genome.fa.s8280.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008280.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110940_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3557051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304969--2305042	20	3.7	20	75	10	78	20	27	22	29	1.98
2305399--2305468	34	2.1	32	84	5	86	31	15	28	24	1.96
2305775--2305817	18	2.4	18	96	0	77	27	32	25	13	1.94
2307933--2307993	21	3.0	21	85	2	79	21	19	18	40	1.91
2307956--2308000	20	2.2	21	88	4	65	28	22	17	31	1.97
2307994--2308056	20	3.2	20	93	0	99	39	20	17	22	1.92
2308064--2308136	20	3.6	20	79	17	71	35	24	10	28	1.90
2308924--2308957	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2311718--2311766	20	2.5	20	82	0	71	46	20	18	14	1.83
2313269--2313391	21	5.9	21	82	7	142	23	21	34	20	1.96
2313269--2313391	63	2.0	63	88	3	185	23	21	34	20	1.96
2313668--2313719	21	2.5	21	87	0	68	32	26	19	21	1.97
2314428--2314466	20	2.0	20	94	0	69	12	12	20	53	1.71
2314945--2314982	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
2315008--2315057	20	2.5	20	93	0	82	20	20	26	34	1.96
2319525--2319551	12	2.2	12	100	0	54	0	22	0	77	0.76
2320618--2320959	170	2.0	171	99	0	677	35	18	22	22	1.95
2328582--2328652	35	2.0	35	100	0	142	30	25	8	35	1.86
2329105--2329160	10	5.7	10	83	10	71	71	0	0	28	0.86
2329419--2329985	168	3.5	162	79	10	555	24	19	23	32	1.98
2329449--2329985	84	6.6	80	79	7	458	24	19	24	31	1.98
2329494--2329985	160	3.0	161	82	4	560	24	20	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330018--2330094	34	2.3	34	93	2	129	33	10	18	37	1.85
2330048--2330385	67	5.0	67	75	12	192	39	12	19	28	1.88
2330149--2330268	37	3.3	37	81	9	122	40	13	20	25	1.88
2330147--2330554	36	11.9	35	69	19	177	40	12	18	27	1.87
2330338--2330424	37	2.4	37	88	3	124	41	12	17	28	1.86
2330210--2330388	65	2.8	63	80	7	191	41	13	18	26	1.87
2330173--2330497	165	2.0	165	90	3	512	41	12	18	27	1.86
2330716--2331181	124	3.8	123	87	2	601	25	17	24	32	1.97
2339620--2339689	29	2.3	32	76	20	78	50	0	0	50	1.00
2339612--2339691	36	2.4	32	86	12	115	50	0	0	50	1.00
2339623--2339690	30	2.5	27	86	11	86	50	0	0	50	1.00
2342611--2342644	16	2.1	16	100	0	68	11	11	17	58	1.62
2345530--2346220	345	2.0	343	94	4	1214	31	13	20	34	1.91
2357254--2357471	120	1.8	121	92	1	375	38	11	11	38	1.78
2357881--2357953	35	2.1	35	94	0	128	39	12	6	41	1.69
2360000--2360105	46	2.3	46	90	3	160	33	17	19	29	1.95
2362190--2362277	32	2.8	32	79	17	103	32	17	17	32	1.93
2362436--2362501	28	2.4	26	78	14	69	27	19	3	50	1.63
2362665--2362702	16	2.4	16	86	8	51	34	10	5	50	1.59
2366924--2367024	31	3.2	32	77	14	102	34	16	15	32	1.91
2367411--2367448	16	2.4	16	86	8	51	34	10	5	50	1.59
2367532--2367575	2	22.0	2	100	0	88	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367575--2367618	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2370245--2370388	23	6.6	22	75	10	84	25	19	27	27	1.99
2370265--2370370	23	4.7	23	79	6	128	27	20	26	25	1.99
2373944--2373983	21	1.9	21	90	10	64	32	7	5	55	1.50
2375832--2375986	65	2.4	66	86	5	201	31	17	20	30	1.96
2378722--2378793	31	2.3	31	92	0	117	55	15	11	18	1.68
2379626--2379684	30	2.0	30	86	0	82	27	32	23	16	1.96
2379669--2379712	19	2.3	19	96	0	79	29	31	29	9	1.88
2380320--2380350	14	2.2	14	100	0	62	48	22	12	16	1.80
2385321--2385458	69	2.0	69	100	0	276	27	11	17	43	1.83
2388294--2388333	21	1.9	21	89	0	62	25	35	25	15	1.94
2393961--2394023	23	2.7	23	85	0	90	22	33	25	19	1.97
2393961--2394043	23	3.7	22	82	3	69	24	32	25	18	1.97
2394005--2394049	21	2.2	21	84	7	58	24	31	31	13	1.93
2400895--2400924	15	2.0	15	100	0	60	26	13	26	33	1.93
2410981--2411043	30	2.1	30	87	3	90	55	1	6	36	1.35
2412324--2412362	10	3.8	10	80	6	51	35	0	10	53	1.35
2414469--2414501	14	2.4	14	90	10	50	63	12	3	21	1.41
2414688--2414716	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2415842--2415890	22	2.2	23	85	10	66	67	2	4	26	1.19
2420288--2420322	12	2.9	12	95	0	61	82	0	17	0	0.66
2423160--2423281	57	2.1	58	90	1	192	37	19	13	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423263--2423413	48	3.0	48	69	12	124	41	18	13	27	1.88
2423263--2423468	103	2.0	103	92	0	340	41	18	13	26	1.88
2423429--2423781	151	2.3	151	91	0	562	35	24	14	25	1.94
2424025--2424813	137	5.8	137	88	1	1090	33	24	17	25	1.96
2426059--2426100	22	1.9	22	85	9	59	69	0	7	23	1.13
2434242--2434297	2	27.5	2	92	3	94	48	1	0	50	1.11
2434508--2434560	23	2.3	23	86	0	70	30	26	26	16	1.97
2434789--2434846	30	2.0	29	82	3	71	34	22	8	34	1.85
2439312--2439380	23	3.0	23	82	4	86	31	24	24	18	1.98
2439609--2439665	30	1.9	29	82	3	69	35	22	8	33	1.85
2445966--2446007	22	1.9	22	85	9	59	38	0	28	33	1.58
2446193--2446253	11	5.7	11	71	21	58	44	9	19	26	1.82
2446187--2446252	21	3.1	21	100	0	132	42	9	18	30	1.81
2460738--2460795	21	2.8	21	86	0	80	50	22	6	20	1.72
2462932--2463043	29	3.8	29	95	1	197	32	14	9	43	1.78
2467730--2467841	29	3.8	29	95	1	197	32	14	9	43	1.78
2468429--2468559	41	3.2	40	76	10	131	40	14	13	31	1.85
2469461--2469591	21	6.3	21	75	11	69	34	18	16	31	1.93
2469470--2469520	20	2.5	20	90	3	75	43	17	15	23	1.88
2469470--2469584	21	5.6	21	74	16	82	36	18	15	29	1.92
2469618--2469661	20	2.2	20	95	0	79	34	22	15	27	1.95
2469548--2469716	77	2.2	77	87	4	234	34	19	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469897--2469982	40	2.2	40	91	0	136	25	13	12	47	1.79
2471263--2471302	20	2.0	20	95	0	71	17	32	30	20	1.95
2475575--2475621	3	15.7	3	78	8	51	29	4	0	65	1.11
2475668--2475726	22	2.7	22	82	7	75	11	8	1	77	1.05
2476630--2476675	20	2.3	20	81	7	58	26	0	2	71	0.97
2477083--2477125	13	3.1	13	78	18	50	9	13	2	74	1.16
2477045--2477103	23	2.6	22	80	17	59	11	11	0	76	1.03
2487964--2487990	14	1.9	14	100	0	54	40	22	14	22	1.90
2488347--2488881	106	5.0	105	90	1	741	35	22	17	23	1.95
2490219--2490263	20	2.2	20	80	7	56	24	0	2	73	0.95
2490628--2490687	24	2.5	23	75	21	61	11	11	0	76	1.02
2490628--2490696	35	1.9	37	85	11	99	13	13	0	73	1.09
2490667--2490709	13	3.1	13	78	18	50	9	13	2	74	1.16
2490649--2490709	29	2.1	30	81	9	72	11	13	1	73	1.16
2496470--2496520	22	2.3	22	77	16	52	82	3	11	1	0.89
2496477--2496541	28	2.4	28	85	12	82	80	4	12	3	0.99
2497589--2497624	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
2498103--2498174	36	2.0	37	94	2	128	26	23	15	34	1.94
2499041--2499565	106	5.0	106	91	1	806	35	24	18	21	1.96
2500975--2501022	16	3.1	15	82	8	51	29	0	2	68	1.01
2501688--2501739	2	26.5	2	96	3	97	48	0	0	51	1.00
2501944--2502007	33	1.9	33	87	6	94	15	6	1	76	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501893--2502006	10	10.9	10	70	14	61	14	4	4	76	1.10
2504490--2505825	200	6.8	200	82	7	1714	31	15	16	36	1.90
2505039--2505407	179	2.1	179	92	1	605	29	17	15	37	1.90
2506066--2506114	19	2.6	19	93	0	80	53	12	2	32	1.50
2507898--2507963	33	2.0	33	87	0	96	24	43	0	31	1.54
2507997--2508040	21	2.1	21	86	0	61	15	29	11	43	1.82
2508123--2508155	15	2.2	15	94	0	57	15	63	3	18	1.43
2510183--2510244	32	2.1	32	82	11	78	37	8	9	45	1.67
2510275--2510686	182	2.3	182	85	3	539	28	14	14	43	1.84
2510843--2510883	11	3.7	11	90	0	64	43	4	2	48	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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