genome.fa.s8298.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008298.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1334650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262--2322	20	2.9	21	82	4	70	16	26	37	19	1.93
2239--2322	20	4.1	20	71	13	62	15	26	36	21	1.93
8768--8801	12	2.8	12	100	0	68	17	32	35	14	1.91
9068--9109	22	1.9	22	90	0	66	11	19	4	64	1.44
10592--10623	17	1.9	16	93	6	55	12	3	0	84	0.74
16176--16229	20	2.7	20	85	0	72	25	22	27	24	2.00
16295--16328	17	2.1	17	88	5	52	26	23	8	41	1.83
25168--25234	33	2.0	33	91	5	109	25	35	17	20	1.95
29073--29140	33	2.0	34	94	5	120	35	25	8	30	1.86
30297--30387	33	2.7	33	79	6	94	54	2	0	42	1.12
33406--33440	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
37840--40498	4	680.5	4	88	8	3834	48	25	0	25	1.55
44827--44875	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
52780--52837	30	1.9	30	100	0	116	32	3	8	55	1.47
58174--58227	22	2.5	22	90	0	81	38	12	18	29	1.88
58220--58268	19	2.6	19	83	0	62	38	18	22	20	1.93
63634--63680	21	2.3	21	85	3	60	48	2	0	48	1.13
64050--64095	22	2.0	23	83	4	58	45	0	2	52	1.13
64940--65012	17	4.1	17	77	18	69	28	1	0	69	0.96
64953--65013	3	19.7	3	78	18	63	29	0	0	70	0.88
64938--65008	23	3.0	22	84	14	72	29	1	0	69	0.98
64953--65013	7	8.7	7	81	18	74	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64953--65028	36	2.1	36	80	9	84	31	1	0	67	0.99
66289--66343	28	2.0	28	82	7	67	32	5	1	60	1.30
66337--66413	26	3.0	26	76	12	79	48	0	0	51	1.00
66332--66387	2	30.0	2	77	13	57	50	0	0	50	1.00
69516--69557	21	2.1	19	91	8	66	14	16	7	61	1.53
71635--71769	72	1.9	72	92	0	225	27	20	18	34	1.96
76398--77166	113	6.8	113	80	8	807	39	13	18	28	1.89
76389--77166	231	3.4	224	80	9	762	39	14	18	27	1.89
76412--77032	112	5.5	112	81	8	656	38	14	19	28	1.90
77368--77417	3	16.0	3	91	8	82	32	0	0	68	0.90
77373--77434	26	2.4	26	81	7	74	35	1	0	62	1.05
78686--78752	28	2.4	27	80	11	66	35	4	1	58	1.28
78705--78778	27	2.5	31	77	20	77	41	1	1	55	1.17
78754--78846	48	1.9	48	82	8	118	33	3	0	63	1.10
82644--82707	6	10.7	6	96	0	83	12	4	62	20	1.47
85147--85190	22	2.0	22	95	0	79	50	20	4	25	1.67
89716--89750	18	1.9	18	100	0	70	25	34	22	17	1.96
89718--89799	44	2.0	41	85	9	112	29	28	18	24	1.98
89736--89799	22	2.9	22	92	0	101	29	26	17	26	1.97
89739--89807	22	3.1	22	81	4	77	30	27	17	24	1.97
90759--90918	65	2.5	64	86	3	223	30	20	18	30	1.97
96714--96794	23	3.6	22	75	8	74	27	24	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99439--99599	66	2.5	65	84	5	227	32	20	17	29	1.95
100646--100806	80	2.0	80	97	0	304	29	22	4	43	1.72
121922--121955	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
134110--134365	125	2.0	125	90	1	406	33	16	25	23	1.96
135538--135735	36	5.5	36	85	2	238	36	23	19	20	1.95
135538--135735	108	1.8	107	83	4	263	36	23	19	20	1.95
136105--136601	51	9.5	51	80	5	510	32	19	24	24	1.98
136116--136570	104	4.4	104	89	3	641	32	20	24	22	1.97
136116--136575	155	2.9	154	84	5	593	32	20	24	22	1.98
140865--140910	24	1.9	24	86	0	65	36	10	4	47	1.58
141728--141782	28	2.0	28	85	7	76	29	0	3	67	1.08
143670--143717	6	8.0	6	83	0	51	39	0	27	33	1.57
143670--143717	15	3.2	15	84	0	60	39	0	27	33	1.57
143670--143702	12	2.8	12	95	0	57	42	0	24	33	1.55
144397--144428	13	2.5	13	95	5	57	6	15	12	65	1.44
146396--146428	14	2.4	14	94	0	57	21	27	21	30	1.98
147590--147683	30	3.1	30	96	3	172	18	3	40	38	1.66
148374--148458	16	5.5	15	70	25	54	64	2	0	32	1.06
148391--148468	22	3.5	21	80	11	93	65	2	0	32	1.06
148394--148468	23	3.4	22	83	10	91	64	2	0	33	1.08
148906--148971	16	4.5	14	74	12	53	45	0	0	54	0.99
148918--148957	16	2.6	16	92	4	64	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149080--149114	16	2.3	15	90	5	52	22	0	0	77	0.78
149103--149168	24	2.6	25	76	11	73	43	3	1	51	1.26
149276--149316	21	2.0	21	90	0	64	17	26	26	29	1.97
149277--149322	21	2.2	21	84	0	56	21	26	23	28	1.99
153278--153354	20	3.8	20	84	0	100	42	6	20	29	1.77
153277--153353	40	1.9	40	89	0	118	42	6	20	29	1.77
153548--153575	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
154742--154772	14	2.2	14	94	0	53	64	0	0	35	0.94
154938--155095	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
155063--155291	20	11.4	20	84	3	237	37	25	18	18	1.94
155960--156006	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
156181--156205	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
158500--158656	19	8.7	19	79	16	190	45	17	21	15	1.84
158500--158656	72	2.2	72	93	2	262	45	17	21	15	1.84
158486--158650	53	3.1	52	82	14	205	46	17	21	13	1.83
158646--158763	53	2.2	52	96	3	218	13	24	17	44	1.85
158665--158763	20	5.4	19	83	14	136	14	23	17	45	1.84
158870--158906	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
160826--160998	19	9.6	19	76	12	150	45	24	20	10	1.82
160920--160976	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
160901--160993	33	2.8	33	93	0	159	45	22	21	10	1.83
160994--161116	33	3.7	33	90	2	176	8	17	27	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160994--161084	14	5.4	18	71	23	81	7	17	28	46	1.76
161042--161098	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
163026--163089	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
163024--163088	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
163073--163129	14	3.7	14	75	20	60	43	21	24	10	1.83
163024--163146	33	3.5	33	87	8	156	46	17	24	11	1.81
163087--163151	19	3.7	19	74	19	77	44	20	23	12	1.84
163147--163227	33	2.5	33	91	0	126	11	22	19	46	1.81
163204--163280	21	3.7	21	81	6	102	14	23	15	46	1.82
163360--163430	33	2.2	33	92	0	115	47	15	23	12	1.80
163788--163980	20	9.6	20	85	5	246	18	19	27	34	1.95
167458--167496	21	1.9	19	85	10	51	41	2	7	48	1.45
167955--167998	15	3.1	15	77	12	56	59	0	0	40	0.98
170518--170625	54	2.0	54	96	0	198	37	12	25	25	1.90
170641--170708	26	2.7	26	90	2	102	29	14	29	26	1.95
170911--170947	17	2.2	17	90	0	56	59	5	8	27	1.48
170955--171004	22	2.3	22	78	0	55	60	4	12	24	1.49
170924--171022	34	2.9	33	71	3	81	58	6	12	23	1.56
172895--172942	23	2.1	23	92	0	78	18	27	25	29	1.98
176519--176584	21	3.1	21	93	0	114	27	22	25	24	2.00
176684--176736	24	2.3	23	87	6	72	64	9	0	26	1.24
176790--176819	6	5.2	6	92	8	53	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176790--176819	11	2.6	12	94	5	53	80	0	0	20	0.72
178095--178144	19	2.6	19	81	6	66	36	2	2	60	1.20
178196--178220	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
178181--178224	14	3.2	14	80	6	54	47	0	0	52	1.00
178332--178377	19	2.4	19	85	7	58	45	0	2	52	1.13
178338--178399	30	2.2	27	83	13	72	46	1	3	48	1.28
178658--178748	30	3.0	30	86	0	119	34	10	8	46	1.70
180818--180994	85	2.1	85	89	0	264	24	18	21	35	1.95
181230--181519	158	1.8	158	90	1	474	25	13	22	38	1.91
183096--183129	12	2.9	11	91	8	50	8	11	5	73	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7