genome.fa.s8280.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008280.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110940_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3557051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749581--2749615	13	2.6	13	90	4	52	77	0	2	20	0.90
2750091--2750133	18	2.5	17	81	7	52	69	2	2	25	1.12
2750093--2750131	14	2.8	13	88	11	51	71	2	2	23	1.10
2759833--2759878	10	4.5	11	78	13	53	0	4	15	80	0.86
2759840--2759885	10	4.6	10	78	10	58	0	2	10	86	0.64
2759820--2759885	30	2.2	30	86	5	89	4	3	12	80	0.98
2759833--2759877	21	2.1	21	91	0	72	0	4	13	82	0.82
2761453--2761482	15	2.0	15	100	0	60	33	6	20	40	1.78
2763590--2763661	35	2.1	35	97	0	135	27	22	11	38	1.88
2764004--2764394	196	2.0	196	98	1	768	24	16	24	35	1.95
2764617--2764685	34	2.1	31	89	7	102	21	31	15	30	1.95
2764843--2764884	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
2764990--2765056	19	3.5	19	87	0	80	35	13	11	38	1.82
2765121--2765211	31	3.0	31	93	3	159	42	18	6	31	1.76
2765484--2765700	106	2.0	106	84	1	292	23	18	23	34	1.97
2766707--2766853	74	2.0	76	84	8	194	11	19	11	57	1.63
2770221--2770316	31	3.1	30	86	8	97	21	19	25	33	1.97
2774320--2774391	31	2.3	31	85	4	92	23	22	20	33	1.97
2774342--2774414	31	2.4	31	90	0	110	21	20	27	30	1.98
2780116--2780178	33	1.9	33	87	12	94	73	0	12	14	1.11
2780425--2780477	23	2.5	20	73	26	54	67	1	5	24	1.22
2781048--2781119	35	2.1	35	94	0	126	27	20	11	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2782154--2782212	19	2.9	19	82	12	57	72	1	5	20	1.12
2783729--2784607	84	10.6	84	75	6	716	25	19	25	30	1.98
2783766--2784590	164	5.0	163	76	7	691	25	19	24	30	1.98
2783762--2784595	248	3.4	248	90	1	1298	25	19	25	30	1.98
2789759--2789786	6	4.7	6	100	0	56	71	0	0	28	0.86
2789935--2790003	21	3.2	21	80	12	61	72	2	4	20	1.15
2789928--2790002	11	6.6	11	73	21	50	73	2	4	20	1.12
2789940--2790006	25	2.9	21	78	13	53	74	2	4	17	1.11
2791196--2791237	3	13.7	3	85	14	59	69	0	0	30	0.89
2791182--2791249	17	3.6	19	75	18	63	69	1	1	27	1.06
2791184--2791237	27	2.1	27	86	6	76	70	0	1	27	0.98
2791196--2791251	20	2.9	18	82	17	69	66	1	0	32	1.03
2791283--2791410	30	4.0	31	79	13	118	47	6	3	42	1.47
2791317--2791423	36	3.1	35	79	15	116	45	6	4	42	1.50
2791284--2791411	31	4.0	33	79	14	117	46	7	3	42	1.49
2791352--2791418	31	2.2	31	89	5	100	46	8	5	38	1.60
2801145--2801201	20	2.8	20	84	10	89	40	5	24	29	1.77
2803521--2803775	127	2.0	127	100	0	510	27	25	19	28	1.99
2806030--2806069	20	2.0	20	100	0	80	40	10	25	25	1.86
2807710--2807825	32	3.6	31	73	20	94	27	9	23	39	1.85
2807710--2807823	31	3.5	31	77	11	106	26	9	23	40	1.85
2809213--2809368	60	2.6	59	77	6	161	34	21	5	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810631--2810664	2	17.5	2	87	6	52	52	0	0	47	1.00
2810742--2810779	11	3.5	11	86	13	60	39	0	0	60	0.97
2810882--2810934	26	1.9	29	88	11	85	43	7	0	49	1.31
2810980--2811120	53	2.6	52	79	13	135	27	4	2	65	1.22
2811087--2811126	3	14.0	3	80	19	50	35	0	0	65	0.93
2811363--2811421	4	14.5	4	81	10	50	16	3	1	77	0.98
2811363--2811421	18	3.3	18	79	13	70	16	3	1	77	0.98
2811380--2811437	18	3.4	17	75	17	57	15	5	3	75	1.11
2811370--2811412	21	2.0	23	86	9	63	13	4	2	79	1.00
2811321--2811437	35	3.3	34	81	8	119	17	6	3	72	1.20
2811539--2811596	20	2.9	20	70	10	64	36	29	15	18	1.92
2811519--2811676	21	7.8	20	71	7	86	37	24	17	20	1.93
2811644--2811838	20	9.6	20	78	4	122	35	25	19	18	1.95
2811644--2811837	61	3.2	61	82	2	248	35	25	19	19	1.95
2811644--2811838	81	2.4	80	83	4	239	35	25	19	18	1.95
2811683--2811835	41	3.8	41	85	3	211	33	25	19	20	1.96
2812219--2812289	33	2.2	33	92	0	115	12	22	16	47	1.80
2812410--2812464	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2812410--2812480	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
2812476--2812606	19	7.7	19	70	23	103	9	24	22	43	1.83
2812498--2812620	14	7.7	14	72	24	93	8	25	22	43	1.82
2812481--2812628	33	4.5	33	96	0	278	9	24	20	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2814321--2814788	92	5.1	93	96	3	837	22	12	18	45	1.83
2814321--2814788	183	2.6	182	94	4	845	22	12	18	45	1.83
2814830--2814958	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2814866--2814958	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2814830--2814958	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2814954--2815072	19	6.8	18	72	19	101	9	19	24	47	1.78
2814976--2815032	14	3.7	14	72	20	51	8	19	26	45	1.79
2814959--2815051	33	2.8	33	88	0	150	9	19	23	47	1.79
2814954--2815088	19	7.6	19	72	20	96	10	18	25	45	1.81
2816985--2817020	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2817127--2817203	14	4.6	17	70	25	58	42	19	24	12	1.86
2817127--2817203	33	2.3	33	100	0	154	42	19	24	12	1.86
2817232--2817605	19	21.4	19	76	19	397	14	21	17	46	1.83
2817210--2817577	52	7.0	52	84	10	484	14	22	17	46	1.84
2817210--2817605	34	11.5	33	78	15	355	14	21	17	46	1.84
2817531--2817591	14	3.9	14	75	22	59	14	16	19	49	1.80
2820078--2820124	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2820799--2821189	20	19.5	20	84	6	450	20	18	25	35	1.95
2820804--2821208	81	5.0	81	82	6	398	21	18	25	34	1.96
2821397--2821436	17	2.3	18	83	12	57	20	12	2	65	1.38
2834811--2834895	40	2.2	40	85	10	113	25	3	1	69	1.12
2835004--2835146	2	74.5	2	72	13	86	43	4	1	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2835191--2835262	21	3.5	21	76	10	78	33	2	0	63	1.08
2835460--2835552	9	10.6	8	70	15	51	18	4	3	74	1.12
2835494--2835551	4	13.5	4	80	10	53	17	3	1	77	0.99
2835497--2835569	13	5.7	12	73	16	51	16	5	2	75	1.11
2835494--2835569	17	4.4	18	76	17	72	17	5	2	75	1.11
2835520--2835587	17	3.9	18	77	11	70	19	7	4	69	1.30
2838462--2838500	12	3.2	12	81	0	51	41	15	28	15	1.87
2844034--2844106	36	2.0	37	94	2	130	17	31	31	19	1.95
2846804--2846878	36	2.1	35	95	2	132	42	0	12	45	1.41
2850183--2850253	35	2.0	36	91	8	119	18	32	29	19	1.96
2852293--2852413	62	1.9	62	86	1	170	47	6	9	36	1.63
2856245--2856285	20	2.2	19	91	8	66	34	14	26	24	1.94
2857042--2857199	21	7.4	21	71	7	111	24	15	24	35	1.94
2857042--2857199	44	3.7	42	74	5	136	24	15	24	35	1.94
2858950--2858992	20	2.3	19	88	8	61	32	2	0	65	1.06
2858950--2858994	19	2.4	18	82	10	54	35	2	0	62	1.08
2865214--2865263	25	2.0	25	88	0	73	50	4	2	44	1.32
2869706--2869759	21	2.4	22	81	12	65	51	0	1	46	1.11
2869718--2869759	21	2.0	22	90	4	68	52	0	2	45	1.13
2878745--2878897	4	38.2	4	95	0	270	25	1	24	47	1.62
2883568--2883595	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2884872--2885294	187	2.2	191	89	6	662	31	12	14	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2887803--2887871	6	11.2	6	84	6	84	76	1	1	20	0.94
2887922--2887957	12	3.1	11	92	8	54	77	0	5	16	0.94
2889780--2890030	131	1.9	134	82	3	319	38	10	17	32	1.85
2889946--2890092	65	2.3	65	87	2	206	41	12	18	27	1.86
2890799--2890843	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2892248--2892315	23	3.0	23	82	0	91	19	26	25	29	1.98
2893064--2893440	36	11.0	35	73	15	254	42	11	19	26	1.85
2893061--2893499	136	3.2	136	92	3	715	41	12	19	27	1.87
2893333--2893432	37	2.7	37	93	3	166	41	13	18	28	1.87
2894796--2894978	94	1.9	94	84	4	244	31	18	16	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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