genome.fa.s8209.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008209.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110831_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6561538

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

This is table  3  of  30  ( 3569 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723124--723161	20	1.9	19	89	5	58	21	23	18	36	1.95
737307--737376	24	2.8	25	79	16	83	14	17	12	55	1.69
741394--741478	22	3.8	22	85	4	107	20	25	31	22	1.98
752036--752088	23	2.5	22	87	9	74	20	24	22	32	1.98
752141--752184	15	2.9	15	96	0	79	15	18	25	40	1.90
753532--753586	17	3.2	17	73	14	58	38	7	12	41	1.71
753605--753736	17	7.5	17	86	5	174	40	15	13	31	1.86
753605--753736	35	3.8	35	88	3	194	40	15	13	31	1.86
753605--753736	52	2.5	52	86	6	185	40	15	13	31	1.86
755010--755100	25	3.5	26	71	12	62	37	15	2	45	1.59
756757--756804	12	4.3	11	82	17	55	43	0	0	56	0.99
756754--756812	25	2.3	25	80	14	66	40	1	0	57	1.09
759327--759366	12	3.2	12	83	16	55	25	2	0	72	0.97
760216--760272	24	2.4	24	96	0	105	40	22	21	15	1.91
762031--762098	5	13.6	5	79	11	68	76	1	2	19	0.99
762023--762098	10	8.4	9	72	18	61	76	1	2	19	0.98
762025--762097	35	2.1	36	84	2	94	76	1	2	19	0.98
763226--763280	23	2.3	23	84	12	67	61	0	1	36	1.06
763232--763390	14	11.5	14	70	19	59	54	3	1	40	1.29
763244--763283	11	3.5	11	86	6	62	62	0	2	35	1.09
763244--763386	2	74.5	2	67	24	69	53	4	2	40	1.32
763289--763372	12	7.4	12	75	17	81	50	5	2	41	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764769--764818	22	2.3	22	78	0	55	30	20	28	22	1.98
767439--767479	16	2.6	16	88	7	57	53	0	2	43	1.13
767466--767560	27	3.2	27	74	23	84	48	2	6	43	1.40
767538--767607	22	3.2	21	78	6	77	45	2	11	40	1.55
767602--767672	22	3.5	21	74	16	60	47	1	7	43	1.39
767639--767702	29	2.2	29	80	5	76	43	3	6	46	1.44
768940--768965	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
769615--770270	331	2.0	331	99	0	1294	29	18	20	32	1.96
772359--772387	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
775610--775667	13	4.5	13	91	0	89	29	22	15	32	1.95
775619--775674	13	4.3	13	90	0	76	28	23	12	35	1.91
775646--775802	85	1.8	85	86	5	228	32	22	14	30	1.94
786063--786165	47	2.3	44	85	8	127	29	24	8	37	1.85
799943--800007	20	3.2	20	62	12	51	23	4	36	35	1.75
799926--800008	41	2.0	41	97	0	157	21	4	38	34	1.75
804439--804477	20	2.0	19	95	5	69	30	15	30	23	1.95
807310--807371	32	1.9	32	86	0	88	40	6	9	43	1.63
813072--813141	18	3.9	18	77	3	79	31	18	10	40	1.84
813077--813156	36	2.2	36	82	6	101	32	16	8	42	1.79
818536--818565	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
818565--818597	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
820800--820969	23	7.7	22	76	15	154	27	11	24	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820789--820981	44	4.4	44	84	2	262	26	10	24	37	1.89
824124--824157	16	2.1	17	89	10	54	70	5	0	23	1.09
828040--828087	9	5.3	9	82	7	62	0	4	10	85	0.73
828849--828882	16	2.1	17	89	10	54	70	5	0	23	1.09
836094--836121	13	2.2	13	100	0	56	25	25	14	35	1.93
844032--844065	16	2.1	16	94	0	59	38	5	20	35	1.77
873785--873878	2	47.0	2	100	0	188	50	0	0	50	1.00
874304--874333	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
874535--874579	22	2.1	21	84	12	56	44	24	0	31	1.54
874628--874689	27	2.3	27	100	0	124	30	20	14	33	1.93
879389--879687	129	2.3	129	87	1	420	27	17	28	26	1.98
892152--892221	34	2.1	34	89	5	108	24	28	15	31	1.96
892606--892673	20	3.3	21	76	11	79	30	22	26	20	1.98
892694--892792	21	4.8	20	78	13	101	21	20	35	23	1.96
892850--892895	21	2.2	21	84	0	56	52	10	4	32	1.56
892858--892904	21	2.2	22	92	3	78	51	8	4	36	1.52
892892--892949	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
892892--892951	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
894214--894262	20	2.6	18	83	9	53	34	12	4	48	1.59
895766--895835	34	2.1	34	89	5	108	24	28	15	31	1.96
896220--896287	20	3.3	21	80	11	88	30	23	26	19	1.98
896322--896365	22	2.0	23	90	4	72	22	20	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896308--896427	21	5.8	20	85	10	152	21	20	36	21	1.95
896309--896427	63	1.9	62	86	10	170	21	20	36	21	1.96
896494--896540	21	2.2	22	96	3	87	48	8	4	38	1.53
896528--896585	30	2.0	29	86	10	82	43	17	5	34	1.71
896528--896586	29	2.0	30	90	6	93	42	16	5	35	1.71
897183--897235	3	18.0	3	88	3	72	66	5	0	28	1.15
897262--897321	3	20.0	3	92	0	102	66	3	0	30	1.07
900250--900284	17	2.1	16	89	5	52	34	34	8	22	1.85
903645--903685	14	2.9	14	86	10	57	31	7	26	34	1.84
905154--905186	17	1.9	17	88	11	50	21	0	0	78	0.75
907068--907155	26	3.4	26	96	0	158	61	9	9	20	1.53
909564--909642	39	2.0	39	100	0	158	45	15	8	30	1.76
912111--912153	13	3.3	12	81	12	50	0	27	0	72	0.85
912335--912368	12	2.8	12	90	0	59	2	23	5	67	1.26
912725--912955	123	1.9	124	84	2	311	22	27	12	38	1.89
929176--929312	42	3.2	42	78	9	143	26	10	4	59	1.49
939413--939454	19	2.1	21	82	8	52	54	9	4	30	1.53
942333--942379	20	2.3	20	85	3	58	27	27	17	27	1.97
943909--944089	96	1.9	96	83	2	238	37	16	22	24	1.93
944068--944134	35	1.9	34	84	3	89	32	14	23	28	1.95
944457--944876	57	7.5	57	87	4	579	37	9	19	33	1.84
944457--944876	112	3.7	113	86	8	547	37	9	19	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945795--945894	26	3.8	27	86	7	143	44	1	6	49	1.34
945824--945932	26	4.6	22	78	15	78	47	1	5	44	1.36
945795--945908	26	4.4	26	83	14	130	45	0	6	47	1.33
945795--945910	54	2.2	53	86	11	168	45	0	6	47	1.33
946011--946041	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
950481--950552	17	4.2	17	80	1	63	37	13	9	38	1.78
950809--951043	39	6.3	38	69	18	120	14	10	31	44	1.78
950892--950962	32	2.3	32	85	4	92	15	11	28	45	1.80
950916--951033	40	3.1	39	76	16	122	16	11	31	40	1.84
955657--955775	24	5.0	24	86	0	148	40	18	12	28	1.87
955650--955778	48	2.7	48	83	0	168	40	18	11	29	1.86
955653--955793	72	2.0	72	85	2	194	41	17	12	28	1.85
957106--957142	17	2.2	17	100	0	74	29	24	5	40	1.77
958246--958282	17	2.2	17	95	0	65	35	29	24	10	1.89
959835--960416	57	10.2	57	90	0	880	37	10	18	32	1.85
960779--960917	68	2.0	68	80	0	152	32	14	25	28	1.94
961077--961189	45	2.5	45	91	0	172	46	7	22	23	1.77
964711--964745	18	2.0	18	88	5	54	28	17	37	17	1.92
964829--964888	20	2.8	22	77	7	70	30	13	28	28	1.94
965225--965765	57	9.5	57	88	0	787	35	10	19	34	1.87
966493--966607	45	2.6	45	87	2	169	46	6	23	24	1.75
968404--968460	29	1.9	30	82	10	73	33	21	8	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
970750--970943	95	2.0	95	80	5	214	31	15	22	30	1.95
971369--971688	45	7.2	45	87	2	405	40	9	19	30	1.84
971369--971677	132	2.3	134	87	2	435	39	9	20	31	1.85
971373--971698	177	1.8	178	88	3	496	39	9	19	30	1.85
975006--975047	11	3.5	12	81	12	50	52	2	38	7	1.42
982516--983380	294	2.9	292	81	4	848	39	19	14	26	1.90
983994--984148	48	3.2	48	78	12	158	43	0	9	46	1.41
984068--984109	21	2.0	21	90	9	68	45	0	9	45	1.36
983998--984098	26	4.1	25	75	17	95	45	0	7	46	1.32
983998--984150	26	6.3	22	71	23	71	43	0	9	47	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30