genome.fa.s8209.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008209.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110831_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6561538

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2030696--2030786	19	4.6	19	78	5	83	7	18	0	73	1.06
2030675--2030787	60	1.9	59	83	8	149	7	18	0	74	1.04
2030691--2030793	42	2.4	42	80	11	111	7	18	0	73	1.06
2040371--2040460	45	2.0	45	86	0	126	35	20	11	33	1.88
2042519--2042631	42	2.7	42	80	5	129	36	14	19	30	1.91
2042474--2042640	42	4.0	41	75	9	124	36	15	18	29	1.92
2046301--2046337	18	2.1	17	95	5	65	8	5	16	70	1.30
2052182--2052239	21	2.8	21	75	0	62	46	17	32	3	1.65
2052602--2052691	44	2.1	43	87	6	130	36	21	14	27	1.92
2052622--2052720	44	2.2	44	87	0	126	36	22	13	28	1.91
2052794--2052906	43	2.7	41	73	13	102	38	28	12	21	1.89
2056089--2056120	15	2.0	17	88	11	50	46	3	12	37	1.57
2061391--2061428	9	4.1	9	86	13	51	73	2	2	21	1.07
2061391--2061428	17	2.1	19	90	9	62	73	2	2	21	1.07
2085278--2085324	17	2.6	18	83	13	60	6	23	2	68	1.24
2087823--2087880	20	2.9	20	84	5	64	36	10	27	25	1.89
2087845--2087890	20	2.3	20	84	0	56	34	13	23	28	1.92
2089719--2089767	25	2.0	25	100	0	98	59	16	12	12	1.62
2092287--2092364	38	2.1	38	85	7	106	32	3	14	50	1.61
2098479--2098519	18	2.3	18	100	0	82	56	4	9	29	1.53
2098479--2098530	18	2.8	18	88	5	50	55	5	11	26	1.58
2099104--2099145	22	1.9	22	90	0	66	71	4	0	23	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108173--2108223	25	2.0	25	100	0	102	27	15	0	56	1.39
2109430--2109463	17	1.9	17	88	5	50	61	14	2	20	1.46
2111700--2111844	72	2.0	72	97	2	274	33	19	23	23	1.97
2112537--2112643	48	2.2	49	80	9	121	54	8	4	32	1.51
2113659--2113874	110	2.0	110	86	3	301	29	14	18	37	1.90
2116858--2116970	51	2.2	51	87	1	154	49	11	4	34	1.59
2118065--2118227	59	2.8	59	82	10	199	33	19	4	42	1.72
2118381--2118525	60	2.5	58	78	11	154	44	3	18	33	1.67
2118413--2118545	58	2.3	59	81	7	155	44	3	17	34	1.67
2121722--2121771	3	16.7	3	87	0	64	66	0	0	34	0.92
2121824--2122072	120	2.1	120	86	5	344	22	18	16	42	1.88
2122030--2123147	112	10.5	105	74	15	445	29	18	15	37	1.91
2122612--2123193	112	5.2	112	84	7	740	29	18	14	36	1.91
2122032--2123163	219	5.3	220	78	12	1053	29	18	15	37	1.91
2123874--2124325	114	4.0	114	92	0	706	31	19	15	33	1.93
2125014--2125091	7	10.4	7	75	22	70	0	15	1	83	0.72
2125016--2125087	21	3.2	23	76	13	87	0	13	1	84	0.68
2125017--2125088	11	6.5	11	82	10	76	0	13	1	84	0.68
2125015--2125088	26	2.8	25	76	17	78	0	13	1	85	0.67
2132391--2132421	15	2.1	15	93	0	53	38	6	19	35	1.77
2135707--2135743	18	2.1	18	89	0	56	70	2	0	27	1.01
2135712--2135782	28	2.5	30	80	13	80	61	1	4	32	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137967--2138034	3	22.7	3	82	11	86	64	0	0	35	0.94
2138656--2138861	102	2.0	102	95	0	367	36	13	18	31	1.90
2140940--2140970	15	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2152218--2152276	16	3.8	16	71	11	50	45	0	0	54	0.99
2152675--2152701	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2178875--2178926	5	10.4	5	78	0	59	21	1	3	73	1.10
2178868--2178914	15	3.1	15	87	3	58	27	4	2	65	1.22
2179413--2179442	10	3.0	10	90	0	51	56	10	0	33	1.32
2184247--2184310	15	4.2	16	80	7	55	85	0	10	3	0.69
2184255--2184310	9	6.4	9	79	4	62	85	0	12	1	0.67
2184248--2184310	22	2.9	21	80	15	74	85	0	11	3	0.70
2184246--2184308	24	2.6	25	85	10	85	84	0	11	4	0.77
2185517--2185673	65	2.4	64	90	6	237	30	16	21	31	1.95
2187850--2187972	44	2.8	45	77	16	132	25	21	25	28	1.99
2191668--2191707	21	1.9	21	90	10	64	30	5	7	57	1.48
2193628--2193784	65	2.4	64	87	6	219	31	15	20	32	1.94
2194956--2195223	107	2.5	107	83	3	319	32	22	16	28	1.95
2195401--2195454	3	18.0	3	84	7	65	35	0	0	64	0.94
2195396--2195457	9	6.6	9	76	10	52	32	0	0	67	0.91
2197490--2197552	5	12.6	5	79	0	72	22	1	3	73	1.07
2197484--2197530	15	3.1	15	87	3	58	27	2	2	68	1.13
2199280--2199322	18	2.4	17	85	11	59	34	9	6	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209155--2209265	20	5.5	21	74	7	88	38	27	9	24	1.85
2209345--2209398	22	2.5	22	93	3	92	29	29	11	29	1.91
2209543--2209573	12	2.5	12	94	5	53	29	6	32	32	1.83
2209561--2209612	22	2.5	21	90	9	81	25	9	30	34	1.88
2210096--2210165	30	2.3	30	75	7	70	40	5	11	42	1.65
2214208--2214267	25	2.4	25	100	0	120	56	16	5	21	1.59
2218218--2218275	3	20.0	3	77	13	59	34	0	1	63	1.04
2218218--2218275	14	3.5	17	77	20	61	34	0	1	63	1.04
2219670--2219740	15	4.6	15	69	19	56	26	5	1	66	1.22
2220633--2220691	21	3.0	20	71	21	52	30	1	1	66	1.12
2227284--2227731	114	3.9	114	97	0	797	32	14	21	31	1.94
2230301--2230352	22	2.4	22	100	0	104	36	7	15	40	1.76
2231029--2231541	76	6.8	76	96	0	924	23	18	23	34	1.97
2231686--2231791	31	3.4	31	98	0	203	23	17	21	36	1.95
2231748--2232135	76	5.1	76	93	0	641	23	19	21	34	1.96
2232259--2232306	14	3.4	15	83	16	59	33	0	2	64	1.05
2232255--2232306	13	3.5	16	75	21	51	32	0	1	65	1.04
2233066--2233192	30	4.2	30	93	0	200	33	25	18	22	1.97
2233151--2233245	30	3.1	30	80	4	102	32	21	18	27	1.97
2237733--2237822	30	3.0	30	96	3	173	34	22	20	23	1.97
2237738--2237833	29	3.4	28	90	5	140	34	22	20	21	1.97
2240127--2240627	252	2.0	247	98	1	957	25	21	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240604--2240664	31	2.0	30	96	3	113	49	16	24	9	1.76
2258816--2258840	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2259334--2259387	12	4.4	13	77	9	60	38	0	0	61	0.96
2259333--2259387	25	2.2	25	87	3	76	40	0	0	60	0.97
2266848--2266995	78	1.9	79	84	4	201	39	16	6	37	1.74
2267534--2267662	20	6.6	19	68	17	61	70	0	6	22	1.14
2267543--2267609	22	3.2	22	68	19	54	70	0	4	25	1.06
2270222--2270343	40	3.0	40	98	0	235	22	16	27	33	1.95
2273262--2273299	19	1.9	19	89	5	58	78	2	15	2	0.97
2273298--2273354	17	3.2	18	87	5	80	73	3	17	5	1.16
2273272--2273351	25	3.2	24	76	18	74	73	3	17	5	1.16
2276997--2277118	40	3.0	40	98	0	235	22	16	27	33	1.95
2278773--2278822	3	17.0	3	88	12	77	70	0	0	30	0.88
2278815--2278884	34	2.1	34	81	5	79	50	8	2	38	1.48
2278834--2279049	71	2.9	73	77	13	206	44	6	4	43	1.50
2278857--2279050	40	5.1	39	75	12	181	44	6	5	43	1.51
2279013--2279062	25	2.0	24	92	7	82	46	6	4	44	1.47
2279052--2279097	2	23.5	2	95	4	85	47	0	0	52	1.00
2279079--2279161	37	2.2	38	83	10	109	46	6	3	43	1.45
2279658--2280141	85	5.7	85	84	1	594	28	18	19	33	1.95
2279661--2280140	255	1.9	255	86	0	692	28	18	19	33	1.95
2280037--2280291	141	1.8	141	88	1	395	26	17	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279926--2280366	226	2.0	226	88	2	663	26	16	21	35	1.95
2280173--2280487	85	3.7	85	87	0	461	23	18	22	35	1.96
2280150--2280485	170	2.0	170	90	1	530	24	17	22	35	1.95
2279841--2280451	311	2.0	311	86	1	848	26	17	21	34	1.95
2279756--2280485	396	1.8	396	85	2	1020	26	17	21	34	1.96
2280558--2280780	86	2.6	86	88	1	340	22	22	24	30	1.99
2281936--2282156	94	2.5	85	79	13	232	32	18	18	30	1.95
2281984--2282183	94	2.1	95	89	1	303	31	17	17	34	1.92
2285778--2285908	42	3.1	40	81	6	109	66	0	7	25	1.18
2285885--2285966	17	4.8	17	69	8	58	71	3	4	19	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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