genome.fa.s8298.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008298.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110984_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1334650

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662327--662376	21	2.4	21	89	0	73	46	6	4	44	1.47
662383--662446	26	2.6	25	80	7	69	40	1	10	46	1.48
662522--662584	24	2.6	24	87	0	81	52	4	4	38	1.44
665104--665172	32	2.2	32	94	5	124	46	13	5	34	1.67
666563--666670	52	2.1	52	84	8	141	34	15	15	34	1.90
670600--670669	33	2.1	33	91	0	113	11	22	18	47	1.81
670748--670852	19	5.6	20	69	18	82	45	19	22	12	1.83
670747--670823	40	1.9	41	94	2	138	45	16	23	14	1.84
670807--670863	14	3.7	14	72	20	51	43	22	22	10	1.84
670799--670879	33	2.5	33	93	0	135	46	22	20	9	1.80
670875--670992	14	7.1	18	67	25	80	11	22	21	44	1.83
670880--670994	33	3.5	33	96	0	212	10	22	20	46	1.81
672667--673223	91	6.1	92	95	4	993	22	12	19	45	1.84
673271--673399	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
673307--673399	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
673271--673399	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
673395--673529	19	7.6	19	73	16	119	11	20	23	45	1.83
673421--673473	14	3.4	14	75	22	52	11	20	22	45	1.83
673400--673492	33	2.8	33	93	0	159	10	21	21	46	1.81
674669--674715	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
675389--675678	20	14.5	20	88	0	339	20	17	25	36	1.94
675646--675699	20	2.7	19	85	5	63	12	18	24	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675685--675767	21	4.0	21	75	6	87	26	16	22	33	1.96
675665--675763	42	2.4	43	78	11	109	22	18	22	37	1.94
682728--682757	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
686480--686517	19	2.0	19	94	0	67	0	7	31	60	1.25
692757--692797	21	2.0	21	90	4	66	36	4	24	34	1.77
694087--694183	19	4.9	19	76	7	104	31	18	16	32	1.93
694087--694183	41	2.5	38	79	11	106	31	18	16	32	1.93
694657--694717	28	2.2	28	96	0	113	37	22	19	19	1.94
696831--696893	32	2.0	32	87	0	90	33	12	22	31	1.91
696843--696903	32	1.9	32	89	0	95	31	14	24	29	1.95
699992--700026	17	2.1	17	88	0	52	25	8	0	65	1.21
722179--722223	19	2.4	19	88	0	63	57	2	4	35	1.31
722174--722214	19	2.2	19	90	0	64	56	2	2	39	1.26
727603--727687	40	2.1	40	100	0	170	24	17	27	30	1.97
729164--729202	15	2.7	14	92	7	69	38	0	0	61	0.96
732296--732356	26	2.3	27	82	5	88	50	6	14	27	1.68
750101--750141	17	2.4	17	95	0	73	43	0	9	46	1.36
750111--750207	51	1.9	51	97	0	185	40	3	7	49	1.46
750884--750938	23	2.4	23	84	0	65	32	27	18	21	1.96
751031--751091	20	3.0	20	82	0	68	59	16	11	13	1.62
753155--753543	185	2.1	184	91	1	629	44	9	3	41	1.54
754155--754391	31	7.7	31	89	0	323	46	20	4	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754626--754804	6	30.5	6	73	6	62	9	5	40	44	1.60
754637--754699	24	2.7	23	82	7	72	6	7	41	44	1.59
754680--754712	17	1.9	17	93	0	57	0	0	42	57	0.98
754680--754806	11	11.0	11	69	9	56	11	3	40	44	1.55
754749--754815	6	11.3	6	78	12	68	14	1	46	37	1.55
754795--754858	33	1.9	33	87	6	94	31	0	39	29	1.57
754959--755297	112	2.9	121	78	12	396	36	7	28	28	1.83
755351--755404	27	2.0	28	85	3	74	64	3	18	12	1.41
755499--755635	61	2.2	61	87	2	204	35	10	7	47	1.65
755692--755897	33	6.7	33	72	18	176	42	8	7	41	1.65
755729--756068	58	5.9	58	76	15	335	42	7	7	43	1.59
755762--755927	51	3.1	51	84	7	181	42	8	7	41	1.64
755781--756091	18	17.6	18	68	14	173	41	7	7	44	1.59
755957--756075	9	13.8	9	69	22	51	42	5	4	47	1.44
755967--756057	26	3.5	26	69	11	78	43	6	4	45	1.50
755953--756085	52	2.6	51	86	2	203	41	5	5	48	1.48
755781--756157	174	2.1	178	81	7	430	41	6	7	44	1.58
756176--756227	7	7.7	7	78	6	54	50	1	3	44	1.31
756155--756226	32	2.2	34	85	7	96	47	2	5	44	1.41
756187--756254	13	5.2	13	75	10	57	45	2	5	45	1.42
756175--756246	20	3.5	20	86	5	101	47	2	4	45	1.36
756243--756316	24	2.8	26	82	14	89	40	9	9	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756261--756362	18	5.2	18	74	21	89	41	7	8	42	1.65
756150--756362	85	2.6	79	79	12	193	42	6	7	44	1.57
756260--756362	38	2.5	42	84	12	144	40	7	8	42	1.65
757046--757205	18	8.7	18	75	19	143	40	8	9	42	1.67
757076--757197	38	3.1	38	86	10	165	41	8	9	40	1.66
757046--757192	79	1.9	74	87	6	213	40	7	9	42	1.66
757046--757205	74	2.2	72	83	10	200	40	8	9	42	1.67
757038--757238	33	5.6	36	78	16	161	41	6	7	43	1.61
757046--757239	18	10.7	18	73	18	136	41	7	8	42	1.62
757189--757255	33	2.1	32	88	2	98	50	4	4	40	1.43
757220--757266	25	2.0	23	87	8	67	53	2	6	38	1.39
757219--757268	13	3.8	13	77	17	59	54	2	6	38	1.37
757206--757266	23	2.7	24	79	16	69	54	1	4	39	1.32
757235--757303	29	2.4	29	80	11	79	53	0	7	39	1.29
757206--757279	20	3.5	20	76	16	76	52	1	5	40	1.33
757405--757507	20	5.1	20	69	12	75	41	5	6	45	1.55
757371--757452	11	7.8	10	70	22	53	47	1	3	47	1.27
757415--757452	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
757520--757587	2	33.5	2	71	14	50	44	2	2	50	1.32
757497--757547	20	2.6	20	87	3	77	41	3	9	45	1.56
757669--758372	217	3.3	216	94	1	1223	28	12	8	51	1.68
759265--759735	231	2.1	228	91	3	759	27	11	20	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759754--759818	26	2.5	26	97	0	121	16	12	35	35	1.87
760172--760218	18	2.7	18	86	3	60	29	27	8	34	1.87
770784--770864	2	41.5	2	77	9	78	44	3	1	50	1.27
771236--771268	11	2.8	12	86	9	50	72	9	9	9	1.28
772057--772135	17	4.8	16	73	16	72	21	3	0	74	0.97
772058--772153	23	4.4	22	77	12	81	19	5	0	75	1.00
772064--772154	5	18.0	5	69	22	57	20	5	0	73	1.03
772057--772148	18	5.5	17	74	11	82	19	5	0	75	1.00
772074--772168	22	4.2	22	74	14	77	18	7	0	73	1.06
772113--772167	28	2.0	28	82	13	69	16	7	0	76	1.00
772129--772197	36	1.9	37	85	5	97	17	8	0	73	1.07
772173--772201	13	2.1	14	93	6	51	20	0	0	79	0.74
772065--772206	23	6.4	22	69	22	68	21	6	0	72	1.06
774336--774366	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
777899--777941	20	2.2	20	82	0	50	41	18	16	23	1.89
780227--780376	62	2.4	63	95	1	266	31	10	15	43	1.79
780227--780377	31	4.8	31	70	11	110	31	9	15	43	1.79
780361--780419	31	1.9	31	82	6	75	33	6	13	45	1.70
780370--780428	31	1.9	30	83	10	75	32	6	13	47	1.69
782340--782387	25	1.9	25	91	0	78	50	12	6	31	1.65
789970--790357	158	2.5	157	82	3	474	29	17	5	46	1.71
796781--796837	30	1.9	30	96	0	105	22	24	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801242--801288	17	2.8	17	96	0	85	31	38	17	12	1.87
801274--801363	30	3.0	30	96	0	162	22	26	17	33	1.96
801716--801750	13	2.8	12	87	12	52	65	0	22	11	1.24
806551--806576	9	2.9	9	100	0	52	23	0	11	65	1.25
813062--813121	22	2.7	23	86	2	77	35	8	16	40	1.79
819741--819770	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
819911--819978	23	2.8	23	74	14	66	76	0	1	22	0.87
819925--819951	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
819933--819992	19	3.3	19	82	15	65	73	0	1	25	0.93
821090--821852	84	9.2	83	78	6	706	25	19	24	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7