genome.fa.s8282.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008282.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110944_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1335609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063--2092	15	2.0	15	100	0	60	33	26	20	20	1.97
2201--2269	24	2.8	26	83	12	85	31	24	5	37	1.79
2234--2269	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
2572--2791	64	3.5	62	82	5	226	27	18	19	34	1.95
12622--12699	31	2.5	30	91	8	129	28	16	14	41	1.87
20640--20720	37	2.2	35	85	10	101	33	4	18	43	1.72
21590--21620	16	1.9	16	100	0	62	22	6	64	6	1.40
34184--34482	36	8.1	36	87	4	409	31	24	26	18	1.97
35678--35802	3	41.0	3	85	3	169	36	0	2	60	1.10
46700--46923	54	4.1	54	94	0	376	37	14	21	25	1.92
47986--49308	76	17.4	76	97	0	2443	21	21	21	35	1.96
47986--49308	455	2.9	456	97	0	2479	21	21	21	35	1.96
49318--49451	3	44.0	3	87	3	133	41	0	2	56	1.11
58258--58310	20	2.7	20	96	0	97	26	13	32	28	1.93
58349--58403	22	2.7	20	81	10	74	32	14	27	25	1.95
58853--59107	45	5.8	45	84	8	319	40	10	20	28	1.85
58814--59111	84	3.4	87	79	10	295	39	10	20	29	1.86
62233--62315	31	2.8	31	83	7	118	32	16	3	46	1.65
68945--69017	35	2.1	36	81	2	85	36	17	23	21	1.94
70516--70574	21	2.8	21	86	0	73	23	15	28	32	1.95
70798--70841	18	2.4	18	80	0	52	43	2	20	34	1.64
71818--71865	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77344--77531	100	1.9	100	96	0	349	20	18	7	53	1.69
97843--97885	13	3.4	12	78	9	50	58	2	2	37	1.24
98209--98344	61	2.3	60	84	5	177	33	18	10	37	1.85
101141--101264	30	4.3	30	79	9	116	26	20	6	45	1.75
101320--101604	49	5.8	49	81	2	279	35	26	17	21	1.95
101323--101604	48	5.8	48	83	1	294	35	26	17	20	1.95
103135--103173	21	1.9	21	94	5	71	51	7	5	35	1.53
106318--106379	23	2.7	23	97	0	115	20	20	35	22	1.96
107206--107231	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
111666--111704	18	2.1	19	85	9	53	66	0	5	28	1.12
111654--111724	35	2.0	35	83	8	90	66	1	7	25	1.25
112871--112916	3	15.7	3	86	4	67	60	0	0	39	0.97
113174--113345	91	1.9	91	90	2	274	24	19	15	40	1.91
114448--114496	12	3.8	12	84	10	62	8	12	0	79	0.93
114459--114520	9	7.3	9	77	15	62	9	9	0	80	0.90
114459--114520	25	2.5	25	85	15	76	9	9	0	80	0.90
114459--114525	34	1.9	36	87	6	102	10	11	0	77	0.99
114459--114521	24	2.6	23	80	16	65	9	11	0	79	0.94
127062--127100	18	2.1	19	85	9	53	66	0	5	28	1.12
128268--128319	3	17.7	3	88	4	79	61	1	0	36	1.07
129219--129266	20	2.4	20	96	0	87	43	14	0	41	1.45
140261--140307	23	2.0	23	100	0	94	17	36	8	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142104--142138	16	2.1	17	89	5	54	42	22	0	34	1.54
142604--142664	22	2.8	22	94	0	113	21	31	4	42	1.74
144489--144529	15	2.5	18	77	22	54	43	4	9	41	1.59
144553--144577	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
152918--153273	15	23.9	15	63	23	71	49	3	3	43	1.38
152947--153007	18	3.4	17	79	9	59	50	6	1	40	1.38
153034--153185	13	11.5	13	71	14	80	50	3	3	42	1.37
153091--153221	26	5.0	26	73	16	83	49	2	1	46	1.23
153091--153133	14	3.0	14	83	6	59	48	0	0	51	1.00
153093--153173	17	4.7	18	72	21	59	50	1	1	46	1.17
153128--153173	2	23.0	2	79	16	51	50	2	2	45	1.26
153268--153347	31	2.6	30	75	9	81	55	5	6	33	1.47
153501--153561	24	2.5	24	94	0	104	40	9	9	39	1.72
153580--153619	20	2.0	20	90	0	62	45	5	10	40	1.60
153725--153791	28	2.4	28	84	0	89	50	25	1	22	1.57
153738--153805	35	1.9	35	85	5	93	51	22	1	25	1.56
153827--153900	37	2.1	36	87	5	105	40	8	9	41	1.67
153995--154097	22	4.8	22	71	17	90	36	6	8	47	1.61
154016--154068	21	2.5	21	84	0	70	39	9	5	45	1.60
153975--154090	64	1.9	61	84	11	159	37	8	7	45	1.64
154087--154208	65	1.9	64	86	5	174	42	5	3	48	1.43
154109--154221	43	2.8	40	80	14	119	43	6	3	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154152--154264	31	3.5	30	78	18	113	42	4	3	49	1.40
154023--154321	153	2.0	146	78	12	304	42	5	4	47	1.46
154279--154394	6	19.3	6	71	24	61	47	0	1	50	1.11
154306--154346	9	4.9	9	82	17	61	46	0	0	53	1.00
154248--154396	15	10.2	15	73	20	113	47	1	1	49	1.18
154310--154408	24	3.9	25	82	10	112	49	0	1	49	1.07
154304--154408	52	2.0	51	85	5	140	49	0	0	49	1.07
154685--154728	23	2.0	22	86	8	63	36	13	4	45	1.64
154772--154796	10	2.5	10	100	0	50	12	28	8	52	1.66
155143--155192	6	8.3	6	84	0	55	40	42	12	6	1.67
155158--155195	12	3.2	12	92	0	67	31	42	15	10	1.81
155149--155194	24	1.9	24	90	0	74	36	41	13	8	1.75
156764--157427	330	2.0	330	94	0	1148	27	15	18	37	1.92
158147--158199	20	2.6	21	85	5	74	28	15	28	28	1.96
158183--158313	54	2.4	54	87	3	174	29	19	24	27	1.98
158700--158771	21	3.4	21	96	0	126	36	13	23	26	1.93
158904--159005	21	4.8	21	79	11	109	25	15	26	32	1.96
158925--159011	44	2.0	44	93	0	147	26	17	26	29	1.97
160942--160981	11	3.5	11	83	6	53	40	7	5	47	1.54
161232--161278	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
161230--161279	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
162462--162505	17	2.4	18	81	11	54	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162394--162510	50	2.4	48	73	17	116	49	0	0	49	1.06
162630--162675	19	2.4	19	85	7	58	45	0	2	52	1.13
162955--163062	30	3.6	28	80	10	117	38	11	9	40	1.73
162955--163070	29	3.9	29	80	8	128	37	11	8	43	1.71
162955--163070	59	2.0	59	83	6	146	37	11	8	43	1.71
164118--164157	2	21.0	2	90	10	66	52	0	0	47	1.00
166858--166884	12	2.2	12	100	0	54	44	0	14	40	1.46
176399--176495	51	1.9	51	97	0	185	31	13	17	37	1.89
176864--176915	21	2.3	24	78	18	58	25	15	1	57	1.48
179309--179363	23	2.4	23	78	0	74	30	21	25	21	1.98
184522--184582	23	2.7	23	92	0	104	29	27	26	16	1.97
186228--186268	21	2.0	21	95	0	73	34	19	19	26	1.96
191656--191695	14	2.9	14	85	11	55	70	5	0	25	1.08
191657--191691	13	2.6	13	95	4	61	71	5	0	22	1.07
193586--193622	18	2.1	18	89	0	56	13	18	21	45	1.84
194805--194858	3	18.7	3	81	7	67	37	3	0	59	1.15
194805--194856	20	2.6	20	87	0	77	36	3	0	59	1.16
201814--201843	11	2.8	11	95	5	53	76	0	23	0	0.78
201797--201850	27	2.0	27	85	10	74	77	0	20	1	0.86
201797--201860	28	2.3	28	82	15	71	76	0	20	3	0.92
204045--204089	20	2.2	20	84	0	63	28	20	24	26	1.99
203931--204205	118	2.3	119	91	1	437	32	16	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204153--204285	20	6.7	20	73	7	110	26	21	20	32	1.97
204153--204275	40	3.1	40	92	3	196	26	21	19	32	1.97
204432--204491	3	20.7	3	83	6	79	36	3	0	60	1.14
204432--204488	20	2.8	20	86	2	78	36	3	0	59	1.14
207454--207499	16	2.7	18	90	6	69	32	30	6	30	1.83
208295--208348	20	2.7	20	94	0	90	77	0	5	16	0.94
208301--208351	5	10.2	5	80	16	61	78	0	1	19	0.85
210296--210360	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
210716--210762	15	3.1	14	76	23	51	48	0	14	36	1.44
211456--211537	41	2.0	41	97	0	155	37	12	18	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8