genome.fa.s8280.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008280.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110940_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3557051

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064630--2064687	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
2064614--2064692	32	2.4	33	95	2	142	46	22	18	11	1.81
2064702--2064750	18	2.7	18	83	3	62	14	18	18	48	1.80
2064721--2064764	18	2.8	15	81	18	54	9	15	25	50	1.74
2064699--2064780	19	4.7	18	75	14	82	13	19	20	46	1.83
2064765--2064819	20	2.8	19	83	8	65	16	23	25	34	1.95
2065301--2065345	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
2067177--2067228	20	2.6	20	90	0	77	26	21	26	25	1.99
2067156--2067293	61	2.3	61	83	0	177	24	16	23	35	1.95
2067237--2067290	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
2067176--2067311	61	2.2	61	80	2	148	23	19	23	33	1.97
2068762--2068862	15	6.9	15	75	4	98	44	6	15	32	1.73
2068762--2068862	29	3.4	29	91	1	157	44	6	15	32	1.73
2068845--2068914	20	3.5	20	96	0	131	40	10	14	35	1.79
2069080--2069151	32	2.3	32	80	15	89	52	1	1	44	1.18
2069081--2069146	29	2.3	27	82	12	78	51	1	1	45	1.19
2069111--2069152	22	2.0	21	85	4	57	57	0	0	42	0.99
2069170--2069233	19	3.8	16	70	22	58	50	0	1	48	1.10
2069202--2069247	10	4.5	10	78	21	51	58	0	0	41	0.98
2069203--2069259	22	2.6	22	84	10	73	54	0	0	45	0.99
2069139--2069259	54	2.3	51	76	19	124	51	0	0	47	1.12
2069210--2069259	21	2.3	21	86	10	66	54	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069450--2069569	42	2.9	42	97	0	222	46	19	19	15	1.84
2070276--2070502	54	4.2	53	85	5	287	10	11	47	30	1.73
2072006--2072165	21	7.6	21	77	10	166	20	20	25	33	1.97
2072016--2072193	42	4.2	41	89	2	241	22	20	24	33	1.97
2072016--2072193	84	2.1	83	90	4	277	22	20	24	33	1.97
2072073--2072186	21	5.4	21	72	15	101	21	18	21	37	1.94
2072835--2072871	6	6.2	6	100	0	74	0	16	48	35	1.46
2072992--2073031	21	1.9	21	94	0	71	15	20	35	30	1.93
2076798--2076847	20	2.5	20	93	0	82	42	20	20	18	1.90
2077029--2077074	20	2.3	20	96	0	83	21	17	17	43	1.88
2077269--2077345	21	3.6	21	74	8	75	23	16	24	35	1.95
2077442--2077484	20	2.2	20	86	0	59	23	20	13	41	1.88
2077534--2077582	20	2.5	20	79	0	62	18	18	18	44	1.87
2077107--2077657	237	2.3	236	81	4	560	28	19	18	33	1.96
2077453--2077769	146	2.2	146	93	1	528	28	17	19	34	1.95
2077680--2077732	20	2.7	20	81	0	70	18	16	20	43	1.88
2077841--2077912	20	3.6	20	76	0	81	25	16	15	43	1.87
2077841--2077931	40	2.3	40	88	0	128	25	16	16	41	1.89
2077901--2077992	40	2.3	39	83	7	112	21	17	19	41	1.90
2077907--2077993	20	4.3	20	82	10	97	22	16	19	41	1.90
2080152--2080203	26	2.0	25	88	3	77	44	13	1	40	1.55
2080716--2080772	12	4.9	12	74	18	50	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2080721--2080773	17	3.1	17	78	13	63	41	0	0	58	0.98
2083422--2083459	15	2.5	15	86	0	58	15	5	2	76	1.08
2091776--2092081	105	3.0	104	79	8	295	22	24	18	34	1.96
2111986--2112069	17	4.7	18	76	8	73	46	11	9	32	1.73
2114050--2114121	36	2.0	36	89	8	110	43	19	0	37	1.51
2116549--2116587	21	1.9	20	89	5	60	79	2	17	0	0.84
2122248--2122307	29	2.1	29	87	6	88	41	13	5	40	1.66
2129952--2130018	17	4.0	17	94	1	109	59	4	0	35	1.18
2137661--2137693	17	1.9	17	88	11	50	33	3	0	63	1.10
2138031--2138057	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
2138962--2139026	25	2.7	24	81	9	71	44	0	4	50	1.22
2138962--2139028	23	2.8	24	76	12	66	44	0	4	50	1.22
2139010--2139065	23	2.3	23	84	6	67	48	0	1	50	1.11
2138941--2139047	12	8.9	12	71	12	78	46	0	3	48	1.26
2143317--2143356	21	1.9	21	85	10	55	35	0	12	52	1.39
2144076--2144195	55	2.2	55	86	1	161	25	5	25	43	1.77
2145058--2145132	24	3.4	23	72	24	63	73	0	1	25	0.91
2145079--2145114	9	3.9	9	96	3	63	69	0	0	30	0.89
2149937--2149987	20	2.6	20	81	12	61	54	1	1	41	1.22
2149925--2149989	18	3.5	17	75	21	51	56	3	1	38	1.24
2150300--2150361	30	2.1	30	81	6	72	35	20	6	37	1.79
2150908--2150962	22	2.6	21	81	13	69	29	21	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152349--2152393	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2152974--2153008	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2153065--2153108	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
2153985--2154286	149	2.0	147	97	1	568	28	17	19	34	1.95
2154265--2154309	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2157440--2157484	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2158065--2158099	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2158156--2158199	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
2159082--2159385	149	2.0	149	95	0	554	28	17	19	34	1.94
2159364--2159408	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2160959--2160991	11	3.0	11	90	0	57	60	27	0	12	1.32
2172436--2172467	6	5.5	6	92	7	57	84	0	0	15	0.63
2175381--2175489	55	2.0	55	85	0	146	25	4	30	39	1.76
2176446--2176500	23	2.4	23	100	0	110	29	25	10	34	1.90
2181736--2181799	31	2.1	31	96	0	119	48	12	14	25	1.78
2182305--2182350	23	2.0	23	95	0	83	41	8	13	36	1.75
2189831--2190569	253	2.9	253	92	4	1218	26	13	19	40	1.89
2206460--2206490	14	2.1	15	94	5	55	61	6	3	29	1.37
2207119--2207151	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2207160--2207193	8	4.2	8	92	0	59	58	0	2	38	1.13
2217252--2217277	8	3.2	8	100	0	52	38	0	11	50	1.39
2220778--2220820	15	2.8	16	82	13	63	81	0	4	13	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2220778--2220828	8	6.5	8	86	11	61	80	0	7	11	0.90
2220778--2220820	14	2.9	14	86	6	59	81	0	4	13	0.84
2221759--2222245	55	8.9	55	95	0	875	28	15	27	28	1.96
2222571--2222601	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2222610--2222643	8	4.2	8	92	0	59	58	0	2	38	1.13
2224549--2224573	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
2231286--2231352	20	3.3	20	89	4	100	47	26	8	16	1.76
2231370--2231454	20	4.2	20	87	3	125	48	12	18	20	1.81
2231370--2231454	41	2.1	40	88	2	125	48	12	18	20	1.81
2231804--2231894	21	4.5	20	82	9	105	17	17	16	48	1.82
2232712--2232897	60	3.1	59	77	6	178	38	5	24	32	1.78
2237677--2237755	29	2.7	29	88	0	104	30	17	10	41	1.83
2238119--2238159	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
2242210--2242318	48	2.3	48	85	6	141	19	15	15	49	1.80
2242247--2242316	12	5.8	12	76	6	70	15	14	18	51	1.77
2242210--2242318	24	4.5	24	74	2	103	19	15	15	49	1.80
2253615--2253660	18	2.6	18	92	0	74	56	10	13	19	1.66
2254837--2255272	216	2.0	216	99	0	863	30	19	17	32	1.95
2264676--2264710	16	2.2	16	95	5	63	54	0	22	22	1.45
2265685--2265718	15	2.3	15	100	0	68	14	23	32	29	1.94
2265816--2265841	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
2272532--2272562	15	2.1	15	100	0	62	12	25	35	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295531--2296071	257	2.1	255	88	4	811	26	12	20	41	1.87
2298121--2298257	36	3.9	35	82	5	163	34	16	18	30	1.93
2298121--2298258	71	2.0	69	88	5	206	34	17	18	30	1.94
2298730--2298800	35	2.0	35	97	0	133	35	14	18	32	1.90
2301155--2301214	29	2.0	30	87	6	86	36	5	15	43	1.68
2301294--2301388	21	4.6	19	80	13	91	24	33	18	23	1.97
2301336--2301378	22	1.9	23	90	4	70	25	32	20	20	1.97
2301413--2301486	20	3.7	20	80	3	76	20	24	24	31	1.98
2301598--2301637	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2304711--2304770	30	2.0	31	93	6	106	33	6	16	43	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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