genome.fa.s8314.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008314.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111008_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2414839

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144888--2144917	15	2.0	15	100	0	60	13	26	46	13	1.80
2151131--2151214	15	5.7	15	70	16	61	33	2	1	63	1.15
2151282--2151366	22	3.6	24	68	16	70	37	12	4	44	1.64
2151521--2151687	87	1.9	86	92	1	280	42	10	11	34	1.77
2151823--2153025	182	6.6	182	94	1	2094	27	17	13	41	1.86
2151823--2153024	543	2.2	545	95	0	2133	27	17	13	41	1.86
2155720--2156068	184	1.9	184	95	1	637	33	15	14	36	1.88
2158589--2159571	200	4.9	200	95	0	1777	30	18	14	36	1.91
2159811--2159859	19	2.6	19	93	6	82	57	10	2	30	1.43
2161419--2161496	33	2.4	33	80	4	104	5	38	1	55	1.30
2161684--2161749	33	2.0	33	90	0	105	22	46	1	28	1.61
2161786--2161826	21	2.0	21	90	0	64	19	26	12	41	1.87
2161908--2161940	15	2.2	15	94	0	57	9	63	9	18	1.49
2164252--2164308	20	2.8	20	79	12	62	22	14	12	50	1.75
2165067--2165111	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
2167651--2167709	30	2.1	28	87	9	84	27	22	10	40	1.85
2170795--2170820	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2181199--2181267	30	2.3	30	100	0	138	31	37	13	17	1.88
2181275--2181327	15	3.5	15	78	0	70	16	33	20	28	1.95
2181275--2181344	30	2.3	30	95	0	122	20	31	20	28	1.97
2181292--2181342	15	3.4	15	80	0	66	23	33	17	25	1.96
2181365--2181584	30	7.3	30	59	6	77	20	33	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181255--2181431	90	2.0	88	82	6	212	23	32	18	25	1.97
2181305--2181599	60	4.9	60	97	0	536	22	32	20	25	1.97
2181577--2181662	45	1.9	45	85	4	120	23	37	16	23	1.94
2182753--2182790	19	2.0	19	100	0	76	52	5	10	31	1.58
2188040--2188081	20	2.0	22	86	9	61	40	0	7	52	1.29
2190804--2191041	73	3.3	73	98	0	451	41	15	20	23	1.90
2198092--2198154	31	2.0	31	93	0	108	44	14	17	23	1.85
2200673--2200835	30	5.4	30	96	0	290	32	25	18	23	1.97
2200673--2200860	90	2.1	91	90	1	297	33	25	18	22	1.96
2200821--2200902	31	2.6	31	78	0	92	32	23	15	28	1.95
2201561--2201603	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
2205663--2205795	30	4.4	30	98	0	248	31	24	19	24	1.98
2206505--2206547	21	2.0	21	81	0	50	16	20	30	32	1.95
2209473--2209514	23	1.9	23	85	9	61	28	21	4	45	1.72
2211187--2211228	17	2.2	20	88	12	63	26	9	0	64	1.24
2214005--2214442	218	2.0	218	95	0	786	33	10	11	44	1.75
2215375--2215403	15	2.0	15	93	6	51	55	0	6	37	1.27
2215503--2215546	22	2.0	23	86	4	63	59	13	6	20	1.57
2230629--2230683	24	2.3	24	100	0	110	23	23	21	30	1.99
2232366--2232404	16	2.4	16	82	0	60	30	12	2	53	1.52
2234577--2235153	186	3.1	187	90	3	909	25	15	15	42	1.87
2238230--2238416	35	5.3	35	69	15	109	49	4	6	39	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238213--2238307	35	2.9	31	72	17	93	46	4	6	43	1.48
2238238--2238416	71	2.5	71	85	4	229	49	4	5	40	1.46
2239920--2239994	24	3.1	24	84	0	87	41	21	14	22	1.89
2239930--2240009	24	3.3	24	89	0	115	37	21	18	22	1.94
2244297--2244339	6	7.2	6	97	0	77	16	48	0	34	1.46
2245904--2245944	2	20.0	2	95	5	73	48	2	0	48	1.14
2247684--2247744	30	2.0	30	100	0	122	37	13	32	16	1.87
2247750--2247849	50	2.0	50	98	0	191	34	15	13	38	1.85
2254350--2254388	3	12.7	3	94	5	69	66	0	2	30	1.05
2254500--2254567	16	4.2	17	70	12	63	5	14	30	48	1.68
2254469--2254567	32	3.1	32	84	5	103	9	14	27	49	1.73
2257004--2257038	16	2.2	16	94	0	61	54	11	0	34	1.37
2257011--2257043	16	2.1	16	94	0	57	48	15	0	36	1.45
2258350--2258385	12	3.1	12	84	8	56	55	0	0	44	0.99
2259712--2259750	16	2.4	16	86	0	51	41	0	0	58	0.98
2269471--2269523	22	2.3	24	81	12	67	58	16	7	16	1.60
2269528--2269593	30	2.2	28	80	17	80	68	7	3	21	1.29
2271381--2271440	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
2274041--2274077	15	2.4	15	95	4	65	32	5	2	59	1.34
2280249--2280278	12	2.5	12	88	0	51	50	0	40	10	1.36
2280630--2280659	15	1.9	16	93	6	53	83	0	16	0	0.65
2282271--2282383	58	1.9	58	82	5	138	38	13	9	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282533--2282587	28	2.0	28	85	0	74	32	10	20	36	1.87
2291644--2291681	18	2.1	18	90	0	58	36	2	60	0	1.11
2291874--2291908	17	2.1	17	88	0	52	42	11	17	28	1.83
2307358--2307440	42	2.0	42	92	0	139	48	14	10	26	1.77
2308672--2308714	16	2.7	16	85	0	59	51	4	2	41	1.35
2309783--2309809	12	2.2	12	100	0	54	33	29	0	37	1.58
2311325--2311349	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
2313888--2313947	28	2.2	28	83	16	74	25	0	15	60	1.35
2317932--2317970	21	1.9	20	89	5	60	48	0	2	48	1.15
2323763--2323792	13	2.3	13	94	0	51	16	6	3	73	1.18
2332785--2332846	31	2.0	31	96	3	117	22	27	16	33	1.95
2334369--2334415	18	2.6	19	83	10	62	2	40	0	57	1.11
2340931--2340958	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
2344241--2344283	21	2.2	20	83	8	52	13	25	30	30	1.94
2354614--2354754	64	2.2	63	82	7	169	34	17	22	25	1.96
2355478--2355539	31	2.0	31	84	6	81	22	20	22	33	1.97
2355528--2355597	30	2.3	30	85	0	86	22	20	24	32	1.97
2355546--2355602	30	1.9	30	92	0	96	21	17	26	35	1.95
2375600--2375648	23	2.1	23	96	0	89	55	10	12	22	1.66
2378071--2378260	59	3.2	59	79	8	183	33	18	14	33	1.91
2378118--2378258	59	2.4	60	86	1	203	36	17	14	31	1.90
2379751--2379793	20	2.2	20	83	4	52	30	4	2	62	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379991--2380032	22	1.9	22	85	9	59	40	0	0	59	0.97
2380533--2380683	20	7.6	20	89	0	221	45	22	11	19	1.83
2380725--2380771	19	2.5	19	100	0	94	55	12	10	21	1.67
2380857--2380907	22	2.3	22	89	0	84	21	41	13	23	1.89
2382187--2382224	20	1.9	20	94	0	67	36	23	21	18	1.95
2382517--2382552	18	2.0	18	88	0	54	19	2	22	55	1.56
2385791--2385831	19	2.2	19	100	0	82	31	9	21	36	1.86
2385811--2385878	20	3.3	20	83	2	73	20	10	26	42	1.84
2385873--2385918	20	2.3	20	92	0	74	26	17	19	36	1.94
2386878--2386959	39	2.1	39	95	0	146	34	15	6	43	1.72
2390157--2390202	19	2.3	20	85	7	58	47	2	0	50	1.13
2395042--2395082	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2395043--2395096	10	5.1	12	93	6	59	46	0	7	46	1.31
2395834--2395883	23	2.2	23	85	0	64	26	24	16	34	1.95
2396196--2396221	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2401819--2401861	13	3.2	13	96	3	77	23	30	30	16	1.96
2401823--2401878	20	3.0	19	85	10	71	19	28	35	16	1.93
2401851--2401908	17	3.4	17	97	0	107	15	24	43	17	1.87
2401819--2401861	7	6.4	7	89	10	72	23	30	30	16	1.96
2401902--2401992	19	4.7	19	84	9	103	27	29	24	18	1.98
2401909--2401942	10	3.5	10	84	8	52	20	32	29	17	1.96
2401902--2401992	39	2.3	40	81	9	109	27	29	24	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2401902--2401992	20	4.7	19	86	4	101	27	29	24	18	1.98
2409101--2409130	13	2.2	14	94	5	53	23	30	30	16	1.96
2409120--2409177	17	3.4	17	95	0	98	17	24	41	17	1.90
2409101--2409130	7	4.4	7	91	8	53	23	30	30	16	1.96
2409187--2409259	9	7.7	9	73	11	65	28	27	24	19	1.98
2409171--2409260	19	4.7	19	87	1	99	27	27	24	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10

The End!