genome.fa.s8280.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008280.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110940_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3557051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  4  of  17  ( 1944 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729921--729959	17	2.3	17	86	8	53	58	0	2	38	1.12
734700--734731	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
735204--735239	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
740547--740883	168	2.0	168	100	0	674	42	18	19	20	1.90
748506--748538	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
749579--749657	37	2.1	37	100	0	158	44	16	15	24	1.86
750837--750878	2	22.0	2	90	9	70	50	0	0	50	1.00
751527--751582	28	2.0	28	85	0	76	28	7	28	35	1.84
752035--752099	34	1.9	34	96	0	121	30	23	12	33	1.91
755936--755965	10	2.9	10	95	5	51	60	0	33	6	1.23
766194--766227	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
768044--768177	44	3.0	44	94	0	232	28	4	34	32	1.77
773590--773632	22	1.9	23	85	4	61	46	2	0	51	1.13
773754--773805	20	2.6	20	93	0	86	51	19	17	11	1.75
773840--773990	20	7.4	20	83	7	187	36	16	23	23	1.94
774079--774132	6	9.5	6	93	2	78	31	51	16	0	1.45
774823--774865	6	7.5	6	97	2	72	0	16	53	30	1.43
774932--775089	20	7.6	20	76	8	136	20	23	17	39	1.92
774940--775085	43	3.5	43	84	5	217	21	23	17	37	1.94
775076--775127	20	2.6	20	93	0	86	11	17	19	51	1.75
774930--775083	83	1.9	83	91	0	254	20	24	18	37	1.94
775278--775323	23	2.1	23	84	8	60	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775285--775339	23	2.4	22	77	14	58	43	0	3	52	1.18
775521--775579	23	2.5	24	83	8	75	50	0	1	47	1.11
779719--779820	40	2.5	40	90	0	159	22	19	19	38	1.94
779905--779954	20	2.5	20	93	3	84	14	26	8	52	1.68
784622--784660	18	2.2	18	100	0	78	10	20	51	17	1.74
802323--802347	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
812190--812307	37	3.2	37	62	31	90	46	12	15	25	1.81
812124--812351	73	3.0	73	91	6	339	46	11	16	25	1.80
812278--812394	60	2.0	60	84	3	155	42	9	20	27	1.83
818976--819024	18	2.7	18	87	3	62	12	22	8	57	1.61
822039--822083	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
822965--823151	31	6.0	31	95	1	313	20	18	22	37	1.94
823632--823674	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
826900--826944	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
827826--827997	31	5.5	31	94	0	290	19	18	21	40	1.91
828493--828535	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
846510--846656	51	2.9	51	94	0	258	34	20	18	26	1.95
849033--849078	6	7.7	6	97	0	83	36	0	63	0	0.95
850383--850419	17	2.1	18	90	5	58	45	0	0	54	1.00
853640--853673	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
864976--865018	14	3.1	13	80	12	50	51	0	4	44	1.22
865320--865363	21	2.1	21	100	0	88	22	50	18	9	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869950--870001	26	2.0	25	81	3	59	57	0	1	40	1.10
870499--870541	10	4.3	10	78	0	50	32	37	0	30	1.58
870505--870544	20	2.0	20	95	0	71	25	37	0	37	1.56
870550--870583	17	1.9	18	94	5	61	32	0	2	64	1.08
870556--870620	12	5.1	12	71	20	51	32	0	1	66	1.01
872625--872679	13	4.7	12	72	19	53	21	0	10	67	1.21
872673--872757	35	2.5	33	81	14	100	27	8	9	55	1.60
876500--876558	28	2.1	29	80	3	66	38	3	38	18	1.68
880516--880607	45	2.0	47	93	4	161	29	9	22	38	1.86
884279--884313	15	2.2	16	95	5	63	37	31	31	0	1.58
896828--896865	10	3.8	10	89	10	60	71	0	18	10	1.14
896834--896957	8	14.7	9	70	25	76	71	0	19	8	1.11
896834--896957	18	7.4	16	76	17	101	71	0	19	8	1.11
896849--896972	40	3.0	40	71	23	112	74	0	17	8	1.06
896840--896959	15	7.3	15	73	23	73	72	0	19	8	1.09
896830--896954	50	2.5	48	81	11	137	72	0	18	8	1.09
896830--896972	51	2.9	49	79	10	139	73	0	17	9	1.08
896911--896944	7	4.7	7	85	7	50	79	0	11	8	0.94
898328--898687	51	6.9	51	89	3	468	29	16	26	27	1.97
898328--898737	51	7.8	52	87	7	435	29	15	26	28	1.96
898922--898956	15	2.3	15	90	5	52	37	31	28	2	1.72
907143--907187	9	5.2	9	84	15	60	77	0	20	2	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907142--907187	17	2.7	17	80	12	67	76	0	21	2	0.90
907136--907310	23	7.1	25	72	19	95	73	0	16	9	1.11
907159--907304	15	9.4	16	73	20	82	73	0	16	10	1.09
907131--907273	8	18.8	8	71	20	78	73	0	16	9	1.13
907160--907269	22	5.0	23	75	13	81	75	0	14	10	1.04
907256--907304	18	2.8	16	80	19	62	69	0	18	12	1.19
907265--907304	18	2.2	18	95	4	71	72	0	17	10	1.11
908348--908773	213	2.0	213	98	0	825	37	11	18	32	1.87
908858--909224	55	6.7	55	87	4	370	26	16	26	30	1.97
909030--909251	110	2.0	110	83	3	277	28	18	23	28	1.98
917383--917409	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
918806--918907	42	2.4	42	95	0	177	35	6	24	33	1.82
925270--925438	84	2.0	87	89	3	263	27	21	9	41	1.84
928601--928634	17	1.9	18	88	5	52	26	26	26	20	1.99
934416--934462	22	2.1	22	84	0	58	29	2	2	65	1.15
936805--936899	50	1.9	50	84	0	127	13	30	29	26	1.94
937103--937143	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
937230--937532	111	2.7	111	97	1	570	37	6	10	44	1.65
943438--943491	20	2.7	20	79	2	63	68	0	0	31	0.90
943445--943495	27	1.9	27	88	4	77	62	0	0	37	0.95
943438--943493	21	2.7	22	78	10	64	66	0	0	33	0.92
944446--944495	2	25.0	2	88	8	75	46	0	4	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945451--945706	61	4.2	61	79	5	248	27	16	13	41	1.86
945451--945673	61	3.7	61	84	2	261	27	17	14	39	1.89
945451--945673	121	1.8	121	81	5	281	27	17	14	39	1.89
946870--946969	52	1.9	52	91	2	166	23	19	36	22	1.95
950177--950330	31	5.0	31	95	1	265	20	19	22	37	1.94
952088--952145	14	4.1	14	78	12	57	48	3	1	46	1.29
952100--952367	31	9.0	31	78	12	215	47	7	3	41	1.49
952135--952406	45	6.1	45	74	11	236	47	8	4	40	1.53
952179--952478	76	4.1	75	77	14	297	47	8	4	40	1.52
952107--952376	14	18.3	14	66	23	101	48	7	4	40	1.50
952235--952288	17	3.4	17	69	23	53	46	7	1	44	1.42
952179--952438	138	1.9	138	93	0	448	47	8	4	39	1.54
952359--952438	31	2.6	31	91	0	133	45	8	3	42	1.53
952179--952437	107	2.4	107	86	5	337	47	8	4	39	1.54
953670--953761	31	3.0	31	79	3	105	34	22	19	22	1.96
958618--958702	27	3.4	25	71	15	77	38	20	24	16	1.92
972548--972690	77	1.9	77	82	5	182	34	14	23	27	1.94
977717--977750	16	2.1	16	88	0	50	58	0	0	41	0.98
984384--984562	57	3.0	57	80	12	216	36	11	16	35	1.85
985055--985083	15	2.0	15	93	6	51	41	3	6	48	1.47
984993--985098	35	3.0	35	91	1	167	30	4	17	47	1.69
989607--989674	36	1.9	36	87	3	102	29	2	20	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
991658--992251	263	2.3	260	88	5	875	27	12	19	40	1.87
991658--992289	262	2.4	256	85	8	705	27	12	20	40	1.88
992637--992684	18	2.7	18	90	3	71	29	27	8	35	1.86
999592--999656	28	2.3	27	82	10	78	26	1	4	67	1.18
999602--999674	29	2.5	30	86	10	107	26	0	4	69	1.06
1005802--1005884	24	3.5	24	73	12	89	25	12	16	45	1.82
1005955--1006384	159	2.7	158	94	1	720	16	13	31	38	1.87
1009532--1009564	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
1009634--1009694	16	3.8	16	95	0	113	55	22	13	8	1.64
1010427--1010482	14	4.3	14	80	17	66	53	25	12	8	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17