genome.fa.s8209.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008209.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110831_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6561538

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286663--2286757	39	2.4	39	94	0	163	7	6	31	54	1.53
2287170--2287211	3	14.0	3	89	0	66	66	4	0	28	1.12
2287213--2287284	34	2.1	34	82	5	83	48	9	4	37	1.55
2287252--2287429	36	4.8	37	78	10	159	39	6	5	48	1.50
2287224--2287385	34	4.6	36	80	9	172	43	6	3	46	1.44
2287224--2287402	36	4.9	37	77	14	160	41	6	4	47	1.48
2287252--2287422	38	4.6	36	76	14	143	40	5	4	48	1.48
2293548--2293630	23	3.9	21	78	10	73	24	30	25	20	1.99
2295568--2295620	16	3.2	16	76	12	54	18	0	26	54	1.44
2295928--2295957	13	2.2	14	94	5	53	46	13	0	40	1.43
2297087--2297112	12	2.2	12	100	0	52	42	7	7	42	1.62
2297049--2297173	45	3.1	39	80	14	128	48	4	4	43	1.43
2297075--2297221	45	3.2	44	82	14	163	46	4	4	44	1.41
2297158--2297189	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2298333--2298362	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2298877--2298934	30	2.1	28	84	12	75	39	0	5	55	1.22
2302219--2302314	50	2.0	48	86	12	133	44	3	1	51	1.24
2302258--2302314	24	2.4	24	78	0	60	43	1	0	54	1.10
2303871--2303939	32	2.2	32	86	5	95	46	5	8	39	1.59
2305204--2305274	34	2.1	34	97	0	133	43	18	11	26	1.83
2308424--2308528	37	2.8	37	83	0	129	41	15	14	28	1.86
2308885--2308927	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2308964--2309015	21	2.5	21	73	14	54	30	5	0	63	1.18
2309417--2309456	2	21.0	2	90	10	66	47	0	0	52	1.00
2309517--2309564	25	1.9	25	83	8	62	12	16	6	64	1.46
2315030--2315566	183	2.9	183	95	1	970	27	20	21	31	1.98
2316707--2316818	36	3.1	35	72	7	109	28	16	10	43	1.82
2316704--2316878	72	2.4	75	85	8	227	27	17	13	41	1.87
2316720--2316833	36	3.2	36	74	2	122	26	15	14	43	1.85
2316720--2316915	72	2.7	72	82	8	186	27	16	15	40	1.89
2316952--2317264	102	3.1	101	89	5	443	30	20	11	37	1.88
2317164--2317239	36	2.1	36	90	0	116	22	21	15	40	1.90
2317439--2318069	105	6.0	105	92	2	975	33	26	18	21	1.96
2318587--2318725	37	3.8	37	92	0	206	42	13	14	29	1.84
2319082--2319121	18	2.3	18	83	8	57	25	5	2	67	1.23
2319102--2319197	40	2.5	40	81	10	110	36	4	2	57	1.30
2319368--2319429	33	1.9	32	83	9	81	22	3	1	72	1.08
2319613--2319644	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2320440--2320473	18	1.9	18	88	5	52	29	5	0	64	1.17
2320729--2320762	17	2.1	17	88	5	52	20	11	5	61	1.50
2331949--2331983	18	1.9	18	88	0	52	34	2	0	62	1.10
2332060--2332119	9	6.3	9	74	14	50	53	0	1	45	1.10
2336457--2336498	17	2.5	17	96	0	75	14	28	21	35	1.92
2337189--2337223	17	2.1	17	94	0	61	31	11	17	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2340173--2340462	88	3.3	87	88	3	411	25	22	15	35	1.94
2340262--2340405	42	3.3	42	67	17	123	23	22	18	36	1.95
2346342--2346408	33	2.0	35	91	5	111	23	26	11	37	1.90
2351021--2351136	32	3.6	32	71	13	112	50	10	3	36	1.54
2351198--2351238	6	7.0	6	94	5	75	85	14	0	0	0.60
2351198--2351238	17	2.4	17	95	4	73	85	14	0	0	0.60
2353456--2354056	55	11.0	54	80	7	552	31	20	17	29	1.96
2364268--2364347	21	3.7	22	79	8	76	23	36	25	15	1.93
2369482--2369562	28	2.9	28	76	10	85	33	13	3	49	1.60
2375406--2375444	18	2.1	19	85	4	53	61	10	2	25	1.41
2376047--2376079	16	2.0	17	88	5	50	33	0	3	63	1.10
2386268--2386327	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2391174--2391441	80	3.3	79	90	4	401	22	21	25	30	1.98
2392636--2392731	48	2.0	48	100	0	192	31	12	27	29	1.93
2393865--2393943	19	4.1	19	78	3	77	29	13	22	34	1.93
2393865--2393940	39	2.0	38	89	2	116	30	14	23	31	1.94
2394056--2394101	23	2.0	23	91	0	74	36	28	4	30	1.76
2394169--2394219	27	1.9	26	84	11	68	35	7	45	11	1.70
2394169--2394222	28	2.0	27	82	10	65	37	7	44	11	1.68
2395590--2395634	13	3.5	13	90	0	63	35	22	13	28	1.92
2395667--2395827	85	1.9	85	89	0	250	28	21	17	32	1.96
2395875--2398218	6	401.8	6	90	5	979	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2395876--2398217	18	134.3	18	89	9	3553	66	0	0	33	0.92
2404534--2404575	15	2.7	15	92	3	66	9	21	9	59	1.57
2411158--2411194	17	2.2	17	90	0	56	27	10	13	48	1.75
2411193--2411261	24	2.8	25	80	4	77	46	15	8	28	1.76
2411254--2411322	28	2.4	28	90	7	104	31	8	20	39	1.83
2411258--2411339	25	3.2	25	78	13	76	34	9	18	37	1.84
2411551--2411592	22	1.9	22	90	9	68	33	4	14	47	1.65
2411885--2411995	35	3.2	35	83	1	116	42	19	0	36	1.58
2411991--2412065	35	2.1	35	85	0	96	36	0	20	44	1.52
2413068--2413097	9	3.3	9	95	0	51	70	16	10	3	1.29
2413098--2413149	19	2.8	19	88	2	70	3	15	30	50	1.62
2413308--2413332	5	5.0	5	100	0	50	40	40	20	0	1.52
2414857--2414918	32	1.9	33	83	3	81	27	3	9	59	1.44
2415582--2415693	35	3.2	34	84	5	143	41	20	0	36	1.59
2416711--2416823	35	3.2	34	85	7	145	33	0	22	43	1.59
2419572--2419618	23	2.0	23	91	0	76	46	19	14	19	1.84
2420145--2420213	25	2.7	25	78	17	79	50	1	7	40	1.39
2420145--2420215	26	3.0	25	82	15	80	50	1	7	40	1.38
2420952--2421011	30	2.0	30	90	3	93	55	15	5	25	1.60
2421111--2421152	7	5.9	7	83	5	57	16	0	4	78	0.91
2421111--2421153	14	3.0	14	93	6	77	16	0	6	76	0.99
2429885--2429909	13	1.9	13	100	0	50	8	16	52	24	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2430199--2430270	23	2.9	23	81	12	72	30	16	13	38	1.88
2432257--2432322	23	2.9	23	90	0	105	21	16	25	36	1.94
2443077--2443271	103	1.9	103	93	0	336	24	17	27	29	1.98
2447807--2447890	18	4.7	18	81	12	102	60	4	1	33	1.25
2447783--2447897	26	4.4	26	71	4	97	63	3	0	32	1.17
2449475--2449520	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
2456362--2456450	30	3.0	30	94	0	160	32	16	24	25	1.96
2462752--2462812	30	2.0	30	93	0	104	32	16	22	27	1.96
2465664--2465725	32	1.9	32	96	0	115	37	17	24	20	1.94
2469900--2469941	22	1.9	22	90	0	66	33	28	2	35	1.70
2472448--2472495	24	2.0	24	88	8	71	31	0	8	60	1.26
2475523--2475839	135	2.3	135	82	4	404	34	18	19	28	1.95
2475744--2475954	54	3.9	54	75	10	203	34	22	17	26	1.96
2475747--2475954	111	1.9	111	88	4	321	34	22	17	26	1.96
2475605--2476082	246	1.9	246	89	0	733	35	19	17	27	1.95
2476255--2476360	54	2.0	54	83	3	133	31	21	20	26	1.98
2475861--2476610	271	2.8	270	80	2	797	33	17	21	27	1.96
2476539--2476731	54	3.7	53	72	6	178	33	20	18	26	1.96
2475858--2476610	135	5.6	135	82	0	831	33	17	21	27	1.96
2476382--2476848	238	2.0	238	87	0	673	34	17	21	26	1.96
2476620--2476979	135	2.7	135	86	2	465	33	18	20	27	1.96
2476250--2476978	373	2.0	373	89	1	1140	33	17	21	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476910--2477031	54	2.3	54	79	9	133	31	22	15	29	1.95
2476952--2477053	53	1.9	54	84	6	136	34	20	13	31	1.92
2480423--2480504	31	2.6	32	81	9	98	35	3	10	50	1.55
2480582--2480646	31	2.1	31	85	5	87	41	12	16	29	1.85
2482012--2482038	6	4.5	6	100	0	54	14	0	33	51	1.43
2482340--2482401	28	2.3	28	83	8	76	30	4	4	59	1.39
2489666--2489719	21	2.4	23	84	12	85	40	22	3	33	1.71
2489675--2489721	21	2.2	21	100	0	94	44	21	4	29	1.71
2491517--2491617	52	2.0	49	88	5	148	34	16	14	33	1.90
2492440--2492469	12	2.5	12	94	0	51	10	0	6	83	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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