genome.fa.s8314.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008314.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111008_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2414839

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1196 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1891489--1891619	19	7.7	19	65	23	85	42	19	22	15	1.88
1891489--1891615	33	3.8	33	87	4	193	42	18	22	15	1.89
1891494--1891622	66	2.0	66	96	0	240	42	18	22	16	1.89
1891798--1891834	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
1893192--1893258	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
1893231--1893314	42	2.0	42	83	0	105	22	17	38	21	1.94
1895217--1895315	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
1895192--1895376	19	10.1	19	77	14	174	43	22	22	11	1.85
1895287--1895376	39	2.3	38	94	1	153	46	22	20	11	1.81
1895372--1895438	19	3.5	19	82	8	73	10	16	23	49	1.77
1895957--1896008	20	2.6	20	93	0	86	25	19	28	26	1.98
1896019--1896111	20	4.6	20	78	4	96	17	24	18	39	1.91
1896001--1896111	41	2.7	41	94	4	188	17	22	18	42	1.89
1914457--1914499	16	2.7	16	83	16	54	30	4	0	65	1.13
1922344--1922420	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
1922406--1922451	17	2.7	17	96	0	83	41	6	4	47	1.49
1922734--1922794	31	2.0	32	87	6	90	34	0	3	62	1.12
1925779--1925853	35	2.1	35	92	0	123	33	29	28	9	1.88
1925931--1926021	24	3.8	24	80	8	105	39	17	17	25	1.91
1925931--1926021	47	1.9	48	84	2	121	39	17	17	25	1.91
1928536--1928581	18	2.6	18	96	0	83	10	19	52	17	1.74
1928511--1928571	26	2.3	27	73	23	67	19	19	44	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1928515--1928558	13	3.4	13	96	0	79	18	18	47	15	1.83
1933269--1933393	62	2.0	62	95	0	223	29	19	9	41	1.83
1940031--1940057	5	5.4	5	100	0	54	44	37	18	0	1.50
1940043--1940079	19	1.9	19	94	0	65	51	35	13	0	1.41
1940991--1941036	24	1.9	24	81	0	56	23	10	32	32	1.90
1941694--1941760	30	2.3	30	92	2	109	41	7	16	34	1.76
1941672--1941760	45	2.0	44	86	6	126	43	6	14	34	1.72
1941681--1941744	15	4.3	15	86	4	85	40	6	14	39	1.71
1941762--1941793	14	2.3	14	94	0	55	25	12	18	43	1.85
1941934--1942004	19	3.4	21	77	16	67	40	2	0	56	1.14
1941952--1941999	21	2.6	19	84	15	57	39	0	0	60	0.97
1942134--1942186	20	2.7	20	75	16	56	49	1	0	49	1.12
1942143--1942221	31	2.7	27	75	19	79	53	1	0	45	1.08
1942142--1942316	28	5.6	31	70	18	91	52	1	0	45	1.12
1942142--1942295	60	2.5	61	77	14	158	50	1	0	48	1.14
1942263--1942306	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
1942783--1942814	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1947189--1947228	22	1.9	20	85	10	53	42	7	5	45	1.54
1949447--1949496	23	2.2	23	85	0	64	50	2	2	46	1.24
1952888--1953115	114	2.0	114	96	0	420	34	9	18	37	1.84
1955557--1955602	24	1.9	24	82	8	58	47	0	4	47	1.21
1957416--1957468	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1963525--1963561	16	2.2	18	85	9	51	32	0	13	54	1.40
1975190--1975322	18	8.2	17	70	26	69	72	0	21	6	1.11
1975195--1975291	28	3.6	28	75	14	80	71	1	21	6	1.14
1975192--1975321	63	2.0	64	80	16	146	71	0	21	6	1.12
1975286--1975322	17	2.2	16	95	4	65	75	0	18	5	0.99
1975185--1975327	62	2.3	59	78	18	141	72	0	20	6	1.13
1976641--1977101	51	9.0	51	94	0	751	29	15	26	27	1.96
1976712--1977208	51	9.5	55	90	4	244	29	15	25	28	1.96
1977012--1977210	55	3.6	55	80	8	208	30	16	23	30	1.96
1977073--1977234	55	2.9	55	82	4	166	30	15	22	31	1.95
1978412--1978448	16	2.2	18	85	9	51	32	0	13	54	1.40
1993901--1993951	2	24.5	2	84	7	66	49	1	3	45	1.32
2005674--2005747	38	1.9	38	94	0	130	35	10	8	45	1.69
2012352--2012541	93	2.0	94	92	2	319	15	17	21	44	1.86
2013969--2014013	23	2.0	23	82	8	56	55	2	8	33	1.43
2014196--2014226	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
2014475--2014539	33	2.0	33	84	6	87	18	29	6	46	1.73
2022527--2022608	42	2.0	42	90	0	128	28	2	12	57	1.48
2032304--2032345	21	2.0	20	90	4	66	28	2	2	66	1.16
2032856--2032928	36	2.0	36	97	0	137	36	10	17	34	1.85
2034718--2034775	30	1.9	30	92	0	98	46	25	6	20	1.75
2042737--2042797	20	2.9	20	85	7	59	24	32	26	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2044781--2044814	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
2047611--2047683	31	2.4	31	100	0	146	53	0	0	46	1.00
2047627--2047682	19	3.3	19	63	31	54	50	0	0	50	1.00
2047802--2047847	21	2.1	23	84	15	62	63	0	2	34	1.07
2052108--2052194	35	2.5	34	80	12	97	54	9	9	27	1.63
2052410--2052459	9	5.9	9	79	13	52	12	36	20	32	1.89
2052413--2052456	12	3.7	12	81	0	61	11	36	20	31	1.88
2054314--2054646	111	3.0	111	93	0	585	46	10	7	36	1.65
2054904--2055027	49	2.5	49	85	1	167	20	29	34	16	1.94
2056693--2056882	67	2.8	67	79	6	213	38	15	11	34	1.83
2060169--2060207	20	2.0	21	90	10	64	48	15	20	15	1.81
2062281--2062337	20	2.9	20	79	12	55	56	0	1	42	1.10
2070324--2070351	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2077251--2077295	21	2.1	21	83	0	54	37	11	17	33	1.85
2078284--2078320	17	2.2	17	100	0	74	43	16	0	40	1.48
2082813--2082843	15	2.1	15	100	0	62	41	6	6	45	1.55
2082900--2082934	16	2.3	15	86	13	54	40	2	0	57	1.14
2090524--2090757	112	2.1	115	95	3	429	30	18	17	32	1.95
2091629--2091657	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
2092207--2092248	20	2.2	20	82	4	59	73	0	2	23	0.94
2095824--2095856	15	2.1	16	88	5	50	63	3	0	33	1.10
2097926--2097977	20	2.7	20	75	3	61	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099509--2099619	4	26.0	4	72	15	55	70	2	6	20	1.22
2099723--2099766	22	2.0	22	82	8	54	72	0	6	20	1.07
2102890--2103318	106	4.0	106	91	0	669	22	17	24	35	1.95
2103947--2104031	37	2.3	37	81	4	91	42	15	17	24	1.88
2104178--2104254	36	2.1	38	90	4	122	36	16	22	24	1.94
2105847--2105894	20	2.3	21	79	13	55	4	10	6	79	1.05
2111565--2111818	80	3.1	82	76	11	239	22	18	24	33	1.97
2111814--2111901	36	2.5	35	90	7	135	29	6	20	43	1.78
2111955--2112093	37	3.8	37	85	5	183	41	13	20	24	1.88
2111955--2112113	73	2.2	73	84	3	196	40	12	20	25	1.88
2112128--2112320	56	3.2	56	78	12	190	39	12	19	28	1.88
2112128--2112199	19	3.8	19	70	19	62	37	9	20	31	1.85
2112271--2112342	36	2.0	36	94	0	126	41	12	20	25	1.87
2112273--2112350	36	2.1	35	90	2	111	39	12	20	26	1.89
2118651--2119191	45	12.0	45	94	0	875	23	21	19	35	1.96
2119387--2119434	3	16.0	3	77	0	51	39	0	0	60	0.97
2119390--2119430	21	2.0	21	90	0	64	39	0	0	60	0.96
2122068--2122104	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2130939--2131631	354	2.0	354	95	0	1260	28	22	9	39	1.85
2133206--2133289	15	5.7	15	70	16	61	33	2	1	63	1.15
2133358--2133416	22	2.4	25	75	13	61	37	11	6	44	1.68
2133980--2134021	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134697--2134761	31	2.1	31	82	5	78	70	4	9	15	1.29
2135113--2135151	3	13.3	3	89	5	62	66	0	0	33	0.92
2136513--2136563	26	2.0	26	84	0	66	13	17	29	39	1.88
2136617--2137155	106	5.0	106	91	1	810	23	18	23	34	1.96
2138012--2138089	31	2.5	32	83	8	99	71	2	10	15	1.23
2138050--2138094	23	1.9	24	86	13	67	71	4	6	17	1.25
2138131--2138191	21	3.1	19	77	15	63	75	3	8	13	1.15
2138151--2138230	33	2.5	32	81	4	90	75	5	7	12	1.18
2138102--2138217	52	2.2	52	80	7	128	73	3	8	14	1.21
2138168--2138230	17	3.8	16	74	14	56	76	4	6	12	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10