genome.fa.s8282.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008282.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110944_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1335609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766105--766224	35	3.3	36	84	11	156	44	18	5	32	1.71
767684--767714	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
770421--770455	6	5.8	6	100	0	70	17	17	34	31	1.93
770624--770686	31	2.0	33	87	6	94	31	6	11	50	1.63
781644--781718	20	3.8	20	78	5	71	40	22	20	17	1.92
781746--781998	20	12.5	20	75	7	170	37	25	18	19	1.94
781807--781957	61	2.5	61	92	2	232	35	25	19	19	1.95
781746--781998	41	6.2	40	79	10	230	37	25	18	19	1.94
781746--782003	101	2.5	102	86	7	348	36	24	18	19	1.94
782559--782636	20	3.9	21	80	9	83	52	19	16	11	1.74
782643--782693	19	2.7	19	93	0	84	13	19	21	45	1.85
782698--782753	20	2.8	20	100	0	112	16	23	25	35	1.94
783447--783558	21	5.4	20	80	13	113	17	17	26	37	1.93
783440--783558	41	2.9	41	94	0	202	18	17	27	36	1.94
783440--783621	82	2.2	81	80	6	190	18	17	25	37	1.93
783567--783659	20	4.7	20	93	2	143	15	18	21	45	1.85
783445--783659	41	5.3	40	82	5	157	17	18	24	39	1.92
786078--786139	27	2.4	25	84	7	72	37	17	16	29	1.92
786213--786270	28	2.1	27	84	12	75	29	15	10	44	1.79
787117--787156	10	4.0	10	86	0	53	27	32	0	40	1.57
787203--787236	9	3.9	9	84	7	52	35	0	2	61	1.11
787202--787240	17	2.4	17	95	4	71	33	0	5	61	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788308--788352	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
788985--789033	25	2.0	25	88	4	73	44	0	20	34	1.52
789308--789463	31	5.0	31	91	1	242	20	20	22	36	1.95
792439--792483	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
793116--793164	25	2.0	25	88	4	73	44	0	20	34	1.52
793439--793594	31	5.0	31	91	1	242	20	20	22	36	1.95
796207--796250	13	3.4	13	80	0	52	15	2	13	68	1.31
796289--796359	34	2.1	34	87	10	101	19	2	14	63	1.42
800578--800646	35	1.9	37	85	5	97	60	4	5	28	1.39
801458--801546	24	3.8	24	76	7	76	33	21	22	22	1.97
803386--803417	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
806164--806237	16	5.1	14	75	15	53	39	2	0	58	1.13
806127--806185	25	2.4	24	73	15	57	23	6	0	69	1.12
806187--806238	2	26.5	2	83	11	63	44	3	0	51	1.19
806173--806223	27	2.0	27	88	7	79	37	3	0	58	1.16
806271--806326	15	3.7	15	77	15	62	26	5	0	67	1.11
806276--806380	45	2.3	45	75	21	103	24	4	0	69	1.14
806488--806546	19	3.3	17	81	11	64	16	8	0	74	1.05
806575--806606	9	3.4	9	95	4	55	18	3	0	78	0.89
813587--813649	21	3.0	20	74	17	65	25	38	23	12	1.90
814716--814769	28	1.9	28	100	0	108	25	12	29	31	1.93
819329--819370	13	3.1	13	80	12	57	78	2	16	2	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820440--820559	32	3.7	31	83	4	132	29	14	20	35	1.92
821182--821427	106	2.3	106	85	1	323	33	21	18	26	1.96
821576--821762	102	1.8	102	81	6	236	28	17	13	40	1.87
821756--821790	15	2.3	15	90	0	52	20	20	20	40	1.92
821935--822020	36	2.4	36	92	5	140	40	17	9	32	1.81
823145--823184	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
823231--823297	29	2.3	29	86	0	98	29	4	0	65	1.12
823279--823325	21	2.2	22	85	11	62	29	2	0	68	1.02
823276--823348	30	2.4	29	80	8	76	26	2	0	71	1.00
826396--826428	15	2.1	17	88	11	52	75	3	9	12	1.14
826318--826510	101	1.9	100	89	3	298	62	13	6	17	1.51
832403--832451	3	16.3	3	79	8	55	63	2	2	32	1.17
835391--835429	20	2.0	20	94	0	69	25	20	30	23	1.98
835421--835460	21	1.9	21	100	0	80	27	25	20	27	1.99
835982--836063	23	3.5	23	70	14	69	31	23	24	20	1.98
836283--836345	30	2.1	30	96	0	117	33	23	4	38	1.76
837758--838199	131	3.4	131	82	4	491	23	16	32	27	1.96
838977--839029	21	2.5	21	90	0	88	33	28	22	15	1.94
840428--840483	21	2.7	21	94	0	94	32	14	7	46	1.71
841688--841733	21	2.2	21	96	0	83	26	32	4	36	1.76
842811--842844	17	2.1	17	88	5	52	35	14	2	47	1.60
843497--843557	21	2.9	21	92	0	95	32	27	21	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845389--845431	20	2.2	20	86	0	59	34	16	13	34	1.88
848049--848097	21	2.2	22	82	10	64	61	0	22	16	1.34
850656--850728	13	5.2	13	80	15	83	17	46	20	15	1.84
850656--850722	31	2.2	31	94	0	116	17	47	20	13	1.81
850669--850709	18	2.3	18	95	0	73	19	48	21	9	1.77
852031--852066	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
853203--853292	23	3.8	24	86	1	112	26	15	18	38	1.91
853369--853442	35	2.1	34	95	2	130	9	29	28	32	1.88
856608--856632	9	2.8	9	100	0	50	48	20	8	24	1.76
856643--857009	176	2.1	175	93	1	635	45	8	3	41	1.53
860541--860583	20	2.2	20	86	0	59	34	16	13	34	1.88
861672--861743	35	2.1	34	87	7	101	30	11	15	43	1.81
861969--862031	32	2.0	32	87	3	92	30	26	14	28	1.95
863536--863573	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
865291--865333	12	3.3	13	79	20	54	53	13	20	11	1.71
867730--867815	30	2.9	30	79	8	95	58	8	15	18	1.61
869393--869448	3	18.3	3	92	3	94	64	0	0	35	0.94
872477--872509	15	2.2	15	94	0	57	12	24	48	15	1.78
872523--872572	20	2.4	21	76	6	57	26	0	24	50	1.50
874182--874220	5	7.8	5	82	0	51	17	0	20	61	1.34
887460--887825	139	2.6	137	81	5	409	45	13	13	28	1.80
888099--888144	15	3.1	15	82	17	60	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888088--888146	18	3.1	19	85	11	77	3	32	0	64	1.10
888099--888141	11	3.7	11	93	6	68	0	30	0	69	0.88
889966--890021	27	2.1	27	93	3	96	26	17	26	28	1.98
890834--891265	90	4.8	90	92	1	677	30	22	16	30	1.96
890834--891265	181	2.4	180	91	1	695	30	22	16	30	1.96
891725--891771	22	2.2	20	82	14	51	27	4	4	63	1.31
901908--901946	17	2.2	18	86	13	55	79	0	2	17	0.84
902257--902285	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
902334--902389	23	2.4	24	84	3	69	60	3	17	17	1.50
904418--904458	21	1.9	21	85	5	55	24	17	14	43	1.86
905058--905095	7	5.6	7	96	3	69	0	13	0	86	0.56
913222--913260	19	2.1	19	100	0	78	10	25	20	43	1.83
915492--915566	36	2.1	36	100	0	150	60	10	10	18	1.58
915586--915659	23	3.1	23	79	12	71	74	0	8	17	1.05
915655--915709	26	2.2	25	83	3	65	74	7	9	9	1.22
915586--915702	5	23.6	5	69	16	57	73	2	8	15	1.18
915713--915749	18	2.0	20	85	15	53	72	0	5	21	1.04
915994--916050	23	2.4	24	79	2	62	64	3	14	17	1.41
917751--917792	17	2.5	17	100	0	84	35	38	4	21	1.75
917973--918031	28	2.2	28	82	11	70	28	1	0	69	0.98
917975--918030	16	3.3	16	74	18	51	28	1	0	69	0.98
920114--920138	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924297--924321	13	1.9	13	100	0	50	16	20	8	56	1.65
935542--935600	23	2.6	22	89	2	82	23	30	25	20	1.98
935542--935623	23	3.7	23	82	4	80	24	30	24	20	1.99
940232--940394	67	2.4	71	80	9	194	26	6	17	49	1.70
941210--941519	155	2.0	155	98	1	604	36	13	18	31	1.90
947386--947427	21	2.0	21	90	4	68	50	2	0	47	1.14
949059--949176	43	2.7	43	79	6	123	33	16	22	27	1.96
949089--949176	43	2.1	42	89	2	131	32	18	20	28	1.96
949090--949196	42	2.6	41	83	7	126	35	18	19	26	1.95
955018--955051	16	2.1	16	89	10	52	50	2	2	44	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8