genome.fa.s8282.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008282.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110944_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1335609

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
568020--568074	24	2.3	23	84	9	74	67	0	7	25	1.16
568033--568072	12	3.3	12	82	0	53	65	0	5	30	1.14
567969--568068	5	19.8	5	69	23	50	65	0	6	29	1.17
568622--568726	37	2.8	37	86	0	147	29	14	15	40	1.86
573702--573785	40	2.1	39	84	6	107	23	15	22	38	1.92
575160--576750	6	274.3	6	84	13	2155	32	0	17	49	1.50
575197--576727	8	186.4	8	65	11	395	32	0	17	49	1.49
585276--585351	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
585760--585788	14	2.1	14	100	0	58	13	27	44	13	1.82
592073--592390	45	7.0	46	86	3	430	43	11	22	23	1.85
592085--592633	20	24.7	20	70	20	267	43	11	23	22	1.85
592073--592383	91	3.4	89	90	1	460	43	11	21	23	1.84
592377--592673	46	6.6	46	86	3	374	43	11	23	22	1.85
592220--592633	198	2.1	194	87	4	271	43	12	22	21	1.86
592377--592673	137	2.2	138	86	4	410	43	11	23	22	1.85
610951--611332	26	16.7	20	70	22	147	43	10	23	22	1.83
610939--611191	46	5.5	46	92	0	425	45	9	22	22	1.80
611063--611311	118	2.1	118	91	1	410	44	9	22	22	1.82
611017--611379	164	2.2	162	88	2	528	44	11	22	22	1.84
611181--611352	46	3.7	46	88	3	247	43	11	23	22	1.86
611063--611383	118	2.7	115	85	8	330	43	10	22	22	1.84
614591--614686	2	54.0	2	73	22	81	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
614565--614679	34	3.2	35	87	8	151	57	0	0	42	0.98
615461--615521	31	1.9	32	86	3	88	36	11	0	52	1.38
617747--617867	50	2.4	50	98	0	233	47	12	1	38	1.51
632870--632913	23	1.9	23	85	0	61	29	20	9	40	1.83
635451--635596	60	2.4	60	80	4	161	31	22	4	41	1.75
642993--643148	65	2.4	64	83	3	197	31	17	23	27	1.97
643488--643521	12	2.7	13	86	9	52	41	5	8	44	1.60
643812--643878	29	2.4	28	87	9	93	58	19	1	20	1.48
645808--645866	23	2.6	23	94	0	100	35	25	18	20	1.95
646315--646348	15	2.3	15	89	0	50	38	11	14	35	1.83
651711--651842	65	2.0	64	86	4	185	34	17	19	28	1.95
652380--652449	20	3.5	21	77	7	58	31	14	17	37	1.89
653202--653302	46	2.2	46	85	1	132	25	21	6	45	1.77
653318--653564	81	3.1	81	89	0	370	30	21	10	36	1.88
653728--653951	54	4.1	55	87	4	292	27	19	18	34	1.95
653728--653951	109	2.1	109	84	3	290	27	19	18	34	1.95
653778--654221	108	4.1	109	82	7	408	31	18	18	31	1.96
653941--654259	54	5.9	54	89	1	487	32	18	19	29	1.96
653887--654260	162	2.3	162	86	4	504	32	19	18	29	1.96
654586--654807	95	2.3	95	86	4	288	25	24	16	33	1.96
658551--658651	45	2.2	45	84	5	123	25	22	7	43	1.80
658665--658913	81	3.1	81	90	0	374	30	20	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
659061--659479	55	7.6	55	86	2	547	28	18	18	34	1.94
659495--659659	54	3.1	54	90	0	240	33	18	18	28	1.95
659987--660207	95	2.3	95	82	4	250	25	23	15	35	1.94
660199--660248	21	2.5	20	87	9	66	30	16	16	38	1.90
661048--661087	20	2.0	21	85	5	55	32	25	12	30	1.92
675032--675129	29	3.4	29	91	0	133	23	38	24	13	1.90
675032--675143	29	3.9	29	85	4	120	23	38	25	12	1.90
677215--677341	31	4.2	30	83	6	166	33	14	27	24	1.94
679322--679384	31	2.0	31	93	0	108	25	26	12	34	1.92
684215--684320	14	7.4	15	68	16	55	38	0	1	58	1.15
684215--684284	29	2.4	29	84	11	83	44	1	0	54	1.09
684231--684300	29	2.5	29	84	9	83	42	1	0	55	1.08
684288--684323	18	1.9	19	94	5	65	25	0	8	66	1.19
686034--686076	21	2.0	21	91	8	70	25	27	18	27	1.98
686101--686152	21	2.5	21	84	12	79	17	34	26	21	1.95
686661--686742	34	2.4	34	89	0	119	56	6	1	36	1.32
687194--687698	127	4.0	127	93	0	854	33	21	23	21	1.97
687194--687698	252	2.0	253	92	2	838	33	21	23	21	1.97
694312--694409	21	4.8	20	75	10	81	38	20	19	21	1.93
694377--694605	20	11.4	20	78	5	203	37	25	17	19	1.94
695298--695344	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
695519--695543	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697838--698098	33	7.4	34	76	15	246	45	17	22	14	1.84
697838--698098	19	14.7	19	79	16	319	45	17	22	14	1.84
697824--698092	52	5.1	52	90	7	413	46	17	21	14	1.84
698088--698205	54	2.2	52	94	4	209	14	23	17	44	1.86
698107--698205	19	5.4	19	84	12	136	14	23	17	45	1.84
698312--698348	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
700266--700437	19	9.6	19	76	13	141	45	23	20	11	1.83
700360--700416	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
700341--700432	33	2.8	33	93	1	159	45	21	21	10	1.82
700433--700524	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
700449--700507	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
700433--700556	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
700482--700538	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
700653--700968	93	3.4	93	98	0	614	45	18	13	22	1.84
702650--702713	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
702648--702712	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
702738--702845	19	5.7	19	74	16	73	12	20	19	48	1.80
702781--702857	21	3.7	21	82	6	102	14	22	16	46	1.83
702937--703007	33	2.2	33	92	0	115	49	16	22	11	1.78
703387--703541	20	7.7	20	88	4	240	20	19	27	32	1.97
703387--703560	60	2.9	60	84	5	244	18	18	28	34	1.95
709269--709390	65	1.9	65	100	0	244	37	18	7	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710538--710647	2	59.0	2	72	13	92	50	0	0	50	1.00
710538--710658	48	2.5	49	85	10	176	50	0	0	49	1.00
712938--713000	3	21.3	3	96	3	119	65	0	0	34	0.93
715521--715602	38	2.2	38	88	4	121	37	37	12	12	1.80
715623--715975	190	1.8	191	91	1	582	34	25	12	26	1.92
716009--716783	211	3.6	213	79	12	799	37	27	12	22	1.90
716437--716523	38	2.3	38	90	5	142	39	39	10	11	1.76
717723--717778	25	2.3	25	90	6	89	58	3	7	30	1.42
719909--719949	17	2.3	19	79	12	50	73	4	0	21	1.02
719910--719981	28	2.7	25	79	14	72	70	5	1	22	1.15
720761--720801	4	10.2	4	100	0	82	75	0	0	24	0.80
721308--721608	91	3.3	88	81	7	336	24	20	16	38	1.93
721596--721621	13	2.0	13	100	0	52	15	23	0	61	1.33
721506--721712	104	2.0	103	86	5	292	23	21	14	40	1.91
721414--721803	195	2.0	195	82	3	480	24	20	15	39	1.91
721609--721848	91	2.6	90	88	3	347	23	21	15	39	1.91
721323--721848	286	1.8	286	87	4	792	23	20	15	39	1.91
734298--734350	16	3.1	17	82	12	56	73	3	0	22	0.99
737878--737949	27	2.7	27	80	2	92	43	2	11	43	1.54
738888--738928	21	2.0	21	85	9	57	53	4	0	41	1.22
738901--738963	25	2.6	24	78	9	65	60	4	1	33	1.27
740053--740603	118	4.9	112	76	14	458	53	12	2	31	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740180--740603	215	1.9	218	81	7	513	52	12	2	31	1.54
746874--746923	23	2.2	23	85	0	64	42	8	10	40	1.68
750902--750955	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
751300--751367	2	35.0	2	94	5	122	48	0	0	51	1.00
751367--751421	2	28.0	2	96	3	103	0	0	49	50	1.00
751856--752262	209	2.0	200	94	4	715	28	11	21	39	1.87
753421--753468	24	2.0	24	95	0	87	25	2	8	64	1.32
759849--759898	24	2.1	23	85	3	64	44	14	8	34	1.74
761554--761667	35	3.2	35	86	8	158	42	19	3	34	1.68
765692--765721	10	3.0	10	100	0	60	50	0	20	30	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8