1.30
2691617--2691676	26	2.3	25	80	5	66	11	6	6	75	1.19
2694622--2694651	10	2.9	10	95	5	51	80	3	16	0	0.85
2694737--2694871	69	2.0	69	92	0	225	38	23	13	24	1.91
2696256--2696300	17	2.8	17	90	6	67	17	17	15	48	1.81
2696434--2696518	35	2.4	35	88	2	116	24	22	12	40	1.89
2696347--2696721	100	3.7	100	87	3	439	29	19	12	38	1.88
2696534--2696759	36	6.4	36	78	11	236	26	19	13	40	1.88
2696554--2696805	138	1.8	138	89	0	396	26	19	13	40	1.88
2696708--2696889	65	2.7	67	84	3	226	30	20	9	39	1.85
2697274--2697331	19	3.0	19	80	9	64	27	5	0	67	1.12
2697371--2697476	41	2.5	41	83	3	122	32	5	0	61	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697493--2697517	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
2700717--2700746	10	2.9	10	95	5	51	80	3	16	0	0.85
2702291--2702335	17	2.8	17	90	6	67	17	17	15	48	1.81
2702466--2702789	36	9.4	36	72	14	222	29	19	12	38	1.89
2702466--2702553	37	2.4	37	88	1	124	26	21	12	39	1.89
2702400--2702751	100	3.5	100	85	5	401	29	18	12	38	1.88
2702695--2702789	35	2.7	35	87	4	122	28	18	15	36	1.92
2702589--2702835	134	1.8	135	85	4	347	27	19	13	39	1.89
2702749--2702902	67	2.4	66	85	6	199	33	20	9	37	1.85
2702749--2702918	66	2.6	67	84	6	199	32	20	10	36	1.86
2703073--2703115	17	2.4	18	85	11	54	23	4	0	72	1.04
2703160--2703264	11	9.5	11	76	10	72	30	0	0	69	0.89
2703163--2703257	9	10.4	9	70	10	50	32	0	0	67	0.91
2703166--2703235	27	2.5	28	79	6	70	35	0	0	64	0.94
2703166--2703256	31	2.9	31	79	15	105	32	0	0	67	0.91
2703215--2703257	21	2.0	21	90	0	68	27	0	0	72	0.85
2703161--2703321	7	21.4	7	68	20	53	28	1	1	68	1.08
2703201--2703331	8	16.2	8	69	20	69	25	2	2	70	1.11
2703448--2703507	25	2.4	25	83	8	68	11	5	8	75	1.19
2705975--2705999	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
2706084--2706218	69	2.0	69	93	0	234	37	23	14	24	1.92
2707608--2707652	17	2.8	17	90	6	67	17	17	15	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2707786--2707872	37	2.4	37	88	1	122	25	21	12	40	1.89
2707705--2708075	102	3.6	102	88	2	469	29	19	12	38	1.89
2707888--2708113	36	6.4	36	78	11	236	26	19	13	40	1.88
2707705--2708075	203	1.8	204	82	2	478	29	19	12	38	1.89
2707908--2708159	138	1.8	138	89	0	396	26	19	13	40	1.88
2708062--2708243	65	2.7	67	84	3	226	30	20	9	39	1.85
2708844--2709260	106	4.0	106	84	7	486	34	24	19	21	1.96
2708844--2709216	106	3.5	106	87	3	493	35	24	19	20	1.96
2710573--2710731	2	83.0	2	80	10	145	40	0	0	59	1.02
2710562--2710721	33	5.0	32	75	13	141	38	1	0	59	1.08
2710832--2710981	31	4.8	30	71	13	81	23	4	2	69	1.20
2710847--2710907	18	3.5	18	78	8	56	21	3	0	75	0.94
2711096--2711131	18	1.9	18	88	5	54	16	2	2	77	1.00
2711125--2711176	26	2.0	27	85	11	72	11	7	5	75	1.19
2712409--2712448	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2715221--2715439	54	4.0	54	76	7	206	36	20	17	26	1.94
2715060--2715327	136	2.0	135	86	3	378	34	17	20	27	1.95
2715231--2715439	112	1.9	111	90	3	339	34	20	17	27	1.95
2715088--2715571	247	2.0	247	89	1	747	34	19	18	27	1.95
2716548--2716604	28	2.1	27	83	3	69	63	3	0	33	1.12
2716768--2716810	23	1.9	23	90	4	70	25	4	2	67	1.22
2717027--2717053	6	4.5	6	100	0	54	14	0	33	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2718068--2718131	28	2.3	28	89	5	94	53	14	4	28	1.60
2718077--2718134	28	2.1	28	96	0	107	53	10	5	31	1.57
2718911--2718997	29	3.0	29	87	0	138	20	25	11	42	1.86
2725302--2725941	53	12.0	55	80	5	343	32	10	16	40	1.81
2725310--2725928	106	5.8	108	80	6	380	32	10	16	40	1.82
2725630--2726199	53	10.7	53	85	3	734	30	10	18	39	1.85
2726894--2727418	139	3.8	139	89	1	802	35	17	20	26	1.95
2727489--2727914	214	2.0	214	93	1	739	33	17	23	26	1.96
2729136--2729199	17	3.3	19	67	20	51	39	12	23	25	1.90
2729081--2729369	140	2.1	139	91	2	474	35	16	21	25	1.95
2730325--2730383	20	3.0	21	72	18	63	44	0	49	6	1.29
2730581--2730701	59	2.1	59	96	0	224	33	23	17	24	1.96
2732867--2732928	28	2.3	28	84	13	78	29	4	6	59	1.43
2734293--2734371	22	3.6	22	77	6	88	37	21	15	25	1.92
2737527--2737556	15	2.1	15	93	6	53	20	3	0	76	0.92
2741891--2741929	19	2.0	20	85	5	53	35	10	20	33	1.86
2742156--2742222	31	2.2	31	84	10	84	50	8	11	28	1.69
2743450--2743480	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
2749930--2750022	23	4.1	23	82	9	120	29	25	18	26	1.98
2749962--2750038	23	3.3	24	85	8	99	29	27	20	22	1.98
2750427--2750460	17	2.0	17	88	0	50	44	20	2	32	1.67
2754334--2754384	20	2.5	21	77	6	59	31	27	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754585--2754632	23	2.1	22	85	11	62	50	6	0	43	1.27
2754810--2754863	21	2.6	21	77	11	56	22	3	31	42	1.71
2755571--2755604	16	2.1	16	88	0	50	47	2	2	47	1.32
2755646--2755679	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
2757137--2757201	22	3.0	20	78	12	67	24	3	1	70	1.10
2761225--2761274	25	2.0	25	96	0	91	24	10	20	46	1.81
2762516--2762552	3	12.3	3	94	0	65	64	0	0	35	0.94
2762553--2762591	3	12.7	3	94	5	69	33	0	0	66	0.92
2778841--2778914	38	2.0	37	94	2	130	41	17	17	22	1.89
2779093--2779133	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
2788736--2788774	16	2.4	16	86	0	51	46	2	2	48	1.29
2789408--2789894	134	3.6	134	83	5	592	32	19	20	27	1.97
2789809--2789946	53	2.6	51	84	4	143	29	22	17	30	1.97
2789828--2789947	53	2.2	53	88	1	168	29	23	15	31	1.95
2792996--2793159	82	2.0	82	100	0	328	25	24	14	35	1.94
2797228--2797283	23	2.4	23	87	0	85	8	41	28	21	1.83
2797579--2797833	128	2.0	129	99	0	503	22	29	21	26	1.99
2802600--2802665	19	3.6	19	74	10	66	10	16	24	48	1.78
2804346--2804410	22	2.9	22	93	2	103	27	24	20	27	1.99
2805817--2805868	19	2.7	19	96	0	95	25	34	15	25	1.95
2808164--2808310	59	2.5	61	81	9	171	37	6	0	55	1.30
2808164--2808538	30	12.5	30	72	6	179	36	6	2	54	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808213--2808312	28	3.3	31	81	8	91	42	6	0	52	1.26
2808212--2808396	90	2.0	91	80	5	205	38	7	1	51	1.40
2808330--2808400	29	2.4	30	85	2	90	39	8	2	49	1.48
2808164--2808549	31	12.9	29	73	8	186	36	6	2	54	1.40
2808597--2808697	29	3.4	27	80	12	103	50	1	6	40	1.40
2808687--2808733	18	2.6	18	86	3	58	38	0	12	48	1.41
2809450--2809584	69	2.0	69	98	0	261	20	22	30	27	1.98
2809908--2809980	25	2.8	26	76	12	71	71	0	5	23	1.07
2811202--2811261	6	10.8	5	81	18	50	73	0	3	23	0.98
2811214--2811259	12	3.9	11	88	11	65	69	0	2	28	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30