genome.fa.s8280.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008280.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110940_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3557051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12347--12399	27	2.0	27	84	0	70	50	0	1	47	1.12
12417--12451	12	2.9	12	95	0	61	28	51	11	8	1.67
13427--13470	20	2.2	20	83	0	52	36	4	2	56	1.32
14693--14751	24	2.7	21	80	12	64	38	20	6	33	1.79
15796--15838	22	1.9	23	85	4	61	46	11	11	30	1.76
15834--16510	178	3.8	181	91	6	1080	33	16	14	35	1.89
17695--17769	3	25.0	3	76	0	69	26	34	5	33	1.79
19215--20306	395	2.8	397	97	1	2081	32	16	15	36	1.90
19215--20306	199	5.5	199	97	1	2058	32	16	15	36	1.90
20454--20501	18	2.6	18	90	3	69	56	10	2	31	1.45
22287--22352	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
24651--24693	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
24656--24702	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
24825--24884	20	3.0	20	83	13	79	18	15	13	53	1.73
24935--25383	229	2.0	228	95	0	799	39	7	8	44	1.63
28568--28618	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
40870--40944	23	3.5	21	76	15	64	24	22	26	26	2.00
46703--46751	19	2.6	19	100	0	98	20	22	42	14	1.88
50133--50172	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
50316--50352	15	2.5	15	100	0	74	18	21	10	48	1.78
55727--55788	23	2.8	21	87	4	79	14	16	16	53	1.74
57520--57560	20	2.0	20	100	0	82	29	34	9	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59089--59123	13	2.6	14	95	4	63	20	17	14	48	1.81
59847--59906	22	2.7	23	92	7	106	46	0	3	50	1.18
62122--62159	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
76416--76449	18	1.9	18	88	5	52	44	11	14	29	1.81
77606--77663	28	2.1	28	87	6	82	36	10	22	31	1.88
77611--77671	29	2.1	28	84	3	77	40	9	18	31	1.83
78985--79043	17	3.5	17	82	11	68	3	15	33	47	1.62
83752--83804	22	2.6	21	82	11	65	56	0	0	43	0.99
84997--85031	17	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
85319--85352	16	2.2	15	94	5	59	35	17	29	17	1.93
85328--85387	30	2.1	28	84	9	77	33	18	28	20	1.96
85339--85398	30	2.1	29	85	11	81	38	13	21	26	1.90
101064--101105	3	14.0	3	94	0	66	38	0	0	61	0.96
106511--106542	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
113869--113921	6	9.2	6	80	15	67	83	0	16	0	0.66
113877--113923	18	2.7	18	96	3	87	85	0	14	0	0.61
115057--115369	83	3.8	83	94	0	545	27	12	22	37	1.90
116246--116883	113	5.7	113	91	2	966	39	14	18	28	1.89
116810--117035	117	1.9	119	81	3	276	41	15	17	24	1.89
117227--117259	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
120330--120364	17	2.1	17	94	0	61	25	11	25	37	1.90
123000--123044	23	2.0	23	90	0	72	33	26	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123000--123068	23	3.0	23	82	0	66	30	24	21	23	1.99
123084--123301	103	2.1	103	95	0	400	36	23	13	26	1.92
128750--128827	23	3.3	23	77	8	86	33	23	19	24	1.97
128837--129051	103	2.1	103	96	0	394	36	23	12	27	1.91
131819--131868	21	2.4	22	87	12	70	56	0	2	42	1.11
131819--131868	10	4.7	11	79	16	61	56	0	2	42	1.11
131839--131898	28	2.1	28	87	0	84	56	0	3	40	1.16
135761--135785	9	2.8	9	100	0	50	48	0	0	52	1.00
138425--138486	31	2.1	29	81	6	70	45	11	4	38	1.61
143562--143613	17	3.2	17	75	10	54	32	3	13	50	1.60
144201--144250	23	2.1	23	85	10	66	64	2	4	30	1.23
150529--150570	20	2.1	20	95	0	75	35	11	28	23	1.91
158736--158770	2	17.5	2	87	0	52	51	5	0	42	1.25
158906--158939	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
159144--159197	28	1.9	28	85	7	74	70	3	3	22	1.19
167083--167112	15	2.0	15	93	0	51	46	10	6	36	1.64
170088--170185	44	2.2	44	94	0	169	37	5	28	28	1.78
173574--173615	21	2.0	21	100	0	84	38	9	38	14	1.78
176336--176395	21	2.9	21	94	0	111	26	33	16	23	1.96
177103--177163	22	2.8	22	89	0	95	24	24	21	29	1.99
177271--177389	59	2.0	59	80	3	132	29	21	8	40	1.83
177539--177586	2	24.0	2	91	8	80	47	2	0	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178506--178577	30	2.4	29	84	6	92	37	20	6	34	1.80
189942--190126	60	3.1	60	83	5	200	39	4	23	32	1.76
190284--190325	2	21.5	2	95	4	77	47	0	0	52	1.00
191339--191405	33	2.0	33	97	0	125	16	31	22	29	1.96
202888--202937	22	2.1	22	85	10	64	40	6	4	50	1.46
203607--203647	16	2.6	16	88	3	57	39	9	19	31	1.84
204015--204055	19	2.2	19	83	16	50	53	0	2	43	1.13
204384--204426	13	3.3	13	80	6	52	46	0	2	51	1.13
205508--205649	60	2.4	59	79	10	137	32	16	6	44	1.73
206822--207194	119	3.1	119	98	0	701	39	12	16	31	1.86
213355--213413	21	2.7	22	73	5	66	23	25	18	32	1.97
213398--213481	20	4.2	20	83	6	89	30	22	20	26	1.98
213422--213481	20	3.0	20	90	0	93	28	25	20	26	1.99
214310--214363	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
216703--216972	140	1.9	140	97	0	513	28	14	14	42	1.85
216943--217227	20	14.9	20	79	10	299	32	23	18	25	1.97
217045--217276	94	2.5	94	89	0	349	32	22	19	25	1.97
217270--217308	20	2.0	20	89	0	60	7	17	23	51	1.71
217422--217483	14	4.3	14	77	6	61	46	14	0	38	1.45
219472--219558	20	4.5	19	82	5	95	36	26	19	17	1.94
219483--219558	20	3.8	20	85	0	107	36	25	19	18	1.94
219962--220001	17	2.3	17	95	4	71	30	12	5	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220097--220133	17	2.2	17	86	13	51	45	0	2	51	1.15
220893--220932	21	1.9	21	100	0	80	32	7	0	60	1.25
221104--221147	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
234932--235028	32	3.2	31	81	12	103	37	8	14	40	1.76
234934--235028	30	3.1	30	81	12	113	35	8	14	41	1.77
235943--236057	59	1.9	59	96	0	212	29	22	18	29	1.97
236279--236341	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
238089--238121	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
238586--238625	21	1.9	21	100	0	80	15	27	22	35	1.94
238611--238651	16	2.6	16	96	0	73	14	14	29	41	1.86
238652--238738	43	2.0	43	81	0	102	55	20	4	19	1.61
242509--242633	60	2.1	59	83	7	162	40	13	8	36	1.76
242527--242639	60	1.9	60	94	0	199	39	12	7	39	1.72
243581--243622	21	2.0	21	95	0	75	26	23	21	28	1.99
244278--244461	31	5.9	31	92	0	287	39	21	17	20	1.92
248122--248163	21	2.0	21	100	0	84	23	23	23	28	2.00
249000--249025	9	2.9	9	100	0	52	7	34	0	57	1.27
252039--252178	31	4.5	31	93	0	226	40	20	18	20	1.91
253908--254239	148	2.2	147	88	4	472	37	17	11	34	1.86
255735--255820	32	2.7	33	89	5	124	40	10	25	23	1.86
255735--255831	32	3.0	32	86	7	117	41	10	24	23	1.86
264142--264198	10	5.5	10	75	8	51	21	7	3	68	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264142--264198	21	2.7	21	75	5	53	21	7	3	68	1.29
265930--265973	21	2.1	21	91	0	70	59	0	2	38	1.10
266744--266842	33	3.0	33	88	5	155	32	21	7	39	1.80
267207--267349	60	2.4	60	78	9	141	34	17	15	32	1.91
269738--269763	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
278322--278362	7	5.9	7	100	0	82	41	0	43	14	1.45
281658--281718	31	2.0	31	86	0	86	37	8	14	39	1.76
282686--282733	24	2.1	24	84	7	64	39	4	10	45	1.58
290478--290555	28	2.7	27	70	16	66	43	10	3	42	1.56
292271--292310	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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