genome.fa.s8241.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008241.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110889_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1355325

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758501--758571	19	3.7	19	84	7	90	39	22	11	26	1.88
759444--759495	22	2.2	24	86	6	72	19	19	21	40	1.92
759712--759767	24	2.3	24	93	0	94	25	16	19	39	1.91
759338--759872	272	2.0	263	95	4	955	31	17	19	31	1.96
761980--762015	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
762464--762513	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
762892--762944	24	2.2	24	82	0	61	35	5	13	45	1.67
763246--763332	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
763493--763542	20	2.5	20	96	0	91	42	24	20	14	1.88
763692--763833	66	2.2	65	85	7	184	50	16	1	30	1.54
765204--765299	21	4.6	21	73	8	70	22	16	35	25	1.95
765204--765303	42	2.4	42	78	6	103	23	16	36	25	1.94
765443--765484	12	3.5	12	83	0	57	66	0	2	30	1.04
767488--767528	20	2.1	20	90	4	66	9	17	24	48	1.76
767955--768011	20	2.9	19	73	21	55	17	17	24	40	1.91
782915--782967	12	4.5	12	79	11	56	28	35	0	35	1.58
790116--790234	39	3.1	39	77	12	129	36	16	0	45	1.54
790768--790850	24	3.5	24	93	1	132	25	15	16	42	1.88
790768--790854	12	7.3	12	66	12	54	24	16	17	42	1.88
791434--791479	17	2.6	18	89	3	67	32	10	23	32	1.90
791911--792441	266	2.0	271	88	5	792	40	20	12	26	1.88
792868--792972	30	3.6	29	87	7	151	35	20	29	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792866--792996	58	2.3	58	89	2	210	34	22	29	13	1.93
795008--795053	21	2.1	23	88	8	69	28	28	23	19	1.98
795858--795909	21	2.5	21	87	0	77	26	26	19	26	1.99
795981--796014	18	1.9	17	88	5	50	17	20	5	55	1.62
797763--797963	102	2.0	104	86	2	289	21	12	18	46	1.82
807787--807824	11	3.7	10	86	13	51	55	0	44	0	0.99
808104--808145	2	21.5	2	95	4	77	52	0	0	47	1.00
808146--808180	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
810222--810343	64	1.9	63	83	3	156	52	9	9	28	1.65
810518--810566	25	2.0	25	88	8	73	63	0	16	20	1.31
812260--812358	25	4.0	25	94	1	164	28	15	19	37	1.92
812443--812505	3	21.7	3	83	6	85	63	3	0	33	1.10
812703--813079	129	2.9	129	97	0	709	24	19	31	24	1.98
812834--813294	215	2.1	215	97	0	870	25	19	31	23	1.98
813049--813559	129	4.0	129	98	0	979	24	19	30	25	1.98
812667--813423	344	2.2	344	97	0	1430	24	19	31	24	1.98
812834--813412	215	2.7	210	89	5	673	25	19	30	24	1.98
812667--813541	344	2.5	339	91	3	1215	24	19	31	24	1.98
813957--814110	63	2.5	63	78	5	170	42	15	14	27	1.86
814116--814160	15	3.0	15	86	0	63	42	4	22	31	1.73
814705--814890	30	5.8	30	66	20	99	44	14	10	30	1.79
814614--814980	67	5.6	67	90	3	527	43	13	12	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814614--814980	198	1.9	194	86	6	522	43	13	12	29	1.81
815333--815360	14	2.0	14	100	0	56	21	0	28	50	1.49
816528--816565	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
816553--816590	20	1.9	20	88	0	58	2	15	10	71	1.25
821098--821219	64	1.9	63	83	3	156	52	9	9	28	1.65
823136--823234	25	4.0	25	94	1	164	28	15	19	37	1.92
823319--823389	3	23.7	3	85	5	99	64	2	0	32	1.08
824188--824260	36	2.0	36	97	0	137	21	26	8	43	1.80
824611--824656	18	2.6	17	83	6	56	43	0	0	56	0.99
826126--826204	30	2.7	28	81	9	104	20	12	6	60	1.53
834197--834263	16	4.2	16	90	0	89	22	19	11	46	1.82
834448--834502	28	2.1	24	83	12	65	56	5	5	32	1.45
837873--837930	28	2.1	27	90	3	89	51	1	0	46	1.11
837874--838112	31	8.0	28	69	20	119	49	3	2	43	1.35
837872--837982	43	2.6	43	79	12	120	48	1	0	48	1.18
837977--838023	24	1.9	25	82	4	60	53	4	4	38	1.40
838013--838066	23	2.6	21	77	14	58	44	5	3	46	1.44
837920--838153	88	2.7	87	78	14	231	48	4	3	42	1.42
838216--838342	55	2.3	56	82	8	143	42	8	6	42	1.61
838456--838769	2	161.5	2	68	19	166	45	3	2	48	1.32
838608--838710	13	7.1	14	71	19	70	43	5	4	45	1.49
838608--838725	13	7.9	15	70	17	59	44	5	5	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838815--838862	24	2.0	24	84	8	62	45	10	4	39	1.58
838841--838875	18	1.9	18	94	0	61	42	8	8	40	1.66
839709--839782	12	6.2	12	71	12	53	50	16	13	20	1.78
839709--839782	24	3.1	24	84	7	105	50	16	13	20	1.78
839709--839800	48	1.9	48	86	4	132	50	14	14	21	1.78
839709--839813	48	2.2	48	83	6	124	48	14	15	21	1.80
842009--842044	17	2.1	17	89	0	54	33	2	19	44	1.65
843133--843283	42	3.6	42	91	1	250	40	11	7	40	1.70
843440--843539	2	51.5	2	75	16	95	45	5	2	48	1.36
843521--843574	14	3.9	14	82	4	65	57	9	0	33	1.31
843584--843758	8	21.9	8	86	0	242	38	29	11	21	1.88
843847--844060	18	11.6	18	72	20	117	44	2	5	47	1.38
843953--844060	2	56.5	2	73	18	88	46	0	3	50	1.19
843827--844036	100	2.1	101	86	6	293	44	3	5	46	1.45
843980--844060	29	2.8	29	83	9	87	46	0	2	50	1.14
845433--845461	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
845508--845590	26	3.4	25	73	20	93	32	8	2	56	1.42
845525--845599	22	3.2	21	69	29	55	32	6	1	60	1.31
845497--845598	48	2.1	48	96	1	186	31	8	1	57	1.40
846804--846852	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
851128--851200	35	2.1	35	94	0	128	42	16	27	13	1.86
856695--856793	41	2.4	42	94	3	173	40	14	14	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861271--861338	28	2.4	28	90	0	100	41	35	8	14	1.77
862632--862676	21	2.3	19	84	7	54	35	0	6	57	1.25
862673--862728	19	3.2	19	70	19	57	41	0	0	58	0.98
862872--862925	17	3.2	16	78	2	54	37	0	3	59	1.15
864452--864498	21	2.2	21	88	0	67	23	42	12	21	1.87
864506--864616	21	5.3	21	76	12	111	20	28	24	26	1.99
864508--864616	42	2.6	42	83	2	139	20	29	23	26	1.99
865137--865243	34	3.1	34	83	0	133	56	3	3	36	1.35
865603--866072	127	3.7	128	96	0	863	33	21	24	20	1.97
865603--866072	255	1.8	255	96	1	881	33	21	24	20	1.97
871109--871137	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
879582--879647	2	33.0	2	96	0	123	1	0	48	50	1.10
882878--882938	23	2.7	23	94	0	104	29	26	26	18	1.98
899463--899523	23	2.7	23	89	5	97	27	27	26	18	1.98
904125--904182	29	2.0	29	89	0	89	55	20	12	12	1.68
905135--905250	61	1.9	60	81	10	137	27	24	17	31	1.97
906062--906114	23	2.2	24	90	3	81	22	18	16	41	1.90
908619--908708	33	2.7	34	78	3	92	42	22	21	14	1.88
908663--908690	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
908664--908697	14	2.4	14	90	0	50	44	20	23	11	1.84
908648--908760	53	2.2	52	83	1	145	46	18	20	15	1.85
908702--908795	33	2.8	33	90	3	145	45	18	23	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908657--908799	19	8.3	18	66	23	85	44	18	23	12	1.84
908795--908857	19	3.3	19	91	4	92	14	17	23	44	1.85
908805--908889	19	4.7	19	79	16	92	11	21	21	45	1.83
908996--909032	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
910352--910431	42	1.9	42	84	0	106	23	17	37	21	1.94
910931--911003	21	3.7	20	68	21	55	15	12	42	30	1.83
912206--912261	20	2.8	20	81	10	78	41	21	21	16	1.90
912197--912287	33	2.5	34	74	15	94	43	20	21	13	1.86
912197--912342	19	8.1	19	71	17	105	44	19	21	13	1.86
912205--912342	52	2.6	52	87	2	177	43	21	21	13	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8