genome.fa.s8298.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008298.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1334650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183324--183349	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
192982--193196	108	2.0	107	87	4	308	31	7	15	45	1.74
214385--214435	25	2.0	26	84	3	68	43	1	0	54	1.11
214396--214491	42	2.3	41	86	8	140	45	1	1	52	1.14
214409--214486	23	3.6	23	70	19	76	47	1	1	50	1.17
218879--218936	26	2.2	27	87	3	82	36	22	13	27	1.92
219635--219677	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
219849--219873	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
223086--223151	3	23.0	3	77	14	68	66	1	1	30	1.10
223116--223173	12	4.9	11	83	8	53	62	1	3	32	1.22
224495--224562	3	22.3	3	76	8	57	57	0	0	42	0.98
224483--224528	25	1.9	23	91	8	74	56	0	0	43	0.99
224483--224562	18	4.6	18	82	11	80	56	0	0	43	0.99
224703--225110	76	5.4	76	96	1	741	33	22	20	24	1.97
225389--225430	18	2.3	18	91	0	66	7	11	7	73	1.23
226002--226056	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
228522--228745	115	2.0	114	88	0	331	30	19	15	34	1.93
232855--232924	36	1.9	36	82	5	88	54	8	18	18	1.68
235240--235300	18	3.5	17	79	18	63	67	1	1	29	1.10
236084--236159	20	3.7	20	71	25	59	64	2	3	28	1.25
236086--236137	14	3.5	14	75	14	50	69	1	1	26	1.10
236084--236137	17	3.4	17	75	15	60	68	1	1	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237496--237568	3	24.3	3	79	5	67	57	0	0	42	0.98
237476--237549	12	6.4	12	72	18	50	55	0	0	44	0.99
243093--243142	23	2.1	24	92	7	84	32	26	20	22	1.98
245278--245309	8	4.0	8	91	0	55	15	25	0	59	1.36
247380--247429	23	2.1	24	92	7	84	32	26	20	22	1.98
248926--248970	23	1.9	24	81	4	56	48	17	2	31	1.59
256270--256748	216	2.2	215	92	2	793	50	8	11	29	1.67
256791--256872	6	13.7	6	93	0	119	21	15	9	52	1.72
256885--256954	22	3.2	20	74	18	68	40	5	1	52	1.34
256896--256945	13	3.8	13	75	17	50	40	4	2	54	1.31
256889--256952	23	2.9	22	77	13	67	40	3	1	54	1.25
256909--256975	33	2.1	32	85	2	89	38	5	4	50	1.47
256959--257041	18	4.7	18	69	19	66	42	9	9	38	1.71
256921--257142	86	2.6	85	80	9	247	40	9	7	42	1.64
257009--257145	33	4.6	31	71	23	116	40	10	7	42	1.67
257039--257155	53	2.2	53	93	0	198	41	8	5	44	1.59
257189--257229	6	6.8	6	83	10	57	48	0	0	51	1.00
257189--257235	19	2.6	17	90	6	67	46	0	2	51	1.13
258337--258361	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
258356--258414	31	1.9	30	86	3	82	30	1	18	49	1.58
270149--270230	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
272501--272831	175	1.9	171	84	4	441	37	18	15	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273771--273811	19	2.2	19	100	0	82	24	31	14	29	1.95
274869--275430	281	2.0	280	99	0	1115	30	22	23	23	1.99
275445--275805	180	2.0	181	99	0	715	43	19	18	18	1.88
276683--276853	85	2.0	85	98	0	333	40	11	4	43	1.61
277507--277552	17	2.5	19	80	20	62	56	0	2	41	1.11
279519--279568	15	3.3	15	81	13	50	60	2	2	36	1.20
281483--281570	3	29.7	3	71	15	67	62	1	0	36	1.03
282028--282087	18	3.2	18	69	21	52	20	25	6	48	1.73
282614--282676	22	2.9	22	92	0	99	38	15	9	36	1.81
283021--283063	22	2.0	22	90	0	68	51	2	13	32	1.54
283383--283414	6	5.7	6	85	14	50	12	12	0	75	1.06
283382--283423	16	2.7	16	96	3	77	9	11	0	78	0.96
294054--294107	28	2.0	27	85	7	74	57	0	5	37	1.22
294959--294983	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
296374--296456	3	27.7	3	72	18	66	65	1	0	33	1.01
296374--296406	7	5.0	7	96	3	52	69	0	0	30	0.88
296370--296462	42	2.1	45	84	11	120	64	1	0	34	1.01
297579--297620	22	1.9	23	85	9	61	57	2	0	40	1.12
297609--297664	2	28.0	2	88	0	58	39	0	10	50	1.37
297672--297708	12	3.2	12	88	7	58	64	0	8	27	1.21
298981--299018	15	2.5	15	91	0	58	10	15	36	36	1.82
299302--299364	21	2.9	23	68	15	62	17	23	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299410--299513	45	2.3	45	86	3	147	36	17	18	27	1.93
299357--299589	121	1.9	120	87	2	342	35	19	19	25	1.95
299462--299665	76	2.7	76	89	0	300	34	21	18	25	1.96
299531--299786	121	2.1	121	89	0	368	33	21	17	26	1.96
299597--299710	45	2.5	45	86	2	156	31	21	18	28	1.97
299344--299864	197	2.6	196	86	2	706	34	19	18	27	1.95
299644--300018	76	4.9	76	87	2	529	34	20	18	26	1.95
299652--300018	155	2.4	153	88	1	556	35	19	18	26	1.95
299873--300139	122	2.2	121	91	2	426	32	21	20	25	1.97
299959--300063	46	2.3	46	91	1	167	30	20	20	28	1.98
299997--300268	76	3.6	76	89	3	415	34	21	19	24	1.96
299806--300215	198	2.1	198	89	1	626	34	20	19	25	1.96
300930--301009	22	3.6	22	94	0	142	38	11	17	32	1.85
302470--302660	83	2.3	83	93	0	319	27	20	17	35	1.95
302473--302664	41	4.6	42	70	17	134	27	20	16	35	1.94
304308--304347	15	2.6	16	84	4	55	7	22	0	70	1.12
306750--306835	14	6.2	13	71	15	57	53	11	16	18	1.72
309798--309846	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
314560--314623	29	2.2	29	88	0	92	29	4	31	34	1.78
316015--316114	34	2.8	36	88	10	152	44	13	16	27	1.84
316507--316549	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
316514--316636	61	2.0	60	86	7	169	31	3	1	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317048--317092	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
321471--321527	22	2.6	22	88	5	80	36	22	12	28	1.90
322424--322705	36	8.0	36	78	8	294	26	19	13	40	1.89
322382--322567	72	2.6	72	85	5	209	27	19	15	37	1.92
322467--322715	138	1.8	137	88	2	383	27	18	13	40	1.88
322467--322768	138	2.2	137	82	4	376	27	19	13	39	1.89
322654--322820	65	2.5	67	82	6	189	29	20	9	39	1.85
323548--323656	43	2.5	43	87	0	164	36	22	18	22	1.95
323480--323761	148	1.9	149	88	0	431	35	24	17	23	1.95
323591--324355	105	7.3	105	91	2	1146	33	25	17	23	1.96
324902--325000	37	2.8	36	85	11	134	45	12	15	27	1.81
325394--325436	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
325686--325740	10	5.3	10	77	14	58	25	1	1	70	1.06
328270--328315	15	3.3	15	76	17	62	47	6	6	39	1.55
330345--330532	50	3.8	50	79	8	206	47	14	11	26	1.78
332322--332348	11	2.5	11	100	0	54	81	0	0	18	0.69
332974--333003	6	5.0	6	91	0	51	30	0	3	66	1.07
336633--336700	12	5.7	12	70	25	54	58	2	1	36	1.22
336613--336700	15	5.9	15	80	10	92	56	3	1	38	1.23
337632--337726	22	4.3	22	97	0	181	38	14	13	32	1.86
342596--342651	21	2.7	21	100	0	112	28	23	21	26	1.99
342686--342904	64	3.5	64	79	3	212	34	19	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343225--343278	23	2.2	24	90	9	83	40	5	24	29	1.77
343390--343418	15	1.9	15	100	0	58	13	20	31	34	1.92
346869--346910	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
346905--347007	33	3.2	33	91	2	165	32	7	15	44	1.75
347049--347104	15	3.6	15	74	9	58	32	10	12	44	1.77
352258--352395	64	2.2	64	84	5	172	35	18	18	28	1.94
352767--352802	12	3.0	12	91	0	63	33	5	25	36	1.79
352767--352835	24	2.8	26	83	12	85	37	5	24	31	1.79
352947--352979	15	2.2	15	94	0	57	18	18	30	33	1.94
357444--357476	15	2.3	15	94	5	59	6	15	36	42	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7